人博卡病毒广州分离株全基因组序列测定及分析

目的 探讨广州地区儿童感染的博卡病毒基因组分子结构特点和基因型类型.方法 参考GenBank上的博卡病毒BJ3064株(DQ988933)基因组设计分段扩增引物,进行PCR分段扩增博卡病毒基因组,PCR产物直接送测序公司测序,序列测定,用ClustalW/X和MEGA5.0等软件分析基因组序列.结果 博卡病毒全基因组为...     

广州地区儿童呼吸道感染人博卡病毒的分子流行病学研究

人博卡病毒(HBoV)属细小病毒,为瑞典学者Allander 等[1]2005年从小儿下呼吸道感染样本中分离到的一种新呼吸道病原.目前世界各地均有HBoV研究相关报告[2],说明该病毒是世界范围内存在的人类致病原.为了解广州地区HBoV的分子流行病学特点和临床特征,对638例患儿临床标本进行检测.结果报告如下.     

2009~2010年广州地区儿童呼吸道合胞病毒感染分析

目的 应用实时荧光PCR方法检测呼吸道合胞病毒,分析2009~2010年广州地区儿童感染呼吸道合胞病毒的状况。方法 以呼吸道合胞病毒的N基因序列为参考,设计特异性引物和TaqMan荧光探针,建立实时荧光PCR方法,进行灵敏度和特异性检测。采用实时荧光PCR方法,对2009~2010年两年本院门诊或住院部急性呼吸道感染患儿的21458份咽拭子样本进行了检测。结果 （1）实时荧光PCR方法具有较好的特异性和灵敏度,与其他常见呼吸道病毒无交叉反应。（2）2009年的10477例临床标本中实时荧光PCR方法检测全年的呼吸道合胞病毒阳性率为7.25％,流行高峰在3月份,感染率为20.04%;2010年检测的10981例临床标本中,呼吸道合胞病毒阳性率为9.73％,有两个流行高峰,一个在2月,感染率为29.56％,另一个高峰在12月份,感染率达到22.20％。结论 本研究建立的实时荧光PCR方法具有简便快捷、特异、敏感的特点,适用于临床呼吸道合胞病毒的检测。2009~2010年呼吸道合胞病毒依然是广州地区儿童急性呼吸道感染的主要病原。     

2010年广州地区儿童肠道病毒71型感染的分子流行病学研究

目的了解广州地区2010年肠道病毒(EV)71病毒流行状况。方法设计肠道病毒71型实时荧光RT-PCR引物和TaqMan探针,运用TaqMan实时荧光RT-PCR技术,对2010年全年来医院就诊的疑似手口足病患儿送检标本20150份,进行肠道病毒71型荧光RT-PCR检测,同时,设计了扩增EV71病毒全基因组的引物,随机选取了5株病毒进行全基因组进行测定。结果在20150份临床标本中,EV71病毒的阳性为4780份,全年总的检出率为23.72%,每个月均有阳性检出;其中,EV71病毒阳性率较高的为4～7月份,最高检出率为6月份,达32.19%,最低检出率为10月份,为7.91%;扩增了5株广州株EV71病毒全基因组全长序列,提交到GenBank上,将5株广州株EV71病毒与EV71的A、B3、B4、B5、C1、C2、C3、C4型及阜阳株全基因组核苷酸序列进行ClustalW比较,发现与C4a型阜阳株等同源性为98.00%～99.00%,与C4b同源性为91.00%～93.00%,与C1-C3同源性为82.00%～83.00%,与B3、B4、B5同源性为81.00%～83.00%,与A型同源性为80.00%。结论 2010年广州地区手足口病的主要病原是肠道病毒71型,EV71病毒在2010年全年还是较普遍流行,全基因组序列分析表明,2010年分离的5株广州株EV71病毒属于C4a型。     

广州地区儿童偏肺病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解广州地区婴幼儿患者呼吸道中人偏肺病毒(hmpv)感染的分子流行病学特点.方法 采集2010年1-12月到广州市妇女儿童医疗中心就诊的呼吸道感染患儿的咽拭子等样本1840份,对临床样本进行hmpv检测,对f基因进行扩增,并对pcr产物进行测序.结果 1 840份临床样本中66份hmpv检测阳性,阳性率为3.59％.全年除9、10月份外每月均有hmpv检出,其中4月份检出阳性率最高,为6.09％.随机选取3株hmpv,将其f基因核苷酸序列与a1、a2、b1、b2、c型和2008年分离的hmpvgz01株的f基因序列进行clustal w比较,发现与a2b组的bj1887同源性最高,为97％,4株广州分离的病毒株之间f基因的同源性为99％.序列与进化树分析表明广州地区流行的是a2b型.结论 2010年广州地区hmpv流行季节是春夏季,广州地区流行株的型别为a2b亚型. abstract： objective to conduct a molecular epidemiological study on human metapneumovirus (hmpv) among pediatric patients in guangzhou. methods a total of 1 840 clinical specimens were obtained from pediatric patients with respiratory infections in guangzhou women and children' s medical center in 2010. hmpv was detected by real-time taqman rt-pcr in clinical specimens. f gene was amplified and the pcr-products were directly sequenced. results in 1 840 clinical specimens, 66 werehmpv-positive with a positive rate of 3.59％. hmpv was detected in all specimens except those collected in september and october, and the highest positive hmpv rate occurred in april (6.09％). the f genes of 3 randomly selected strains and hmpvgz01 ( isolated in 2008) were compared with subgroups a1, a2, b1,b2 and c, and the highest homology was with bj1887 strain of genotype a2b (97％). the f genes of the randomly selected strains and hmpvgz01 were 99％ identical to each other. sequences and phylogenetics analysis revealed that the epidemical strain in guangzhou belonged to genotype a2b. conclusion hmpv is prevalent in spring and summer among children in guangzhou, and a2b is the predominant genotype.     

