基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas，THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus，GEO)数据库的数据挖掘，探索垂体肿瘤转化基因1（pituitary tumor-transforming gene 1，PTTG1）在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料，GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中，PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01)；PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05)；PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001)；PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达，PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义，可以作为乳腺癌预后判断的标志物。     

基于数据分析的NFASC与胃癌预后的关系及相关机制

目的:探讨NFASC在胃癌中的预后意义及相关机制。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编（Gene Expression Omibus，GEO）数据库中下载GSE62254胃癌数据集，分析NFASC表达与胃癌临床病理学参数的相关性及对预后的影响；利用Cox模型分析影响胃癌患者总生存期的因素并建立预后预测列线图模型；采用基因集富集分析(GSEA)方法预测NFASC参与的信号通路。结果: NFASC高表达的胃癌患者总生存时间（overall survival，OS）更短（P<0.05），NFASC表达与患者年龄、T分期及Lauren分型相关（P均<0.05）。NFASC高表达富集了TGF-β信号通路、mTOR信号通路、MAPK信号通路和Wnt信号通路等与肿瘤细胞增殖密切相关的通路（P<0.05，FDR<0.25）。结论: NFASC是胃癌的不良预后因素，其表达可能成为胃癌预后预测生物标志物。     

基于基因表达综合数据库与中医传承辅助系统分析气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略

目的：利用GEO芯片数据及中医传承辅助系统,获取气虚血瘀型脑梗死的差异基因及中医药防治方剂,并分析其作用机制,为气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略提供理论依据。方法：采用生物信息学、数据挖掘、网络药理学等多学科交叉方法,对气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略进行探讨。整合基因表达综合数据库（GEO）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）、GeneCards、PubChem、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、STRING、WebGestalt、DAVID多数据库资源及Cytoscape、R语言软件工具,对气虚血瘀型脑梗死疾病靶点、中药靶点进行筛选,从蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集的角度,对中医传承辅助系统数据挖掘获取的气虚血瘀型脑梗死基础方的作用机制进行探讨。结果：获取2 542个气虚血瘀型脑梗死疾病靶点,其中差异基因结果显示HIF1A、PIK3CA、PIK3R1、TP53、NFKB1、HSP90AA1、CREBBP、CASP8、IL6、TNF、ITGB等表达上调,APOE、IGF1、CXCL5、SRC、ADCY5、PTGS2等表达下调,可作为疾病诊断治疗的潜在靶点。58首气虚血瘀型脑梗死方剂的用药规律,包括频次、关联及新方组合,获得气虚血瘀型脑梗死基础方剂,由黄芪、川芎、当归、地龙、党参、西洋参、白术、桃仁、赤芍、枳实10味中药组成,具有益气活血、行气化痰的功效,其作用机制可能与调控差异基因以多组分、多功能、多途径的方式,主要通过HIF-1、TNF、NF-kappa B、Apoptosis、PI3K-AKT等通路发挥作用。结论：气虚血瘀型脑梗死的中医药防治当以差异基因靶点为中心,筛选出临床基础方,根据临床辨证施治加减中药,同时可采用多学科交叉方法对气虚血瘀型脑梗死的方剂从多组分、多途径、多靶点层面进行临床与实验验证。本研究为中医药治疗气虚血瘀型脑梗死提供了方法理论上的指导,对推动中医药现代化具有重要意义。     

Network pharmacology-based approach to investigate the mechanism of Huang-Lian-Jie-Du-Decoction for treatment of type 2 diabetes mellitus

Background: Although the benefits of Huang-Lian-Jie-Du-Decoction (HLJDD) on type 2 diabetes mellitus are noted, the material base and action mechanism remain unknown. This paper aim is to reveal the material base and action mechanism of HLJDD against type 2 diabetes mellitus in a system pharmacology framework. Methods:The compounds in HLJDD were first retrieved from the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology database and analysis platform. Once retrieved, they were fed into the SwissTargetPrediction database to predict the interacting targets. Meanwhile, a human expression profile dataset was analyzed in the Gene Expression Omnibus database, and subsequently, the differentially expressed genes were compared to the HLJDD-related targets. We conducted a protein-protein interaction analysis, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway analysis, and Gene Ontology analysis to identify the potential active compounds and targets. Lastly, to verify the binding affinities of those compounds and targets, we performed molecular docking. Results: We obtained 15 key compounds, such as quercetin, epiberberine, and berberine, and 10 hub genes, such as IκB kinase-β and phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha. The top 10 enriched pathways were also found to be tightly related to type 2 diabetes mellitus, including insulin resistance and FoxO signaling pathway. Moreover, all the key compounds were found to bind well to the hub genes. Particularly for the target of IκB kinase-β, 11 out of 15 compounds bound to it with energies of相似文献   

