基于多因子降维法的肺结核易感基因-基因交互作用研究

目的 分析宁夏银川地区肺结核易感基因间的交互作用.方法 结合前期病例对照研究结果(PCRRFLP法检测肺结核易感基因MCP-1、CCR2、VDR、NRAMP1-3'UTR、NRAMP1D543N、NRAMP1INT4及MBLG54A分型,银川地区肺结核病例271例,健康对照299例),运用MDR法分析肺结核易感基因-基因交互作用模型.结果 有统计学意义的最佳交互模型包含VDR基因和CCR2基因,该模型的检验样本准确度为0.6248,交叉验证一致性的结果为10/10.结论 VDR基因和CCR2基因可能协同增强了宿主对结核杆菌的易感性,从而增加了宿主肺结核病的患病风险.     

基于多因子降维法的肺结核易感基因—基因交互作用研究

目的分析宁夏银川地区肺结核易感基因间的交互作用。方法结合前期病例对照研究结果（PCR-RFLP法检测肺结核易感基因MCP-1、CCR2、VDR、NRAMP1-3’UTR、NRAMP1D543N、NRAMP1INT4及MBL-G54A分型,银川地区肺结核病例271例,健康对照299例）,运用MDR法分析肺结核易感基因—基因交互作用模型。结果有统计学意义的最佳交互模型包含VDR基因和CCR2基因,该模型的检验样本准确度为0.6248,交叉验证一致性的结果为10/10。结论 VDR基因和CCR2基因可能协同增强了宿主对结核杆菌的易感性,从而增加了宿主肺结核病的患病风险。     

ESR1基因与5-HTT基因多态性的交互作用对女性围绝经期抑郁障碍的影响

目的 通过多因子降维法(MDR)模型探讨雌激素α受体(ESRl)基因与5-羟色胺转运体(5-HTT)基因多态位点的交互作用对围绝经期首发抑郁障碍的影响.方法 采用病例-对照研究,通过对在妇科门诊就诊的围绝经期汉族女性人群进行抑郁障碍筛查及诊断,最终共纳入围绝经期抑郁障碍患者63例(病例组),围绝经期健康女性131例(对照组).采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性( PCR-RFLP)法对5-HTT基因启动子区域多态(5-HTTLPR)位点、第2内含子上可变数目串联重复序列多态位点(Stin2)及ESR1基因第1内含子上限制性内切酶PvuⅡ(rs11155815)和Xba Ⅰ (rs11155816)多态位点进行基因分型.应用MDR软件对两基因交互作用与围绝经期首发抑郁障碍的关联进行分析.结果 病例组与对照组5-HTTLPR位点各基因型分布频率差异具有统计学意义(P=0.032),患病与L/L基因型呈正相关(OR=3.52,95％CI为1.36～9.09)；而两组间Stin2位点、PvuⅡ位点及XbaⅠ位点各基因型分布频率比较,差异无统计学意义(P＞0.05).基因交互作用分析结果显示,5.HTT基因及ESR1基因上的4个多态位点的交互作用与抑郁障碍存在关联(P＜0.05),其中最优模型为5-HTTLPR与Xba Ⅰ多态位点交互作用与疾病的关联模型(x2 =9.24,p =0.010).结论 5-HTT基因与ESR1基因多态交互作用可能增加女性围绝经期抑郁障碍患病的风险.     

环境因素与基因交互作用和非综合征性唇腭裂关系研究进展

非综合征性唇腭裂( nonsyndromic cleft of lip with or without palate,NSCL/P)是一种病因十分复杂的先天性缺陷。尽管对于综合征性唇腭裂的病因已经有明显的进展,但是对于更加常见的NSCL/P病因的研究仍然十分匮乏。目前已经明确了许多基因和环境因素对NSCL/P有影响,并且还有一些报道基因和环境因素的交互作用对NSCL/P发生的影响,但是对于NSCL/P的病因,仍然有很大的争议。本文主要对基因和环境的交互作用对NSCL/P的影响进行综述。     

多基因交互作用对急性脑卒中患者发生阿司匹林抵抗的预测价值

目的 探讨6种基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的交互作用对急性脑卒中患者发生阿司匹林抵抗(aspirin resistance,AR)的预测价值。方法 收集病案系统中2018年1月1日-2020年4月30日于厦门大学附属第一医院住院的急性脑卒中患者,根据最大血小板聚集率分为AR组和阿司匹林敏感(aspirin sensitivity,AS)组。选取COX-1(rs1330344、rs3842788)、GPⅡb(rs5911)、GPIBA(rs6065)、HO-1(rs2071746)和PEAR1(rs12041331)共6个SNPs,采用SPSS统计软件和广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)进行分析。结果 92例急性脑卒中患者中AR组15例(16.3%),AS组77例(83.7%),2组之间各SNPs基因型频率分布差异无统计学意义。GMDR分析显示,rs2071746、rs12041331和rs1330344三阶基因交互模型为AR风险的最优模型(交叉检验一致性为10/10,符号检验值为P=0.010 7),Logistics回归分析结果表明,上述3种SNPs的交互作用可增加AR风险[OR=30.917,95% CI (3.842,248.781),P=0.001]。结论 rs2071746、rs12041331和rs1330344的多基因交互作用增加了急性脑卒中患者AR发生的风险。     

