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1.
摘要:目的 通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternativepolyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternativepolyadenylationquantitativetraitlocus,apaQTL),并研究这些重要位点相关
的下游靶基因及上游 RNA 结合蛋白(RNA-bindingprotein,RBP)。方法 从 SNP2APA 数据库下载泛癌顺式和反式
apaQTL数据,用 R语言分析肝细胞癌apaQTL的分布特征。根据位置提取apaQTL上下游50bp范围内的序列,使用
STREME进行特征基序富集,进一步结合肝细胞癌临床信息,筛选改变基序和临床预后相关的apaQTL。利用 Tomtom
挖掘潜在调控 APA 的上游 RBP,并通过 ENCODE以及 TCGA 预后数据分别验证 RBP在 APA 调控和肝细胞癌发生发
展中的重要性。将apaQTL和表达数量性状位点(expressionquantitativetraitlocus,eQTL)进行共定位,并结合差异表
达和预后分析,筛选影响表达和预后的apaQTL和下游靶基因。结果 通过对肝细胞癌apaQTL进行特征分析,发现肝
细胞癌顺式apaQTL在其他癌症中广泛出现,而反式apaQTL在肝细胞癌中具有特异性。通过对apaQTL进行基序分
析,筛选出20个可以改变多聚腺苷酸化基序的apaQTL。其中rs16742可以生成新的多聚腺苷酸化基序,从而导致赖氨
酰-tRNA 合成酶(leucyl-tRNAsynthetase,LARS)基因的转录本增长。进一步分析表明,rs16742与肝细胞癌的预后相
关。通过预测新的apaQTL基序和上游靶基因,并结合外部数据验证,发现 RBP聚(RC)结合蛋白2[poly(RC)binding
protein2,PCBP2]参与肝细胞癌 APA 事件的调控,并与预后相关。进一步分析表明,预后显著的apaQTLrs115865883
和rs150628203可能影响 PCBP2与转录本的结合。通过apaQTL和eQTL共定位分析,筛选出30个潜在的影响表达和
肝细胞癌发生发展的apaQTL和下游靶基因。结论 研究发现了一系列功能性肝细胞癌apaQTL及下游靶基因,基于
apaQTL相关分析,发现 RBPPCBP2可调控肝细胞癌的 APA 事件及预后。 相似文献
2.
目的 采用两样本孟德尔随机化研究方法探讨血清生长分化因子15(GDF15)水平与慢性淋巴细胞白血病(CLL)发生之间的关联。方法 基于欧洲人群血清GDF15和CLL的全基因组关联研究公开数据库,筛选与血清GDF15水平相关的遗传变异位点作为工具变量,采用逆方差加权法评估遗传学预测的血清GDF15浓度与CLL发生的关联,采用最大似然比法进行敏感性分析,采用MR-Egger回归探讨工具变量潜在多效性。结果 研究共纳入3个单核苷酸多态位点作为工具变量,逆方差加权法结果显示,血清GDF15水平与CLL发生风险之间存在负相关,GDF15浓度每升高一个标准差(SD),CLL发生风险降低33%(95%置信区间:2%~54%)(P=0.039)。敏感性分析得到了一致的结果。此外,MR-Egger回归未发现存在多效性。结论 本研究结果提示,在欧洲人群中,血清GDF15水平与CLL发生之间可能存在负相关,仍需大样本人群研究及体内外实验进一步阐明GDF15在CLL发生发展中的作用及其潜在生物学机制。 相似文献
3.
目的:探讨一个回旋状脉络膜视网膜萎缩(GA)中国家系各家庭成员OAT基因的致病性突变及临床表现。
方法:对该家系中的6名家庭成员均进行详细的眼科检查,通过全外显子组测序、生物信息学分析及Sanger验证明确基因测序结果及致病性突变。
结果:先证者因其临床表现及体征诊断为GA。全外显子组测序结果显示先证者OAT基因分别于第6外显子和第10外显子上发现致病突变c.722C>T(p.P241L)、c.1186C>T(p.R396X),该复合杂合性突变在家系中呈现共分离状态。先证者的父亲和哥哥均检出杂合型p.R396X致病变异,母亲检出杂合型p.P241L致病变异。除先证者外,其他家庭成员均无临床症状。
结论:该家系的先证者为复合杂合性突变,其中p.P241L为首次报道的基因突变类型。这一研究结果扩大了OAT基因变异的范围,有利于在分子基础水平进一步理解GA的致病因素。新型突变类型的发现与证实也将有助于为GA的临床诊断和基因治疗提供新的依据。 相似文献
5.
