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1.
目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组(LM,n=212)与无淋巴结转移组(NLM,n=165)。利用R语言(v3.6.2)对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果:一共筛选出1197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论:CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。  相似文献   
2.
Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is one of the most common malignancies and has a low 5-year survival rate. Mounting evidence suggests that oral potentially malignant disorders, such as oral leukoplakia (OLK), may progress to HNSCC. Given that OLK and HNSCC are often insidious and asymptomatic, the identification of markers of OLK malignant transformation and therapeutic targets in HNSCC is critical. Using various online tools and publicly available gene expression datasets, the secreted phosphoprotein 1 gene (SPP1) was identified as a significant differentially expressed gene among OLK, HNSCC, and non-cancerous tissues. SPP1 mRNA levels were elevated in HNSCC tissues and were associated with cancer stage, tumor grade, and human papillomavirus infection status. High SPP1 mRNA levels were correlated with poor overall survival of HNSCC patients. In contrast, SPP1 mutations were not significantly associated with overall survival, although their frequency in HNSCC was very low (0.6%). Furthermore, SPP1 expression levels in HNSCC were positively correlated with the infiltration of CD4+ cells, macrophages, neutrophils, and dendritic cells. The study results suggest that SPP1 may represent a diagnostic and prognostic biomarker, as well as a potential therapeutic target in HNSCC.  相似文献   
3.
肥厚型心肌病(HCM)是一种常见的遗传性心脏病,是青少年及年轻运动员心源性猝死的最主要原因之一,其分子遗传学基础为基因突变。TNNC1是HCM的重要致病基因之一,目前仅发现其少量非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点与HCM发病相关,但该基因其他nsSNPs数量较多,结合临床进行实验遗传检测其基因型与表型的关系,工作量巨大,尚不可行。因此,采用生物信息学方法,从dbSNP数据库中筛选出TNNC1基因全部的nsSNPs,联合4款(Mutation Taster、PolyPhen-2、PhD-SNP和MutPred)专业软件,进行有害性分级筛选和致病关联预测,最后进行突变蛋白三维结构建模及可视化分析。结果显示,首次从TNNC1基因102个nsSNPs位点中预测出疾病相关的18个(G159D、S69R、P52R、D149G、D3V、G140E、N51K、D151V、M47R、G110C、A23D、G140R、K158N、C35Y、R147C、L48P、F74C和V44G)高风险nsSNPs。基于生物信息学方法,以TNNC1基因的nsSNPs为示范,分析其nsSNPs与疾病表型的关系,这为其他遗传疾病致病基因nsSNPs的关联分析打下理论研究基础,具有重要的参考价值。  相似文献   
4.
SARS-CoV-2 is a newly discovered beta coronavirus at the end of 2019, which is highly pathogenic and poses a serious threat to human health. In this paper, 1875 SARS-CoV-2 whole genome sequences and the sequence coding spike protein (S gene) sampled from the United States were used for bioinformatics analysis to study the molecular evolutionary characteristics of its genome and spike protein. The MCMC method was used to calculate the evolution rate of the whole genome sequence and the nucleotide mutation rate of the S gene. The results showed that the nucleotide mutation rate of the whole genome was 6.677 × 10?4 substitution per site per year, and the nucleotide mutation rate of the S gene was 8.066 × 10?4 substitution per site per year, which was at a medium level compared with other RNA viruses. Our findings confirmed the scientific hypothesis that the rate of evolution of the virus gradually decreases over time. We also found 13 statistically significant positive selection sites in the SARS-CoV-2 genome. In addition, the results showed that there were 101 nonsynonymous mutation sites in the amino acid sequence of S protein, including seven putative harmful mutation sites. This paper has preliminarily clarified the evolutionary characteristics of SARS-CoV-2 in the United States, providing a scientific basis for future surveillance and prevention of virus variants.  相似文献   
5.
目的利用网络药理学和生物信息学方法对隐丹参酮(CTS)抗非小细胞肺癌(NSCLC)的机制进行较为全面的探讨。方法以CTS为研究对象,使用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction以及PharmMapper靶点预测平台收集CTS相关靶点;使用OMIM数据库、GeneCards数据库以及TCGA数据库收集NSCLC相关靶点;使用String数据库以及Cytoscape软件构建交集靶点的PPI网络图,并筛选出核心靶点,用AutoDock Vina进行分子对接验证;运用R语言的clusterProfiler包对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Cytoscape软件构建"CTS-交集靶点-KEGG通路"网络。结果得到交集靶点75个,主要涉及信号传导、磷酸化与去磷酸化、细胞凋亡与血管调节等多种生物过程,CTS主要通过胰腺癌、大肠癌、癌症途径、JAK-STAT信号通路、细胞凋亡以及自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路发挥其抗NSCLC作用。结论 CTS通过多靶点、多通路来发挥其抗NSCLC作用,为其进一步深入研究提供了理论上的支持。  相似文献   
6.