CALB2介导的肿瘤微环境免疫细胞浸润在肝癌复发中的作用机制分析

[摘要] 目的 利用生物信息学技术分析筛选出与肝癌复发相关的核心基因及信号通路,为探索肝癌复发的分子机制提供理论依据。方法 从TCGA和GEO数据库下载肝癌相关数据集,利用edgeR算法筛选差异表达基因。选择关键基因后,应用LASSO-Logistic回归分析构建复发预测模型。 ssGSEA、CIBERSORT和MCP算法用于评估免疫浸润细胞。结果 共筛选出343个复发相关差异表达基因。富集分析表明,大多数基因富集于细胞分化、跨膜转运蛋白、转运乙酰胆碱复合物。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定了 12 个关键基因。然后,通过 Lasso-logistic 回归分析确定了一个独立的风险评分模型,其中包括3个基因 SST、CALB2 和 DRD2。该风险评分显示出较好的预测能力,并且还构建了基于风险评分的临床列线图。此外,证明了CALB2在肿瘤组织中低表达,与肿瘤微环境中的免疫浸润细胞呈正相关。结论 复发相关基因模型可以提供较好的预测患者复发的能力,其中的核心基因CALB2 可以在肝癌复发中发挥关键作用。     

GEO芯片联合网络药理学和分子对接探讨归芍地黄汤治疗新生血管性年龄相关性黄斑变性的作用机制及实验验证

目的 基于高通量基因表达数据库(GEO)、网络药理学和分子对接技术分析归芍地黄汤对新生血管性年龄相关性黄斑变性的可能作用靶点和相关机制,并通过体内实验进行验证。方法 通过查阅文献及中国传统医学公共数据库(TCMSP)确定归芍地黄汤的主要成分及靶标,绘制成分-靶点网络拓扑图。通过整合GEO数据库和公共数据库对新生血管性年龄相关性黄斑变性的疾病靶点进行预测。使用Venny在线平台确定药物-疾病的交集靶点,构建蛋白质相互作用(PPI)网络图,利用Cytoscape软件筛选关键基因(Hub),利用R语言对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。将归芍地黄汤核心成分与靶基因之间进行分子对接,最后利用光学相干断层扫描和免疫组化显示组织病理学变化,荧光素眼底血管造影观察脉络膜新生血管膜渗漏情况,并验证其对靶基因表达水平的影响。结果 从GSE29801数据集中获得50个差异基因,筛选得到药物-疾病交集靶点134个。核心靶点包括白蛋白(ALB)、肿瘤蛋白p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子受体(EGFR)、缺氧诱导因子1A(HIF1A)。这些基因主要富集在对外来生物刺激的反应、对营养水平的反应和创口愈合等生物学过程中,参与衰老、氧化应激、免疫炎症反应和细胞凋亡等相关途径。分子对接预测显示,归芍地黄汤核心成分与丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、VEGFA、TNF-α、IL-6表现出稳定的结合。动物实验显示,归芍地黄汤减轻了激光造模诱导的眼底病变,下调了VEGF、TNF-α水平,且治疗前后BN大鼠p38 MAPK表达水平存在差异。结论 归芍地黄汤可以减轻脉络膜新生血管膜渗漏大鼠视网膜病变,揭示了归芍地黄汤治疗新生血管性年龄相关性黄斑变性可能与激活MAPK信号通路有关。     

Mechanisms and biomarkers of immune quiescence in kidney transplantation

This review discusses the current understanding of biomarkers of immune quiescence based on reviews of published literature in kidney transplant operational tolerance and mechanistic studies based on a better characterization of the stable, well-functioning renal allograft.     

Diagnostic value of RASSF1A hypermethylation in colorectal cancer: a meta-analysis

Purpose

Ras association domain family 1 isoform A (RASSF1A), a member of Ras association domain family, plays an important role in tumorigenesis. The goal of our meta-analysis was to assess the diagnostic value of RASSF1A hypermethylation in colorectal cancer (CRC).