基于WGCNA分析狼疮肾炎的关键基因

目的：筛选狼疮肾炎（LN）潜在的高风险致病基因及生物学过程和通路,为LN的发病机制提供理论依据。方法：从高通量基因表达（GEO）数据库中下载GSE86425数据集,使用R语言“WGCNA”包分析正常肾脏组织和LN肾脏组织中共表达基因的变化。使用“clusterProfiler”包对与LN高度相关的模块进行功能富集分析。利用“LIMMA”包筛选出差异表达基因（DEGs）,筛选出二者的共同致病基因并导入STRING数据库中进行蛋白-蛋白网络互作（PPI）分析,最后导入Cytoscape软件中筛选出关键基因（Hub）。采用RT-PCR进一步验证SNF1裸鼠对照组和LN组肾脏组织中Hub基因的表达水平。结果：获得1个与LN高度相关的模块（brown模块,Cor=0.86,P<1e-200）,其主要参与T细胞活化、细胞因子产生的正向调节、细胞外基质结构成分等。共筛选出294个DEGs,主要与白细胞迁移、中性粒细胞趋化作用、细胞因子介导的信号传导途径、对防御反应的正向调节等生物过程等有关。并筛选出Trim30a、Cxcl10、Irf7和Stat1 4个Hub基因。RT-PCR证实这些基因在L...