青海省海南藏族自治州鼠疫疫源地鼠疫菌规律成簇的间隔短回文重复基因分型研究

目的 研究青海省海南藏族自治州（简称“海南州”）鼠疫疫源地鼠疫菌的规律成簇的间隔短回文重复（clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR）基因型及其地区分布，为该疫源地的鼠疫防控工作提供科学依据。方法 1954—2009年海南州鼠疫疫源地内不同宿主动物和媒介昆虫体内分离的36株代表性鼠疫菌株为实验对象，采用传统的十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA。应用3对CRISPR引物（YPa、YPb、YPc）分别对被试菌株DNA进行PCR扩增、测序和分析，确定海南州鼠疫疫源地鼠疫菌的CRISPR基因型。结果 36株鼠疫菌中共发现17种非重复间区序列（spacer），其中YPa 9种、YPb 5种、YPc 3种。所有鼠疫菌株被分为5个CRISPR基因簇（Cb2、Cb4’、Ca7、Ca7’、Ca35’）,6个基因型（G1、G9、G22、G22-a1’、G26-a1’、G26-a1’a4-），其中G26-a1’型为主要基因型，分布于共和县、贵德县、兴海县；其次是G22型，分布于共和县、贵德县。结论 海南州...     

青海省人间鼠疫病原学研究及菌株溯源分析

目的　对1958--2012年青海省人间鼠疫流行期间自鼠疫患者和尸体中分离的129株鼠疫菌进行病原学研究。方法　采用常规方法和分子生物学技术对鼠疫菌进行病原学研究,同时采用差异区段（DFR）基因分型技术对2004年囊谦县、2009年兴海县人间肺鼠疫暴发疫情进行溯源分析。结果　119株鼠疫菌中,205株属青藏高原型菌株,6株属祁连山型菌株,8株菌具有特殊生化特性;84．03％（100／219）的鼠疫菌具有4个毒力因子（F1⁺、Pst I⁺、VW⁺、Pgm⁺）。测试的74株菌中,72株（97．30％）为强毒菌;携带大质粒52×10⁶、65X 10⁶、92×10⁶的菌株主要分布于海南、海北、海西、玉树、果洛、黄南6个州和湟源县;鼠疫菌DFR基因型以5、8型为主。其中5型占44．54％（53／119）,分布于都兰、湟源、玉树、杂多、治多、称多、曲麻莱、玛多、囊谦、祁连等地区;8型占32．77％（39／119）,分布于祁连山南北麓、青海湖环湖地区。2004年囊谦县肺鼠疫暴发分离株均为10型;2009年兴海县肺鼠疫暴发分离株（来自鼠疫患者、人尸和牧犬体内）的基因型均为8型。结论　本次试验菌株均具备青藏高原鼠疫病原体特性。菌株溯源分析显示,基于DFR的鼠疫菌基因分型与流行病学调查一致,可用于确定传染源。     

青海高原藏系绵羊鼠疫菌系统发育关系和流行特征的研究

  目的  对青海高原藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情流行病学和相关鼠疫菌遗传特征进行研究,为制定出适合青海省藏系绵羊鼠疫防控提供科学依据。  方法  汇总分析青海省1958―2020年藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情资料,描述其时间、地区和人群分布及其他流行病学特征;对38株分离自人、藏系绵羊和喜马拉雅旱獭的鼠疫杆菌进行测序,再结合其他参考菌株的基因序列分析菌株的全基因组单核苷酸多态性特征,构建菌株之间的系统发育关系。  结果  1958―2020年共发生藏羊为疫情传染源的人间鼠疫疫情16起,发病69人,死亡42人,病死率60.86%。与藏系绵羊相关的鼠疫杆菌都位于系统发育树的同一进化分支1.IN2中,并具有明显的地域性特征。同一鼠疫事件中人、藏系绵羊和周边喜马拉雅旱獭分离菌株位于同一簇群,与流行病学调查资料相符。  结论  流行病学结合系统发育关系分析,证实了青海省人间鼠疫来自藏系绵羊,而藏系绵羊鼠疫则起源于旱獭。藏系绵羊是青海高原上重要的家畜,因此不应低估藏系绵羊鼠疫的危害。     

