濮阳市首例发热伴血小板减少综合征病例流行病学调查及基因组特征分析

目的报告濮阳市首例发热伴血小板减少综合征病例, 通过流行病学调查和基因测序了解其流行病学特点并分析濮阳市首例新型布尼亚病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus, SFTSV)分离株S、M、L片段分子特征。方法采用流行病学调查方法, 分析流行病学特点, 用Vero细胞分离病毒, 提取SFTSV核酸, 实时荧光定量PCR进行检测;构建多重PCR法对病毒核苷酸序列进行特异性扩增, 利用二代测序仪进行全基因组测序, DNAStar、MEGA11等生物信息软件进行同源性分析, 构建系统进化树。结果流行病学调查结果显示, 患者及其密切接触者14 d内均无旅居史, 有野外作业史, 无蜱虫叮咬史;血液样本检测SFTSV核酸阳性;SFTSV基因型为E型, 其S、M、L片段基因均为E型, 与GenBank中已知的SFTSV核苷酸序列进行比对, 核苷酸序列同源性分别为94.8%～99.9%、94.0%～99.8%、95.7%～99.7%。结论该患者确诊为濮阳市首例SFTSV感染引起的发热伴血小板减少综合征, 与河南近年来分离株基因分型差异较大,...     

CVA6高通量测序方法的建立及应用

目的 建立柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CVA6）基于多重PCR扩增的高通量测序方法，并应用于CVA6的基因进化研究。方法 利用PRIMER5.0设计7对CVA6型特异性引物，在同一体系构建并优化多重PCR高通量测序方法，并应用该方法对河南省39份CVA6标本开展基因测序，分析核苷酸氨基酸同源性和构建系统进化树。结果本研究成功建立基于多重PCR的CVA6高通量测序方法，基因特征分析表明此次河南省检出的CVA6流行亚型为D3a亚型，与山东、湖南、浙江、云南、辽宁、江西等地区的毒株亲缘关系较近。结论 本研究建立CVA6的高通量测序方法特异性强，扩增效率高，为CVA6型基因型遗传特征和变异规律提供了技术支持，可应用于CVA6的同源性分析及基因进化研究分析。