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1.
目的:调查从中国病人血清中分离的戊型肝炎美丽(HEV)基因型。方法:应用聚合酶链反应法(PCR)和直接测序法对从中国14个城市检测到的45株HEV开放读码框架2(ORF2)的部分基因序列(nt6461-6860及nt5994-6294)进行分析。结果:45株HEV中,41株(91%)与缅甸株属同一个基因型,与中国代表株HEV核苷酸序列的同源性均在98%以上。仅4株与3个HEV原型株差异较大,与缅甸株/中国株同源性为77%-80%,与墨西哥株的同源性为74%-76%,与新发现的美国株/猪(US/Swine)HEV的同源性为74%-77%;基因进化树分析表明,该4株HEV可能为一新基因型的2个不同亚型,它们与原型墨西哥株、缅甸株和美国株/猪HEV明显不同。结论:中国戊型肝炎患中,多数国原型株HEV,仅少数感染新基因型HEV。  相似文献
2.
重庆地区HCV基因亚型的分布状态   总被引:12,自引:1,他引:11  
张帆  王小红  王宇明  熊瑜琳  陈嵩  谭朝霞 《医学争鸣》2005,26(14):1253-1256
目的:探讨重庆地区丙型肝炎病毒(HCV)流行的基因亚型分布状态.方法:在77份抗HCV抗体和HCV RNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过逆转录巢式PCR(RT nested-PCR)扩增C基因的羧基端至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因亚型.结果:77份HCV感染者血清标本通过RT-nested PCR检测均获得阳性条带,该方法特异性和敏感性均较好.序列与系谱分析显示1b 29例(38%),2a 10例(13%),3a 12例(16%),3b 11例(14%),6a 15例(19%),未见1a和2b型.结论:重庆地区HCV流行的基因亚型有1b,2a,3a,3b,6a共5种,1b为流行的主要基因亚型.2a,3a,3b和6 a型均占相当比例,初步说明重庆地区HCV流行的基因亚型呈现多样性.  相似文献
3.
目的 获得黑斑蛤蚧和红斑蛤蚧两个类群6个线粒体12SrRNA基因片段序列,分析黑斑蛤蚧和红斑蛤蚧的进化关系,进而探讨蛤蚧种群的遗传变异,为蛤蚧的分类鉴定提供一定的科学依据。方法 测定蛤蚧Gekko gecko两个类群6个个体线粒体的12S rRNA基因片断序列。结合多疵壁虎G.jamnicus、无蹊壁虎G.swinhonis、铅山壁虎G.hokouensis同源DNA序列进行比较,进行分子系统学分析。结果 红斑蛤蚧阃变异范围为1.18%~1.91%;黑斑蛤蚧闻为2.36%~3.64%;红斑蛤蚧与黑斑蛤蚧之间为4.81%~6.73%;外群壁虎与蛤蚧内群问变异为30.44%~35.69%。结论 红斑蛤蚧与黑斑蛤蚧的差异是否达到了亚种级分化的水平,还有待进一步研宄。  相似文献
4.
长爪沙鼠线粒体DNA控制区全序列测定及分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
目的对长爪沙鼠线粒体DNA控制区全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据长爪沙鼠已知基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对所得的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物D-loop区序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于最小进化法和UPGMA法构建系统进化树。结果获得长爪沙鼠D-loop区序列,其与家鼠、小家鼠和仓鼠平均同源性为58%;碱基组成分析显示,长爪沙鼠与啮齿类动物有相似的碱基组成和碱基偏离,其A-skew和G-skew分别为0.0047和-0.28。进化分析结果显示,长爪沙鼠与家鼠(0.35)、黑家鼠(0.38)和仓鼠(0.39)具有较近的遗传距离,其分化顺序为跳鼠、蔗鼠、长爪沙鼠、仓鼠、家鼠和小家鼠。结论本研究获得长爪沙鼠D-loop区全序列,确定了长爪沙鼠与仓鼠、家鼠、小家鼠及其它啮齿动物的进化关系,为长爪沙鼠进化研究、线粒体的结构和功能研究奠定基础。  相似文献
5.
肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析   总被引:2,自引:2,他引:0  
目的探讨2008年山东省流行的肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法以2008年山东省分离的一株EV71(JN200804)为样本,采用RT-PCR方法扩增并测定全基因组核苷酸序列,进行同源性比较和种系发生分析。结果 JN200804株的全基因组序列长度为7404个核苷酸,与其他EV71毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,5′UTR和3′UTR的长度和序列有差异。核苷酸同源性比较结果表明,JN200804株与安徽株(Fuyang/17.08/1)、浙江株(Zhejiang08)和北京株(BJ08)的核苷酸同源性均大于95%,与国际标准株BrCr的同源性仅为79.8%。氨基酸同源性比较结果表明,JN200800株与Fuyang/17.08/1同源性高达99.6%,与TW/2086/98同源性最低(94.5%)。根据P1、P2和P3区基因序列构建了种系进化树:JN200804株与C4亚型各毒株(Fuyang/17.08/1、Zhejiang08、BJ08、SHZH03、N3340-TW-02和SHZH98)同属一个分支,核苷酸同源性都在91%以上。结论 JN200804株属于EV71的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和BJ08的进化关系最为密切。  相似文献
6.