2008年广州地区手足口病的病原学研究

目的 了解广州地区2008年5～6月份手口足病的病原.方法 设计肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型和肠道病毒属通用实时荧光RT-PCR引物和TaqMan探针,运用TaqMan实时荧光RT-PCR技术,对2008年5至6月,到广州市儿童医院就诊的疑似手足口病患儿咽拭子标本1023例(份),同时分别进行肠道病毒属、肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型检测.对肠道病毒属荧光RT-PCR检测阳性.而肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型荧光RT-PCR检测阴性的标本进行5'非编码区(Untranslated Region UTR)的扩增和序列测定.结果 在1023份临床标本中,肠道病毒属阳性434例,检出率为42.42%.其中,肠道病毒71型276例,柯萨奇病毒A16型126例,肠道病毒84型4份,埃可病毒11型3例,埃可病毒9型2例,柯萨奇病毒B3型3例,柯萨奇病毒A10型4例,柯萨奇病毒A6型3例,柯萨奇病毒A12或A5型6例,另有7例难以区分型别,没有混合感染.结论 2008年5～6月广州地区手足口病的主要病原是肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型,并有肠道病毒84型、柯萨奇病毒A10型、柯萨奇病毒A12型、柯萨奇病毒A6型、柯萨奇病毒B3型、埃可病毒11型、埃可病毒9型等小部分其他型别肠道病毒感染.     

人偏肺病毒广州分离株全基因组序列测定及分析

目的 探讨广州地区儿童感染的偏肺病毒基因组分子结构特点和基因型类型.方法 参考GenBank上的偏肺病毒00-1株(AF371337)基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增偏肺病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用Clustal W/X、DNASTAR、MEGA4.1等软件分析基因组序列.结果 偏肺病毒hMPVgz01全基因组为13 327 bp,提交到GenBank上的序列号为GQ153651,有8个开放阅读框(open reading frames,ORFs),基因组结构为:3-N-P-M-F-M2-SH-G-L-5;将hMPVgz01株全基因组核苷酸序列与GenBank上的偏肺病毒全基因组序列进行Clustal W比较,发现与偏肺病毒的A组相似性较高,为92%～97%,与A2b组的BJ1887相似性为最高,而与B组相似性为81%,与C组的禽偏肺病毒为71%.将hMPVgz01株的N、F、G基因与偏肺病毒的A1、A2、B1、B2的相对应基因进行相似性比较,同样也是与A2b型的相似性为最高,因此确认广州地区的hMPVgz01株为A2b型.结论 广州地区儿童感染的偏肺病毒hMPVgz01株全基因组序列为13 327 bp,GenBank 序列号为GQ153651,hMPVgz01与偏肺病毒的A2b型相似性最高,确认hMPVgz01株属于偏肺病毒A2b型.     

广州地区女性患者泌尿生殖道CT,NG,MG和UU感染状况分析

目的了解广州地区女性患者沙眼衣原体(CT)、淋病奈瑟菌(NG)、生殖支原体(MG)及解脲脲原体(UU)的感染现状,为临床诊疗提供依据。方法收集2017年1月～2018年12月广州市妇女儿童医疗中心就诊的女性患者宫颈分泌物或尿液标本共2 388份,采用实时荧光核酸等温扩增检测技术(SAT)对以上标本分别进行CT-RNA,NG-RNA,MG-RNA和UU-RNA检测。结果女性患者CT,UU,NG和MG总阳性率分别为6.57%(157/2 388),53.73%(1 283/2 388),0.63%(15/2 388)和1.38%(33/2 388),UU检出率显著高于其他三种病原体,差异有统计学意义(χ~2=3561.6,P0.01)。排在前三位的感染类型分别为:单独UU感染,CT+UU混合感染和单独CT感染,分别占85.51%,8.03%和2.93%。感染人群主要集中在21～30岁年轻女性,临床诊断为泌尿生殖道炎症的女性患者检出率最高,差异有统计学意义(χ~2=173.2,P0.01)。结论 UU是广州地区女性主要的流行病种,在临床诊疗中应重视常见病原体的混合感染,加强育龄期女性的早期筛查和监测。SAT检测能为临床诊断CT,NG,MG和UU感染提供依据。     

