稳定性冠心病血瘀证的血浆定量蛋白质组学探析＊

目的 基于数据非依赖性采集的定量蛋白质组学技术（data independent acquisition，DIA）对稳定性冠心病血瘀证患者的血浆蛋白质进行研究分析，初步探索冠心病血瘀证的关键生物学过程与核心靶点。方法 选择中国中医科学院广安门医院心血管科收治的5例稳定性冠心病患者作为疾病观察组，同时选取健康成人5人作为对照组，采用DIA蛋白质组学技术对受试者的血浆进行检测，确定蛋白质表达量后进行差异蛋白质表达分析、GO富集分析、KEGG信号通路图查询和蛋白质互作网络分析。结果 在差异倍数为1.5倍时，疾病观察组相比于健康对照组，共鉴定到22个蛋白质下调，9个蛋白质上调。进一步的生物信息学分析表明，冠心病血瘀证的生物学过程与补体参与的慢性炎症反应有关，关键信号通路是补体与凝血级联反应的信号通路，核心蛋白质为C反应蛋白、转甲状腺素蛋白、补体因子H、维生素D结合蛋白等。结论 冠心病血瘀证的生物学过程与补体参与的慢性炎症反应有关。     

基于蛋白质组学分析色胺酮抑制小鼠乳腺癌的作用机制

目的:采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术研究色胺酮抗小鼠体内乳腺癌的作用机制。方法:采用超高效液相色谱-质谱联用技术检测色胺酮抗小鼠乳腺癌的表达蛋白,选择Ionoptics nano UPLC C18色谱柱(0.075 mm×250 mm,1.6μm),流动相0.1%甲酸水溶液-0.1%甲酸乙腈溶液梯度洗脱,正离子模式,扫描范围m/z 100～1 700,使用MaxQuant 1.6.5.0进行数据库检索。采用Label-free高分辨质谱的蛋白质组学技术筛选4T1乳腺癌小鼠模型组与色胺酮(100 mg·kg~(-1))口服给药组之间的差异表达蛋白,进行色胺酮抗乳腺癌的蛋白质组学研究。结果:共鉴定出3 997个蛋白质,其中有2 911个蛋白可定量。模型组与色胺酮组共750个差异表达蛋白,其中286个蛋白上调,464个蛋白下调。基因本体分析表明,这些差异表达蛋白主要参与增殖、细胞迁移、凋亡、免疫、血管生成和炎症调节等生物学过程。京都基因与基因组百科全书通路分析进一步表明,这些蛋白主要集中于T细胞受体,B细胞受体,Toll样受体,核转录因子-κB(NF-κB),Ras蛋白,白细胞介素-17,肿瘤坏死因子,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路。结论:与色胺酮抗4T1乳腺癌作用密切相关的差异表达蛋白包括上调蛋白白细胞分化抗原14(CD14),前列腺素G/H合酶2(PTGS2),泛素蛋白连接酶E3和下调蛋白CD44,70 kDa热休克蛋白1A(HSPA1A),巨噬细胞移动抑制因子(MIF),NF-κB,核糖体蛋白S6激酶α-4(RPS6KA4)和高迁移率族蛋白B1(HMGB1),提示色胺酮主要通过调节肿瘤炎症微环境来达到抑制小鼠乳腺癌的作用。     

基于蛋白质组学技术测定全蝎中β-肌动蛋白的含量

目的:通过蛋白质组学技术手段找到适用于药材全蝎含量测定的目标蛋白质及其特征肽段，用该特征肽段形成定量方法。方法:全蝎粉碎后经PBS缓冲溶液超声提取并过滤后，得到药材的蛋白质提取溶液。上述溶液经胰蛋白酶酶解后通过高分辨质谱进行分析，确定待测的目标蛋白质（β-肌动蛋白）和与之对应的特征肽段（IIAPPER），并进行特征肽段及其同位素内标物（IIA*(13C3，15N)PPER）的合成。用得到特征肽段做对照品，同位素内标物做内标进行含量测定。色谱柱为Waters ACQUITY UPLC HSS T3(2.1 mm×100 mm,1.8 μm)，流动相为0.1%甲酸溶液(V/V)-水和乙腈，梯度洗脱。质谱使用电喷雾离子源（ESI）正离子模式，采用多反应监测模式（MRM）进行信号采集。定量方法为内标法。结果:β-肌动蛋白的特征肽段在0.1~40 nmol/L浓度范围内线性良好，相关系数（r2）在0.999以上。方法检出限为0.04 mg/kg，定量限为0.13 mg/kg。加标回收率在87%～93%，重复性的RSD为5.2%，中间精密度的RSD为4.8%，供试品溶液在4 h内稳定。利用该方法对来自不同产地的37批次全蝎药材中的β-肌动蛋白进行含量测定，结果在4.66～100.26 mg/kg之间。结论:该方法灵敏度高，准确度较好和重复性较稳定，可以为全蝎药材药材的质量控制提供一种有效的手段。     

乳腺癌磷酸化蛋白质组学研究进展

乳腺癌是发生于乳腺上皮组织的恶性肿瘤,其病死率居女性肿瘤首位。近年来,磷酸化蛋白质组学研究广泛,与乳腺癌的发病、临床诊断和治疗等各个方面均密切相关。笔者系统性回顾了磷酸化蛋白质组学在肿瘤治疗中的研究和应用,并重点介绍乳腺癌磷酸化蛋白质组学的最新研究进展。     

