面向家庭健康监护的心电监护系统设计

目的研制一款面向家庭的心电监护系统。方法以基于ARM920T的s3c2440为核心,控制心电信号采集,并结合嵌入式软件技术,实时显示、分析和记录心电信号,对患者进行监护。算法部分采用适用于嵌入式系统的动态差分阈值法检测QRS波波群。结果该监护系统能实时、动态显示心电波形,并可以识别4种心率异常,能较好地反映和分析患者的心电活动状况。结论该心电监护系统操作简便,运行稳定,能够满足一般家庭需求,具有良好的应用前景。     

结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能

当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系 (GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点.为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中.针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中.通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果.以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%.     

利用基因芯片观察抑郁症大鼠模型基因表达的变化

目的：采用高通量基因芯片观察大鼠抑郁症模型基因表达的变化,结合基因功能分类体系探讨抑郁症的发病机制.方法：实验于2004-04/2005-10在成都康弘集团实验动物中心和哈尔滨医科大学完成.采用Willner法对32只雄性SD大鼠构造大鼠抑郁症模型,应激刺激造模结束后将大鼠分为模型组和正常组,每组各8只.由基因芯片检测8只模型组和8只正常组大鼠的基因表达谱,识别差异表达基因并注释于GO基因功能分类体系,分析差异表达基因与疾病的相关性.结果：实验纳入大鼠数量为16只,实验中无意外死亡、丢失及补充,进入结果分析大鼠数量为16只.对模型组和正常组,通过t检验筛选得到207个差异表达基因,涉及神经肽激素活性、信号传导通路、核糖体生成以及蛋白质转运与降解.具有钙调蛋白依赖的蛋白激酶活性基因钙调蛋白依赖的蛋白激酶1、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2G、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2抑制物α、具有囊泡介导转运功能的基因突触蛋白表达下调也表明这些通路在大鼠抑郁症模型中可能被抑制;有神经肽激素活性的精氨酸加压素表达下凋,验证了情感性精神障碍的精氨酸加压素的假说,即抑郁症患者精氨酸加压素功能降低,在躁狂症患者则升高.进一步验证了抑郁症的病理机制所涉及的可能是神经传递功能的多个环节.结论：单胺递质的释放、信号传导以及神经肽调节的表达变化涉及抑郁症的发病机制,提示多种功能通路与抑郁症的发病机制相关.     

急性HIV感染者外周血T淋巴细胞CD57抗原动态表达及临床意义分析

目的 研究CD57在HIV急性感染者外周血T淋巴细胞的动态表达情况及临床意义.方法 随机选取2006年11月-2009年12月期间确诊为HIV-1急性感染的17位患者为研究对象,15例健康体检者为对照组,收集HIV感染者1、3、6个月时间点及对照组外周血单个核细胞(PBMC),以流式细胞仪双色、三色分析法分别分析CD3+ CD57+T淋巴细胞、CD3+ CD4+ CD57+T淋巴细胞、CD3+CD8+CD57+T淋巴细胞的比例,并分析其与病毒载量、CD4+T细胞计数间的相关性.结果 在感染1、3、6个月外周血淋巴细胞中,CD57+T淋巴细胞比例分别为15.24％±1.49％、13.51％±2.45％及14.65％ ±1.83％,正常对照组CD57+T淋巴细胞比例为3.72％±0.56％,HIV感染1、3、6个月CD57+T淋巴细胞比例较正常对照组明显增高,差异有统计学意义(P均＜0.0001).在感染的1个月、3个月外周血中CD8+CD57+在淋巴细胞中的比例分别为7.79％ +2.10％、9.88％±2.36％,与对应时间点的病毒载量成正相关关系,R2分别为0.3700、0.3768,P值分别为0.0096、0.0088;与对应时间点CD4+T细胞计数成负相关关系,R2分别为0.3768、0.4235,P值分别为0.0215、0.0017.急性HIV感染1个月时间点,6例病情快速进展患者与11例病情非快速进展患者,CD8+ CD57+T细胞比例分别为11.20％±2.21％、6.16％±1.09％,CD4+ CD57+T淋巴细胞比例分别为2.79％ ±0.31％、1.40％±0.30％,病情快速进展患者CD8+CD57+T、CD4+CD57+T淋巴细胞比例均高于病情非快速进展组,P值分别为0.0338、0.0106.结论 HIV感染急性期CD57+T淋巴细胞比例增加,其中CD8+ CD57+T淋巴细胞百分比可反映HIV病毒载量变化及CD4+T淋巴细胞的计数情况,HIV急性感染早期CD57在淋巴细胞高表达提示病情进展迅速.     

