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1.
王晨峰  卢旭华 《脊柱外科杂志》2022,20(5):322-326,333
目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变(IDD)相关的差异表达基因(DEG),寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编(GEO)数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。  相似文献   
2.
目的 探究大学生微信朋友圈人格、自我呈现策略和情绪表达间的关系。方法 采用社交网络自我呈现策略问卷、艾森克人格问卷简式量表、伯克利情绪表达问卷,对随机抽取的371名大学生进行调查。结果 ⑴外倾型人格总分与真实自我呈现策略总分呈正相关(r=0.170,P=0.001),与正性情绪表达呈正相关(r=0.166,P=0.001),与情绪表达强度呈正相关(r=0.184,P=0.001),真实自我呈现策略与正性情绪表达呈正相关(r=0.239,P=0.001)。⑵真实自我呈现策略在外倾型人格与正性情绪表达的关系中存在部分中介效应。结论 371名大学生的外倾型人格、真实自我呈现策略与正性情绪表达关系密切,真实自我呈现策略在外倾型人格与正性情绪表达的关系中存在部分中介效应。  相似文献   
3.
乳腺癌是全球发病率最高的恶性肿瘤,严重影响女性的健康。人表皮生长因子受体2(Human epidermal growth factor receptor 2,HER2)作为乳腺癌重要的治疗靶点,对应的靶向治疗改善了此类患者的预后。在既往的诊治过程中,HER2低表达乳腺癌被归类为HER2阴性乳腺癌的范畴。随着研究的不断深入,发现HER2低表达乳腺癌患者在临床病理、分子生物学特征和生存预后等方面具有一定差异,并且难以从传统的抗HER2治疗中获益。多项研究探索了抗体药物偶联物(Antibody-drug conjugates,ADC)以及其他新型药物在HER2低表达乳腺癌中的疗效及安全性。本文将针对HER2低表达乳腺癌相关研究进展进行综述。  相似文献   
4.
Background: Triple negative breast cancer (TNBC) is associated with poor prognosis, aggressive phenotype(s) of tumours, partial chemotherapy response, and lack of clinically proven therapies. MicroRNAs (miRNAs) can target and modulate key genes that are involved in TNBC chemotherapy. Deregulated miRNA expression is highly involved in anti-cancer drug resistance phenotype and thus, miRNAs tend to be promising candidates for prediction of chemotherapy response and recurrence. Aim: This study aimed to investigate the expression levels of selected miRNAs (miR-21, miR-27b, miR-34a, miR-182, miR-200c and miR-451a) in cancerous and normal adjacent tissues of TNBC patients and to correlate with the clinicopathological data. Methods: Forty-one (41) FFPE tissue block of histopathologically confirmed TNBC patients was collected. Total RNA from the cancerous and adjacent non-cancerous tissues were isolated, transcribed, and pre-amplified. The relative expression level of miRNAs in tumour and normal adjacent tissues of TNBC patients was analysed using qRT-PCR. Results: Out of six miRNAs studied, the relative expression of miR-27b and miR-451a were found to be significantly lower in cancerous as compared to normal adjacent tissues of TNBC patients. In addition, a significant down regulation of miR-451a was also observed in infiltrating ductal carcinoma subtype, stages I and II, in both grade II and III, premenopausal and postmenopausal as well as in those with positive axillary lymph node metastases. Conclusion: The results suggest the possible utilization of miR-27b and miR-451a expression levels as potential predictive risk markers for TNBC patients undergoing TAC chemotherapy.  相似文献   
5.
Introduction: Cholangiocarcinoma (CCA) is the second most common type of primary liver cancer. Several factors, such as epigenetic changes in promoter genes, gene expression, and microRNAs (miR), can contribute to genomic instability in cancer. This study aimed at evaluating the expression of VEGF, miRs 145-3p, and 101-3p in patients with CCA and their potential as biomarkers for diagnosis and prognosis of CCA. Material and methods : Sixty two patients were studied. Out of these 62 patients, 41 cases had confirm CCA and 21 cases had hepatopathies complications. The RNA was extracted from a paraffined tissue block, and then the synthesis of cDNA was performed. The analysis of the expression of VEGF, miR-145-3p, and miR-101-3p was carried out by polymerase chain reaction in real time.  Results: The findings revealed that miRs 145-3p and 101-3p were under expressed in the case group compared to the control group (0.46; 0.17; P = 0.0001, respectively). VEGF was overexpressed in the case group compared to the control group (11.8; P = 0.0001). An increase in miR-145-3p expression level was observed in patients with perihilar CCA compared to those with distal CCA (0.51 ± 0.41; 0.17 ± 0.13; P = 0.0698). Survival rate analysis showed that 41.9% of patients with intrahepatic CCA and 31.5% of patients with extrahepatic CCA were free from death within 11 months, leading to a significant difference (P> 0.05). Conclusion: The underexpression of miRNAs, tumor suppressors, the overexpression of VEGF, smoking, and aging were associated with CCA based on our findings. It seems that the reduced expression of the studies miRNAs and increased expression of VEGF can contribute to a decrease in survival rate of patients with tumor in their intrahepatic bile ducts.  相似文献   
6.
7.
