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1.
目的 基于重叠延伸PCR(SOE PCR)技术构建转录因子EB(TFEB)丝氨酸114位点突变体原核表达质粒,并进行体外诱导表达和纯化。 方法 根据SOE PCR技术原理设计突变引物,以pGEX-6p-1-TFEB质粒为模板,分别采用外侧引物F和R及突变引物Fn和Rn进行第1步PCR扩增,获得含突变位点的产物1和产物2。经第2步PCR退火延伸对产物1和产物2进行重叠拼接,以拼接后DNA片段为模板,采用外侧引物F和R进行第3步PCR扩增获得含突变位点的目的DNA;将其克隆至pGEX-6p-1载体,采用BamH Ⅰ和Sal Ⅰ进行酶切鉴定,DNA测序验证突变结果。于大肠杆菌(E.coli)中分别采用不同浓度异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)在不同条件下诱导TFEB及其突变体重组蛋白表达。Glutathione-Sepharose 4B琼脂糖凝珠分离纯化蛋白,SDS-PAGE凝胶电泳检测纯化产物蛋白浓度和相对分子质量。 结果 第1步PCR扩增获得均含有突变位点的2条DNA片段,经第2步PCR退火延伸和第3步PCR扩增后获得大量含有突变位点的完整DNA片段。双酶切鉴定,连接的DNA片段与目的片段大小一致。DNA测序显示TFEB的114位丝氨酸(TCT)成功突变为丙氨酸(GCT)。在0.5?mmol·L-1 IPTG、16?℃诱导过夜条件下获得TFEB及其突变体的可溶性蛋白表达。SDS-PAGE凝胶电泳,纯化后蛋白浓度较高,分子大小正确。 结论 利用SOE PCR技术成功实现了TFEB丝氨酸114位点的定点突变,并且TFEB及其突变体基因在E.coli中成功表达。  相似文献   
2.
目的 建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法 通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对,设计特异性的引物探针,建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq (Probe qPCR) 10 μL,人参上下游引物各0.5 μL,西洋参上下游引物各0.3 μL,人参与西洋参特异性探针各0.4 μL,DNA模板2 μL,灭菌去离子水补至20 μL。反应条件为95℃预变性30 s;然后以95℃变性5 s,60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品,包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA,以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测,用以确定该方法的灵敏度。结果 人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线,人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线,其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论 本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。  相似文献   
3.
Background/purposeStreptococcus pneumoniae is an important human pathogen that causes invasive infections in adults and children. Accurate serotyping is important to study its epidemiological distribution and to assess vaccine efficacy.MethodsInvasive S. pneumoniae isolates (n = 300) from 27 teaching hospitals in China were studied. The Quellung reaction was used as the gold standard to identify the S. pneumoniae serotypes. Subsequently, multiplex PCR and cpsB gene-based sequetyping methods were used to identify the serotypes.ResultsBased on the Quellung reaction, 299 S. pneumoniae isolates were accurately identified to the serotype level and 40 different serotypes were detected. Only one strain was non-typeable, and five most common serotypes were identified: 23F (43, 14.3%), 19A (41, 13.7%), 19F (41, 13.7%), 3 (31, 10.3%), and 14 (27, 9.0%). Overall, the multiplex PCR method identified 73.3 and 20.7% of the isolates to the serotype and cluster levels, respectively, with 1.7% of the isolates misidentified. In contrast, the cpsB sequetyping method identified 59.0 and 30.3% of the isolates to the serotype and cluster levels, respectively, and 7% were misidentified.ConclusionsThe cpsB gene sequetyping method combined with multiplex PCR, can greatly improve the accuracy and efficiency of serotyping, besides reducing the associated costs.  相似文献   
4.
目的采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)法、单碱基末端延伸(SNaPshot)法对载脂蛋白E(APOE)进行分型检测,并与Sanger测序法比较,以期获得更为高效、稳定、经济的中、高通量APOE分型手段。方法选取既往收集的覆盖全部6种常见APOE分型的阿尔茨海默病(AD)及轻度认知障碍(MCI)患者全血核酸样本48份,根据KASP法和SNaPshot法技术原理设计实验识别APOE 2个关键单核苷酸多态性(SNP)位点rs429358和rs7412,并对样本进行APOE分型检测。调整样本顺序重复检测以验证方法的稳定性和可重复性。扩大样本量,收集AD、MCI患者全血样本107份,采用上述两种方法进行APOE分型检测,Sanger测序法验证。结果采用KASP法和SNaPshot法对48份已知APOE分型样本的2次检测结果与原分型完全一致。进一步扩大样本量对107例样本进行分型检测,与Sanger测序法得到的结果完全一致。结论采用KASP法和SNaPshot法进行APOE分型检测具有快速、准确、结果直观等特点,应用中、高通量APOE分型检测相对于Sanger测序法效率更高、成本更低,具有一定推广应用价值。  相似文献   
5.