提供免费眼镜对中国学龄儿童学习成绩的影响：整群随机对照试验

目的探讨免费眼镜对中国农村近视儿童学习成绩的影响。设计仅对研究者进行设盲的整群随机对照研究。地点2012-2013年,中国西部的两个市的252所学校。研究对象在19934名小学四、五年级儿童中的、任一眼裸眼视力〈6／12且戴镜视力可提高至〉6／12的3177名（平均龄10．5岁）儿童,其中的3052名（96．0％）儿童完成了整个研究。干预措施纳入研究的儿童在学年开始时,以学校为单位（平均每组84所学校）随机分为3组,分别接受以下干预：仅获得配镜处方（此组为本研究的对照组）,获得项目指定眼镜店换取眼镜的凭证,或现场获取免费眼镜。主要结果指标末次检查（研究结束）时的戴镜率和研究结束时用专门设计的数学测试考核的成绩（用研究开始的成绩进行调整,以标准差的改变来度量）。结果3177名纳入的儿童被随机分配到对照组（1036名,占32．6％）、凭证组（988名,占31．1％）和免费眼镜组（1153名,占36．3％）。虽然所有儿童戴镜后视力均有提高,但在研究开始时,仅15％的儿童配戴了眼镜。研究结束时免费眼镜组观察到的戴镜率为41％,儿童自诉的戴镜率为68％;对照组观察到的戴镜率为26％,儿童自诉的戴镜率为37％。相对于对照组,免费眼镜组对学习成绩影响为0．11标准差（SD）[95％可信区间（CI）0．01—0．21,P=0．03]。调整后的免费眼镜的效应（0．10SD,95％CI0．002～0．19;P=0．04）也远远大于父母的受教育程度（0．03,95％CI-0．04～0．09）及家庭的富裕程度（0．01,95％CI-0．06～0．08）。虽然组间有统计学差异,但差异的幅度还是比用于样本量计算的幅度,即0．20SD小。结论尽管儿童的依从性并不是非常好,向儿童提供免费眼镜对于提高儿童的数学成绩有统计学意义,但各组间差异小于预期。本研究中,儿童的近视患?     

Identification of probable genomic packaging signal sequence from SARS—CoV genome by bioinformatics analysis

AIM:To predict the probable genomic packaging signal of SARS-CoV by bioinformatics analysis. The derived packaging signal may be used to design antisense RNA and RNA interfere (RANi) drugs treating SARS. methods: Based on the studies about the genomic packaging signals of MHV and BCoV, especially the information about primary and secondary structures, the putative genomic packaging signal of SARS_CoV were analyzed by using bioinformatic tools. Multi-alignment for the genomic sequences was performed among SARS-CoV,MHV,BCoV, PEDV and HCoV 229E. Secondary structures of RNA sequences were also predicted for the identification fo the possible genomic packaging signals. Meanwhile, the N and M proteins of all five viruses were analyzed to study the evolutionary relationship with genomic packaging signals. RESULTS: The putative genomic packaging signal of SARS-CoV locates at the 3′ end of ORF1b near that of MHV and BCoV, where is the most variable region of this gene. The RNA secondary structure of SARS-CoV genomic packaging signal is very similar to that of MHV and BCoV. The same result was also obtained in studying the genomic packaging signals of PEDV and HCoV 229E. Further more, the genomic sequence multi-alignment indicated that the locations of packaging signals of SARS-CoV, PEDV, and HCoV overlaped each other. It seems that the mutation rate of packaging signal sequences is much higher than the N protein, while only subtle variations for the M protein. CONCLUSIONS: The probable genomic packaging signal of SARS-CoV is analogous to that of MHV and BCoV, with the corresponding secondary RNA structure locating at the similar region of ORF1b. The positions where genomic packaging signals exist have suffered rounds of mutations, which may influence the primary structures of the N and M proteins consequently.     

