六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症患者基因表达谱分析

目的探讨中药六味地黄丸干预绝经后骨质疏松患者的分子机制并分析预测其靶标和药物作用通路。方法检索并下载GEO中与采用六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症的微阵列基因表达数据集。通过获取的基因表达数据集,分析六味地黄丸干预前后绝经后骨质疏松症患者血液中差异表达基因变化,并将这部分差异表达基因与在绝经后骨质疏松症患者和正常绝经女性血液中差异表达的基因取交集,获得两对比组中共同差异表达的基因。通过基因本体论数据库(GO)对获得的共同差异表达基因分别从生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)三方面进行功能富集分析;利用京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)进行通路富集分析。利用生物通用交互数据集库(BioGRID)分析获得与共同差异表达基因产物互作的蛋白质,并构建蛋白质-蛋白质互作关系(PPI)网络,采用Cytoscape软件实现蛋白质-蛋白质互作关系网络的可视化。应用中医药数据库(BATMAN-TCM)对六味地黄丸主要中药成分的靶标基因进行预测。结果六味地黄丸干预后,得到1 350个差异表达基因,其中上调表达基因322个,下调表达基因1 027个。58个共同差异表达基因与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松的分子机制相关,六味地黄丸干预后43个基因下调,15个基因上调。六味地黄丸主要中药成分的10个共同差异表达基因靶标为ESR1, FGFR2, MED1, PGR, PRKCB, PTGS1, PTGS2, TRIM24, VDR, WNT4。与六味地黄丸干预组差异表达基因对比分析,ATF2, FBXW7以及RDX基因在干预后呈现显著差异表达。结论 ATF2, FBXW7和RDX基因为参与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松分子调控机制的关键基因。六味地黄丸主要中药成分的10个共同靶标基因中,ESR1, FGFR2, MED1, WNT4为六味地黄丸干预治疗绝经后骨质疏松等相关内分泌疾病的潜在调控基因。     

基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas，THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus，GEO)数据库的数据挖掘，探索垂体肿瘤转化基因1（pituitary tumor-transforming gene 1，PTTG1）在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料，GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中，PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01)；PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05)；PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001)；PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达，PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义，可以作为乳腺癌预后判断的标志物。     

基于基因表达综合数据库芯片的慢性心力衰竭生物标志物的筛选与生物信息学分析

目的:对慢性心力衰竭(CHF)患者基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)中基因芯片数据筛选出CHF信息的芯片。分别采用GO富集分析和KEGG富集分析对差异基因进行功能注释和通路分析。结果:CHF患者外周血样品中9个基因存在差异表达,其中4个(CX3CR1、HSPA1L、DYNLL1、MYC)表达上调,5个(JUN、ZNF331、RORA、TRIM13、PPP1R16B)表达下调。这些差异表达的基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中,主要集中在14个方面,在分子功能—蛋白质结合方面富集最显著(GO:0005515),同时主要富集在Inflammatory bowel disease (IBD)、MAPK signaling pathway、Erb B signaling pathway和Colorectal cancer四条通路上。结论:通过对GEO数据库中CHF的表达数据分析研究而筛选出的差异表达基因,可能为该疾病的早期诊断治疗和靶向药物的开发提供重要理论依据。     

铜胁迫对茅苍术3种药效成分积累及其生物合成2种关键酶基因表达的影响

目的研究铜胁迫对茅苍术药效成分β-桉叶醇、苍术酮和苍术素积累及其生物合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)、法呢基焦磷酸合酶(FPPS)基因表达的影响。方法在铜胁迫下,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法测定茅苍术HMGR、FPPS的表达量;采用高效液相色谱法测定茅苍术3种药效成分的含量;采用SPSS软件对两者进行相关性分析,DPS软件进行灰色关联度分析。结果当铜胁迫在100 mg/kg以内时,茅苍术根茎内FPPS表达量与苍术酮含量略有增加;但铜浓度继续增加时,HMGR、FPPS表达量与3种药效成分含量呈不同程度的下降趋势。铜胁迫下HMGR、FPPS的表达量与β-桉叶醇、苍术酮和苍术素的含量呈显著正相关(P0.05)。灰色关联度分析发现铜胁迫下茅苍术根茎中β-桉叶醇、苍术酮的含量与HMGR、FPPS的表达量关联较大,FPPS基因的表达对β-桉叶醇和苍术酮合成贡献较大,但苍术素含量与这2种关键酶基因的表达关联度较小。结论阐明了铜胁迫下茅苍术2种关键酶基因表达量与3种药效成分含量的变化规律,揭示了铜胁迫下茅苍术药效成分β-桉叶醇、苍术酮与萜类生物合成关键酶HMGR、FPPS的关系,有助于进一步深入研究铜胁迫下茅苍术药效成分合成的分子调控机制,为提高茅苍术药材的品质提供理论基础。     

