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1.
人体内定植着数量庞大、结构复杂的微生物群,微生物群之间、微生物群及宿主细胞间存在着复杂的相互作用。互作转录组测序技术(dual RNA sequencing, Dual RNA-seq)可同时分析两个(或多个)互作物种间基因表达的动态变化,并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到物种间的相互作用机制。本文就近年来Dual RNA-seq技术在肠道、呼吸道、皮肤及口腔微生物研究中的应用现状及发展前景作一综述。自Dual RNA-seq的概念被引入以来,该技术已被应用于一系列感染模型。在分子水平上直接研究物种间动态相互作用,有助于更好地理解感染过程中病原体和宿主的生理变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标志物。但是,Dual RNA-seq目前仍然处于起步阶段,在实验技术方面存在一定的局限性,比如由于物种间的相互作用是动态变化的,最佳实验条件以及采样点的选择以及如何实现实时观测是亟需解决的难题;此外,由于Dual RNA-seq的生物信息学数据量大,如何快速灵活地处理互作信息仍然需要进一步的探索。  相似文献   
2.
利用生物信息学技术初步探索芫根调控肠道免疫功能的分子生物学机制。方法 选择雄性SPF级BALB/c小鼠18只,随机分为3组,每组6只。SC1组小鼠每只每次灌胃芫根提取液150 μL,SC2组小鼠每只每次灌胃绞碎芫根原浆悬液150 μL,NC组小鼠每只每次灌胃生理盐水150 μL,连续7 d每日灌胃一次。分别取每组小鼠小肠组织样品提取RNA,总RNA的质检合格后,进行转录组测序。按GO功能和KEGG信号通路对差异表达基因聚类分析揭示差异表达高度富集的免疫相关通路。从免疫角度分析芫根灌胃小鼠小肠组织的基因表达变化情况。结果 转录组测序共检测到27733条 mRNA的表达,SC1组与NC组比较,显著差异表达基因1635个,其中上调差异表达基因1236个,下调差异表达基因399个;SC2组与NC组比较,显著差异表达基因2872个,其中上调差异表达基因2233个,下调差异表达基因639个(P<0.05)。按GO功能和KEGG信号通路聚类分析显示差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路及维生素和脂肪消化吸收等途径的富集度在两个芫根组中均居于前20位(P<0.01),肠黏膜趋化因子CCL20和巨噬细胞极化标志物CD274等免疫蛋白编码基因差异表达显著且同属于上述多个免疫通路。结论 芫根灌胃小鼠小肠的差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路、营养物质消化吸收等途径高度富集,提示芫根对肠道免疫系统及肠黏膜功能的调节,其中CD274的表达上调和CCL20的表达下调提示诱导M1型巨噬细胞极化和T细胞活化可能是芫根调控免疫和维护肠道正常结构功能的重要途径。  相似文献   
3.
摘要:目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株,通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型,并应用MORPHEUS在线制作 热图,应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子,应用MLST软件检测菌 株的ST型,应用Kaptive软件检测荚膜型,应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药,而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因,11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66,β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主,大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子,包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等,如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型,同源性分析结果显示C组内同源性关系相近,存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样,同源性分析显示该院存在1种优势克隆株,该克隆株有医 院内传播的风险。  相似文献   
4.
炎症与肿瘤关系密切,肿瘤坏死因子α(TNF-α)是参与炎症的主要炎性细胞因子之一,在各种慢性炎症性疾病及肿瘤环境中高表达。TNF-α可诱导其他炎性因子释放放大炎症反应,还可通过释放氧氮介质直接诱导上皮细胞癌变促进肿瘤发生。此外TNF-α还可以通过激活NF-κB等炎症通路促进肿瘤细胞增殖,TNF-α上调血管内皮生长因子表达,促进肿瘤组织微血管生成,促进肿瘤的发展。TNF-α可通过激活NF-κBp52抑制肿瘤细胞凋亡,且可抑制免疫细胞的抗肿瘤活性从而促进肿瘤细胞的免疫逃逸。基于TNF-α在慢性炎症相关性肿瘤的发生、发展、转移及免疫逃逸等多方面均发挥重要作用,TNF-α可成为抗慢性炎症相关性肿瘤精准医疗的潜力靶点,从多个环节、多条途径来发挥抗肿瘤的作用,目前有多个具有TNF-α抑制药作用的天然产物化合物处于试验阶段。本文重点探讨慢性炎症与肿瘤发生中TNF-α的作用,以期为临床上常见的TNF-α相关慢性炎症所致肿瘤的预防及治疗提供理论基础。  相似文献   
5.