Small envelope protein E of SARS：cloning,expression, purification, CD determination, and bioinformatics analysis

AIM:To obtain the pure sample of SARS small envelope E protein (SARS E protein), study its properties and analyze its possible functions. METHODS: The plasmid of SARS E protein was constructed by the polymerase chain reaction (PCR), and the protein was expressed in the E coli strain. The secondary structure feature of the protein was determined by circular dichroism (CD) technique. The possible functions of this protein were annotated by bioinformatics methods, and its possible three-dimensional model was constructed by molecular modeling. RESULTS: The pure sample of SARS E protein was obtained. The secondary structure feature derived from CD determination is similar to that from the secondary structure prediction. Bioinformatics analysis indicated that the key residues of SARS E protein were much conserved compared to the E proteins of other coronaviruses. In particular, the primary amino acid sequence of SARS E protien is much more similar to that of murine hepatitis virus(MHV) and other mammal coronaviruses. The transmembrane (TM) segment of the SARS E protein is relatively more conserved in the whole protein than other regions. CONCLUSION: The success of expressing the SARS E protein is a good starting point for investigating the structure and functions of this protein and SARS coronavirus itself as well. The SARS E protein may fold in water solution in a similar way as it in membrane-water mixed environment. It is possible that β-sheet I of the SARS E protein interacts with the membrane surface via hydrogen bonding, this β-sheet may uncoil to a random structure in water solution.     

SARS病毒中S蛋白的hAPN受体接合功能域分析(英文)

目的:获得SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现其可能的配体-受体作用区域和结合位点,为SARS蛋白功能研究以及设计抗SARS药物和疫苗提供线索。方法:在比较基因组学的基础上,通过运用多序列比对、同源性分析和进化分析等手段预测并确定SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的区域和结合位点,并用分子模拟和分子对接分析的方法模建S蛋白与CD13在预测区域的相互作用。结果:获得了SARS冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的信息,发现了一个冠状病毒S蛋白与CD13相互作用的功能域,以及位于此功能域中的4个可能的相互作用的位点。分子模拟验证了其中一个可能的相互作用的位点。结论:CD13可能是SARS冠状病毒S蛋白结合的一个靶点,它们之间的相互作用可能是SARS病毒感染的途径之一。同时,本研究也为运用生物信息方法寻找蛋白质作用靶点的线索提供了一种策略。     

基于生物信息学途径挖掘防治急性高原病的潜在药物

目的应用生物信息学途径挖掘潜在的防治急性高原病的药物。方法选取急性高原低氧暴露7 d大鼠心肌组织标本,进行全转录组高通量测序,筛选差异表达mRNA。应用生物信息学工具Connectivity Map,整合差异表达mRNA信息,推测急性高原低氧心肌损伤差异基因与药物小分子功能的关系,筛选潜在的具有防治急性高原低氧心肌损伤效应的药物。结果高通量测序结果显示,与常压常氧对照组比较,急性高原低氧暴露大鼠心肌组织中1 084个mRNA表达水平发生显著变化。其中457个mRNA表达上调,627个mRNA表达下调。通过connectivity map药物数据库比对分析,发现小分子化合物SB203580负性富集分数较高,是潜在的防治急性高原病的药物。动物实验提示SB203580可减轻高原低氧大鼠心肌水肿和心肌组织病理损伤,下调心肌AQP1mRNA表达。结论通过生物信息学方法可挖掘出潜在的防治急性高原病的药物,研究方法合理、简便、省时,减少了药物开发研究的盲目性。