运用液体芯片-飞行时间质谱技术建立类风湿关节炎及湿热瘀阻证血清多肽质谱分类模型

目的建立风湿性关节炎(RA)及其RA湿热瘀阻证的血清多肽质谱分类模型,为RA的临床诊断提供依据。方法 60例RA患者根据证型分为湿热瘀阻证(30例)及非湿热瘀阻证(30例),30名健康体检者为健康对照组。分别以RA患者与健康对照组相比较、RA湿热瘀阻证患者与非湿热瘀阻证患者相比较,收集患者血清标本,以磁珠法分离血清多肽后,进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱进行分析。通过ClinProt Tools软件进行差异分析,建立诊断模型。结果 RA血清多肽分类模型通过GA-5算法所建立分类模型为最优分类模型,由m/z分别为2 601.05、4 967.60、6 639.43、1 866.29、8 144.63的五个多肽组成,该模型识别率为94.74%,交叉验证率为81.96%,盲法验证准确率为97.50%。RA湿热瘀阻证血清分类模型由GA-7算法所建立分类模型为最优分类模型,由m/z分别为5 740.43、4 251.35、2 863.03、1 607.22、4 531.50的五个多肽组成,该模型识别率为97.50%,交叉验证率为80.05%,盲法验证准确率为90.00%。结论本研究所建立的诊断指纹图谱模型对于RA及湿热瘀阻证的临床诊治具有一定的参考价值。     

基于蛋白质组学大黄异病同治急性中风大鼠脑物质的基础及相关机制

目的:基于定量蛋白质组学和生物信息学分析,探索大黄异病同治急性中风的物质基础及机制。方法:采用线栓法制备缺血再灌注的缺血性中风(IS)大鼠模型和胶原酶来诱导的出血性中风(ICH)模型。将60只SD大鼠随机分为缺血性中风假手术组(Sham1),缺血性中风组(IS),出血性中风+大黄治疗组(DH1),出血性中风假手术组(Sham2),出血性中风(ICH)组和出血性中风+大黄治疗组(DH2),每组10只。IS,Sham1和DH1组在24 h后,ICH,Sham2和DH2组在48 h后,生理盐水灌注后取脑组织行定量蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白(DEPs)。对共性DEPs进行生物信息学分析,并对相关的DEPs进行蛋白免疫印迹验证。结果:大黄调节急性中风疾病相关共性DEPs 21个(上调12个,下调9个)。京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析显示,富集了肌萎缩侧索硬化症(ALS)通路,通路中包含神经丝蛋白轻链多肽(Nefl),神经丝蛋白中链多肽(Nefm),神经丝蛋白重链多肽(Nefh)。大黄异病同治急性中风共性机制主要包括能量代谢、离子稳态、突触相关蛋白的调节、细胞周期及神经形成。共性DEPs验证,大黄治疗后,GTP结合蛋白REM2(Rem2),酪氨酸3-单加氧酶(Th),Nefl和神经调制蛋白(Gap43)表达量与相应模型组比较差异均有统计学意义(P0.05)。其中,治疗后Nefl表达为下调,而Rem2,Th和Gap43表达为上调,此结果与蛋白质组学检测结果一致。结论:该研究建立了大黄-异病同治-差异蛋白质表达谱,能量代谢、离子稳态、突触相关蛋白调节、细胞周期及神经形成是其共性机制。     

糖尿病肾病相关生物学标志物的研究进展

糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)是引起糖尿病相关性死亡的主要原因之一。尿微量白蛋白是目前诊断DN最常用的临床指标,然而部分DN患者虽然已经有了晚期肾组织病理上的改变,但尿微量白蛋白仍然处于正常范围内。因此,寻找新的灵敏、特异的生物学指标对于DN的诊断及判断疾病进程有重要意义。近年来,肾损伤相关标志物、与DN发病机制相关的生物标志物等已经逐渐成为临床研究的热点,而蛋白质组学技术的发展也为寻找DN相关的生物标志物提供了新的指导方向。     

多组学联用在中药作用机制研究中的应用

组学技术的运用主要基于高通量分析检测技术,包括转录组学、蛋白质组学和代谢组学等。生物信息学的飞速发展,为探索中药治疗疾病的机制提供新的思路和方法。在过去的数十年间,组学技术广泛应用于中药作用机制的研究当中。中药具有多成分、多靶点的特点,单一通路研究难以诠释中药"整体观念"的治疗思想,而多组学联用研究与这一观点不谋而合。查阅近年文献,对转录组学、蛋白质组学、代谢组学及16S rRNA测序等联用在中药治疗疾病中发挥的作用进行综述。     

儿童腹型过敏性紫癜不同中医证候临床及尿液蛋白质组学差异比较＊

目的 探讨儿童腹型过敏性紫癜（AHSP）不同中医证候的临床及尿液蛋白特征。方法 按照诊断及纳入、排除标准，收集AHSP不同中医证候患儿的临床信息及尿样进行分析，并通过尿液蛋白质组质谱分析，筛选及比较AHSP不同证候的尿液差异蛋白。结果 AHSP不同证候临床特征显示，皮肤紫癜首发者风热伤络证最多，湿毒内蕴证次之；皮肤紫癜伴腹痛症状首发者仅在脾虚不摄证中出现。不同证候间实验室指标未出现统计学差异。通过DDA及DIA定量方法，在不同证候间筛选出21个证候差异蛋白，其中风热伤络、湿毒内蕴证间2个，风热伤络、脾虚不摄证间3个，湿毒内蕴、脾虚不摄证间16个；经OPLS-DA分析筛选出10个差异蛋白，包括ALDOB、Glyc、GSTA2、GPDA、GAPDH、CRYL1、AK1A1、VMO1、Cat S、DHPR。结论 AHSP不同证候间临床及尿液蛋白存在差异，这些差异可为腹型过敏性紫癜的证候诊断提供一定的帮助。