A multidisciplinary approach for prenatal diagnosis of FRASER SYNDROME-report of a novel variant in FRAS1

ObjectiveWith this case report, we would like to highlight the importance of a multidisciplinary approach and atypical findings of congenital high airway obstruction sequence (CHAOS), anhydramnios, and renal dysgenesis in the prenatal diagnosis of Fraser syndrome (FS).Case reportA 25-year-old primigravida at 19 weeks of routine anomaly scan revealed abnormal sonographic findings such as fetal bilateral dysplastic small kidneys and gross oligohydramnios. The further detailed evaluation revealed that both fetal lungs were hyperechogenic with prominent (dilated) trachea and bronchi suggestive of CHAOS. Based on these findings, a diagnosis of FS was suspected. The couple was counseled and the pregnancy was terminated. The postmortem evaluation and novel homozygous variant in the FRAS1 gene confirmed the diagnosis of FS.ConclusionThe diagnosis and counseling of the patient were supported by a well-coordinated, multidisciplinary approach involving an obstetrician, a fetal medicine specialist, a medical geneticist, and a fetal pathologist.     

Deepm5C: A deep-learning-based hybrid framework for identifying human RNA N5-methylcytosine sites using a stacking strategy

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miR-513a-5p慢病毒载体的构建及其对人骨肉瘤细胞放疗敏感性的影响

目的:构建miR-513a-5p慢病毒过表达载体，转染人骨肉瘤细胞株，观察miR-513a-5p对人骨肉瘤细胞放疗敏感性的影响。方法:PCR法扩增人miR-513a-5p基因，克隆入pLentis-CMV-GFP-MCS-PGK-PURO载体获得重组质粒pLentis-miR513a，双酶切鉴定并测序后将正确的重组质粒和对照质粒转染293FT细胞制备慢病毒，分别转染骨肉瘤HOS和U2OS细胞，qRT-PCR法及荧光显微镜鉴定转染结果。克隆形成实验、MTT法检测miR-513a-5p高表达HOS和U2OS细胞在X射线照射下细胞存活情况。结果:双酶切及测序结果确定成功构建miR-513a-5p慢病毒载体pLentis-miR513a。qRT-PCR结果提示，转染骨肉瘤细胞株后miR-513a-5p表达显著升高。克隆形成实验结果显示miR-513a-5p高表达后骨肉瘤细胞在X射线照射下细胞增殖减慢。MTT结果提示miR-513a-5p高表达骨肉瘤细胞经X射线照射后细胞存活减少。结论:成功构建了miR-513a-5p慢病毒载体，建立了高效稳定表达miR-513a-5p的骨肉瘤细胞株，高表达miR-513a-5p能显著增加X射线照射后骨肉瘤细胞的放疗敏感性。     

地黄毛蕊花糖苷合酶基因的克隆、亚细胞定位与表达特性分析

目的克隆地黄Rehmanniaglutinosa毛蕊花糖苷合酶基因(Rg Ac S1),分析其亚细胞定位和表达模式。方法在地黄的转录组数据库中通过注释和比对,获得地黄Rg Ac S1的c DNA序列,利用聚合酶链式反应(PCR)方法进行分子克隆。构建绿色荧光蛋白(GFP)融合表达载体,以农杆菌瞬时表达法观测Rg Ac S1的亚细胞定位。利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测Rg Ac S1基因在地黄块根不同部位的表达模式。结果获得地黄1个莽草酸-O-羟基肉桂酰基转移酶的全长编码序列,c DNA长度为1 659 bp,包含1个1 296 bp的开放阅读框,编码431个氨基酸残基,蛋白质相对分子质量为475 900,具有莽草酸-O-羟基肉桂酰基转移酶的典型结构域,命名为Rg Ac S1。亚细胞定位结果显示Rg Ac S1主要分布在细胞质中,在细胞核中也有分布。q RT-PCR分析表明,Rg Ac S1在地黄的周皮和根毛中表达量较高,在木质部和韧皮部表达量较低。Rg Ac S1基因在地黄品种北京1号、QH1和85-5中非菊花心中表达量均高于菊花心中的表达量,且差异达极显著水平。结论获得地黄Rg Ac S1的c DNA序列,明确了Rg Ac S1的亚细胞定位和时空表达模式,为进一步研究Rg Ac S1基因在毛蕊花糖苷合成过程中的作用奠定基础。     

