细菌快速检测技术及其应用

正目前,临床微生物实验室对可疑感染标本的细菌检查基于形态学显微镜检、培养和生化反应,其操作繁杂、影响因素多、周期长。随着生物学技术的发展,感染细菌的检查已深入到分子水平,如PCR技术、基因芯片技术、质谱技术等,大幅缩短细菌检查周期,且自动化程度高,准确可靠,有的还可高通量检测。1微生物传感器技术微生物传感器技术在床旁诊断中的应用主要是基于核酸或菌体的检测。     

南海深海沉积环境来源真菌Aspergillus flavus SCSIO F025的次生代谢产物及活性研究

目的 对采集自南海中部1781 m沉积环境的1株曲霉属真菌Aspergillus flavus SCSIO F025进行次生代谢产物及活性研究。方法 通过优化培养条件对菌株进行规模发酵,发酵产物采用硅胶柱层析、Sephadex LH-20、HPLC等色谱学方法进行化学分离,利用NMR、MS等波谱学技术并结合文献进行化合物的结构鉴定,应用纸片扩散法及DPPH自由基清除法对化合物进行初步抗氧化和抗菌活性测试。结果 从菌株SCSIO F025中分离鉴定5个单体化合物：penicillivinacine(1),arthrographol(2),dehydroxypaxilline(3),ditryptophenaline(4),kojic acid(5)。其中化合物1和2为首次从黄曲霉中分离得到。化合物1对溶藻弧菌和藤黄微球菌有弱的抑制活性,化合物2表现出显著抗氧化及溶藻弧菌和藤黄微球菌抑制活性,化合物3对溶藻弧菌和肺炎克雷伯杆菌有抑制活性。     

结肠腺癌免疫预后基因的开发与验证

目的 发掘结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)免疫预后标志物并精准预测COAD生存风险.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载COAD患者的临床信息以及RNA-seq数据,获取差异的免疫相关基因(differential immune re...     

伴脑出血的CADASIL(附1例报道)

目的报道1例以脑出血引发的癫痫为主要临床表现的伴皮质下梗死和白质脑病的长染色显性遗传性脑动脉病(Cerebral autonomic dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leucoencephalopa-thy,CADASIL),探讨其可能的发病机制。方法对1例CADASIL患者进行临床表现、影像学及皮肤活检等方面检查。结果患者临床表现为癫痫、偏头痛、记忆力下降及情感障碍,MRI平扫见皮质下多发腔隙性脑梗死及脑白质病变,MRI梯度回波序列见多发微出血灶及右颞顶交界处大出血灶,皮肤活检电镜下见血管内皮下黑色嗜锇样颗粒沉积。结论对于表现为脑出血的患者,也应考虑CADASIL。     

白藜芦醇对花萼海绵诱癌素所致小鼠空间记忆障碍的预防作用

目的:探讨腹腔注射白藜芦醇对昆明小鼠侧脑室注射花萼海绵诱癌素引起的空间记忆障是否有预防作用。方法:2月龄昆明小鼠44只随机分为4组,分别为生理盐水对照组、模型组、白藜芦醇低剂量组和白藜芦醇高剂量组;生理盐水对照组和模型组腹腔注射等体积生理盐水,白藜芦醇低剂量组和白藜芦醇高剂量组分别腹腔注射白藜芦醇5 mg/kg和10 mg/kg共21 d,除对照组外,第22天从侧脑室注射花萼海绵诱癌素4μL,第27天进行Morris水迷宫定位航行训练,持续6 d,24 h后进行寻找平台潜伏期检测。再处死小鼠,进行灌流固定做高尔基染色观察神经元树突和树突棘,并取新鲜脑海马匀浆后检测SOD活性。结果:白藜芦醇低剂量组显著缩短侧脑室注射花萼海绵诱癌素引起的逃避潜伏期。白藜芦醇低剂量组显著增加侧脑室注射花萼海绵诱癌素引起的CA1区锥体神经元树突的长度和分枝数目。白藜芦醇低剂量组显著增加侧脑室注射花萼海绵诱癌素引起的海马CA1区锥体神经元树突棘的密度。白藜芦醇高剂量组显著增加花萼海绵诱癌素引起的海马SOD活性,而低剂量组并不改变SOD活性。结论:低剂量白藜芦醇对侧脑室注射花萼海绵诱癌素引起的空间记忆障碍具有预防作用,其机制可能与减轻花萼海绵诱癌素引起的树突损伤有关。     

