Evaluation of the ERIC-PCR as a probable method to differentiate Avibacterium paragallinarum serovars

Infectious coryza, an upper respiratory tract disease in chickens, caused by Avibacterium paragallinarum, leads to huge economic losses. The disease is controlled through vaccination; but vaccination efficacy is dependent on correct identification of the infecting serovar, as limited cross-protection is reported amongst some serovars. Current identification methods include the heamagglutination inhibition test, which is demanding and could be subjective. To overcome this, molecular typing methods proposed are the Multiplex polymerase chain reaction (PCR) and Restriction Fragment Length Polymorphism-PCR, but low reproducibility is reported. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC)-PCR has been suggested for molecular groupings of various bacterial species. This study focuses on evaluating the ERIC-PCR as a probable method to differentiate between different Av. paragallinarum serovars by grouping with reference isolates, based on clonal relations. The ERIC-PCR was performed on 12 reference isolates and 41 field isolates originating from South Africa and South America. The data indicate that the ERIC-PCR is not ideal for the differentiation or for molecular typing of Av. paragallinarum serovars, as no correlation is drawn upon comparison of banding patterns of field isolates and reference strains. However, the results do indicate isolates from the same origin sharing unique banding patterns, indicating potential clonal relationship; but when compared to the reference isolates dominant in the specific area, no correlation could be drawn. Furthermore, although the ERIC-PCR serves a purpose in epidemiological studies, it has proved to have little application in differentiating amongst serovars of Av. paragallinarum and to group untyped field strains with known reference strains.     

产碳青霉烯酶产气肠杆菌的ERIC-PCR图谱分析

目的了解医院临床产碳青霉烯酶产气肠杆菌感染流行情况,为医院感染控制提供帮助。方法对医院检验科微生物实验室在2009年6月-2010年3月临床分离出的16株产碳青霉烯酶产气肠杆菌及1株非产碳青霉烯酶产气肠杆菌,用肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)进行基因分型。结果 17株菌株分为两个克隆型,其中16株产碳青霉烯酶产气肠杆菌为同一型,而另1株非产酶菌株为另一型。结论医院存在产碳青霉烯酶产气肠杆菌克隆传播现象,医护人员应予以高度关注,并及时采取有效措施。     

泌尿系感染23株大肠埃希菌ERIC-PCR多态性及耐药性分析

目的了解泌尿系统感染大肠埃希菌菌株变异情况及产超广谱p内酰胺酶的耐药情况,指导临床合理用药。方法药敏试验采用K—B法和NCCLS推荐的双纸片协同试验进行超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）的检测;23株大肠埃希菌运用ERIC—PCR进行聚类分析,并用聚类统计学软件进行同源性分析。结果23株大肠埃希菌中,检出产ESBLs＋11株,检出率为47.8％;药敏结果显示ESBLs＋菌对20种抗菌药物的耐药率均显著高于ESBLs-菌;聚类分析,将23株大肠埃希菌主要分为四大类,相似系数从0．56～0．92。结论ESBLs＋的大肠埃希菌对头孢噻肟的水解能力很强,大部分ESBLs＋菌株对头孢他啶较稳定;亚胺培南、关洛培南是目前少数对ESBLs＋菌高度稳定的抗生素;应加大对第三代头孢菌素应用的监督,减轻抗生素的选择压力;ERIC—PCR指纹图谱基因技术分型方法分辨率高,重复性好,简便快捷,可用于大肠埃希菌医院感染流行病学监测。     

广州市58株单增李斯特菌菌株特征分析

目的 了解广州市动物源性食品中单增李斯特菌菌株优势血清型、携带毒力基因和分子分型情况。方法 对广州地区365份动物源性食品中的单增李斯特菌分离鉴定,并进行血清分型,毒力基因鉴定和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)。结果 单增李斯特菌阳性率为15.89%(58/365),其中生畜肉类检出率最高,为25.38%(33/130);血清型分析将58株单增李斯特菌分为4种血清型,分别为1/2b、1/2a、1/2c和4b,优势的血清型为1/2b(44.80%)和 1/2a(32.80%);10株缺失毒力基因actA;ERIC-PCR扩增出9~18条100~8000bp之间的条带,将58株单增李斯特菌在相似系数为0.8处分为6个群19个类型。结论 广州市动物源性食品中单增李斯特菌菌株污染严重,优势血清型是与人或动物感染有关的致病血清型(1/2b和1/2a),大部分毒力基因均存在,ERIC-PCR结果显示分子型别呈多样性,应加强防控。     

