初步研究我国土拉菌的亚种及遗传进化关系

目的研究我国土拉弗朗西斯菌（土拉菌）亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法对于来源于我国北方地区的10株土拉菌,采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR,根据扩增产物片段长度来判断所属亚种;同时,使用fopA、tul4和16SrRNA引物,进行3种特异基因的PCR,然后测序;这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp.novicida,应用MEGA4软件,进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果采用2种型特异引物C1C4和RD1,鉴定10株土拉菌均为B型亚种;根据MEGA4构建的进化树,我国10株土拉菌可以分为2种基因型,410108、410109和410111为B1型,另外7株土拉菌为B2型;而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主,对于土拉菌B型亚种的起源,我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。  

两种基因型流行性乙型脑炎病毒在上海市共同流行

目的掌握上海市流行性乙型脑炎(乙脑)病毒基因型别特征。方法 2002-2005年在上海市奉贤县养猪场采集蚊虫标本,研磨处理后分离病毒,完成病毒细胞学、动物学、血清学及分子生物学鉴定。测定病毒全基因组序列,应用ATGC、ClustalX(1.83)、MegAlign、GeneDoc3.2和Mega5.0等生物学软件完成序列拼接、比对、核苷酸与氨基酸同源性分析、系统进化分析。结果共采集38347只蚊虫标本,主要是三带喙库蚊。分离到13株乙脑病毒。测定13株乙脑病毒全基因组序列,结合上海市其他年份分离的乙脑病毒及涵盖5个基因型别的其他乙脑病毒全基因组序列,通过系统进化分析发现,上海市2001、2003、2005和2007年分离的乙脑病毒属于基因Ⅰ型,2004年和2006年分离的乙脑病毒属于基因Ⅲ型。结论 2种基因型别乙脑病毒(Ⅰ、Ⅲ型)在上海市共同流行。  

湖北省部分地区2009年蚊传虫媒病毒调查

目的调查湖北省部分地区蚊传虫媒病毒种类和分布状况。方法 2009年夏季在湖北省黄冈市武穴市和咸宁市通城县采集蚊虫标本,用组织培养法分离病毒,用血清学和分子生物学方法对阳性病毒分离物进行鉴定,利用生物信息学软件对新分离病毒进行序列同源性和系统进化分析。结果采集到3属5种9424只蚊虫标本,阳性4株(HBTC0913、HBTC0917、HBTC0919和HBTC0921),经血清学和分子生物学鉴定均为版纳病毒;版纳病毒第12节段分子进化分析显示,4株新分离版纳病毒与中国北京、云南和内蒙古地区以及越南的分离株处于同一亚群,而印度尼西亚分离株处于另外一个进化群中;新分离株与其他分离株相比,第12节段编码区核苷酸同源性为87.2%～89.8%,氨基酸同源性为86.1%～90.9%。结论在湖北省分离到版纳病毒,与中国云南毒株YN6的进化关系较近。  

河南省2010年肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的对河南省2010年手足口病监测标本进行病原分离及VP1基因测序,了解分离病毒的基因特征及分子流行病学特点。方法将2010年收集的手足口病患者粪便标本和肛拭子标本840份进行病毒分离鉴定并对34株病毒分离株测定肠道病毒71型VP1全序,利用生物信息学软件对序列分析,构建序列系统进化树。结果测序获得34株来自河南省11个地市的VP1全长序列,分离株间的VP1区核苷酸相似性为96.3%～100%,系统进化分析显示属于C4基因型的C4a亚群,所有分离株均处于同一进化分支,轻重症间无明显差别。在2003~2009年的河南省和其他7省亦发现有C4a亚群存在。结论 2010年河南EV71分离株为C4基因型的C4a亚群,河南省2008年以来的分离株与2004年以来的中国大陆优势株流行趋势完全一致。  

湖北省部分地区2010年蚊传虫媒病毒调查

目的继续调查湖北省蚊媒和病毒种类及其分布状况。方法 2010年夏季在湖北省恩施州、神农架林区、江陵县和随州市采集蚊虫标本,用组织培养法分离病毒,用血清学和分子生物学方法对阳性病毒分离物进行鉴定,利用生物信息学软件对新分离病毒进行序列同源性和系统进化分析。结果采集到3属4种12 845只蚊虫标本,共分离到38株阳性分离物,经血清学和分子生物学鉴定,32株阳性分离物为流行性乙型脑炎病毒(JEV),5株阳性分离物为盖塔病毒,1株为JEV和盖塔病毒感染混合株。JEV E基因序列进化分析显示新分离JEV均为基因Ⅰ型JEV。盖塔病毒NS2基因序列进化分析显示新分离病毒与中国河北省和韩国毒株同源性最高,与俄罗斯分离株进化关系较远。结论首次在湖北省分离到盖塔病毒,并再次在湖北省分离到基因Ⅰ型JEV。  

