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目的:运用计算机虚拟筛选技术和分子动力学模拟寻找海洋小分子库(SWMD)中抗癌靶点c-MET的小分子抑制剂。方法:利用schrodinger中Ligand Docking模块对海藻代谢物数据库(SWMD)和PDB网站检索的c-MET蛋白(PDB:2rfs)进行基于受体的分子对接筛选,采用对接得分前十的结果,利用Swiss ADME网站进行成药性分析。最后将最好的结果用Gromacs进行分子动力学模拟。结果:分子对接结果显示打分前十的化合物都能与蛋白有较好的结合效果和对接姿势,蛋白与化合物之间的相互作用主要以氢键作用为主。分子动力学结果显示配体能在受体的结合口袋中稳定存在,同时具备较为稳定的对接构象。结论:基于分子对接技术和分子动力学虚拟筛选潜在的抗癌靶点c-MET的小分子抑制剂,为研发抗癌海洋药物提供科学指导与理论依据。 相似文献
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目的:铁死亡是近年新发现的一种区别于凋亡、坏死、自噬和焦亡的细胞程序性死亡。其原理是诱发胞内铁离子积累,由此引发膜不饱和脂质过氧化并最终导致细胞死亡。谷胱甘肽过氧化物酶GPX4是一种能够清除过氧化物并降低细胞内ROS水平的蛋白酶,抑制GPX4的活性导致细胞铁死亡的发生,从而以更有效率地杀伤肿瘤细胞。 方法:使用Libdock软件对现有GPX4结构进行了虚拟筛选,对于Libdock得分最好的前100个海洋化合物,进一步根据利平斯基五规则(Lipinski"s Rule of Five)中的分子量限制条件进行筛选,得到了6个符合条件的海洋分子。然后借助CovDock功能对得分最佳的两个活性海洋分子进行了与蛋白的共价对接,并对这两个配体进行基于复合物药效团的药效特征分析以验证化合物与受体结合所需的关键性质。最后预测了全部六个海洋化合物的ADMET(吸收、分布、代谢、排泄和毒性)特性,以确定其成药特性。结果:海洋库中的两个分子被预测为具有最佳类药性质,因此被我们选作后续研究对象。对这两个化合物与GPx4形成复合物的分子动力学计算表明,它们与靶标的结合效果稳定。结论:本研究筛选出的两种海洋化合物可能是有效的GPx4抑制剂,为肿瘤的治疗提供新的候选化合物。 相似文献
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目的:研究马尾藻多糖(SP)对抗脂多糖(LPS)诱导的巨噬细胞极化和铁死亡,以明确SP是否存在对免疫功能的调节作用。方法:分离、提纯和鉴定SP,建立LPS诱导的小鼠巨噬细胞RAW264.7炎症模型。采用CCK-8法检测SP对巨噬细胞增殖的影响,采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)法和Western blot法分别检测巨噬细胞极化相关指标CD80、CD163、IL-6、IL-10、精氨酸-1(Arg-1)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、TNF-α含量。为了解巨噬细胞铁死亡情况,以活性氧(ROS)检测试剂盒检测ROS含量,并以Western blot法检测谷胱甘肽过氧化物4(GPX4)的表达。结果:成功分离SP,并鉴定其不属于呋喃糖。高浓度SP对巨噬细胞具有促增殖作用,并对LPS诱导的细胞增殖抑制具有显著的保护作用。SP能使RAW264.7细胞向M2极化,并且能拮抗LPS诱导的M1极化。LPS可诱导巨噬细胞内ROS显著增加,SP则可使其ROS水平显著降低。LPS诱导巨噬细胞的GPX4蛋白表达水平显著降低,高浓度的SP能显著上调其表达(P均<0.05)。结论:SP诱导巨噬细胞向... 相似文献
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