2014－2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒监测与遗传进化分析

目的 对广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒流行情况和基因进化特点进行监测分析,为人感染H7N9禽流感防控提供研究数据。 方法 采集2014 — 2017年广州市禽类市场外环境标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测H7N9禽流感病毒并绘制血凝素（HA）基因遗传进化树,分析H7N9禽流感病毒流行特点和基因进化特点。 结果 2014 — 2017年累计检测外环境标本28 252份,检出H7N9阳性标本888份,阳性率为3.14%。 检出率2015年最低,2014年最高,分别为1.60%和3.89%。2 — 5月出现H7N9禽流感病毒流行高峰,4月检出率最高为13.00%。 测序分析结果显示,HA基因核苷酸同源性为88.6% ~ 100%,氨基酸同源性为92.0% ~ 100%。 裂解位点分析发现,2017年外环境开始出现高致病性H7N9病毒。 进化分析发现,HA基因呈现多进化分支特点。 结论 2014 — 2017年广州市禽类市场外环境H7N9禽流感病毒持续存在且病毒变异较快,呈现基因多样性。 2017年外环境已发现高致病性H7N9病毒,近年病毒HA基因归属于华南分支,呈现本土化,同时监测到来源于野鸟的另一独立分支的病毒存在,提示加强本地区野鸟H7N9禽流感病毒监测的必要性。      

广州市2019年H3N2流感病毒分子流行特征分析

目的 对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序,分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法 对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序,运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果 2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435）,差异有统计学意义（χ²=8.43,P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%,665/2 641）,各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现,不同标本来源的毒株高度同源,亲缘关系相近,属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点,进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支,Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ,Group 2分支为2个流行期过度的进化分支,流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来,且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下,Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变,导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区,Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁,Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论 2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异,抗原位点变异逐渐累积,进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。     

基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

目的 利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法 对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果 系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论 本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。     

2017-2018年广州市甲型H1N1流感病毒耐药基因变异监测

目的 对广州市流感监测人群呼吸道标本进行甲型H1N1流感病毒分离和测序,并对耐药基因突变和遗传进化特征进行分析。方法 2017年1月-2018年3月,对4家流感监测医院的5831份监测标本进行甲型H1N1流感病毒核酸检测,将阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序,应用DNA Star7.1软件和MEGA 4.0软件对耐药基因进行测序分析。结果 5831份监测标本中检出甲型H1N1核酸阳性标本222份,检出率为3.81%,其中分离甲型H1N1流感病毒61株,分离率为1.05%。有2株病毒分离株出现了H274Y突变,突变率为3.28%。所有病毒分离株均发生了S31N突变,突变率为100%,同时另有2株出现V27A突变,突变率为3.28%。部分2017年毒株和2018年毒株已形成于A/Michigan/45/2015疫苗株分支之外的另一独立小分支。结论 2017年广州市流感监测病例中监测到2株H1N1流感病毒分离株为奥司他韦耐药突变株,且该耐药株均位于当前疫苗株流行分支以外的独立分支,有必要对广州市甲型H1N1流感病毒进行持续监测。     

2017—2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析

目的 对广州市H3N2流感病毒进行基因变异和进化分析,为H3N2流感科学防控提供科学依据。方法 对广州市2017年1月-2018年9月流感监测标本进行H3N2病毒检测和分离,并对HA基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒变异和进化特点。结果 所监测的8 535份标本中,检出H3N2流感阳性标本386份,阳性率为4.52%。对其中16株分离株HA基因测序结果显示,与同年度疫苗推荐株A/Hong Kong/4801/2014相比,2017年广州H3N2病毒A 区抗原位点变异频率较高,多发生于140位、144位和150位,其中有7株病毒发生新抗原漂移,变异毒株占比43.75%。受体结合位点变异主要发生在前壁,位于T131K位和T135K(N)位。糖基化位点变异同样多发生于A区抗原位点和受体结合位点前壁。2017年广州H3N2流感病毒均位于3C.2a分支,但分支内又进一步进化形成3个不同的小流行分支,包括3C.2a1分支,以及与2016年北京、2017年美国分离株亲缘相近的另外两个小分支。结论 2017年广州H3N2流感病毒HA蛋白重要氨基酸位点的变异表现遗传多态性,特别是在抗原性上可能发生了较大变异。在基因进化上表现为多样性和复杂性,呈现多分支进化特点。因此有必要密切监测流行毒株的进化趋势,以期及时对疫苗株的匹配性进行有效评估。     

