幽门螺杆菌阳性萎缩性胃炎大鼠生物信息分析及安胃汤影响的研究

目的：基于生物医学大数据筛选幽门螺杆菌（Hp）相关性慢性萎缩性胃炎的关键基因,探索其发病机制及安胃汤对其的影响。方法：从数据库Gene Expression Omnibus（GEO）下载Hp相关性慢性萎缩性胃炎相关芯片数据,利用GEO2R软件筛选出Hp相关性慢性萎缩性胃炎差异基因,进行生物信息学分析,根据蛋白参与通路数量确定核心蛋白,建立Hp阳性慢性萎缩性胃炎大鼠模型,用PCR和蛋白质印迹法（Western Blotting）进行检测并观察安胃汤对其表达的影响。结果：经过检索分析GSE13873和GSE27411系列芯片数据被纳入,取2个芯片交集的20个差异基因进行生物信息学分析,发现载脂蛋白A1、CD36、囊性纤维化穿膜传导调节蛋白（CFTR）可能是信号通路的核心蛋白。Western Blotting及PCR结果显示Hp相关性慢性萎缩性胃炎大鼠胃组织中,CD36蛋白表达下调（P<0.05）,载脂蛋白A1和CFTR蛋白表达上调（P<0.05）;与模型组比较,实验观察高剂量组、实验观察中剂量组和实验观察低剂量组胃组织中CD36蛋白表达上调,载脂蛋白A1和CFTR表达下调（P<0.05）,其与Hp相关性慢性萎缩性胃炎发病关系密切。结论：通过对GEO中Hp相关性慢性萎缩性胃炎芯片生物信息学分析结合Western Blotting及PCR进一步的验证发现载脂蛋白A1、CD36、CFTR作为信号通路的核心蛋白实验结果与生物信息学分析结果一致。     

基于网络药理学研究半夏治疗功能性消化不良的作用机制

目的 探讨半夏治疗功能性消化不良的作用机制.方法 本研究起止2020年1—2月.通过TCMSP数据库检索得到半夏的活性成分和作用靶点,同时借助UniProt、HCBI和PubMed等数据库,得到药物活性成分靶点对应的基因名.利用Gene Cards和OMIM数据库得到功能性消化不良的相关治疗靶点,将其与半夏活性成分靶点取交集后得到药效靶点.将交集靶点通过STRING 11.0数据库进行蛋白质-蛋白质的相互作用网络分析得到潜在的治疗核心蛋白.最后采用KOBAS 3.0平台和DAVID 6.8数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,研究半夏治疗功能性消化不良靶点的作用机制.结果 筛选得出半夏的13个活性成分和74个活性成分靶点基因以及35个交集基因.通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,半夏治疗功能性消化不良可能与B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、RACα丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-9(CASP9)等靶点蛋白相关.GO功能富集分析得到66个GO条目(P<0.05),通过分析我们可以知道半夏治疗功能性消化不良主要与儿茶酚胺结合、内肽酶活性、核受体活性、转录因子活性、凋亡过程中的半胱氨酸型内肽酶活性等功能相关.KEGG信号通路分析得到97条信号通路(P<0.05),通过筛选主要与凋亡-多物种、凋亡-乙型肝炎、大肠癌、肿瘤坏死因子等信号通路相关,我们发现这些通路中均含有B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase)、凋亡基因(Bax)等凋亡因子.结论 半夏可以通过多成分、多靶点、多途径共同发挥对功能性消化不良的治疗作用,其中在对凋亡通路上的其因子表达抑制或者增强,最终达到抑制组织细胞的凋亡将可能是半夏治疗功能性消化不良的重要机制之一.