网络药理学与分子对接技术指导下土大黄苷对慢性粒细胞白血病作用机制研究

目的 近年来,蛋白质相互作用网络及分子对接技术成为中药现代化研究领域十分活跃的一部分,逐渐成为链接中药应用与现代化的重要纽带.本研究基于分子对接技术与网络药理学分析,探讨中药大黄活性成分土大黄苷与慢性粒细胞白血病(chronic myelocytic leukemia,CML)相关基因之间的相互作用,寻求土大黄苷作用与CML的可能机制.方法 前期研究中构建了CML蛋白质相互作用网络,并筛选了CML关键靶点蛋白,作为本研究的受体;通过软件Chemoffice 8.0构建土大黄苷的分子结构,导入SYBYL软件中,进行一系列数据处理,作为本研究的配体.利用SYBYL8.1软件的Surflex-Dock模块进行分子对接,用配体-受体亲和力的一致性评分函数进行打分,并对氢键及其结合部位进行观察、分析.进一步对分子对接结果进行文献验证.结果 得到土大黄苷与CML19个相关基因之间的分子对接评分及氢键数,其中与JUN(2G01)受体对接得分及氢键数是最高的,说明土大黄苷与JUN(2G01)结合最好,可以推断JUN(2G01)是土大黄苷优先选择的作用受体.其次,得分较高的还有SRC (SRC)、JAK2 (5AEP)、MAPK14(2YIX)、FRAP1(3OAW)、MAPK8(3PZE)和PARP1(1U5Y)等.结论 大黄活性成分土大黄苷对CML的作用机制是多靶点、多途径相互作用的,其作用受体可能与JUN、SRC、JAK2、MAPK14、FRAP1、MAPK8和PARP1等基因相关.     

基于网络药理学的抗肿瘤药物发现策略

肿瘤是受到遗传和环境因素影响的系统性疾病，传统的“一病一靶”的药物研发和治疗方式效果不尽人意。网络药理学是近年来新兴的基于“整体论”的新药研发策略，通过网络构建与分析，可为抗肿瘤新药研发提供新的手段和方法。本文简要介绍将网络药理学研究手段用于药物研究的基本概念，并探讨网络药理学在抗肿瘤药物设计、新靶点发现、药物联用设计等方面的应用。随着系统生物学、计算生物学等相关学科的快速发展，网路药理学将在揭示新的肿瘤治疗靶标、治疗药物组合规律以及耐药性的潜在机制等方面为我们提供重要帮助。     

基于网络药理学的注射用益气复脉(冻干)作用机制研究

目的 基于网络药理学平台研究注射用益气复脉（冻干，YQFM）治疗心血管疾病的作用机制。方法 在前期研究基础上结合文献选出YQFM主要化合物结构母核，通过DRAR-CPI服务器对结构母核进行模拟分子-靶蛋白对接，筛选靶点；对获取的靶点信息通过KEGG数据库进行注释，结合文献对所得通路进行分析；利用Cytoscape 3.6.0软件，构建上述靶点的“化合物-靶点-通路-网络”整合模型；阐述YQFM治疗心血管疾病的作用机制。结果 本研究共筛选了7个化合物母核：20（S）-原人参三醇、齐墩果酸、2''-羟基异麦冬黄酮A、麦冬黄酮B、麦冬皂苷元、五味子甲素、五味子乙素；主要对应GASP、AKT、INS、AKT、GSK3β、JNK、GSK3β、ERK1、ERK2等127个作用靶点，以及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）心血管功能及糖脂代谢相关、肿瘤坏死因子（TNF）、雷帕霉素靶蛋白（mTOR）炎症相关等信号通路。结论 YQFM主要通过心血管保护、炎症与免疫调节、以及糖脂代谢干预等多条途径实现气阴两虚证的心血管疾病治疗作用。网络药理学方法可以简便、系统地预测YQFM的主要药效成分的网络机制，为中医药治疗心血管疾病提供研究方向。     

基于网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的机制研究

[目的] 运用网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的主要活性成分及其潜在靶标，探讨玉米须对糖尿病的干预机制。[方法] 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选玉米须活性成分的作用靶标。运用人类表型术语集（HPO），毒性与基因比较数据库（CTD）筛选糖尿病的靶标。采用STRING软件构建玉米须干预糖尿病的中药-疾病靶标网络。[结果] 得到12个活性成分和92个关键靶标，涉及糖尿病的靶标有8个。预测主要与AKT1，INSR，PRKACA等靶标有关。主要参与胰岛素信号通路和AMPK信号通路等途径。[结论] 玉米须可能通过调节AKT1和INSR蛋白参与胰岛素信号通路或AMPK信号通路对2型糖尿病起效，相关靶点及通路和现有的文献报道较为一致，可为其药用、食用的进一步开发提供参考依据。     