大肠埃希菌基因间重复序列PCR反应体系的优化

目的对大肠埃希菌ERIC-PCR反应体系进行优化。方法提取大肠埃希菌基因组DNA作为ERIC-PCR反应的模板,通过设计一个L9（3^4）正交试验对Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq DNA聚合酶4种因素进行优化。结果通过L9（3^4）正交试验优化的大肠埃希菌ERIC-PCR最佳反应体系（25μl）为：2.5μl 10×Loading buffer,Mg^2＋浓度2.0mmol/L,dNTPs浓度200μmol/L,引物浓度0.2μmol/L,Taq DNA聚合酶1.0U,模板DNA 40ng。应用该体系进行ERIC-PCR得到的DNA指纹图谱条带丰富、清晰、重复性好。结论采用正交试验优化的ERIC-PCR反应体系结果稳定可靠,对于大肠埃希菌在分子水平上的分型鉴定以及分子流行病学调查具有重要意义。     

泛耐药鲍曼不动杆菌整合子Ⅰ和ISCR1结构及基因分型研究

目的研究从临床分离的鲍曼不动杆菌的整合子Ⅰ和ISCR1的分布及结构情况,并对其进行基因分型。方法分离自临床的57株鲍曼不动杆菌,PCR检测整合酶Ⅰ、整合子Ⅰ、ISCR1以及ISCR1可变区,PCR产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分型并进行测序分析可变区携带的耐药基因盒,ERIC-PCR进行基因分型。结果 49株整合酶I阳性,其中47株整合子I扩增阳性,RFLP分为2型,测序结果为aacA4-catB8-aadA1和drf17-aadA5。3株ISCR1以及ISCR1可变区扩增均阳性,可变区经RFLP分为1型,测序结果为orf513-qnrA1-ampR-qacEdeltal,ISCR1阳性菌整合子I均阳性,经ERIC-PCR检测将57株鲍曼不动杆菌分为27个基因型。结论Ⅰ类整合子广泛存在于鲍曼不动杆菌中,ISCRI携带率较低,氨基糖苷类、甲氧苄啶类和β-内酰胺类耐药基因盒较常见,ERIC-PCR可用于临床鲍曼不动杆菌的分子流行病学研究。     

医院感染的耐亚胺培南铜绿假单胞菌临床流行特点

目的 分析医院感染的耐亚胺培南铜绿假单胞菌的体外药敏情况和其多重耐药菌株的基因多态性,以掌握医院铜绿假单胞茼(PAE)感染和流行情况.方法 调查分析广东省人民医院2007年医院感染的PAE,筛选出耐亚胺培南菌株并分析其临床分布和对常用抗生素的耐药性;同时用ERIC-PCR方法对其多重耐药株进行基因多态性分析.结果 耐亚胺培南PAE为75株.主要来自年老的呼吸系统疾病患者,对常用抗生素耐药率高;其中22株多重耐药株基因分型为10个流行型别.结论 医院感染耐亚胺培南铜绿假单胞菌临床分布广泛,且多重耐药PAE引起的医院感染主要呈散在多克隆流行,是临床PAE感染难以控制的潜在因素.     

遂宁市中心医院ICU分离的鲍曼不动杆菌耐药性和同源性分析

目的 了解遂宁市中心医院重症监护病房（ICU）内患者及其环境分离的鲍曼不动杆菌（AB）耐药性与同源性,为预防AB医院感染提供科学依据。方法 检测 2017年3月至2018年7月我院ICU患者医院感染检出的所有AB共计44株（患者组）及同期其环境及工作人员手分离出的所有AB共计35株（环境组）的药敏结果,采用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链式反应（ERIC-PCR）技术进行同源性分析,采用〖XC小五号.EPS;P〗检验比较两组AB耐药情况,聚类分析判定其同源性。结果 患者组AB检出率为9.98 %（44/441）,环境组检出率为11.95%（35/293）。患者组对各类抗菌药物耐药率均较高,其中最低的为复方新诺明（63.64%）,环境组耐药率最低的为妥布霉素（37.14%）。比较两组菌株耐药率,头孢曲松（〖XC小五号.EPS;P〗=8.663;P=0.013）、妥布霉素（〖XC小五号.EPS;P〗=11.486;P=0.001）、庆大霉素（〖XC小五号.EPS;P〗=6.767;P=0.034）、左氧氟沙星（〖XC小五号.EPS;P〗=14.472;P=0.001）差异有统计学意义。两组AB可分为8个不同的型别,分别用A~H表示,其中A、D、G型为主要流行菌株。结论 我院ICU内患者及环境中检出的AB耐药率较高,且具有同源性。     

重症监护病房分离大肠埃希菌耐药性及分子流行学检测

目的了解重症监护病房（ICU）分离大肠埃希菌对常用抗菌药物的耐药性及分子流行病学特征。方法采用BDpheonix100全自动微生物分析仪对大肠埃希菌进行药物敏感性测定,ERIC-PCR方法进行分子流行病学检测。结果大肠埃希菌对亚胺培南极为敏感,耐药率为0,其次为呋喃妥因、哌拉西林／三唑巴坦和阿米卡星耐药率在30％以下,其余抗菌药物耐药率均在70％以上。ERIC-PCR结果显示9株大肠埃希菌分为五种型别,菌株数分别为3、2．2、1、1。结论ICU分离大肠埃希菌多重耐药显著,但对亚胺培南非常敏感,菌株间存在克隆传播。