左氧氟沙星和莫西沙星对鼠疫耶尔森菌最低抑菌浓度的测定

目的 根据美国临床和实验室标准协会（CLSI）药敏试验方法中的琼脂稀释法,测定美国食品和药物监督管理局( FDA)批准治疗鼠疫的2种药左氧氟沙星和莫西沙星对鼠疫耶尔森菌的最低抑菌浓度,确定鼠疫菌对这2种药物的敏感性及MIC90（可抑制90%细菌生长的药物浓度）,掌握这2种药物对鼠疫菌的抑菌浓度,为鼠疫的临床治疗提供基线数据。方法 利用琼脂平板稀释法测定左氧氟沙星和莫西沙星这2种抗生素分别对1 010株鼠疫菌的最低抑菌浓度（minimal inhibitory concentration,MIC）。结果 所测的1 010株鼠疫菌中未发现对左氧氟沙星和莫西沙星具有单个或2种抗菌药物抗性的鼠疫菌株,其最低抗菌药物浓度MIC50分别为0.06和0.12 μg/ml,MIC90均为0.25 μg/ml。结论 利用琼脂稀释法测定左氧氟沙星和莫西沙星对鼠疫耶尔森菌最低抑菌浓度,有效的评价了鼠疫耶尔森菌对氟喹诺酮类代表药物左氧氟沙星和莫西沙星的敏感性,实验数据支持我国在鼠疫临床治疗中可以采用左氧氟沙星和莫西沙星为治疗药物。     

青海省泽库县藏系绵羊鼠疫血清流行病学调查

目的对黄南州泽库县藏系绵羊鼠疫血清FI抗体进行检测,了解当地藏系绵羊鼠疫流行特征及流行病学意义。方法应用鼠疫间接血凝试验(indirect hemagglutination test,IHA)和鼠疫胶体金纸上色谱(gold immunochromatography assay,GICA)两种方法检测藏系绵羊血清和旱獭血清。结果应用IHA和GICA方法分别对所采集的305份藏系绵羊血清及200份旱獭血清进行检测,其中藏系绵羊血清检出鼠疫FI抗体阳性血清14份,旱獭血清检测结果均为阴性。结论泽库县存在藏系绵羊鼠疫的流行,应加强藏系绵羊鼠疫的监测,尤其旱獭鼠疫流行地区,更应该引起重视。     

鼠疫耶尔森菌F1抗原的纯化方法改进及其免疫原性的评价

目的 建立从减毒鼠疫菌培养物中提取天然F1抗原的方法,评价F1抗原对鼠疫的免疫保护效果.方法 通过用玻璃珠裂解菌体替代有机溶剂的方法,结合饱和硫酸铵沉淀和凝胶过滤的方法从鼠疫菌培养物中纯化出天然F1抗原.将F1抗原吸附到25%氢氧化铝佐剂中,肌肉注射免疫BALB/c小鼠,于初次免疫后第18周皮下攻毒104 CFU活鼠疫菌141强毒株.结果 一次免疫的两个剂量组之间产生的抗体滴度差异无统计学意义,而加强免疫的两个剂量组中,F1-40 μg剂量组产生的抗体滴度明显高于F1-20μg剂量组.F1抗原免疫的小鼠全部存活,而且健康状况良好,对照组小鼠全部死亡.结论 本研究提供了一种简单、有效和便于大规模提取F1抗原的方法.提取的F1抗原具有较高的免疫原性,可作为鼠疫亚单位疫苗的重要抗原组分用于鼠疫亚单位疫苗的研制.     

青海省格尔木市鼠疫耶尔森菌生化特征及基因分型研究

目的 了解青海省格尔木市鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis）的生化特征,进行规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）基因分型和差异区段（DFR）研究,为青海省格尔木市鼠疫菌鉴定溯源、鼠疫科学防控提供理论依据。方法 选取1967年以来青海省格尔木市境内从人尸、宿主动物及媒介昆虫体内分离出28株鼠疫菌,通过糖醇酵解实验,研究其生化特征。采用十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA。分别对CRISPR的YPa、YPb和 YPc 3个位点进行PCR扩增并测序,然后将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库检索比对,以鉴定CRISPR spacer阵列。最后根据CRISPR spacer阵列的多态性对青海省格尔木市鼠疫菌进行基因分型。采用23对DFR（DFR01-DFR23）分型引物和质粒验证引物（PMT1）对试验菌株DNA进行分型验证。结果 鼠疫菌糖醇类酵解表型特征研究结果显示,28株鼠疫菌对甘油、阿胶糖、麦芽糖的酵解均为阳性,对鼠李糖、蜜二糖、脱氮的酵解均为阴性。CRISPR分型发现10种spacer,包括YPa 5种、YPb 4种、YPc 1种,a105和b51是新发现spacer。28株鼠疫菌归类为8个基因型,分为5个CRISPR类群：Cb4、Cb4'、Ca7、Ca7'和Ca35'。DFR分型可分为4个基因组型,分别为32型、5型、8型和49型。该地区主要基因组型为32型和5型。结论 青海省格尔木市鼠疫菌均为青藏高原型,当地鼠疫菌基因型较少,遗传较为稳定,具有明显的地区分布特征。同一地区不同菌株基因型有差异,存在鼠疫菌菌株微进化。     