三种遗传性耳聋基因交互作用与高频听力损失易感性的关系

目的探讨EYA4基因、粒状头样2(grainyhead-like-2,GRHL2)基因和原钙黏蛋白15(protocadherin 15,PCDH15)基因的交互作用与噪声性高频听力损失(noise-induced high-frequency hearing loss,NIHL)之间的关系。方法将双耳高频平均听阈≥40 dB(A)的343名噪声作业工人作为观察组;按匹配标准,选择双耳高频平均听阈及平均语频均25 dB(A)的343名噪声作业工人作为对照组。应用条件Logistic回归方法探讨基因单个位点与NIHL易感性之间的关系,应用广义多因子降维法(generalized multiple dimensionality reduction,GMDR)分析基因—基因之间交互作用对NIHL易感性的作用。结果在校正吸烟、饮酒、高血压和身高因素后,EYA4基因rs3813346位点在共显性、显性和隐性遗传模型下与NIHL关联(P值分别为0.012、0.024和0.043);GRHL2基因rs3735715位点在共显性和显性遗传模型下与NIHL关联(P值分别为0.047和0.046)。PCDH15基因rs11004085 CT基因型与TT基因型相比,发生NIHL的风险增加。EYA4基因的rs3813346、rs9321402和GRHL2基因rs3735715间的交互作用可能与NIHL之间存在关联(P=0.012),交叉验证一致性和预测准确率均为最高,分别为10/10和54.47%。结论 EYA4基因和GRHL2基因可能通过独立和/或交互作用与NIHL易感性之间发生关联。     

大骨节病家庭聚集性和同胞对遗传度分析

目的 探讨大骨节病(KBD)家族聚集性,了解遗传因素在大骨节病发病中的作用.方法 采用分层抽样法对麟游县14个自然村进行KBD的诊断和家系的调查,分析家庭聚集性;225例KBD先证者为按照抽样比为1/2的系统抽样法获得,对304例同胞用Li-Mantel-Grart法计算大骨节病分离比,用Falconer回归法估算不同年龄段同胞对遗传度和加权平均遗传度.结果 大骨节病家族中实发病数超过了二项分布的理论概率范围(P<0.001),即大骨节病有明显的家庭聚集性;病例组同胞对患病率为19.41%(59/304),与病区的10.90%(1180/10823)比较,差异有显著性(x2=1.62,P<0.0001);大骨节病分离比为0.061,同胞对的遗传度为28.61%.结论 :大骨节病有明显的家庭聚集性,符合环境-基因交互作用的复杂性疾病,大骨节病发病的危险因素中,遗传易感性因素约占1/4.     

配对病例对照研究基因与基因交互作用样本量的确定

目的 采用配对病例对照研究探讨基因与基因交互作用所需的样本量。方法 logistic回归分析原理建立两基因与一种疾病相关性模型,以模拟参数值回代计算样本量,计算过程以QUANTO软件完成。结果(1)基因交互作用越大,所需样本量越少;基因型分布频率P_r为35％(相当于显性遗传模型易感基因频率等于0.20、阴性遗传模型易感基因频率等于0.60)时,基因交互作用的样本量最少:如两基因主作用均为2,基因交互作用为2时样本量为700例;基因交互作用为5时样本量为200例。(2)探讨基因主作用与探讨基因交互作用所需的样本量不同。结论 提供了可供查阅的两基因交互作用样本含量值。     

CETP TaqIB、KCNE1 S38G和eNOS T-786C基因多态性与非瓣膜性心房颤动的关联研究

目的 研究浙江省汉族人群胆固醇酯转运蛋白基因TaqIB(CETP TaqIB)、心肌缓慢延迟整流钾离子通道(Iks)β亚单位基因S38G(KCNE1 S38G)和内皮型一氧化氮合酶基NT-786C(eNOS T-786C)遗传多态性与非瓣膜性心房颤动(房颤)易感性的关联.方法 选取非瓣膜性房颤患者147例,病区对照147例,采用聚合酶链反应.限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴定CETP TaqIB、KCNE1 S38G和eNOS T-786C遗传多态性的基因型和等位基因分布.结果 (1)CETP B1等位基因频率在非瓣膜性房颤组明显高于对照组,差异有统计学意义(OR=1.763,95%CI:1.247～2.492,P=0.002);(2)logistic回归分析:校正性别、年龄、高血压、吸烟、BMI等混杂因素之后,CETP TaqIB基因多态性在病例组和对照组之间差异具有统计学意义;(3)多因子降维法分析表明,CETP TaqIB、KCNE1 S38G和eNOS T-786C存在交互作用,3个基因多态性同时存在危险度优势比为CETP TaqIB单独存在时的1.849倍.结论 CETP B1等位基因是非瓣膜性房颤遗传易感性的独立危险因子.CETP B1等位基因、KCNE1 S38G等位基因和eNOS T-786C等位基因同时存在可能增加非瓣膜性房颤遗传易感性.