COVID-19疫情下医院服务区分布与隔离点设置方法的初步探讨

目的 从空间设施布局优化的角度探讨疫情下的医院服务区分布与基于服务区设置集中隔离点的方法。 方法 基于Huff模型描绘了上海市三级医院的服务区空间分布;以最大化覆盖率为目标,采用位置分配模型预测医院选址的优化布局,设置潜在的候选位置。 结果 在上海市可收治病例的三级医院中,中心地区医院密度高;城乡医院服务区空间分布差异明显,郊区医院的服务区面积大;优化配置布局的结果显示,可在松江区中心新增1家医院,在浦东新区中间区域增加适量医院。 结论 结合医院服务区分布,隔离点可以设置于各街道中与所属医院相近的位置,明确出现病例时各个隔离点对应送往的医院。优化布局建议在松江区和浦东新区增加三级医院。     

基于环比增长率和空间约束聚类算法分析中国COVID-19疫情的风险现状

  目的   分析中国31个省、自治区、直辖市和新疆生产建设兵团(以下简称“31个省(区、市、兵团)”)新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019, COVID-19)疫情的近期防控态势, 基于各省份的疫情防控现状提出分区管理的设计建议。   方法   基于2020年1月25—2月8日中国31个省(区、市、兵团)COVID-19累计确诊病例数, 计算累计和新增确诊病例数的环比增长率, 并拟合随时间的线性函数得到环比增长率的线性趋势。进一步结合环比增长率的中位数(median, M)、标准差(standarddeviation, S)和累计确诊病例数进行AZP-SA(auto zone procedure with stimulate annealing, AZP-SA)的空间约束聚类, 对各省份疫情现状进行合理分区。   结果   中国31个省(区、市、兵团)累计确诊病例数的环比增长率在近期均呈现下降趋势。新增确诊病例数的环比增长率则没有呈现出明显的趋势方向。选择AZP-SA方法将中国31个省(区、市、兵团)分成8个区, 其中湖北及湖北周边省份属于疫情下降相对较慢的地区, 西北和北方省份疫情控制良好, 东部和东南省份的疫情控制效果处于两者之间。   结论   累计确诊病例数的环比增长率是衡量疫情短期趋势的良好指标, 基于累计确诊病例数及其环比增长率应用空间约束聚类可以对中国各省份的疫情现状进行划分, 为下一步的复工复产提供建议。     

2004-2020年中国伤寒/副伤寒流行病学特征分析

目的 分析2004-2020年我国伤寒/副伤寒发病趋势和流行病学特征,探索我国伤寒/副伤寒的高发人群和热点区域,为制定针对性的防控措施提供科学依据。方法 通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息系统下载2004-2020年全国伤寒/副伤寒监测数据,采用描述性流行病学方法和空间分析方法进行分析。结果 2004-2020年全国共报告伤寒病例202 991例,男女性别比为1.18∶1,发病人群以20~59岁中青年为主（53.60%）。伤寒发病率由2004年的2.54/10万下降至2020年的0.38/10万;2011年起,伤寒<3岁年龄组发病率均高于其他年龄组,发病率为1.13/10万~2.78/10万。<3岁年龄组和≥60岁年龄组发病占比逐年升高,分别由2004年的3.48%和6.46%上升至2020年的15.59%和19.34%。伤寒热点区域持续存在于云南省、贵州省、广西壮族自治区和四川省,并逐步扩大至广东省、湖南省、江西省和福建省。2004-2020年共报告副伤寒病例86 226例,男女性别比为1.21∶1,发病人群以20~59岁中青年为主（59.80%）。副伤寒发病率由2004年的1.26/10万下降至2020年的0.12/10万。2007年起,副伤寒<3岁年龄组发病率均高于其他年龄组,发病率为0.57/10万~1.19/10万。<3岁年龄组和≥60岁年龄组发病占比逐年升高,分别由2004年的1.48%和4.52%上升至2020年的30.92%和22.28%。副伤寒热点区域由云南省、贵州省、四川省和广西壮族自治区向东扩散至广东省、湖南省、江西省。结论 我国伤寒/副伤寒持续呈低流行水平,近年的发病率明显下降;发病热点区域主要集中在云南省、贵州省、广西壮族自治区和四川省,并向东部地区扩散,西南地区是防控的重点;<3岁婴幼儿和≥60岁老年人需重点关注。     

全球甲型流感病毒H5A1序列的分子进化研究

目的应用生物信息学数据库和工具,对现有的H5亚型甲型流感病毒全球分离株的H5A1抗原序列进化规律进行研究。方法下载NCBI Genbank和美国洛斯阿莫斯国家实验室流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H5A1序列,采用快速极大似然法绘制进化树,并用SRDT模型估计各分枝的进化速度与出现时间。结果H5A1序列的进化树可被分为两个各自独立进化的世系:美洲世系和欧/亚世系,它们在地域分布、序列位点等方面区别明显,且可被进一步细分为几大进化枝,野生禽类分枝和家禽株系分枝的进化速度存在明显差异,所有的人及其他哺乳动物感染株系则均来自于欧/亚世系的亚洲禽/人分枝。结论H5A1序列在野生禽类中已达到相对稳定的状态,其自然变异速度为(1.990~2.535)×10-3/位点/年,而家禽中的高毒力变异株进化速度明显加快。目前威胁人类的主要是1996年之后出现的亚洲变异株,且进化树结构提示该株系出现过多次禽/人跨宿主传播事件,值得对其位点特征进行深入研究。     

