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1.
  目的  分析2018—2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。   方法   收集2018—2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。 采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)对提取的GⅠ和GⅡ诺如病毒核酸进行检测。 采用RT-PCR进行GⅠ诺如病毒聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分片段的扩增和测序。 用诺如病毒在线分型工具对测序成功的毒株进行初步鉴定和基因分型,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06 软件构建进化树。  结果   6所学校(18,S1~S4和19,S5~S6)发生的诺如病毒急性胃肠炎疫情均为聚集性疫情,GⅠ诺如病毒核酸阳性率为83.78%(31/37),GⅡ诺如病毒未检出;聚合酶区和衣壳蛋白VP1区进化分析分别显示,1起疫情的4株诺如病毒毒株分别与GⅠ.Pd参考株和GⅠ.3b参考株在同一分支,5起疫情的19株诺如病毒毒株与GⅠ.Pb参考株和GⅠ.6a参考株在同一分支;每所学校毒株相似性为100.0%。双区分型合并结果,1起疫情由GⅠ.Pd-GⅠ.3b引起,该重组株与GⅠ.3[P13]/Hu/MT008455/2018/Shanghai/CHI相似性高达99.6%;5起疫情由GⅠ.Pb-GⅠ.6a引起, 这重组株与GⅠ.6[P11]/Hu/MZ227264/2016/US相似性高达98.1%。  结论   2018—2019年北京市西城区6所学校诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情分别由GⅠ.Pd-GⅠ.3b和GⅠ.Pb-GⅠ.6a重组株引起。 应加强对诺如病毒重组株分子流行病学监测,为诺如病毒疫情提供预警预测的依据。  相似文献   
2.
肠道病毒可引起手足口病、上/下呼吸系统感染、急性出血性结膜炎、病毒性脑炎、急性迟缓性麻痹、病毒性心肌炎、新生儿脓毒样疾病等多种疾病[1].其中新型肠道病毒引起的呼吸道感染可导致全球范围的暴发流行,近年来引起广泛关注,如2014年肠道病毒D68在美国暴发流行,导致1 153人感染,13人死亡,多数表现为重症肺炎,被评为美国当年度十大公共卫生挑战之一[2].为更好地开展肠道病毒的研究,本文对引起呼吸道感染的肠道病毒研究进展进行综述.  相似文献   
3.
4.
沈玲羽  田竞  张铁钢  龚成  黄芳 《疾病监测》2019,34(4):327-331
目的了解北京市1例支气管肺炎患者感染肠道病毒D68型(EV-D68)的临床症状与体征及病原学特征。方法收集该患者临床资料,进行病例病程及诊疗分析,采集患者的痰液标本,提取样本的核酸,进行18种常见呼吸道病原体核酸检测,对检测阳性病原体进行VP1区和全基因组测序,并对序列进行遗传进化分析。结果该支气管肺炎患者以高热、咳嗽起病,高热消退后呼吸道症状加重,以喘息和咳嗽为主,抗哮喘药治疗后效果显著。 痰液标本病原学检测为EV-D68阳性,其他17种病原体均为阴性。 基于VP1区构建的系统进化树显示为EV-D68 B3基因亚型,全基因组同源性分析显示同源性最高的是2015年日本株(98.72% nt, 99.95% aa)、2015年香港株(98.61% nt,99.86% aa)和2016年美国株(98.24% nt,99.86% aa),与北京市报道的EV-D68同源性最高的是2014年“2014-R132”株(96.89% nt,99.45% aa)。结论EV-D68是引起支气管肺炎的重要病原体,应该加强EV-D68的病原学监测,为临床诊疗及疾病控制提供基础数据。  相似文献   
5.
诺如病毒基因分型研究进展   总被引:4,自引:2,他引:2       下载免费PDF全文
诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,极易突变和重组,型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对诺如病毒进行分型及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域,因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域分型系统。目前基于2 s标准的双区域分型方法,聚合酶区可分为10个基因组及76种基因型,包括2个暂定基因组及16种暂定基因型,VP1可分为12个基因组及53种基因型,包括2个暂定基因组及5种暂定基因型。暂定基因组和基因型有待进一步型别鉴定和基因组划分。本文对诺如病毒分子特征、不同分型方法的原理、序列扩增方法、在线分型工具及最新的基因分型研究进展进行综述。  相似文献   
6.
进口冷链水产品新型冠状病毒污染传播探讨   总被引:3,自引:2,他引:1       下载免费PDF全文
国内多次在进口冷链水产品及其外包装检测出新型冠状病毒。本文对进口冷链水产品新型冠状病毒污染状况、来源及传播风险进行分析,并尝试提出了相关建议和策略,以期为新型冠状病毒感染防控提供依据。  相似文献   
7.
  目的  估计北京市肠道门诊超额腹泻病例数,分析2012 — 2019年腹泻病例超额特点。  方法  利用2012 — 2019年北京市16家全年开诊的肠道门诊腹泻初诊病例数,应用调整Serfling回归模型进行拟合,估计肠道门诊中腹泻病例的超额发病情况。  结果  2012 — 2019年,北京市16家全年开诊的肠道门诊初诊病例共216 930例,大部分患者年龄≥18岁。 经过调整Serfling回归模型拟合后,共出现10个超额流行期,累计超额病例数为28 135例(95% CI:13 423~42 847),占同期拟合基线水平的比值为50.10%(95% CI:23.90%~76.29%)。 春、夏、秋、冬季的肠道门诊超额腹泻病例数分别为2 673例(95% CI:985~4 361)、11 564例(95% CI:6 296~16 833)、2 570例(95% CI:1 112~4 028)、11 328例(95% CI:5 030~17 626)。 2012 — 2019年北京市夏季超额腹泻病例数出现下降趋势(χ2=5 949.180,P<0.001),冬季超额腹泻病例数自2016年不断增加。  结论  夏季是北京市肠道门诊腹泻病例就诊高峰,但近年来冬季超额腹泻病例数明显增加,应加强冬季病毒性腹泻监测,调整相应防控策略。  相似文献   
8.
目的 了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法 收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果 札如病毒总检出率为2.89%(44/1 522),<5岁病例的检出率为3.34%(18/539),≥5岁病例的检出率为2.64%(26/983)。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型(GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株);≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高(37.50%,6/16),<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高(均为42.86%,3/7);每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型(9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株);≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高(40.00%,6/15),<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高(均为30.00%,3/10);每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论 札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。  相似文献   
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