青岛市急性呼吸道感染儿童中人副流感病毒3型血凝素-神经氨酸酶基因特征分析

探讨山东省青岛市地区急性呼吸道感染患儿人副流感病毒3型(HPIV-3)的感染情况, 并分析HPIV-3血凝素-神经氨酸酶蛋白(HN)基因特征。本研究为横断面研究, 青岛市妇女儿童医院、青岛大学附属医院西海岸院区及崂山院区在2018年1月至2019 年12月期间, 每月随机采集急性呼吸道感染(ARTI)儿科患者的咽拭子样本, 总共1 674份, 采用多重实时荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法, 筛查HPIV-3阳性样本。采用巢式PCR方法扩增HPIV-3阳性样本HN全长基因并进行序列测定, 序列结果与GenBank中HPIV-3的代表株进行对比分析, 建立系统进化树。结果显示, 1 674份咽拭子样本中, HPIV-3阳性有90份, 检出率为5.37%, 其中, 6岁以下儿童占97.78%(88份)。HPIV-3阳性病例主要分布在春季和夏季。通过巢式PCR方法扩增得到44株HPIV-3 HN基因全长序列, 序列比对及进化分析表明, HPIV-3 HN基因属于C3基因亚型的C3a和C3b分支, 其中, C3a亚型有30株, C3b亚型有14株。44株青岛分离株之间的核苷酸和氨基酸...  

天津市2015年HIV流行和传播的分子流行病学特征分析

目的 了解2015年天津市HIV流行株的亚型分布和传播特点。方法 从77例新报告未治疗且CD₄⁺T淋巴细胞计数≥200个/μl的HIV-1感染者，提取血浆中RNA，应用反转录和巢式PCR扩增HIV的pol和env区，并测序进行相关分子生物学分析。结果 共获得63例样本的HIV毒株序列结果，亚型依次为CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF55_01B和其他独特型二代重组毒株，分别占46.03%（29/63）、30.16%（19/63）、11.11%（7/63）、4.76%（3/63）和7.94%（5/63）；感染者以性传播为主，其中又以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主，除异性传播无B和CRF55_01B亚型外，同性和异性传播者的亚型分布无明显差别。重组毒株的构成比为88.89%（56/63），并首次发现的二代重组亚型8例，包括3例CRF55_01B、2例AE/BC、1例AE/B和1例新型的AE/B/C重组均为男男同性传播；1例AE/BC重组为异性传播。HIV感染者中传播耐药率为5.3%，均为NNRTI类监测性耐药突变L100I；进化分析中3对pol区Bootstrap值均≥98%，env区Bootstrap值均≥80%，调查显示3对样本来源确认有性伴传播关系。结论 天津市HIV感染者中重组毒株不断增加并广泛流行，性传播者中HIV新型二代重组和耐药毒株不断产生并在不同人群和不同地区间传播，应引起高度重视。  

基于第12节段基因序列的版纳病毒分子遗传进化分析

目的 了解自1980-2012年在世界各地分离的版纳病毒分子遗传进化特征。方法 采用多种生物信息学分析方法，对1980-2012年我国及世界各地分离的版纳病毒进行基于第12节段基因序列的系统进化、分子溯源分析。结果 版纳病毒的共同进化祖先出现时间为315（95% HPD：63～619）年前，第12节段的进化速率为2.33×10^-3（95% HPD：2.84×10^-4～8.52×10^-3）碱基替换/位点/年，提示版纳病毒属于新发快速进化的虫媒病毒。结论 版纳病毒属于快速进化的新发虫媒病毒，其地域分布范围进一步扩大且已经分化出新的病毒变种，应加强对该病毒在自然界分布及其致病性的监测。  

2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析

目的 分析河南省柯萨奇病毒B5(cvBs)分离株全基因序列,了解其遗传特性。方法 采集2例脑炎患者临床标本,分离病毒,提取病毒阳性分离物RNA,进行RT-PCR扩增,产物直接测序。利用DNAStar 5.01和Mega 5.05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析。结果 获得2株CVB5分离株(03001N和17Y)全基因组序列,核苷酸长度分别为7408bP和7404 bP,两者核苷酸同源性为97%,同2010年河南CVB5分离株同源性最高,分别为98%和99%。5-UTR分别为747 bP和743 bP<；3-UTR区均为103 bP；病毒基因组编码区全长同为6558 bP,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白,氨基酸同源性为99%。VPl区系统发生树分析显示,2株CVB5分离株进化关系较近,同近年来国内其他分离株成一簇,而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇。结论河南省内存在不同CVB5株传播链的流行,此次分离株为近几年内的主要流行株。  

内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒（HV）的遗传特征及其与汉滩病毒（HTNV）和汉城病毒（SEOV）型HV之间的关系，确定哈巴罗夫斯克病毒（KHAV）的自然宿主。方法 采用RT-PCR检测HV核酸、特异性引物扩增S、M基因并测序及进行序列分析。结果 共捕获52只莫氏田鼠，其中5只为HV核酸阳性，带毒率为9.62%。经PCR扩增，5份HV阳性样本获得全S基因片段，2份阳性样本全M基因片段；S基因片段由1848~1861bp组成，M基因片段由3662bp组成。核苷酸序列同源性分析显示，病毒与KHAV具有高度同源性（S基因片段为92.5%~96.4%，M基因片段为88.9%~95.4%），与其他型HV的差异较大。将核蛋白（NP）和糖蛋白（GP）氨基酸序列与HTNV和SEOV进行比较，NP具有一致的二级结构，GP存在明显的差异。用全S与全M的核苷酸序列构建系统进化树，这些病毒均与KHAV聚集在一起，构成一个独立的分支。KHAV分为2个小分支，核昔酸差异＞5.3%。结论 内蒙古牙克石地区存在KHAV的流行，莫氏田鼠是KHAV的自然宿主。