广州2002年登革病毒流行株的分离鉴定及进化分析   总被引:2,自引:2,他引:0  
目的从2002年广州采集的可疑登革病人血清中分离登革病毒,明确流行株的血清型及基因型,并鉴定该分离株的毒力。方法采集疑似登革热患者血清20份,应用C6/36细胞体外培养的方法进行病毒分离,并合成登革病毒通用引物,进行逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)后,将PCR扩增产物克隆到T载体进行序列测定和比对。确定血清型后,进一步扩增在病毒进化上有代表意义的病毒血清型特异性E/NS1连接区基因片段,测序后用邻位相连(N—J)法构建登革病毒进化树,分析此次登革病毒流行株的来源。通过乳鼠脑内接种及空斑实验,测定分离株的毒力。结果上述20份血清标本中,5份标本出现明显的细胞病变,主要表现为细胞融合,形成大小不一的空泡和网状结构。RT-PCR扩增、序列测定证实为登革病毒Ⅰ型。E/NS1连接区基因序列片段分析表明,2002年广州分离株(DEN-1/GZ2002)的核苷酸序列与基因型Ⅳ型的DEN—1/T14株(澳大利亚,1981)同源性最高,达98%。N—J法构建进化树显示:11株DEN-1病毒分成3个基因群,分别与Rico-Hesse1990分型中的Ⅰ,Ⅳ和Ⅴ型以及Ana P.Goncalvez 2002年分型中的亚洲型,南太平洋型和美N/tbN型相符,本室分离的DEN-1/GZ2002株属于Ⅳ型或者称南太平洋型。DEN-1/GZ2002株脑内接种乳鼠11d左右导致乳鼠弓背,后肢麻痹、瘫痪,直至死亡。感染Vero细胞8d后可见小而不透明的空斑,病毒滴度可达10^6pfu/ml,TCID50为4.37log pfu/0.2ml。结论2002年广州登革热流行为登革病毒Ⅰ型感染所致,病毒基因型为Ⅳ型,本实验虽然未明确毒力相关基因,动物实验及细胞感染实验证实该分离株的毒力较弱。  相似文献
7.
广西2010年急性出血性结膜炎暴发病原基因型分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的确定引起2010年广西急性出血性结膜炎(Acute Hemorrhagic Conjunctivitis,AHC)流行的病原及分子进化特征。方法流行期间采集门诊AHC就诊病例眼结膜拭子标本20份,用聚合酶链反应(PCR)方法同时检测腺病毒、人肠道病毒70型(Human Enterovirus 70,HEV70)和柯萨奇病毒A组24型变种(Coxsackievirus A24 variant,CoxA24v)核酸,对CoxA24v 3C区和VP1区核苷酸序列进行分析。结果 CoxA24v核酸阳性11份,阳性率为55.0%,HEV70和腺病毒核酸检测结果均为阴性。广西各株间的3C区和VP1区核苷酸序列一致性分别为99.6%~100.0%和98.3%~100.0%,在进化树中聚集在基因3群中,形成独立分支。结论引起2010年广西AHC流行的主要病原为CoxA24v,属于基因3群,在进化树中独成一个新的分支。  相似文献
8.
武汉市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的研究湖北省武汉市啮齿动物中汉坦病毒(Hantavirus)流行情况及病毒型别。方法采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链式反应(RT—PCR)法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在武汉市肾综合征出血热(UVaS)疫区共捕获啮齿动物231只。在9份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中5只为褐家鼠,2只为黄胸鼠,2只为小家鼠,病毒携带率为3.90%。用汉城型病毒(SEOV)特异性引物从7份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620~999nt)及部分M片段(2001~230Int)井测定序列。对扩增出的部分S片段和M片段核苷酸序列分析表明,7株病毒与Genebank已提交的SEOV有很高的同源性,均为SEOV。但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统发生树上,7株病毒的聚集模式不同。结论武汉市啮齿动物携带S1和S4亚型汉坦病毒,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性。  相似文献
9.
2007-2008年北京地区CA16VP1区系统进化分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 了解2007-2008年北京地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsaekievirus A16,CA16)流行情况及其种系进化规律和基因分型.方法 收集北京地区2007-2008年133例手足13病病例临床标本,从中筛选CAl6毒株,扩增部分毒株VP1区并进行序列测定和分析.结果 共筛选得到39例45份CA16阳性标本,测定其中16株病毒的VP1区核苷酸序列.其同源性为91.43%~98.65%,氨基酸ILd源性为97.98%~100%.该16株病毒与GenBank中选取的24株CA16参考株的核苷酸同源性为78.13%~98.65%,氨基酸同源性为89.9%~100%.16株北京分离株中的9株与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,其余7株与我国台湾及周边国家的一系列分离株亲缘关系较近.结论 CA16为北京地区手足口病的主要致病原之一,本地区毒株同源性较高,同GenBank中24株CA16参比毒株序列进行系统进化分析显示其属于B基因群,16株北京分离株在系统进化树七有分别归属于两支的趋势.  相似文献
10.
Objective To characterize the heterotrophic nitrifying bacteria. Methods The bacteria were isolated from membrane bioreactor for treating synthetic wastewater using the method newly introduced in this study. Fluorescence in situ hybridization (FISH) was used to validate the nonexistence of autotrophic ammonia oxidizers and nitrite oxidizers. Batch tests were carried out to investigate the capability of heterotrophic nitrification by the pure culture. Phylogenetic analysis of the pure culture was performed. Results A heterotrophic nitrifier, named Bacillus sp. LY, was newly isolated from the membrane bioreactor system in which the efficiency of TN removal was up to 80%. After 24-day, incubation, the removal efficiency of COD by Bacillus sp. LY was 71.7 %. The ammonium nitrogen removal rate after assimilation nearly ceased by Bacillus sp. LY was 74.7% The phylogenetic tree of Bacillus sp. LY and the neighbouring nitrifiers were given. Conclusions The batch test results indicate that Bacillus sp. LY can utilize the organic carbon as the source of assimilation when it grows on glucose and ammonium chloride medium accompanying the formation of oxidized-nitrogen. It also can denitrify nitrate while nitrifying. Bacillus sp. LY may become a new bacterial resource for heterotrophic nitrification and play a bioremediation role in nutrient removal.  相似文献
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