章爽  高桂平  曾云 《国际眼科杂志》2022,22(9):1490-1495

生物信息学是一门对基因组学和蛋白质组学进行研究的新兴学科,是生物学、计算机科学、信息工程和统计学的综合交叉学科。在眼科生物基因研究中,角膜、晶状体、房水、玻璃体和视网膜因富含大量的生物信息,是理想的生物信息学研究对象。基因组学检测技术的高效性和准确性有助于对眼科肿瘤及遗传疾病相关差异表达基因的筛查。蛋白质组学有助于分析眼科疾病状态下眼内液体或细胞中基因表达高低所引起的蛋白表达谱及功能改变,从而揭示疾病的发生机制。本文主要综述生物信息学在眼科疾病的应用,并初步展望其对相关疾病治疗的影响、目前存在的问题及未来的发展趋势。  相似文献   

7.
目的:探讨干扰素-α诱导蛋白27(IFI27)在胰腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法:免疫组织化学法检测IFI27蛋白在胰腺癌、癌旁及慢性胰腺炎组织中的表达情况,分析阳性表达与胰腺癌患者相关临床病理参数和预后的关系。利用生物信息学方法基于TCGA数据库分析IFI27在胰腺癌组织中的表达差异和预后相关性。结果:IFI27在胰腺癌组织中表达的阳性率高于癌旁以及慢性胰腺炎组织(P<0.05),且与血管侵犯、淋巴结转移以及肿瘤分化程度相关。胰腺癌患者的总体生存期与肿瘤分化程度、血管侵犯、淋巴结转移以及IFI27阳性表达相关。多因素分析显示IFI27阳性表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素。基于TCGA数据库分析得出IFI27在胰腺癌组织中的表达量高于正常组织(P<0.05),生存曲线提示IFI27低表达患者的预后优于高表达患者(P<0.05)。结论:IFI27高表达的胰腺癌患者预后差,IFI27阳性表达是胰腺癌患者的独立预后指标。  相似文献   
8.
《Molecular therapy》2022,30(8):2856-2867
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  相似文献   
9.
目的:通过分析非小细胞肺癌顺铂敏感株及耐药株的基因芯片表达数据,筛选差异基因及关键通路,构建蛋白相互作用网络,探讨关键集群功能。方法:从GEO数据库获得基因芯片表达数据,利用GEO2R工具筛选差异基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,经DAVID富集得到相关特征基因与信号通路信息。结果:通过芯片分析共获得481个差异表达基因,相比于敏感细胞株,顺铂获得性耐药细胞株中有418个上调基因和63个下调基因。差异基因功能主要富集在piRNA代谢、DNA甲基化修饰、细胞有丝分裂及细胞周期进程等信号通路。蛋白复合物预测得到主要功能集群6个,分别与细胞趋化性、细胞角化性、piRNA代谢过程、细胞因子受体相互作用、细胞因子分泌调节及染色质沉默相关生物进程相关。结论:本研究利用生物信息学方法,发现顺铂耐药细胞株特征基因及信号通路,其中SAA1、KRT5、TDRD9、BCL2A1、CSF1R和HIST1H1A等显著上调基因及其功能集团可能是非小细胞肺癌顺铂耐药的潜在分子机制,为临床精准治疗提供新的理论依据。  相似文献   
10.
目的:从全基因组层面对大麻(Cannabis sativa)TIFY基因家族进行鉴定与功能分析,为解析大麻TIFY家族基因功能及其对大麻素等次生代谢产物生物合成的调控机理奠定基础。方法:采用已有大麻基因组数据,通过NCBI,PlantTFDB,MEME及TBtools等生物信息学分析工具,鉴定大麻中的TIFY家族基因,并对其编码蛋白的理化性质、系统进化、基因结构、染色体定位及组织差异表达模式等进行分析和可视化作图。结果:该研究共鉴定到大麻TIFY家族基因成员14个(CsTIFY1~CsTIFY14),分属于TIFY,JAZ,ZML和PPD共4个亚家族,其核酸序列长度为365~1 369 bp,编码氨基酸长度为118~442 aa,等电点为4.64~9.96。14个CsTIFYs不均匀的分布在8条染色体上,亚细胞定位预测其蛋白均定位细胞核中。CsTIFYs基因的启动子区具有多种非生物胁迫响应的顺式作用元件,可参与植物的不同生长发育和非生物胁迫调控。转录组表达热图分析表明,CsTIFYs在不同大麻品种的雌花及同一品种的花、苞片、茎、叶中均存在表达差异。结论:该研究从全基因组水平鉴定到大麻CsTIFY家族转录因子14个,并对其结构特点和表达模式进行研究,预测大麻CsTIFYs可能在大麻的JA信号转导通路、非生物胁迫及大麻素生物合成中发挥重要调控作用,将对大麻中TIFY家族的基因功能研究以及大麻优质品种选育提供科学参考。  相似文献   
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