江西省锐尖山香圆亲缘关系与群体结构的ISSR分析

目的:利用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记技术对江西省锐尖山香圆进行亲缘关系和遗传结构分析,为该药材资源的保护和利用提供理论依据。方法:采集江西省4个县6个采样地的22份锐尖山香圆叶片样本,利用试剂盒法提取基因组DNA。利用64条通用ISSR分子标记引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,运用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)方法检测条带。选择NTsys 2. 10e软件,采用非加权配对算术平均法(UPGMA)计算遗传相似系数并聚类分析。利用Structure 2. 1软件分析群体遗传结构。结果:有48条ISSR引物扩增后获得了产物,多态性条带百分率处于45. 45%～100%。UPGMA聚类分析表明4个县的锐尖山香圆资源不能按照行政区域划分分别聚为一类,群体遗传结构分析表明22份锐尖山香圆群体可以划分为3个类群。结论:江西省锐尖山香圆群体间存在着基因交流,会影响该药材不同地理来源种质资源的遗传结构组成。     

The current state of molecular testing in the treatment of patients with solid tumors, 2019

The world of molecular profiling has undergone revolutionary changes over the last few years as knowledge, technology, and even standard clinical practice have evolved. Broad molecular profiling is now nearly essential for all patients with metastatic solid tumors. New agents have been approved based on molecular testing instead of tumor site of origin. Molecular profiling methodologies have likewise changed such that tests that were performed on patients a few years ago are no longer complete and possibly inaccurate today. As with all rapid change, medical providers can quickly fall behind or struggle to find up-to-date sources to ensure he or she provides optimum care. In this review, the authors provide the current state of the art for molecular profiling/precision medicine, practice standards, and a view into the future ahead.     

某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌耐药基因分析

目的研究某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(CRE)在细菌耐药方面的分子流行病学特征,为CRE的防控提供依据。方法收集某院2013—2017年细菌室保存的CRE,对其进行多位点序列分型(MLST)、药敏试验、全基因序列测定,选取部分CRE中携带的碳青霉烯耐药基因进行基因环境分析。结果共收集62株CRE,成功复活51株;其中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)30株,耐碳青霉烯类大肠埃希菌(CREC)9株,耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CRECL)6株,耐碳青霉烯类其他肠杆菌6株。CRKP MLST主要包括3株ST147、2株ST11;CREC MLST主要包括3株ST167;CRECL MLST主要包括3株ST93、2株ST88。51株CRE对氨苄西林、头孢噻肟的耐药率最高,均为100%。耐碳青霉烯类耐药基因分布:1株携带blaKPC-2,14株携带blaIMP-4,18株携带blaNDM-1,22株携带blaNDM-5,2株携带blaNDM-9,10株携带blaOXA-1,10株携带blaOXA-10,2株携带blaOXA-23,2株携带blaOXA-66。分析blaNDM-1、blaNDM-5、blaNDM-9、blaIMP-4不同菌种的基因环境,发现几种耐药基因各自的基因环境都与已报道的基因环境相似,无明显的菌种间差异性。结论耐药基因通过水平传播能稳定存在于不同的CRE菌株中,对医院感染防控造成一定的威胁。     

基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。     

基于线粒体COⅠ基因的广西不同地区福寿螺遗传多态性分析

目的 通过对广西不同地区福寿螺的COⅠ基因进行分析,以了解广西福寿螺种群的遗传多态性。方法 从南宁市横县、桂林市全州县和荔浦县、贺州市富川县、百色市田林县和崇左市凭祥县共计6个县区采集福寿螺样本,提取DNA并进行COⅠ基因的PCR扩增及测序。运用MAGE 7.0将本研究获得的单倍型与GenBank中的福寿螺单倍型使用邻接法构建系统进化树,并计算个体间的遗传距离,分析其遗传多样性。结果 COⅠ基因长度为493 bp,从11个样本鉴定出2种单倍型：单倍型1（Haplotype 1）和单倍型2（Haplotype 2）。其中9个样本为Haplotype 1,分别来源于南宁市横县（2个）、贺州市富川县（1个）、桂林市荔浦县（1个）、百色市田林县（2个）、崇左市凭祥县（3个）,该单倍型与小管福寿螺遗传距离最近,为0.047;2个样本为Haplotype 2,分别源自为南宁市横县和桂林市全州,与孤岛福寿螺遗传距离最近,为0.062。根据上述条件所构建的进化树形成了7个分支,分别为P. canaliculata、P. camena、P. insularum、P. paludosa、P. diffusa、P. haustrum、和外群Pilaconica。Haplotype 1与来自美国夏威夷 （GenBank登录号 EU 523129）的P. canaliculata组成一个分支,Haplotype 2与来自巴西（GenBank登录号EF514942）的P. insularum组成一个分支,且置信值均在98%以上。结论 初步判断广西地区存在小管福寿螺与孤岛福寿螺两种类型的福寿螺,其种群内没有发现遗传分化。