目的:利用生物信息学筛选不同阻滞阶段非梗阻性无精子症(NOA)相关的调控因子及其调控途径,为后续的功能研究提供依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获得GSE45885的基因表达谱矩阵,筛选其中的正常样本以及不同阻滞阶段NOA样本,包括4例正常生精样本和20例NOA患者样本,20例NOA患者中有2例患者处于减数分裂前期阻滞阶段(PRE),7例处于减数分裂期阻滞阶段(MEI),11例处于减数分裂后期阻滞阶段(POST)。将正常生精样本设置为对照组(CON),使用GEO2R在线工具鉴定正常生精样本与不同阻滞阶段NOA样本之间的差异基因,对GEO芯片中不同阻滞阶段的NOA数据整合归一化并进行矫正后取交集。对差异表达的基因以及其靶基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析,获取关键通路;基于在线工具(STRING)构建蛋白质相互作用(PPI)网络图。然后利用Cytoscape中的CytoHubba插件对枢纽基因进行筛选。结果:在PRE中筛选出463个上调基因,12个下调基因;在MEI和POST中分别发现2个和3个下调基因,无上调基因。PRE中上调基因通过一些重要途径,如精子发生、精子细胞发育、精子的运动、纤毛运动和微管形成等功能来调控生精过程。在上述的3个阻滞阶段NOA中筛选出2个共同差异基因,均为微小RNA(miRNA),2个miRNA有58个共同靶基因。利用在线生物信息学工具STRING成功构建PRE中上调基因的PPI网络图,并使用Cytoscape筛选出网络中前10个枢纽基因,包括DNAI1、DNAI2、PGK2、ROPN1LARMC4、DRC1、DNAAF3、CABYRZMYND10和CCDC65。结论:识别枢纽基因和共同差异基因及其通路为后续研究NOA的发生机制提供了有价值的参考,DRC1、ARMC4、MIR15A和MIR509-3可作为后续NOA发病机制研究的潜在靶点。  相似文献   
8.
目的:探究铜绿假单胞菌Ⅵ型分泌系统VgrG1a蛋白的原核表达方法,并制备鼠源性和人鼠嵌合型单克隆抗体为抗铜绿假单胞菌感染提供了研究基础。方法:根据NCBI网站上查找到的VgrG1a序列合成重组质粒pET-21a-VgrG1a,转化大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3)plysS进行诱导。通过免疫沉淀法和酶联免疫吸附实验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)对诱导得到的重组蛋白进行表达、纯化和鉴定。用纯化后的VgrG1a重组蛋白免疫BALB/c小鼠,制备鼠源多克隆抗体,并利用ELISA方法测定小鼠血清抗体的效价和特异性。通过P3X63Ag8.653骨髓瘤细胞融合小鼠脾细胞制备杂交瘤细胞,再通过有限稀释法获得单克隆细胞。经多次ELISA筛选出能够稳定产出特异性抗体的细胞株。在公司测序后获得单克隆抗体的序列信息,并设计出含有此抗体的质粒,转染Expi293细胞,制备人源化单克隆抗体。结果:结果显示,实验成功构建了VgrG1a重组质粒,经探索在最佳表达诱导条件下(温度16℃,IPTG浓度0.5mM,诱导时间16小时),表达得到了重组蛋白VgrG1a,SDS-PAGE显示72kDa处重组蛋白浓度最高。检测制备的鼠源抗体在稀释到1/640000后效价仍较高,并且与目的蛋白能够能特异性的识别并结合。人鼠嵌合型单克隆抗体8A4F5对抗原VgrG1a亲和力高于鼠源单克隆抗体。结论:以上结果表明,该原核表达的重组蛋白具有良好的免疫原性,利用表达的重组蛋白制备的单克隆抗体具有较高的抗体效价和特异性,为进一步研究蛋白的结构与功能、研制相关的诊断试剂及疫苗提供了生物材料。  相似文献   
9.
目的:分离提取心肌缺血预适应(IPC)模型大鼠循环血中的细胞微囊泡(MVs),探究IPC处理对循环血MVs中microRNAs (miRNAs)表达的影响。方法:健康雄性Wistar 大鼠8只,随机分为IPC-MVs组和假手术对照(Sham-MVs)组,每组4 只。建立 大鼠心肌IPC 模型,提取循环血IPC-MVs,采用Microarray 分析两组循环血MVs 中的miRNAs,利用生物信息学进行靶基因预 测及功能分析。结果: 与Sham-MVs组比较,IPC-MVs组中循环血差异表达显著上调的miRNAs 共3 个(P<0.01,FER<0.05): miR-1-3p、miR-133a-3p 和miR-133b-3p(t=3.194、3.002、3.389,均P<0.05)。基因本体研究会数据库(GO)和京都基因与基 因组百科全书(KEGG)分析显示,这些miRNAs 可能通过调节心肌细胞中丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路和Ras信号 通路,发挥抗心肌缺血/再灌注(I/R)损伤的保护作用,可能参与调控的核心靶基因包括Ntrk2、Igf1、Gnai3 和Bcl2l1。结论:IPC 处 理可使大鼠循环血MVs中miR-1-3p、miR-133a-3p 和miR-133b-3p表达显著上调。  相似文献   
10.
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