COL6A2基因3′-UTR区域功能单核苷酸多态性位点rs1044598参与miR-4252调节中国汉族人群先天性房间隔缺损

目的:探讨COL6A2基因3′非翻译区(3′-UTR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对先天性房间隔缺损(congenital atrial septal defect,ASD)发病风险的影响及其可能的作用机制?方法:搜索PubMed及Hapmap数据库获得COL6A2基因3′-UTR区域中国汉族人群最小等位基因频率>0.05的SNP位点,随后通过miRNA-SNP功能网站预测SNP位点的功能情况并与本课题组前期ASD全基因组关联研究数据库比对,研究SNP位点与ASD的发病关联,最后对可能的功能位点进行功能学研究?结果:rs1044598位点AA基因型较野生TT基因型显著减少了36%的患病风险?HEK293T细胞?H9C2细胞以及SD乳鼠原代心肌细胞荧光素酶报告基因转染实验证实,miR-4252与COL6A2基因rs1044598不同基因型表达质粒共转染后,荧光强度在3个细胞系中均有显著差异 (P < 0.05)?结论:COL6A2基因rs1044598位点的变异可能与ASD的发病风险相关?miR-4252可通过与COL6A2的3′-UTR区域发生有效结合而下调基因的表达,而rs1044598位点的变异参与这一机制并减少ASD的发生?     

肺癌、鼻咽癌及神经胶质瘤中全基因组关联研究文献计量和分析

目的 分析肺癌、鼻咽癌和神经胶质瘤全基因组关联研究（GWAS）英文文献的数据构成特征。方法 国际最新GWAS 研究数据库之一——美国国立人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute ，NHGRI）数据库进行数据挖掘。结果 运用文献计量学方法客观分析了NHGRI 的文献分布特点、第一、二阶段样本量、染色体区域相关SNP、对照组相关风险等位基因频率、P 值文献中最强SNP、优势比（odds ratio ，OR）或β相关系数和实验平台及检测SNP 数量八项数据，找出了呼吸系统肿瘤、头颈部肿瘤和脑肿瘤GWAS 的一些共性特征。结论 5号和6号染色体区域SNP多态性可能是呼吸系统肿瘤、头颈部肿瘤和脑肿瘤遗传易感区域，深入此易感区域研究能为阐述肿瘤发生和治疗预后评估提供一定线索。     

基于全基因组关联研究的乳腺癌预后预测研究现状

全基因组关联研究可用于确认与某些复杂疾病相关的单核苷酸多态性位点，目前运用该方法已鉴定出多个乳腺癌易感基因位点，通过该方法对高风险位点的研究或许能为乳腺癌预后的预测提供重要信息。笔者总结了基于全基因组关联研究的乳腺癌预后预测的研究现状，以期为乳腺癌的治疗提供参考。     

自组织神经网络在长寿基因研究设计中的应用：巢式病例对照研究样本选择

目的 应用自组织神经网络为长寿研究选择对照组，以改进长寿基因研究设计。方法 本研究基于2013年中国慢性病及其危险因素监测与全国死因监测数据融合形成的自然人群队列，纳入年龄≥90岁的老年人或年龄<80岁且已死亡的汉族人群（对照组），排除死于伤害、传染病、寄生虫病和恶性肿瘤的个案，利用自组织神经网络方法，通过多次迭代和自组织聚类，选取人口学特征、患病、生活习惯、社会行为、精神心理等多方面因素相似的≥90岁老年人和对照组，开展全基因组测序。研究采用PLINK 1.9软件评估测序数据质量，开展常染色体上的单核苷酸多态性（SNPs）和长寿的logistic回归，用Q-Q图可视化SNPs与长寿关联的P值。结果 研究从基线177 099例调查对象中筛选出1 019例人群基因组样本开展全基因组测序，其中长寿组517例、对照组502例。长寿组和对照组在吸烟、饮酒、饮食、睡眠时长、血脂水平和自评口腔健康状况总体相似，在社会经济状况、身体活动时间、BMI和自评健康状况差异较大。全基因组测序结果经质控，4 618 216个SNPs进入关联分析。长寿组相关SNPs分析结果P值的Q-Q图显示在P值1e-4的区域有明显小于预期P值的富集，P<1e-7区域也检出了显著信号。结论 自组织神经网络可综合考虑社会经济和生活行为方式的影响，从大规模自然人群队列中有真实死亡年龄和死亡原因的样本中选取长寿对照样本，提高长寿基因组关联分析检验效能。本研究为大规模自然人群队列筛选样本开展巢式病例研究提供了方法学参考。     