鼠疫噬菌体分离技术综述

鼠疫噬菌体作为鼠疫耶尔森菌的细菌病毒,在自然界分布广泛。鼠疫噬菌体的深入认识,将会在鼠疫鉴定与诊断、疾病预防和治疗、生态学研究、微生物进化等方面扮演重要的角色。为了获取更多的鼠疫噬菌体样本,鼠疫自然疫源地不同生物环境因素中鼠疫噬菌体样本的规范采集、处理、保存对其质量有重要影响,鼠疫噬菌体分离培养的优化因素对自然界鼠疫噬菌体数量和种类分离率的提高发挥着重要作用。本文从野生型鼠疫噬菌体采集现场的选择、样本的保存条件、噬菌体的分离方法及其注意事项方面对野生型鼠疫噬菌体的分离技术做一综述。     

对1株疑似鼠疫耶尔森氏菌的系统鉴定

目的对1株可疑菌株进行系列验证实验,以确定其是否为鼠疫耶尔森氏菌（以下简称鼠疫菌）。方 法用鼠疫细菌学常规方法和分子生物学手段确定其生物学表型特征、特异性基因及基因组特征。结果该菌 株具备鼠疫菌的典型形态特征;能被鼠疫噬菌体完全裂解;主要生化特性为阿胶糖（＋）、鼠李糖（－） 、麦芽糖（＋）、蜜二糖（－）、甘油（＋）、脱氮（+）,与典型鼠疫菌一致。毒力因子检查结果为均 为阴性;对实验动物小白鼠完全无致死能力。全基因组芯片杂交实验和PCR扩增表明55023菌株没有鼠疫菌 的三个质粒;也不具鼠疫标识基因;pgm位点代表性基因YPO1954扩增阳性,YPO1908扩增阴性,表明其pgm 位点不完整;差异片段（DFR）分型结果表明该菌株缺失了14个DFR,不符合鼠疫菌的特征;多位点序列分 型（MLST）分析结果表明该菌株与鼠疫存在16个碱基的差异,而与血清III型假结核耶尔森氏菌仅相差两 个碱基。结论尽管55023菌株具备鼠疫菌的一些表型特征,但基因组特征表明其不是鼠疫菌,而可能是血 清III型的假结核耶尔森氏菌;噬菌体裂解结果等表型不能作为鼠疫菌鉴定的最终标准。     

我国喜马拉雅旱獭鼠与南方家鼠鼠疫疫源地鼠疫菌遗传特征研究

目的 了解喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地与南方家鼠鼠疫疫源地鼠疫菌表型及其遗传特征，为掌握两块鼠疫疫源地鼠疫菌病原学特征提供参考依据。方法 选取我国喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和南方家鼠鼠疫疫源地内分离的412株鼠疫菌，对其进行糖醇酵解实验、毒力因子鉴定、DFR分型和CRISPR分型研究。结果 两块鼠疫疫源地鼠疫菌生化型呈明显的地区性分布特征，喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌被分为5个生化型；南方家鼠鼠疫疫源地鼠疫菌生化特性较为稳定，只有1个生化型。两块疫源地分离的鼠疫菌绝大多数能产生毒力因子Fl和PstI，其中喜马拉雅旱獭疫源地70.53%(201/285)菌株为VW阳性，Pgm阳性菌株占75.09%(214/285),Pgm阴性菌株占20.00%(57/285),Pgm混合型菌株占5.26%(15/285)；南方家鼠鼠疫疫源地37.80%(48/127)菌株为VW阳性，Pgm阳性菌株占29.13%(37/127),Pgm阴性菌株占58.27%(74/127),Pgm混合型菌株占12.60%(16/127)。DFR分型发现喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌包括22种基因型，其主要基因型为5、7、8、10、1...