芫根调节免疫功能的小肠转录组学研究

利用生物信息学技术初步探索芫根调控肠道免疫功能的分子生物学机制。方法 选择雄性SPF级BALB/c小鼠18只，随机分为3组，每组6只。SC1组小鼠每只每次灌胃芫根提取液150 μL，SC2组小鼠每只每次灌胃绞碎芫根原浆悬液150 μL，NC组小鼠每只每次灌胃生理盐水150 μL，连续7 d每日灌胃一次。分别取每组小鼠小肠组织样品提取RNA，总RNA的质检合格后，进行转录组测序。按GO功能和KEGG信号通路对差异表达基因聚类分析揭示差异表达高度富集的免疫相关通路。从免疫角度分析芫根灌胃小鼠小肠组织的基因表达变化情况。结果 转录组测序共检测到27733条 mRNA的表达，SC1组与NC组比较，显著差异表达基因1635个，其中上调差异表达基因1236个，下调差异表达基因399个；SC2组与NC组比较，显著差异表达基因2872个，其中上调差异表达基因2233个，下调差异表达基因639个（P＜0.05）。按GO功能和KEGG信号通路聚类分析显示差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路及维生素和脂肪消化吸收等途径的富集度在两个芫根组中均居于前20位（P＜0.01），肠黏膜趋化因子CCL20和巨噬细胞极化标志物CD274等免疫蛋白编码基因差异表达显著且同属于上述多个免疫通路。结论 芫根灌胃小鼠小肠的差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路、营养物质消化吸收等途径高度富集，提示芫根对肠道免疫系统及肠黏膜功能的调节，其中CD274的表达上调和CCL20的表达下调提示诱导M1型巨噬细胞极化和T细胞活化可能是芫根调控免疫和维护肠道正常结构功能的重要途径。     

基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

凉血通瘀方干预高血压大鼠急性脑出血模型对脑组织中差异miRNA表达的影响＊

目的 研究凉血通瘀方对高血压大鼠急性脑出血模型脑组织miRNA表达的影响，对差异表达的miRNA靶基因进行分析，探索凉血通瘀方可能的药效机制。方法 将自发性高血压大鼠随机分成对照组（B）和实验组（C）。适应性饲养一周后，C组灌胃凉血通瘀方，B组灌胃等体积生理盐水，连续5天，每天1次。构建脑出血模型后收集脑组织，借助全转录组测序技术获得miRNA表达量，与miRBase数据库比对获取已知miRNA，使用miRDeep2预测新miRNA。差异分析软件为DESeq2，筛选阈值为|log₂FC| ≥1 并且P <0.05。对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测，对靶基因进行GO功能、KEGG通路富集和PPI网络分析。结果 实验组和对照组对比，共发现21个显著差异表达的miRNA，上调有9个，下调有12个，共预测得到1243个有统计学意义的靶基因。GO富集分析发现，生物过程中突触囊泡分泌的调节、神经递质分泌的调节和神经递质运输的调节占前三位，神经元投射终点、全膜、质膜区域和细胞投射则是主要的细胞成分。分子功能分别为小GTPase绑定、底物特异性跨膜转运蛋白活性和离子跨膜转运体活性。通路分析结果显示，靶基因在癌证通路、pI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染、神经活性配体-受体相互作用和MAPK通路等分布广泛。采用STRING网站和Cytoscape软件，根据MCC算法筛选出ADRA2C、CASR、CCL28、CCR1、DRD2、GNAT3、GRM2、DYNC1LI1、GABBR1、GNAI1等核心靶基因。结论 凉血通瘀方对脑出血急性期鼠脑组织内miRNA的表达有重要影响；显著差异表达miRNAs可能通过靶向核心基因调控凉血通瘀方干预急性脑出血的病理过程及预后。     

代谢组学早期诊断新生儿坏死性小肠结肠炎的研究进展

新生儿坏死性小肠结肠炎(necrotizing enterocolitis,NEC)是新生儿期常见且危害严重的胃肠道疾病,发病率及病死率均较高,部分NEC存活患儿生活质量受到严重影响,目前尚未发现NEC早期诊断的特异性生物标志物。近年来,代谢组学技术快速发展,其对生物体内参与生化反应的中间产物及终产物进行动态的定性定量分析,从系统的角度解释疾病发生和发展,在NEC早期诊断研究中有广阔的应用前景。该文综述了近年来代谢组学在NEC早期诊断方面的研究进展,旨在为代谢组学技术应用于NEC早期诊断提供参考依据。     

脐带间充质干细胞分泌的外泌体对骨性关节炎模型大鼠的镇痛作用

目的观察脐带间充质干细胞分泌的外泌体对骨性关节炎模型大鼠疼痛行为、软骨修复及背根神经节(DRG)中转录激活因子3(ATF-3)及生长相关蛋白43(GAP-43)表达的影响, 并探讨外泌体治疗关节炎疼痛的可能机制。方法采用随机数字表法将54只雄性SD大鼠分为假手术组、模型组和外泌体组, 每组18只, 除假手术组外, 其余2组均于左后肢膝关节腔注射4 mg/50 μl单碘乙酸钠(MIA)建立疼痛模型, 假手术组大鼠关节腔注射50 μl生理盐水作为对照。造模14天后, 假手术组和模型组大鼠左后肢膝关节腔注射50 μl生理盐水, 外泌体组大鼠注射50 μl外泌体。于造模前1天、造模后第7、14天及给药后第7、14、28天对各组大鼠机械痛阈和热痛阈进行测定;于测试后取出相应时间点DRG, 采用免疫蛋白印迹法检测ATF-3及GAP-43表达情况;并取出相应时间点各组大鼠膝关节, 采用苏木素伊红(HE)染色检测软骨修复情况。结果与模型组比较, 外泌体组在给药后第7天时, 机械痛阈值及热痛阈值均明显增加, 直到给药后第28天时差异均具有统计学意义(P<0.05);DRG水平ATF-3蛋白表达显著...     

毛霉目病原真菌的实验室鉴定及体外抗真菌药物敏感 性分析

摘要:目的以分子测序为参考 ,评估形态学、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱对毛霉目真菌的鉴定能力,分析毛霉目真菌对两性霉素B、泊沙康唑的体外药敏特点。方法收集 2018年1月-2022年2月广东省人民医院25例毛霉病住院患者标 本,进行镜检并对培养的茵落行形态学鉴定、质谱鉴定、分子测序和体外药敏试验。结果KOH 湿片法阳性率(76%)高于革兰染色法(32%),差异有统计学意义(P<0.05);形态学鉴定可将68%的菌株鉴定到属水平,3株鉴定错误,2株无法鉴定;将所 有菌株进行质谱鉴定,单用IVD和RUO数据库鉴定率分别为56%和44%,两库联合可将鉴定率提高为64%。毛霉目真菌对两性霉素B的抑制50%菌株生长的最小抑菌浓度(MIC3o)为1μg/mL,根霉属相比其他属对两性霉素B表现出较高的MIC 值,其中2株MIC>32 μg/mL,另2株MIC为8 μg/mL;根霉属对泊沙康唑的MICso为0.5 μg/mL,横梗霉属MICgo为4 μg/ mL,小克银汉霉属MICg0为2 μg/mL,有部分菌株表现出较低MIC值,同样亦有部分菌株对泊沙康唑表现出较高的MIC 值。结论 将传统镜检、培养与质谱技术和分子技术相结合,尽量将毛霉目真菌准确鉴定到种,并积极开展毛霉体外药敏试验,可为临床治疗提供参考依据。