全球历年人甲型流感病毒H3A1抗原的分子进化研究

目的应用生物信息学数据库和工具，对现有的H3N2亚型人甲型流感病毒全球分离株的H3A1抗原序列进化规律进行分析研究。方法下载NCBI Genbank和流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H3A1序列，首先用两步聚类法进行样本拆分，随后分类绘制出完整的进化树。结果人H3A1序列呈现出单一主干的进化趋势，随着时间的推移，进化树结构和进化模型相关参数均呈现出一定的变化规律，关键变异株的出现则无明显的地域分布特征。结论人流感病毒H3A1抗原的进化主要是病毒抗原漂移和人类免疫选择相互作用的结果，新变异株的出现并未出现明显的地域倾向性，中国华南地区不应当被认为是H3亚型新变异株的发源地。     

基于SKATER聚类算法设计血吸虫病监测点的探索性研究

目的 探索建立血吸虫病监测点选点方法,提高疫情监测效率与质量。方法 采用基于最小生成树的SKATER聚类算法对安徽省31个历史血吸虫病流行县（区）进行空间约束聚类,从每个聚类中确定1个监测点,评估聚类监测点网络对安徽省血吸虫病疫情的代表性和监测效果,并比较其与当地国家血吸虫病监测点网络监测效果的优劣。结果 聚类监测点与聚类区域的环境因素无显著差异,同质性较高。在选择同样个数的监测点时,聚类监测点与国家血吸虫病监测点在整个地区血吸虫病疫情的平均水平和长期趋势的监测上无显著差异;但在未监测地区的疫情预测和估计上,聚类监测点的效果明显优于国家监测点。结论 基于SKATER聚类算法的血吸虫病监测点选择方法能够更好地代表整个地区的疫情水平,可作为传统监测点选择方法的有效补充。     

基于基因序列聚类的甲型流行性感冒病毒H3抗原变异规律研究

目的 利用聚类分析方法探讨全球甲型流行性感冒病毒(流感)H3亚型抗原的变异规律。方法下载NCBI GenBank和流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒RNA4节段H3亚型基因序列,在Clustalx中进行序列对齐后,使用两阶段聚类法进行分析,并随后探讨各类的三间分布。结果 所有序列可被分为10类,其中7类主要为人流感病毒,人流感病毒和鸟类、其他哺乳动物的流感病毒被明确的分为不同类别,但和猪流感病毒则共存于数个类中。各类呈现出明显的时间分布和宿主分布规律,但并未发现地域分布规律。结论 由于受到人类免疫系统的选择压力,H3抗原呈现出5-7年出现一次较大变异的流行特征,且这一趋势随着近十年来流感疫苗的普遍使用而呈现加速趋势。同时,猪流感病毒和人流感病毒出现在同一类别中,两者的遗传距离较近,这为猪作为病毒重配的载体提供了新的佐证。     

从零售药店药品销售看农村地区居民的抗生素购买行为

 目的  了解农村地区居民在零售药店购买药品特别是抗生素的情况和行为,为减少居民用药误区、提高用药素质提供支持和依据。方法  从2011年9月1日至2012年5月31日,对江西省8家县、乡级零售药店36种复方感冒药、36种止咳药、18种抗生素和9种退烧药每天的销售数据进行分析,比较各类药品的销售量和销售比例,并通过广义估计方程(generalized estimating equations,GEE)的作业相关矩阵估计各类药品每日销量的相关性。结果  4类药品中抗生素单药品平均销量最高;抗生素、复方感冒药和止咳药3类药品销量有相似的变化趋势,复方感冒药与抗生素销量的相关系数为0.591 2,止咳药与复方感冒药、抗生素的相关系数分别为0.473 5和0.384 5;在促销期间,抗生素、复方感冒药和止咳药的销量皆有大幅度上升。结论  农村地区居民存在不凭处方自行购买抗生素的情况,加强对零售药店违规销售抗生素的监管以及对居民合理使用抗生素的健康教育迫在眉睫。     

手足口病传播动力学模型的研究进展

手足口病是由多种肠道病毒引起的常见儿童传染病, 我国是全球手足口病报告发病、死亡最多的国家。掌握手足口病的流行规律, 可为防控措施的有效制定提供针对性的科学依据。传播动力学模型着眼于传染病的传播机制, 可通过增减、细分仓室来模拟真实情景开展疾病的流行规律研究, 灵活度较高, 受到研究者们的关注。为了更有效地开展手足口病的动力学模型研究, 全面了解该领域的相关研究进展是必要的。本文基于研究目的的不同对动力学模型的研究进展进行分类总结。回顾发现, 现在的文献多是使用SIR动力学模型或其扩展模型(如SEIR模型), 较少含有复杂的因素仓室, 研究或通过对某区域的手足口病数据拟合以获得某些重要流行病学参数(如基本再生数);或对不同干预场景进行模拟, 评估措施效果;或进行预测, 揭示未来流行趋势;也有一些文章考虑了模型中参数的影响因素, 尚无动力学模型同时考虑年龄结构、人口流动、季节性与周期性、疫苗接种等因素。