增强子RNA RASSF8-AS1在胃腺癌中的临床意义与分子机制

目的 探究增强子RNA RASSF8-AS1在胃腺癌(STAD)中的表达和关键靶基因预测,分析RASSF8-AS1与临床病理特征、预后的关系,探索RASSF8-AS1在STAD发生发展中的作用机制。方法在UCSC Xena数据库中下载33类肿瘤的表达数据、生存数据和临床数据。采用Kaplan-Meier生存分析和相关性分析确定关键eRNA及其调控基因为eRNA-靶基因对。使用R语言ggboxplot命令分析RASSF8-AS1表达与患者临床病理的相关性,利用GO和KEGG富集分析探索RASSF8-AS1在STAD中参与的信号途径。使用逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证RASSF8-AS1在正常和胃腺癌细胞系中的表达量。结果 RASSF8-AS1的表达水平与患者的年龄、临床分级、临床分期显著相关(χ²=4.356、4.166、6.452,P均<0.05)。RT-qPCR结果表明,与正常细胞相比,胃癌细胞中RASSF8-AS1和RASSF8的表达水平显著降低,差异有统计学意义(HR=0.044,95%CI:0.032～0.056,P<0.05)。R...     

基于生物信息学分析F2R基因在胃癌中表达与免疫浸润的临床意义

目的探究凝血因子II(凝血酶)受体(F2R)的在胃癌中的表达与免疫细胞浸润情况,探索F2R在胃癌中预后价值及其生物学功能。方法从TCGA数据库中下载胃癌中F2R基因表达谱数据及患者的临床病理信息,使用R4.0.2软件提取F2R在胃癌组及正常对照组的表达量数据,比较两组间F2R的表达差异。利用Kaplan-Meier法分析F2R表达与患者预后的相关性,并利用GEPIA对此进行验证。使用Cox回归分析F2R表达与胃癌患者临床预后相关性。利用GSEA富集分析预测F2R在胃癌中参与的信号通路。使用TIMER2.0分析了F2R表达与免疫浸润之间的关系。结果 F2R在胃癌样本中表达显著上调(P<0.05);生存分析显示F2R高表达组的总体生存率显著高于低表达组,差异均有统计学意义(P<0.05);F2R的表达也与肿瘤组织学分级、临床分期和及肿瘤状态相关,是胃癌的独立预后因素(HR=1.303,95%CI:1.076~1.578,P<0.05)。富集分析结果显示,F2R基因主要富集在MTOR信号通路、MAPK信号通路和癌症通路等。免疫浸润分析结果显示F2R表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞相关(Rho>0.5,P<0.05)。结论 F2R在胃癌中表达显著上调,可作为胃癌患者的独立预后因子,且与免疫浸润有关。     

基于TCGA数据库分析PFKFB4在肝细胞癌的临床意义及分子机制

目的研究6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶4(PFKFB4)在肝细胞肝癌(LIHC)中表达和甲基化与预后的关系,分析PFKFB4在LIHC恶性进展中的作用机制。方法从TCGA数据库下载LIHC的RNA-seq数据和临床信息,分析比较PFKFB4在LIHC样本和正常样本中的表达差异,利用卡方检验分析PFKFB4与患者临床特征的关系。通过Kaplan-Meier法和Cox风险回归分析PFKFB4在LIHC中的预后价值。利用基因富集分析(GSEA)探索PFKFB4参与的分子通路,并通过MethSurv和TCGA Wanderer等在线数据库分析PFKFB4与LIHC发展有关的甲基化位点。结果PFKFB4在LIHC样本中的表达水平显著上调,差异有统计学意义(P<0.05),其表达与患者的Stage分期呈显著负相关(P<0.05),PFKFB4高表达组的患者总体生存率(OS)比低表达组更差(P<0.05),可作为LIHC的独立预后因子(HR=1.908,95%CI:1.332~2.733,P<0.05)。GSEA分析结果提示,PFKFB4可能参与糖酵解、细胞自噬和P53等信号通路,并通过PFKFB4的去甲基化调控PFKFB4的表达,影响预后。结论PFKFB4的低甲基化水平使PFKFB4在LIHC中显著上调,可通过多条分子通路调控LIHC的发生发展,是LIHC的独立预后因子。     

基于生物信息学分析CILP2基因在结直肠癌中表达及其与预后的相关性

目的：探究CILP2基因在结直肠癌中的表达,分析CILP2基因的表达与临床病理特征、预后的关系,探索CILP2基因在结直肠癌发生发展中的作用机制。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库官方网站上下载结直肠癌的RNA-seq数据及患者的临床病理信息,提取CILP2在结直肠癌组织和正常组织样本中的表达量数据,使用Mann-Whitney U检验分析两组之间的表达差异。根据CILP2在结直肠癌样本中表达水平的中位数,将结直肠癌患者划分为高、低表达两组,使用χ2检验分析CILP2表达与患者临床病理特征的联系,利用Kaplan-Meier法分析CILP2表达与患者预后的相关性。使用单因素和多因素Cox回归分析CILP2表达与结直肠癌患者临床预后相关性。利用基因富集分析(GSEA)探索CILP2在结直肠癌中参与的信号途径。结果：结直肠癌样本中CILP2表达水平显著高于正常组织中CILP2的表达水平,差异具有统计学意义（P<0.05）;CILP2的表达与患者的原发肿瘤分期（P=0.014）和淋巴结转移分期（P=0.016）显著相关。CILP2高表达组患者的总体生存率显著低于低表达组患者,且差...     

MiR⁃206调控DDX3X促进胰腺癌不良预后及其机制的分析

目的 研究miR?206在胰腺癌(PAAD)中表达和关键靶基因预测,分析靶基因DDX3X在PAAD中表达及突变与预后的关系,研究其在PAAD恶性进展中的分子机制.方法 利用TCGA公共数据集进行生物信息学分析,比较miR?206在PAAD样本和正常样本的表达差异.通过starBase、TargetScan和miRDB在...     

基于铁死亡相关基因的生物信息学分析构建结直肠癌预后模型

目的 采用生物信息学方法分析铁死亡相关基因并构建结直肠癌铁死亡相关预后模型.方法 从TCGA数据库中下载结直肠癌患者的mRNA表达谱数据和临床资料.使用R4.0.2软件筛选出与铁死亡相关的差异基因.采用LASSO Cox回归分析构建预后模型.根据得到的风险评分,将纳入的结直肠癌患者划分为高风险组和低风险组.对构建的模型...