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1.
摘要:目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株,通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型,并应用MORPHEUS在线制作 热图,应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子,应用MLST软件检测菌 株的ST型,应用Kaptive软件检测荚膜型,应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药,而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因,11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66,β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主,大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子,包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等,如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型,同源性分析结果显示C组内同源性关系相近,存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样,同源性分析显示该院存在1种优势克隆株,该克隆株有医 院内传播的风险。  相似文献   
2.
间隙连接蛋白(Cx)在保证细胞间物质信息传递及维持皮肤屏障稳态方面发挥着重要作用,其基因突变,甚至表达水平异常均会引起多种疾病,严重影响患者生活质量。在编码人类Cx家族的21个基因中,与Cx基因突变相关的临床伴随疾病至少有14种。其中,Cx43分布最广,不仅在大多数器官组织中均有报道,也是伤口愈合、皮肤角质化,以及皮肤肿瘤发展等重要生理病理过程中的关键调控节点。本文总结了近年来Cx43基因(GJA1)在皮肤屏障中的作用、GJA1基因突变相关皮肤疾病及其潜在致病机制这几个快速发展领域中的研究成果,以期为Cx43临床伴发疾病防治及相关研究提供参考。  相似文献   
3.
4.
5.
目的探讨口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织中长链非编码RNA(lncRNA)淋巴细胞白血病缺失基因1(DLEU1)的表达及与临床病理参数和预后的关系。 方法收集2017年1月至2017年12月南通大学附属医院保存的98例OSCC组织及癌旁组织,实时荧光定量-聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测癌组织和癌旁组织中lncRNA DLEU1表达。分析lncRNA DLEU1表达与OSCC患者临床病理参数的关系,K-M法绘制不同lncRNA DLEU1表达OSCC患者生存曲线,多因素Cox回归分析OSCC患者预后不良影响因素。 结果OSCC组织中lncRNA DLEU1表达(1.863±0.572)高于癌旁组织(1.058±0.211)(t=13.058,P<0.001)。lncRNA DLEU1表达与OSCC患者肿瘤区域淋巴结转移(TNM)分期、淋巴结转移有关(P<0.05)。中位随访26个月,lncRNA DLEU1≥1.863生存率为61.22%,低于lncRNA DLEU1<1.863的79.59%(Log-rank χ2=4.819,P=0.028)。TNM分期Ⅲ~Ⅳ期(HR=4.612,95%CI:1.482~11.352)、淋巴结转移(HR=4.370,95%CI:1.442~10.246)、lncRNA DLEU1≥1.863(HR=4.231,95%CI:1.350~10.260)是OSCC患者预后不良的独立风险因素(P<0.05)。 结论OSCC组织中lncRNA DLEU1高表达,与TNM分期、淋巴结转移和预后相关,可能成为新的OSCC诊治和预后分子标志物。  相似文献   
6.
Species identification of unknown biological samples is crucial for forensic applications, especially in cases of explosion, disaster accidents, and body mutilation after murdering, as well as poaching, illegal trade in endangered animals, and meat food fraud. In this study, we identified 60 volatile organic compounds (VOCs) in fresh skeletal muscle tissues of seven different animal species (cattle, sheep, pigs, rabbits, rats, chickens and carp) and a human dead body by headspace-gas-chromatography ion-mobility spectrometry (HS-GC-IMS), and compared their differences by retention time, drift time and molecular weight. The results showed that these VOCs formed different gallery plot fingerprints in the skeletal muscle tissues of the human dead body and seven animal species. Principal component analysis (PCA) showed significantly different fingerprints between these species, and these fingerprints maintained good stability between the species and within the same species. Some VOCs have high species specificity, while VOCs of human fresh muscle tissues from different individual sources have little difference, demonstrating that all tested muscle tissue samples could be distinguished based on different VOCs. HS-GC-IMS has proved to be a rapid, high-throughput, highly sensitive and specific species identification method, which can be used for forensic species identification in criminal cases and disaster accidents, as well as detection in the field of food safety, such as meat fraud and adulteration.  相似文献   
7.
目的 研究凉血通瘀方对高血压大鼠急性脑出血模型脑组织miRNA表达的影响,对差异表达的miRNA靶基因进行分析,探索凉血通瘀方可能的药效机制。方法 将自发性高血压大鼠随机分成对照组(B)和实验组(C)。适应性饲养一周后,C组灌胃凉血通瘀方,B组灌胃等体积生理盐水,连续5天,每天1次。构建脑出血模型后收集脑组织,借助全转录组测序技术获得miRNA表达量,与miRBase数据库比对获取已知miRNA,使用miRDeep2预测新miRNA。差异分析软件为DESeq2,筛选阈值为|log2FC| ≥1 并且P <0.05。对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测,对靶基因进行GO功能、KEGG通路富集和PPI网络分析。结果 实验组和对照组对比,共发现21个显著差异表达的miRNA,上调有9个,下调有12个,共预测得到1243个有统计学意义的靶基因。GO富集分析发现,生物过程中突触囊泡分泌的调节、神经递质分泌的调节和神经递质运输的调节占前三位,神经元投射终点、全膜、质膜区域和细胞投射则是主要的细胞成分。分子功能分别为小GTPase绑定、底物特异性跨膜转运蛋白活性和离子跨膜转运体活性。通路分析结果显示,靶基因在癌证通路、pI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染、神经活性配体-受体相互作用和MAPK通路等分布广泛。采用STRING网站和Cytoscape软件,根据MCC算法筛选出ADRA2C、CASR、CCL28、CCR1、DRD2、GNAT3、GRM2、DYNC1LI1、GABBR1、GNAI1等核心靶基因。结论 凉血通瘀方对脑出血急性期鼠脑组织内miRNA的表达有重要影响;显著差异表达miRNAs可能通过靶向核心基因调控凉血通瘀方干预急性脑出血的病理过程及预后。  相似文献   
8.
9.
《Molecular therapy》2022,30(6):2186-2198
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  相似文献   
10.
SOX4是SOX家族C组亚科的成员,它可能通过赋予癌细胞生存、迁移和侵袭能力来促进肿瘤发生发展。目前已有多种证据支持SOX4是一种重要的癌基因的观点。SOX4在多种恶性肿瘤中过表达,包括消化系统肿瘤,而消化系统肿瘤是发展中国家癌症患者死亡的最常见原因。近年来,SOX4引起恶性转化的分子机制及其与消化系统肿瘤的关系成为研究的焦点和前沿领域。本文就SOX4在消化系统肿瘤中的研究现状进行综述。  相似文献   
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