目的 建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术检测HBV DNA的方法,并实现对乙型肝炎低病毒血症患者HBV DNA的精准检测。方法 构建pUC57-HBV质粒作为阳性对照质粒,设计合成HBV DNA ddPCR引物及探针,以梯度稀释的阳性对照质粒为模板进行ddPCR检测,完成标准曲线构建和检出限分析,并进行检测的重复性和特异性分析。收集首都医科大学附属北京佑安医院19例乙型肝炎低病毒血症患者的血浆样本(HBV DNA<10 IU/mL),提取HBV DNA后进行ddPCR检测。结果 建立的基于ddPCR技术检测HBV DNA的方法检测下限低至1 copy/μL(阳性质粒稀释法);对3种不同拷贝的阳性对照质粒(1×102、1×101、1×100 copies/μL)重复检测的变异系数分别为18.8%、9.9%、9.7%,且具有100%特异性;应用该方法在低于临床检测下限的乙型肝炎低病毒血症患者中,以1 copy/μL为临界值,HBV DNA的阳性检出率为68.42%。结论 ...  相似文献   
6.
目的建立一种基于规律成簇的间隔短回文重复序列及其相关蛋白(CRISPR/Cas13a)的乙型肝炎病毒(HBV)共价闭合环状DNA(HBV cccDNA)检测方法。方法提取2017年6月至2020年10月于首都医科大学附属北京佑安医院就诊的4例乙型肝炎患者肝脏总DNA后,使用HindⅢ内切酶和质粒安全性ATP依赖DNA酶(PSAD)分别进行酶切;根据松弛环状DNA(rcDNA)和cccDNA的结构差异,设计特异性扩增HBV cccDNA的引物,对酶切后的产物进行滚环扩增(RCA)和PCR扩增;并筛选crRNA,建立基于CRISPR/Cas13a技术的HBV cccDNA检测新方法。结果利用α-1-抗胰蛋白酶(A1AT)和HBV表面抗原(HBsAg)引物对双重酶切后的产物进行扩增,验证产物中HBV基因组的存在;利用HBV cccDNA和HBV rcDNA引物对PSDA酶切后的产物扩增,验证了产物中只存在HBV cccDNA;利用RCA后的阳性样本作为模板梯度稀释,然后进行PCR扩增转录后使用CRISPR/Cas13a检测,计算出检测下限为10拷贝/μl。结论本研究建立了RCA-PCR-CRISPR-Cas13a的新型检测方法,可对HBV cccDNA进行高灵敏度和高特异性检测,为乙型肝炎患者抗病毒治疗评估、治疗终点的确定以及调整治疗方案提供了有效的监测手段。  相似文献   
7.
目的:探讨葛根芩连汤上调微RNA-542-3p(miR-542-3p)表达保护溃疡性结肠炎(UC)大鼠的机制研究。方法:选取8~10周龄SD大鼠经UC造模及鉴定后分成模型组、美沙拉嗪组、葛根芩连汤低剂量、中剂量、高剂量组,同批次等体质量健康大鼠作为空白对照组,每组16只。UC结肠细胞进入对数生长期后消化传代至24孔板培养,每孔加入2×105个细胞,用Lipofectamine 3000转染miR-NC、miR-542-3p、anti-miR-NC、anti-miR-542-3p质粒至UC大鼠结肠上皮细胞并分组,miR-NC、miR-542-3p组细胞经含10%生理盐水处理24 h,而anti-miR-NC、anti-miR-542-3p组用含10%葛根芩连汤处理24 h,处理结束后分析细胞上清液炎症介质和氧化应激相关指标的变化。酶联免疫吸附试验法(ELISA)检测大鼠结肠组织和细胞肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)含量;化学比色法检测丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)含量;实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测miR-542-3p表达水平。结果:与模型组比较,葛根芩连汤中剂量、高剂量组TNF-α、IL-6、IL-8含量显著降低(P<0.05)。与模型组比较,葛根芩连汤中剂量、高剂量组MDA水平显著降低,SOD、GSH-PX水平显著升高(P<0.05)。与模型组比较,葛根芩连汤中、高剂量组miR-542-3p表达水平显著升高(P<0.05)。与UC+miR-NC组比较,UC+miR-542-3p组细胞miR-542-3p表达水平显著升高;TNF-α、IL-6、IL-8含量显著降低;MDA水平显著降低以及SOD、GSH-Px水平显著升高(P<0.05)。与UC+anti-miR-NC+葛根芩连汤组比较,UC+anti-miR-542-3p+葛根芩连汤组细胞miR-542-3p表达水平显著降低;TNF-α、IL-6、IL-8含量显著升高;MDA水平显著升高以及SOD、GSH-Px水平显著降低(P<0.05)。结论:葛根芩连汤上调miR-542-3p表达保护UC大鼠,消除肠道炎症。  相似文献   
8.
9.
目的:通过核酸检测新型冠状病毒,探讨PCR检测方法在新型冠状病毒和其他病原体感染的临床应用。方法:收集1例确诊患者送检的咽拭子样本,通过柱提法提取病毒RNA,使用商品化的扩增试剂和传统PCR技术进行检测。结果:A、B、C、D、E、F、G新冠检测试剂盒的结果均为阳性,PCR也能扩增出特异性条带,此外还检测出该患者有EB病毒和腺病毒病原体感染的情况。结论:7种扩增试剂盒检出阳性样本结果基本一致,均可用于实验室检测,该样本检测出新冠病毒的同时还检测出其他呼吸道相关病原体,为新冠肺炎的鉴别、诊断、治疗提供依据。  相似文献   
10.
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