成都地区铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌耐药性变化分析

目的了解成都中医药大学附属医院2012~2014年分离的铜绿假单胞菌及鲍曼不动杆菌耐药性的动态变化,为临床合理制订抗菌方案提供依据。方法对成都中医药大学附属医院2012年1月至2014年12月住院患者送检临床标本进行常规细菌培养,对临床分离病原菌采用梅里埃VITEK-2Compact系统进行细菌鉴定和药敏试验。结果铜绿假单胞菌对多种抗菌药物的耐药率呈逐年下降趋势,2014年下降尤为明显,对阿米卡星的最小抑菌浓度值呈逐年下降趋势。鲍曼不动杆菌对头孢唑啉、头孢曲松和呋喃妥因耐药率大于90.0%,对多种抗菌药物的耐药率2013年较2012年明显增加,但2014年与2013年相比增加不明显,甚至有所下降。结论在成都中医药大学附属医院,铜绿假单胞菌耐药性并非逐年加重,反而有所改善。鲍曼不动杆菌耐药情况较为严重,但未出现继续增加趋势,对两种细菌的耐药性应继续监测。     

基于生物信息学分析的结肠腺癌预后微小RNA的鉴定与预后预测模型构建

背景与目的 结肠腺癌（COAD）是癌症相关死亡的主要原因之一,准确预测COAD患者预后,评估COAD生存风险因素尤为重要。微小RNA（miRNA）通过靶向下游mRNA广泛参与肿瘤生物学行为调控,已成为具有应用研究前景的标志物。本研究旨在通过生物信息学方法鉴定COAD预后miRNA并构建预后预测模型,为COAD预后判断和制订个体化治疗方案提供参考。方法 从TCGA数据库中下载COAD患者的临床信息以及miRNA-seq数据,获取差异的miRNA。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型获得关键预后miRNA,用多因素Cox回归模型构建风险评分计算公式。利用Kaplan-Meier方法分析高、低风险评分患者的生存状态;ROC曲线评估风险评分的敏感度及特异度,并且从样本中随机抽取50%的病例做内部验证。采用预后风险模型列线图模型确定COAD患者临床病理参数及风险评分。使用Targetscan及miRDB数据库对预后miRNA模型进行靶基因预测以及利用String数据库进行蛋白与蛋白互作网络分析。结果 差异表达分析获得320个miRNA,其中167个上调,153个下调。利用单变量和多变量Cox比例风险回归对差异的miRNA进行分析,发现miR-503-5p、miR-335-3p、miR-185-5p、miR-4436b-5p、miR-125b-2-3p为COAD患者关键预后miRNA。结合风险评分的生存分析结果显示,高风险评分患者预后明显差于低风险评分患者（P=0.005 6）,在随机抽取的内部验证组中也得到验证（P=0.014）。1、3、5年风险评分模型ROC曲线下面积（AUC）分别为0.666、0.724、0.707,内部验证组分别为0.681、0.699、0.703。Cox回归分析显示,建立用于预测COAD患者预后预测列线图的一致系数为0.836。单因素和多因素Cox分析显示,在建模组及内部验证组中风险评分是COAD的独立预后因素（均P<0.01）。miRNA靶基因预测获得87个靶基因。蛋白与蛋白互作网络分析获得10个蛋白质互作的关键基因。结论 所建立COAD预后miRNA模型以及基于年龄、AJCC分期、T分期、放化疗以及风险评分等因素构建的列线图将较准确地预测COAD的风险,对鉴定高或低风险患者、精准预测预后及评估患者生存风险提供理论基础。     