2008年和2010年肠道病毒7l型广州分离株全基因组序列分析

目的 研究2008年和2010年广州地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)病毒全基因组序列的基因型与变异特点.方法 参照GenBank上EV71深圳株SHZH03(AY465356)基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增EV71病毒基因组,PCR产物直接进行序列测定,用Clustal W/X、DNASTAR、MEGA4.1等软件分析基因组序列.结果 克隆9株广州株EV71,病毒全基因组全长序列均为7405 bp,提交到GenBank上的序列号为HQ456305、HQ456306、HQ456307、HQ456308、HQ456309、HQ456310、HQ456311、HQ456312、HQ456313.将9株广州株EV71与EV71的A、B3、B4、B5、C1、C2、C3、C4型及阜阳株全基因组核苷酸序列进行Clustal W比较,发现与C4a型阜阳株等同源性为98%～99%,与C4b同源性为91%～93%,与C1～C3同源性为82%～83%,与B3～B5同源性为81%～83%,与A型同源性为80%.将9株广州分离株EV71的VP1基因与EV71病毒A、B、C型进行Clustal W比较,同样是与C4a为98%～99%,与C4b同源性为92%～94%,与C1～C3的同源性为88%～89%,与B1～B5型同源性为83%～84%,与A型同源性为81%～82%.将9株广州株与EV71的A、B、C型VP1基因氨基酸序列进行Clustal W比对,发现VP1基因22位点的谷氨酰胺转变为组氨酸(Q→H),聚合蛋白中213位点(S→T)和1764位点(V→(Ⅰ)也发生了氨基酸的点突变,P的213位点属于VP2基因,1764位点属于3D基因.结论 2008年和2010年分离的9株广州株EV71属于C4a型,与阜阳株同源性为98%～99%,VP1基因22位点发生了点突变,聚合蛋白中213位点和1764位点也发生了氨基酸的点突变.

Abstract：

Objective To study the genomic genotypes and variation of human enterovirus 71(EV71)infected infants in Guangzhou city,in 2008 and 2010.Methods Primers were designed on the basis of the genomic sequence of EV71 SHZH03 strain(AY465356)in the GenBank,and EV71genome amplified by RT-PCR.PCR-products were directly sequenced and the genomic nucleotide sequences were analyzed with the programs of Clustal W/X,DNASTAR and MEGA 4.1.Results 9strains of EV71 genome appeared to be 7405 bp in length.The genomic sequences of EV71Guangzhou strains were compared with those of EV71 in GenBank,which revealed that the homology with EV71 genotype C4a Fuyang strains ranged between 98%-99%.Homology with genotype C4b were 92%-94%,with genotypes C1,C2,C3 as 82%-83%,with genotypes B3,B4,B5 as 81%-83%and the homology with genotype A was 80%.When compared the VP1 genes of EV71 Guangzhou strains with genotypes A,B,C virus,we revealed that the highest homology was also with genotype C4a.When compared the VP1 amino acid sequences of EV71 Guangzhou strains with genotype A,B,C virus by Clustal W program,the results revealed that the amino acid residue Q at position 22 in VP1gene was transformed to H,while 213(S→T)and 1764(V→(Ⅰ))mutations in polyprotein were discovered.Conclusion Data from the sequences and phylogenetics analysis on those Guangzhou strains in 2008 and 2010 revealed that those isolates belong to genotype C4a,with the homology with Fuyang strains as 98%-99%.Mutation of amino acid residue H at position 22 in VP1 gene was discovered and the neutralizing antibody of EV71 might have been conversed by this residue.213(S→T)and 1764(V→Ⅰ)mutations in polyprotein were also discovered.     

2018年至2021年广州地区儿童急性呼吸道感染病原体的流行特征

目的了解广州地区呼吸道病原体在急性呼吸道感染(ARTI)患儿中的流行特征。方法纳入2018年1月至2021年12月广州市妇女儿童医疗中心住院的13 610例ARTI患儿。采集患儿咽拭子标本, 采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测11种呼吸道病原体, 包括呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒、副流感病毒(PIV)、人鼻病毒、人博卡病毒(HBoV)、人偏肺病毒(HMPV)、肠道病毒、甲型流行性感冒病毒(IFA)、乙型流行性感冒病毒(IFB)、肺炎支原体(MP)和肺炎衣原体(CP)。根据年龄(<1岁组、1～<3岁组、3～<6岁组、6～14岁组)和季节进行分组。统计学分析采用χ2检验。结果 13 610例患儿中, 6 331例检出至少1种病原体, 总检出率为46.52%。各病原体的检出率由高到低依次为RSV[13.75%(1 872/13 610)]、腺病毒[4.82%(656/13 610)]和PIV [4.82%(656/13 610)]、MP[4.54%(618/13 610)]、人鼻病毒[3.39%(462/13 610)]、HBoV[2.64%(359/13 610)...