目的 研究改良透明质酸(HA)水凝胶控释脑源性神经营养因子(BDNF)对大鼠胚胎神经干细胞(rFNSCs)生长、分化及凋亡的影响。方法 实验以大鼠胚胎干细胞为研究对象,将实验分为3组,分别为空白对照组[rFNSCs与聚乳酸乙醇酸(PLGA)和HA共培养]、条件对照组(rFNSCs与BDNF-PLGA和HA共培养)、实验组(rFNSCs与BDNF-PLGA和改良HA水凝胶即Dex-HA共培养)。采用ELISA法检测控释支架中BDNF的释放曲线;Live/Dead实验检测各组中的rFNSCs凋亡情况;CCK-8法检测rFNSCs与水凝胶共培养后的细胞增殖活性;免疫细胞化学染色法检测不同组中rFNSCs的分化情况。结果 ELISA法结果显示水凝胶对BDNF的控释可以持续14 d。Live/Dead实验显示实验组中rFNSCs凋亡数低于空白对照组和条件对照组。CCK-8实验表明,三组中实验组rFNSCs细胞增殖活性最强,差异有统计学意义(P<0.05)。免疫细胞化学染色结果表明,与空白对照组和条件对照组相比,实验组水凝胶在体外能促进rFNSCs向神经元分化,减少向星形胶质细胞的分化,差异...  相似文献   
6.
目的 探讨重组人干扰素α2b(rIFN-α2b)双途径给药治疗慢性宫颈炎(CC)伴高危型人乳头瘤病毒(hr-HPV)感染的临床效果。方法 选取周口市第一人民医院收治的CC伴hr-HPV感染患者230例,应用摸球法随机分为2组:2组均行CO2激光治疗,对照组115例采用皮损部位皮下注射rIFN-α2b治疗,研究组115例在对照组治疗基础上追加阴道置入rIFN-α2b泡腾片治疗。比较2组临床疗效、hr-HPV转阴率、激光后阴道出血时间和出血量、血清T淋巴细胞亚群(CD3+、CD4+/CD8+)水平及宫颈炎症复发率。结果 与对照组比较,研究组治疗总有效率、hr-HPV转阴率显著升高,激光后阴道出血时间和出血量显著减少(均P<0.05);与治疗前比较,2组治疗后血清CD3+、CD4+/CD8+水平均显著升高,且研究组治疗后上述指标水平升高更为明显(均P<0.05);与对照组比较,研究组宫颈炎症复发率显著降低(P<0.05)。结论 rIFN-α2b双途径给药治疗CC伴hr-HPV感染疗效显著,且能有效降低宫颈炎症复发率。  相似文献   
7.
8.
目的研究葡萄籽原花青素(GSPs)预处理对脂多糖(LPS)诱导的人牙龈上皮细胞(HGECs)炎症介质表达的影响。  相似文献   
9.
10.
目的:观察左炔诺孕酮宫内缓释系统联合戈舍瑞林治疗子宫内膜不典型增生(AEH)患者的效果。方法:回顾性分析2019年10月至2020年10月该院收治的86例AEH患者的临床资料,根据治疗方案不同分为观察组和对照组各43例。对照组应用戈舍瑞林治疗,观察组在对照组基础上联合左炔诺孕酮宫内缓释系统治疗,比较两组子宫内膜厚度、月经失血图(PBAC)评分、性激素[促黄体生成素(LH)、促卵泡生成素(FSH)、雌二醇(E2)]水平、肿瘤相关因子水平、临床疗效和不良反应发生率。结果:治疗后,观察组子宫内膜厚度、PBAC评分及LH、FSH、E2、血清人附睾蛋白4(HE4)和血管内皮生长因子(VEGF)水平均低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);观察组治疗总有效率为97.67%,明显高于对照组的81.40%,差异有统计学意义(P<0.05);两组不良反应发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论:左炔诺孕酮宫内缓释系统联合戈舍瑞林治疗AEH患者可提高治疗总有效率,降低子宫内膜厚度、PBAC评分、LH、FSH、E2和肿瘤相关因子水平,效果优于单纯戈舍瑞林治疗。  相似文献   
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