实时荧光定量PCR快速检测细菌对抗菌素敏感性与耐药性表型的方法建立

目的 建立快速检测细菌对抗菌素的敏感性与耐药性表型的实时荧光定量PCR(qPCR)方法。方法 用基于细菌16S rRNA基因通用引物和通用探针的qPCR检测大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌临床分离菌株基因组DNA,绘制生长曲线以确定细菌显著生长的最短培养时间。计算细菌在含和不含抗菌素的M-H肉汤中的相对生长率,以VITEK 2 Compact 全自动细菌分析系统的药敏结果为金标准,对细菌相对生长率进行ROC曲线分析,确定区分细菌对抗菌素敏感与耐药的相对生长率分界值。用20株肠杆菌科细菌和10株革兰阳性球菌临床分离菌株验证方法的可靠性。结果 细菌显著生长的最短培养时间为3小时。区分大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌对抗菌素敏感与耐药的相对生长率分界值分别为0.44、0.40和0.48本方法检测30株大肠埃希菌对3种抗菌素的敏感性和耐药性的准确度分别为98.4%和100.0%,30株金黄色葡萄球菌对3种抗菌素的敏感性和耐药性的准确度均为100.0%,30株铜绿假单胞菌对3种抗菌素敏感性和耐药性的准确度分别为60.0%和64.0%。20株肠杆菌科细菌和10株革兰阳性球菌对抗菌素的敏感性与耐药性结果的总准确度分别为92.7%和93.3%。结论 本方法能快速准确为临床提供肠杆菌科细菌和革兰阳性球菌对抗菌素的敏感性与耐药性表型,但对非发酵菌药敏结果的准确性不能满足临床要求。     

实时荧光定量PCR快速检测无菌性体液革兰阳/阴性细菌感染

目的　探讨将实时荧光定量PCR（qPCR）检测细菌16S rRNA基因用于快速判断无菌性体液革兰阳/阴性细菌感染,并评价其分析性能。方法　以细菌16S rRNA基因为目标设计通用引物、通用探针及革兰阴性（GN）菌探针,对14种标准菌株、20种临床菌株、白色念珠菌、乙型肝炎病毒(HBV)、人基因组及阴性对照进行qPCR检测,评价该方法引物和探针的通用性和特异性及检测限。以104 cfu/ml菌悬液、阴性对照的循环域（Ct）值99%置信区间下限分别作为尿路、其他无菌性体液细菌感染判定的分界值。用271例临床无菌性体液标本评价qPCR法的临床效能。结果　通用探针-qPCR,所有实验菌株检测为阳性。GN探针-qPCR,所有实验革兰阴性菌株检测为阳性。通用探针的检测限为1×101～1×102 cfu/ml。GN探针的检测限可低至1.0×101 cfu/ml。判定尿路、其他无菌性体液细菌感染的分界值分别为23.76、29.37。结论　应用细菌16S rRNA基因通用探针和GN探针的qPCR方法通用性好、特异性强、检测限低,可快速检测临床无菌性体液常见细菌感染,为临床提供准确、可靠的病原学诊断依据。     

南海深海沉积环境来源真菌Aspergillus sp. SCSIO F063的次生代谢产物研究

目的 采用单株菌多次级代谢产物(OSMAC)策略对一株南海深海沉积环境来源真菌的次生代谢产物进行分离、鉴定及活性研究。方法 通过改变培养基组成并筛选合适的发酵条件,采用硅胶柱层析、反相ODS柱层析、半制备高效液相等色谱学方法对真菌Aspergillus sp. SCSIO F063的发酵产物进行化学分离,利用NMR, MS等波谱学技术并结合文献进行化合物的结构鉴定,并对化合物进行初步的抗氧化活性测试。结果 从菌株SCSIO F063中新增分离鉴定5个单体化合物： 6-O-methyl-averythrin(1), (2,4-dichlorophenyl)-2,4-dichlorobenzoate(2),dibutyl phthalate(3),folipastatin(4),di-(2-ethylhexyl)-phthalate(5)。结论 改变培养基组成可以刺激该菌株产生不同类型的化合物,化合物1-5为首次从真菌SCSIO F063中分离得到。