广州市2017—2020年严重急性呼吸道感染病例流感病毒感染监测结果分析

目的 分析广州市严重急性呼吸道感染（Severe Acute Respiratory Infection, SARI）病例感染的流感病毒的流行病学特征。方法 由中国疾病预防控制信息系统导出广州市2017年6月至2020年12月SARI监测信息,结合实验室检测结果分析SARI病例流感病毒感染情况。结果 广州市2017年6月至2020年12月累计采集并检测SARI标本5100份,检出流感病毒阳性标本133份,总体阳性率2.61%;2019年流感病毒检出阳性率较2017、2018、2020年高（4.43%vs.2.79%,3.25%,1.47%）,差异具有统计学意义（χ2=27.943,P<0.001）;2017年7月、2018年1月及2月、2019年1月及5月、2020年1月流感病毒检出阳性率超过10%;不同性别SARI标本流感病毒检出阳性率差异不具有统计学意义;不同年龄段SARI标本流感病毒检出阳性率差异具有统计学意义（χ2=32.293,P<0.001）,2020年各年龄组检出率差异具有统计学意义（χ2=27.547,P=0.001）。2017—2020年检出A(H3N2)型分别为14、1、5、28份;检出A(H1N1)型分别为1、13、27、6份;检出B（Victoria）型分别为0、1、15、1份;检出B(Yamagata)型分别为2、19、0、0份。结论 广州市SARI标本流感病毒检出阳性率低于国内其他省市,主要检出流感病毒为A型流感病毒。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

  目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。  方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。  结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。  结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

含去甲基化药物方案治疗中高危骨髓增生异常综合征/骨髓增殖性肿瘤29例疗效观察

目的：探讨含去甲基化药物(hypomethylating agent,HMA)方案治疗中高危骨髓增生异常综合征/骨髓增殖性肿瘤 (myelodysplastic/myeloproliferative neoplasms,MDS/MPN)患者的临床疗效及安全性。方法：对2012年11月—2022年1月在南京医科大学第一附属医院血液科接受含HMA方案治疗的29例中高危MDS/MPN患者进行回顾性分析,按治疗方案分为单用 HMA组和地西他滨(decitabine,DAC)联合小剂量化疗(D-CAG)组,比较两组患者的临床缓解率、中位总生存期(overall survival,OS) 及无白血病生存期(leukemia-free survival,LFS)。结果：29例MDS/MPN患者中男22例,女7例,中位年龄66岁。单用HMA组 16例,D-CAG组13例,两组患者临床特征差异无统计学意义(P ＞ 0.05)。两组患者临床有效率差异无统计学意义(P ＞ 0.05)。 生存分析结果显示D-CAG组患者中位OS较单用HMA组明显延长(26.3个月vs. 13.5个月,P=0.009 5),且与单用HMA组患者相比,D-CAG组患者有较长的中位LFS(24.2个月vs. 8.7个月,P=0.045 5)。单因素分析发现初诊时血红蛋白(≥70 g/L vs. ＜70 g/L) 和治疗方案是OS的影响因素;多因素分析结果表明仅有治疗方案是影响患者OS的独立预后因素。两组患者主要不良反应为 3~4级骨髓抑制、肺部感染、发热(未查明感染灶)。与单用HMA方案相比,D-CAG组更容易发生3~4级骨髓抑制,但并未增加患者感染的风险。结论：D-CAG方案应用于MDS/MPN患者安全有效,并可能带来生存获益,这将为临床治疗提供参考。     

1株重组H6N2禽流感病毒全基因组特征分析

目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据。方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征。结果A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)毒株各基因片段最大相似度毒株均为国内H6N2禽流感病毒,核苷酸最大相似性在96.85%~98.22%之间,氨基酸最大相似性在96.30%~99.30%之间。各基因片段均属于欧亚谱系,HA、PB2、PB1、PA、M、NS基因归属于ST339-like分支,NP基因归属于HN573-like分支,发生多分支进化来源的重组。NA基因在HxN2亚型基因中归属于H6N2分支。该病毒为禽源低致病性病毒,但在PB2-89位、PB1-473位、PB1-F2蛋白、PA-409位、M1-30/215位、NS1-42/205位均发生对哺乳动物致病性增强的氨基酸变异。结论 广州地区禽类市场监测发现的1株重组H6N2禽流感病毒,属于禽源低致病性病毒,但存在发生跨宿主传播的潜在风险,需加强监测。