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3.
目的 构建miRNA-mRNA调控网络,为探索精神分裂症的分子遗传学发病机制研究提供新的思路。方法 于2021年7月在GEO数据库下载精神分裂症外周血miRNA(GSE54578)和死后大脑扣带回mRNA(GSE145554)微阵列数据集,利用GEO2R获取差异表达的miRNA和mRNA,筛选具有靶向mRNA的差异表达miRNA并预测其上游潜在的转录因子;然后,将差异表达miRNA所靶向mRNA与GSE145554数据集所获取的差异表达mRNA取交集基因;最后,对交集基因实施GO和KEGG通路富集分析以揭示它们的生物学功能,构建交集基因PPI网络和miRNA-mRNA调控网络。结果 GSE54578共识别出8个上调且具有靶向mRNA的差异表达miRNA,差异表达miRNA共预测出转录因子10个;GSE145554识别出247个下调的差异表达mRNA,取交集基因后筛选出17个目标mRNA;GO分析显示,目标mRNA主要参与星形胶质细胞的分化与发育等,KEGG通路富集分析显示,目标mRNA主要参与Rap1和Ras信号传导通路等,PPI网络分析显示,mRNA(KRAS和CD28)可能是精神分裂症的关键基因。结论 基于GEO数据库并整合生物信息学不仅能识别精神分裂症的潜在易感基因,并有助于构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络。 相似文献
4.
目的基于UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS技术阐明树舌灵芝主要成分,结合网络药理学探讨其防治新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法采用UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS技术鉴定树舌灵芝的主要成分;采用Swiss Target Prediction数据平台对鉴定成分进行靶点预测,对核心靶基因进行GO和KEGG富集分析,运用Cytoscape 3.8.0绘制关联网络图,同时通过分子对接评价树舌灵芝核心成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及3种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白的结合作用。结果该研究从树舌灵芝中鉴定化合物62个;30个活性化合物主要作用在IL-6、PTGS2和MAPK1等32个核心靶点,通过PI3K/Akt、TNF及肺结核等多条与肺损伤保护相关通路,发挥防治COVID-19的作用;分子对接显示小白菊内酯、1,4-二羟基-2-萘甲酸和瑞香素等核心成分与ACE2及3种SARS-CoV-2蛋白的亲和作用较好。结论该研究初步阐明树舌灵芝的化学成分及潜在作用机制,为筛选树舌灵芝防治COVID-19的药效成分及深入阐明作用机制提供了科学的理论依据。 相似文献
5.
目的:应用关联规则、聚类分析等数据挖掘技术,分析中药专利复方治疗腹泻型肠易激综合征的用药规律。方法:检索治疗腹泻型肠易激综合征的中药专利复方,根据纳排标准进行筛选。建立Excel表,对入选的复方进行术语规范化处理,应用数据挖掘软件对数据进行频次统计、频繁项集分析、关联规则分析、聚类分析、复杂网络分析。结果:共得到96首专利复方,频次统计发现用药多温、平,以甘、辛、苦味药为主,使用频次较高的中药包括白芍、陈皮、白术、防风、茯苓、甘草、木香、黄连、麸炒白术、柴胡等;频繁项集分析显示药物配伍以调和肝脾、燥湿止泻为主;关联规则分析显示常见药对包括防风-白芍、柴胡-白芍、炙甘草-陈皮、山药-茯苓等;聚类分析发现3个中药功能模块,即补脾柔肝、祛湿止泻;理气止痛,燥湿止泻;温中散寒、涩肠止泻;复杂网络分析发现核心药物33味,核心配伍的功效为补脾柔肝、祛湿止泻。结论:数据挖掘为临床治疗腹泻型肠易激综合征提供了参考依据,应以调肝、健脾、温肾为基本大法,兼顾涩肠止泻、养心安神、调和寒热等,根据患者症状辨证论治。 相似文献
6.
目的:基于网络药理学探讨续断治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),以药代动力学特征为标准获取续断的活性成分,并预测相关活性成分的作用靶点;与GeneCards和DisGeNET数据库获取的骨质疏松疾病靶点映射,筛选续断治疗OP的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建中药?活性成分?疾病?靶标调控网络和潜在靶点间的蛋白互作网络。同时通过Enrichr在线工具进行潜在靶点的GO分析以及KEGG通路富集分析。最后通过AutoDock Vina软件将续断活性成分与重要的靶蛋白进行分子对接验证。结果:共获得续断活性化合物8个,根据靶点预测技术预测出相关靶点53个,与疾病靶点映射得续断?OP疾病交集靶点14个。富集分析显示续断可通过多条主流信号通路及细胞代谢过程调控OP的发生发展。分子对接实验证实续断的活性成分和靶标之间具有良好的结合能力。结论:续断除了通过直接作用骨代谢相关途径,还参与调控上下游多条信号通路,从而干预OP的进展。 相似文献
7.
目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。 相似文献
8.
吴辉渊 《实用中西医结合临床》2022,22(9)
目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分-靶点-通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等;涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。 相似文献
9.
随着因特网的不断发展,网络出版已经成为推进期刊成果传播应用、提升期刊质量水平的有效方式之一。为了规范网络环境下的期刊出版和传播行为,尊重作者的信息网络传播权益,保护期刊出版单位的著作权,维护正常的期刊网络出版传播的秩序,国际上著名期刊如:Science、Nature以及Elsevier所属期刊社都与作者签署相关的论文版权转让协议;国内的一些期刊出版单位如:中国科学杂志社、北京大学学报(自然科学版)编辑部、软件学报编辑部等也都与作者签署相关的著作权转让书,中国高校自然科学学报研究会还在会员单位内推广这一工作,建议作者将论文的汇编权、复制权、发行权、信息网络传播权、翻译权等在全世界范围内转让给期刊社(编辑部)和相关数据库。 相似文献
10.
应用网络药理学方法预测了丹参抗乙肝病毒(hepatitis B virus, HBV)的活性成分和作用机制。首先通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研获取丹参的化学成分,通过SwissTargetPrediction和GeneCards数据库分别预测活性成分和HBV感染所对应的潜在作用靶点。使用String数据库构建蛋白互作关系网络、Cytoscape软件将成分-作用靶点网络可视化并进行拓扑学分析、DAVID平台进行GO功能及KEGG通路富集分析、AutoDock Vina软件将丹参关键活性成分与核心靶蛋白进行分子对接。共筛选出38种活性成分,获得疾病-化合物交集靶点178个,富集分析得到405个GO相关条目、68条相关信号通路(涉及T细胞/B细胞受体信号通路、PI3K/AKT信号通路及mTOR信号通路等)。分子对接结果显示,丹参大多数关键活性成分(丹参醌酚Ⅱ、丹参新酮、原儿茶酸、紫草酸和原儿茶醛)与核心靶点(PIK3CA、APP、STAT3、AKT1和mTOR)具有较好的亲和力。更进一步,在HBV复制小鼠模型上考察了丹参代表性活性成分紫草酸的抗HBV活性及对PI3K/AKT和... 相似文献