细胞黏附分子CD99在人髓母细胞瘤中的表达及意义

目的 探讨细胞黏附分子CD99在人髓母细胞瘤组织中的表达特点及其临床意义。方法 采用免疫组化法检测107例髓母细胞瘤及15例瘤旁正常脑组织标本中CD99的表达。所有病人均随访至死亡或截止至2013年12月，随访时间为12~80个月，利用Kaplan-Meier生存曲线进行生存分析。结果 髓母细胞瘤CD99阳性表达率（57.94%，62/107）明显高于瘤周正常脑组织（0%，0/15；P<0.05）。CD99的表达水平与病人性别、年龄、肿瘤的病理组织学分型和分子亚型均无明显相关性（P>0.05）。CD99的高表达与髓母细胞瘤病人的预后呈显著负相关（P<0.05）。结论 CD99高表达与髓母细胞瘤预后显著相关，可作为预后判断的指标及治疗髓母细胞瘤潜在的新靶点。     

外周血单个核细胞内人类免疫缺陷病毒DNA和RNA定量对病毒转录活性的区分

目的基于人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者外周血单个核细胞(PBMCs)中HIV-1总DNA和RNA定量检测结果对感染细胞内病毒的转录活性进行区分。方法采集2017年10月至2018年12月于哈尔滨医科大学附属第四医院感染科就诊的HIV-1感染者血液样本,分离PBMCs细胞,采用PCR荧光探针法对PBMCs细胞内HIV-1总DNA和RNA进行定量检测,并计算两者比值(Ratio)。根据Ratio值筛选出HIV-1转录活跃组样本和相对非活跃组样本,另外选择健康人PBMCs样本作为对照组。对3组样本进行基因转录组表达谱检测以及人口特征差异性检验,并对基因表达谱检测结果进行主成分分析以验证对3组样本病毒转录活性区分的准确性。结果从60例感染HIV-1患者的PBMCs样本中筛选出HIV-1转录活跃组样本(10例)和相对非活跃组样本(11例),另外选择6例健康人PBMCs样本作为对照组。其中转录活跃组样本Ratio值为165.2~738.93,平均为(339.27±189.68);相对非活跃组Ratio值为4.67~42.39,平均为(17.65±11.78)。转录活跃组和相对非活跃组样本间的CD4+T细胞计数(P=0.049)和Ratio值(P<0.001)差异均具有统计学意义;3组样本年龄(P=0.989)和性别(P=0.650)分布差异无统计学意义。对3组样本的PBMCs基因表达谱主成分分析结果显示:对照组与HIV-1感染者(包括转录活跃组和相对非活跃组)间区分明显。转录活跃组和相对非活跃组间有部分样本重合,同时结果也显示当HIV-1感染者的CD4+T淋巴细胞计数与健康人无显著差异时,其细胞内的基因表达与健康人接近。结论基于HIV-1总DNA和RNA定量检测结果及两者间比值可以较好地区分PBMCs内病毒转录活性。HIV-1感染细胞内部病毒的不同转录激活状况可导致其基因表达谱的异质性。     

HSG、Ki67组织表达与宫颈癌新辅助化疗治疗效果的相关分析

目的探讨细胞增殖抑制基因(HSG)、增殖细胞核抗原(Ki67)组织表达与宫颈癌新辅助化疗治疗效果的相关性。方法选取2017年1月至2019年7月广东省第二人民医院收治的180例经临床确诊的宫颈癌患者作为研究对象,采用随机数字表法分为观察组和对照组,每组90例。对照组采用传统手术治疗和放疗;观察组实施收治治疗、放疗及新辅助化疗。统计比较两组治疗前后HSG、Ki67水平变化、临床疗效及不良反应发生率情况。结果观察组术后3周及术后6周HSG阳性表达率高于对照组,而Ki67阳性表达率低于对照组(P<0.05)。观察组疾病控制率(DCR)高于对照组(P<0.05)。结论宫颈患部HSG表达率与宫颈癌患者的康复情况呈正相关,而Ki67表达水平与宫颈癌患者DCR呈负相关。评估HSG及Ki67指标变化对宫颈癌新辅助化疗结果的评价具有重要的指导价值。