自噬是真核生物对细胞应激物如错误折叠蛋白、长寿蛋白、受损的细胞器或胞内抗原进行降解的一种代谢途径。自噬与多种疾病相关,如神经退行性疾病、癌症等。现在发现,自噬与自身炎症性疾病(autoinflammatory disease, AUID)也存在较大关联。AUID是一类由遗传异质性因素引起的疾病,偶发性炎症、先天免疫反应失调等均会引起或加剧该类疾病的发生。已有研究表明,自噬通过对先天免疫信号传导途径的调控,可以对炎症水平进行控制。AUID相关的遗传变体可以直接激活炎症信号通路,而这些变体也可能造成自噬功能损伤,从而间接增加炎症反应水平。AUID中的遗传变体可以通过不同的机制对自噬造成损伤,文章就几种AUID中相关变体对自噬影响的反应途径及作用机制进行综述,以期为自噬作为治疗AUID的靶点提供新的策略。 相似文献
6.
《中华传染病杂志》2022,(5):281-287
目的调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)毒株gag基因序列的变异特征。方法利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染/艾滋病患者, 收集其流行病学信息, 采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析, 采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1gag基因, 并进行基因分型, 采用MEGA 6.06软件构建系统进化树, 采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸, 采用Distance程序计算gag, 以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。结果 404例患者成功获得gag基因序列, 其中以男性居多(250例, 61.9%), 年龄为40~59... 相似文献
7.
目的:根据广义生物遗传与变异信息理论方程推导的2个生物相似度常数P_(g1)=69%,P_(g2)=61%及生物亲缘关系判别函数P_g=1/lnN_d对中国产8种甘草进行理论分类及亲缘关系判别,并提出了生物的理论品种概念。方法:基于8种甘草所含有的59种代表性黄酮类化合物,计算各种甘草之间的共有成分率及变异成分率,采用2个常数及判别函数确定各自的特征序列,根据特征序列进行分类。结果:8种甘草可以分为3类,且8种甘草之间具有紧密的亲缘关系。根据59种特征黄酮类化学成分,可以给出比经典分类结果更精细确定的分类结果,可将严格的理论分类定义为理论品种。结论:广义生物遗传与变异信息理论方程结合植物的多种化学成分,可以对生物进行绝对的理论分类及亲缘关系判别,实现基于数理原理,而不是经验知识的准确科学生物分类,提出了判别生物亲缘关系的理论标准,为确定具有相似功效的中药材提供严谨的科学依据。 相似文献
8.
目的 探讨CD55在肝癌中表达及预后影响,并分析CD55 rs2564978遗传变异对肝癌遗传易感性的影响。方法 通过数据库GEO和Kaplan-Meier plotter分析CD55在肝癌中表达及预后影响;随机抽取中国北方汉族334例肝癌患者和940例健康对照进行成组设计病例对照研究。PCR-RFLP法进行基因多态检测,卡方检验比较分类变量的分布,非条件logistic校正混杂因素,OR及其95%CI评价各基因型与肝癌易感性的关系。结果 CD55在肝癌组织中表达上调(t=-3.130,P=0.003)且CD55高表达与携带肝炎病毒的肝癌患者不良预后相关(HR=2.28,95%CI:1.10~4.72,P=0.022)。与TT基因型携带者相比,CT基因型(OR=1.45,95%CI:1.08~1.96,P=0.014)与CC基因型(OR=1.55,95%CI:1.08~2.22,P=0.018)携带者肝癌易感性均上升。分层分析显示,rs2564978 T>C变异增加男性肝癌易感性(OR=1.58,95%CI:1.03~2.41,P=0.036);高年龄组(>60岁)CC携带者具有更高的肝癌易感性(OR=2.46,95%CI:1.35~4.47,P=0.003);吸烟人群和饮酒人群中,CC携带者肝癌易感性上升(吸烟:OR=1.91,95%CI:1.02~3.58,P=0.042;饮酒:OR=2.37,95%CI:1.20~4.67,P=0.013)。结论 CD55在肝癌组织中表达上调并导致肝癌患者预后不良;CD55启动子区rs2564978遗传变异可能与肝癌易感性相关。 相似文献
9.
目的:总结1例罕见的巨脑畸形-多小脑回-多指(趾)畸形-脑积水(MPPH)综合征Ⅰ型患儿的临床特点及基因检测结果。方法:回顾性总结2021 年1月在温州医科大学附属第一医院新生儿科确诊的1例MPPH I型患儿的临床表现、影像学检查和基因检测结果等病例资料。并通过文献复习,分析和总结国内外已报道的MPPH I型综合征病例的临床特征及遗传学特点。同时对患儿进行全外显子组检测,对候选变异用Sanger测序进行家系验证。结果:先证者携带PIK3R2 基因c.1117(p.Gly373Arg)杂合错义变异,国内既往未见报道,其父母未携带相同变异。相关文献报道的16例MPPH I型患儿主要表现为不同程度的脑积水、巨脑畸形、癫痫发作、多指(趾)畸形、发育迟缓及智力发育障碍。共报道了3个基因突变位点,其中p.Gly373Arg杂合变异最多(14例),罕见变异包括p.Leu401Pro变异1例和p.Asp557His变异1例。结论:PIK3R2 基因c.1117G>A(p.Gly373Arg)杂合错义变异可能是该患儿发生MPPH I的原因,脑积水考虑与该综合征相关,其母亲再次怀孕时需接受产前诊断。 相似文献