基于网络药理学的当归补血汤辅助治疗肺癌的作用机制研究

[目的]运用网络药理学的方法，探究当归补血汤作为化疗后辅助用药治疗肺癌的可能作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库查询当归补血汤中的成分，并通过口服生物利用度（OB）≥30%，类药性（DL）≥0.18，筛选出活性成分，通过中药成分靶点数据库（HIT）及Swiss Target Prediction Database进行成分靶点的垂钓，通过Therapeutic Target Database（TTD）、Drugbank、DisGeNET数据库查询肺癌相关靶点，利用Cytoscape 3.2.1构建成分-靶点等多层次网络图。使用DAVID数据库对当归补血汤辅助治疗肺癌的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。[结果]当归补血汤中共筛选得到27个活性成分，其中23个属于黄芪，4个属于当归，黄芪中的山奈酚、槲皮素、芒柄花素可能是辅助治疗肺癌比较重要的成分，微管相关蛋白Tau（MAPT）、细胞色素P450 19A1（CYP19A1）、雌激素受体α（ESR1）可能是当归补血汤辅助治疗肺癌比较重要的潜在作用靶点。GO富集分析显示，靶点涉及到170个生物过程相关条目、30个细胞组成相关条目、54个分子功能相关条目。KEGG通路富集分析显示，癌症通路（pathwanys in cancer）、癌症蛋白聚糖（proteoglycans in cancer）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）等是比较重要的通路。[结论]当归补血汤中的活性成分山奈酚、槲皮素、芒柄花素可能通过作用于MAPT、CYP19A1、ESR1发挥辅助治疗肺癌的作用，为进一步研究其辅助治疗肺癌的作用机制奠定基础。     

表达蛋白质组学在抗肿瘤药物研发中的应用

表达蛋白质组学主要对正常、疾病或药物处理细胞或亚细胞中的所有蛋白质进行定性或定量研究。近年来表达蛋白质组学对抗肿瘤药物的研发起到了一定的推动作用。本文通过检索相关数据库文献,对其进行梳理、总结和归纳,阐述了表达蛋白质组学在抗肿瘤药物研发中的应用,包括抗肿瘤药物靶点发现、药物作用机制阐明、临床诊断以及基于网络药理学的药物研发理念的实现等。尽管表达蛋白质组学本身还存在一些缺陷,但随着其技术的不断发展,必将进一步促进抗肿瘤创新药物的研发。     

蛋白质组学技术在网络药理学中的应用

蛋白质组学发展至今已日趋成熟，在生物医药相关领域研究中的应用显著增加，与之相关的样品制备技术、蛋白定量方法及先进的质谱仪器也得到了快速发展。网络药理学是近年来提出的新药发现新策略，是药理学的新兴分支学科，它从整体的角度探索药物与疾病的关联性，发现药物靶标，指导新药研发。将蛋白质组学技术应用于网络药理学研究用，加速药物靶点的确认，从而设计多靶点药物或药物组合。综述了蛋白质组学技术的新近研究进展，并简单概述了其在网络药理学中的应用。     

孙兰军主任治疗更年期妇女胸痹经验

胸痹是指胸部闷痛,甚则胸痛彻背,喘息不得卧为主症的一种疾病,轻者仅感胸闷如窒,呼吸欠畅,重者则有胸痛,严重者心痛彻背,背痛彻心。胸痹最早见于《内经》,《素问.脏气法时论》说:"心病者,胸中痛,胁支满,胁下痛,膺背肩胛间痛,两臂内痛。"汉代张仲景《金匮要略》正式提出"胸痹"的名     

基于网络药理学和分子对接技术探讨生脉注射液抗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P0.05)信号通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射液中的活性化合物五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺等能作用于CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3等靶点调节多条信号通路发挥抗炎、免疫调节、抗休克、增加血氧饱和度等作用,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学的参芪降糖颗粒治疗2型糖尿病机制探讨

目的运用网络药理学的方法探讨参芪降糖颗粒治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过文献挖掘和数据库检索获取参芪降糖颗粒的活性成分、作用靶点及与2型糖尿病相关的疾病靶点,通过Enrichr数据库进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并运用Cytoscape3.5.1软件绘制网络互作图,imageGP工具绘制GO和KEGG气泡图。结果研究得到43个关键活性成分和30个关键靶点,GO富集分析有918个条目,包含细胞组分(CC)条目56个、分子功能(MF)条目99个和生物学进程(BP)条目763个,其中CC主要涉及轴突轴膜、核转录因子复合物、RNA聚合酶II转录因子复合物、核常染色质、血小板α颗粒;MF主要涉及MAP激酶活性、血管内皮生长因子受体结合等方面;BP主要涉及血管生成、泡沫细胞分化、白细胞介素-21的细胞反应等方面。KEGG通路富集分析包含KEGG通路105条,主要与IL-17信号通路、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、VEGF信号通路、线粒体自噬等信号通路有着密切联系。结论参芪降糖颗粒可能通过作用于神经内分泌失调、胰岛素抵抗、氧化应激、炎症等相关的靶点及通路,起到治疗2型糖尿病的作用。