北京市2008年肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析

目的了解北京市2008年手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）流行期间,人肠道病毒71型（Human Enterovirus71,HEV71）分离株的VP1编码区基因特征。方法采集发病1～3d的咽拭子标本33份,采用人横纹肌肉瘤（Human Rhabdomyosarcoma,RD）细胞进行EV分离,用特异引物通过逆转录-聚合酶链反应扩增进行毒株鉴定。对分离到的HEV71进行VP1编码区全长扩增,并对扩增产物采用双脱氧链终止法进行序列测定,Bioedit7.0.5和Mega3.1软件进行序列比对和系统进化树分析。结果从33份咽拭子标本中共分离到16株病毒,经鉴定：HEV7114株,柯萨奇病毒（Coxsackie Virus,CV）A组16型（CVA16）2株,其中1例为HEV71和CVA16混合感染。对10株HEV71进行了VP1编码区全序列测定,10株病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.5%～100%和98.9%～100%;与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.4%～99.1%;与C4基因型代表株的核苷酸序列同源性〉92%。基于HEV71的VP1编码区核苷酸序列构建亲缘性关系树,北京市2008年流行株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型中的C4a分支;且10株病毒处于四个相对独立的进化分支。结论北京市2008年从HFMD患儿分离的HEV71均为C4亚型,且属于2004年以来我国的优势分支——C4a。亲缘性分析提示,此次流行中至少存在4个HEV71传播链。由于近年来HEV71在中国持续大规模流行,迫切需要对HEV71进行连续的分子流行病学监测,及时阐明现阶段流行毒株的基因特征,为疾病预防控制提供病毒学依据。     

偶然分支杆菌暴发皮肤感染的分子流行病学研究

[目的]研究因肌肉注射暴发皮肤感染的分子流行病学特征。[方法]采用PCR、RFLP和DNA斑点杂交技术,进行临床分离株鉴定。[结果]29株偶然分支杆菌临床分离株均被PCR扩增出一条470bp的DNA条带,DNA探针杂交也出现特异的杂交斑点。[结论]16s-23srDNA间隔区序列PCR扩增及DNA探针杂交确认引起此次感染的致病菌为偶然分支杆菌,该方法具有灵敏、特异的特点。     

云南省2008-2009年HIV-1病毒株亚型分布

目的 了解云南省目前HIV-1流行株的基因型及其地区和人群分布。方法 收集2008-2009年云南省15个地市788例HIV感染者/艾滋病患者（HIV/AIDS）的血浆标本和背景信息,采用RT-PCR法分别扩增HIV-1 gag、pol全长基因（1584 bp和3147 bp）及env基因的C2V3片段（558 bp）,序列编辑后用Genotyping及Mega 5.03软件工具确定病毒基因型,分析HIV-1株的地区和人群分布特征。结果 788例标本获得1728条HIV-1基因序列,其中全长gag基因序列599条、全长pol基因序列564条、env基因C2V3区序列525条,确定617例基因亚型,构成比分别为CRF08 BC（50.2%）、CRF01 AE（25.0%）、未知重组（10.2%）、CRF07_BC（9.2%）、C亚型（2.9%）和B（B''）亚型（2.4%）。HIV-1株在云南省具有地域分布特征,可分为以临沧和昆明为代表的CRF08_BC为主的地区,以德宏和西双版纳为代表的CRF08_BC与CRF01 _AE构成比相近的地区;未知重组型在云南省少数民族中所占比例（17.0%）显著高于汉族（6.7%）;异性性传播感染者和静脉注射吸毒感染者的CRF08 BC亚型均占总数的50.0%以上,但前者CRF01_AE的构成比占约30.0%,后者未知重组型和CRF07 BC的比例分别达到约15。0%。未知重组病毒株呈现两种重组模式,分别为B（B''）/C重组和以CRF01 AE为母株嵌入B（B''）和/或C片段重组,并以前者为主（74.6%）。结论 云南省HIV-1株组成复杂,具有显著的地域、民族和传播途径相关的特征,并出现新型重组病毒株,应密切监测。     

我国伤寒沙门氏菌的分子流行病学特征Ⅰ．我国部分地区伤寒沙门氏菌的多位点酶电泳研究

通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＰＡＧＥ）分析了我国部分伤寒高发省份在不同年代分离到的３３５株伤寒菌的七种染色体编码的多位点代谢酶。结果发现这七个酶位点均有多态性。其平均等位基因数为７．４（２～１９）；平均遗传多态度为０．４９８（０．１９８～０．８８３）。３３５株伤寒菌的七个酶位点电冰结果通过排序和数值分类可分为１４７个不同的电泳型（ＥＴｓ）．根据对ＥＴｓ进行聚类分析以及聚类时不相似系数曲线变化情况，把１４７个ＥＴｓ归属于２２个不同的亚克隆系，１２个克隆系，进一步的分析发现，不同地区、不同年代、不同来源的菌株有其规律性，１９８８年的江苏、浙江菌株大部来自同一克隆系；１９９０年的广西菌株和１９９０年的部分湖北菌株也为同一个克隆系菌株。不同年代分离的湖南和贵州菌株之间具有较近的亲缘性；而新疆菌株则有相对的独立性。同时结果还显示同一次伤寒爆发或流行中分离到的菌株均来自一个亚克隆系。