心血管疾病易感基因分子预警

心血管疾病(CVD)是由遗传和环境因素共同作用所致的一种多基因疾病。近年来,基于候选基因分析和全基因组关联研究已发现了一系列与CVD相关的易感基因,这些易感基因能否成为CVD早期诊断的指标和预防的靶点已成为研究者关注的焦点。了解CVD相关的易感基因研究现状和问题,对更好地解释其遗传变异,进一步应用于临床尤为重要。     

糖尿病遗传学研究进展——2010年美国糖尿病协会年会侧记

在2010年美国糖尿病协会(ADA)年会中,糖尿病遗传学的相关报道引人瞩目,由于全基因组关联技术的广泛开展,人们得以开展多中心、大样本、反复验证的基因与糖尿病的关联研究,全面揭示与糖尿病发生、发展及治疗相关的遗传基因.这次大会中报道了许多新的1型及2型糖尿病发病相关基因位点,并发现一些基因多态性可影响糖尿病患者的空腹血糖及胰岛素敏感性.另外,有关磺脲类、噻唑烷二酮类、二甲双胍药物的疗效及安全性的遗传学研究也收获颇丰,从而为利用基因检测技术指导个体化治疗带来了希望.此外,人们发现基于多个高风险基因的遗传风险评分可提高对2型精尿病患者冠心病发病的预测能力.     

全基因组关联研究文献特征分析

目的 分析全基因组关联研究(GWAS)英文文献的数据构成特征.方法 对国际最新GWAS研究数据库之一—美国国立人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute,NHGRI)数据库进行数据挖掘.结果 2005年开始出现GWAS文献,2005 - 2010年GWAS英文文献分别为2、8、89、151、229和314篇,预计2011年将超出400篇.结论 自2005年开始GWAS英文文献逐年增加,且显示出强劲的发展趋势.     

不同亚型缺血性卒中的遗传学

卒中是一类复杂性疾病,是多种环境因素和遗传因素共同作用的结果.随着分子生物学技术的发展,已发现大量与卒中相关的候选基因和易感区域.文章对不同亚型缺血性卒中的遗传学研究进展进行了综述.     

DNA混合池技术全基因组关联研究筛查主动脉夹层易感基因的研究

目的筛选主动脉夹层发病机制相关的遗传易感基因。方法选取主动脉夹层患者为病例组（150例），按照性别、年龄、是否吸烟、合并高血压、糖尿病情况与病例组匹配的原则入选排除主动脉夹层、重大心血管疾病及肿瘤的志愿者为对照组（250例），均从外周血提取基因组DNA，采用DNA混合池技术为基础的Illumina Human660W—Quad芯片扫描，筛选主动脉夹层发病相关的遗传易感基因。结果对照组女性数量明显多于病例组（P〈0．01）；在年龄、吸烟、高血压、糖尿病人数方面差异均无统计学意义（P〉0．05）。根据芯片扫描结果，挑选silhouettewidth计算值大于0．7，最小等位基因频率（MAF）大于0．05，且SNPs位于已知名称基因上的前5个SNPs位点。结果发现，遗传变异位点SNP rs2970873（位于PPARGClA基因）、SNP rs12678080（位于SGCZ基因）、SNP rs489526（位于UNCl3C基因）、SNP rs6928665（位于TRAM2基因）和SNP rs17837003（位于ACCNl基因上）可能与主动脉夹层的发病机制有关。结论SNPsrs2970873、rs12678080、rs489526、rs6928665和rsl7837003可能与主动脉夹层发病机制相关。     

烟雾病的遗传学研究进展

烟雾病(moy amoya disease,MMD)是一种少见的脑血管病,在东亚地区的发病率较高.MMD的发病机制目前仍不明确,但流行病学研究提示遗传因素在MMD发病中具有重要作用.文章就MMD相关基因的研究进展进行了简要综述.