基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

项目管理在降低呼吸重症监护室环境物品表面多重耐药菌检出率中的应用

目的:探讨项目管理在降低呼吸重症监护室(RICU)环境物品表面多重耐药菌检出率中的应用效果。方法:采用目的抽样方法,选取医院呼吸与危重症医学科RICU 17张编制床位、32处高频接触环境物品表面及42名工作人员为观察对象。2019年1月—2019年3月实施RICU常规管理,2019年4月—2019年6月实施项目管理。比较项目管理前后RICU各类别工作人员手卫生依从率、RICU环境物品表面清洁合格率及多重耐药菌检出率。结果:在项目管理后RICU各类别工作人员手卫生依从率均高于项目管理前(P<0.05);项目管理后RICU环境物品表面清洁合格率较项目管理前升高(P<0.05);项目管理后多重耐药菌(MDRO)病人床单位及病区办公区域环境物体表面的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌(CRAB)检出率均较项目管理前降低(P<0.05)。结论:项目管理可有效提高RICU各类别工作人员手卫生依从性及环境物品表面清洁合格率,降低RICU环境物品表面多重耐药菌检出率。     

集束化干预联合闭环管理对ICU多重耐药菌感染的防控效果

目的 探讨集束化干预策略联合闭环管理模式对ICU多重耐药菌感染的防控效果。方法选取2020年1~12月EICU住院患者275例作为对照组，实施常规管理；2021年1~10月EICU住院患者239例作为观察组，在常规管理基础上实施集束化干预策略联合闭环管理。结果实施后，观察组多重耐药菌感染发生率明显低于对照组；患者住院日显著低于对照组，4项护理措施执行率(隔离标识、手卫生、环境消毒、医务人员相关知识知晓)、病原学送检率显著高于对照组（均P<0.05）。结论集束化干预联合信息化闭环管理可有效降低EICU多重耐药菌感染发生率。     

2013—2020年海安地区幽门螺杆菌感染病例特征及耐药性变化趋势

目的 探讨2013—2020年江苏省海安地区幽门螺杆菌（Hp）感染者特征及耐药的变化趋势。方法 以2013年1月1日至2020年12月31日在海安市某医院消化科就诊的Hp感染者为研究对象,采用医院耐药性监测部门档案统一表格收集Hp感染者姓名、性别、年龄、内镜诊断结果、疾病类型、Hp耐药试验结果等数据并完成整理,采用描述性分析方法对结果进行分析。结果 本研究共收集海安地区2013—2020年Hp感染病例1 756例,病例年龄18~73岁,45~73岁感染者占57.74%。男女性别比为1.18∶1,疾病类型以慢性非萎缩性胃炎为主,占68.96%。Hp对甲硝唑耐药菌株1 033株,耐药率为58.83%,对克林霉素耐药667株,耐药率为37.98%,对阿莫西林耐药30株,耐药率为1.71%,对四环素耐药5株,耐药率为0.28%,其中单耐药1 233株,单耐药率为70.22%,双重耐药457株,双重耐药率为26.03%,多重耐药66株,多重耐药率为3.76%。不同年份Hp对甲硝唑的耐药率为44.00%~66.94%,对克林霉素耐药率为31.35%~63.30%,对阿莫西林耐药率为0.00%~2.92%,对四环素的耐药率为0.00%~2.02%,不同年份Hp对甲硝唑和克林霉素的耐药率差异均有统计学意义（均P<0.01）。检测结果显示从2015年开始检出Hp对阿莫西林耐药,从2017年开始检出Hp对四环素耐药。结论 海安地区Hp对克拉霉素、甲硝唑、阿莫西林、四环素的耐药率均呈现增加的趋势,双重耐药率较高,检出多重耐药菌。Hp对克拉霉素、甲硝唑的耐药情况较为严重,近年来检出Hp对阿莫西林和四环素耐药,应引起重视。     

鼻息肉鼻窦炎患者金黄色葡萄球菌感染率及其毒力和耐药基因

目的 分析鼻息肉鼻窦炎(CRSwNP)患者金黄色葡萄球菌的毒力和耐药基因。方法 以淄博市第一医院2018年6月-2020年6月收治的93例CRSwNP患者为研究对象，分析金黄色葡萄球菌检出率及其药敏结果，并对耐药基因及毒力基因进行分析。结果 93例CRSwNP患者检出金黄色葡萄球菌42株，感染率为45.16%,其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)检出14株，检出率为33.33%。CRSwNP患者检出的金黄色葡萄球菌对青霉素、红霉素、克林霉素的耐药性较高。金黄色葡萄球菌检出mecA、tetM、ermA、ermC耐药基因型分别为33.33%、16.67%、2.38%、11.90%;毒力基因sea、sec、seb、sed、hlg、pvl、tst检出率分别为38.10%、28.57%、83.33%、28.57%、19.05%、7.14%、23.81%。结论 CRSwNP患者金黄色葡萄球菌感染率相对较高，金黄色葡萄球菌对常见抗菌药物耐药率较高，其耐药性主要与耐甲氧西林、四环素类、耐大环内酯类耐药基因关系密切，且肠毒素基因检出率较高，值得临床重视。     

携带同源重组修复相关基因突变的消化道肿瘤的临床特点

目的:探讨消化道肿瘤中同源重组修复相关基因(homologous recombination repair related gene，HRR)突变的发生情况及临床意义。方法:共92例消化道肿瘤患者，79例患者进行了血液标本HRR检测，53例患者进行了组织标本HRR检测，40例患者同时行血液和组织的HRR基因检测，收集患者基因检测结果及临床相关资料。结果:在79例患者血液标本检测中发现10例（12.6%）有临床意义HRR突变，在53例患者组织标本检测中发现9例（17.0%）有临床意义HRR突变。40例同时行血液和组织的HRR基因检测患者中常见的有临床意义HRR突变为CDK12突变4例（10.0%）、ATM突变3例（7.5%）、BRCA1突变2例（5.0%）。13例有临床意义HRR突变患者中常见共存突变为TP53突变10例（76.9%）、APC突变5例（38.5%）、PIK3CA突变4例（30.8%）。40例患者中13例患者血液和/或组织中有临床意义HRR突变，27例患者血液和组织中均无任何临床意义HRR突变且两组相比，有临床意义HRR突变组肿瘤突变负荷（tumor mutational burden，TMB）为6.17(2.24～11.52)，而未携带HRR突变组TMB为0.4(0～3.75)，差异有统计学意义（P＜0.05）。40例患者组织检测中7例HRR有临床意义的突变，33例无HRR突变，血液检测中10例HRR有临床意义的突变，30例无HRR突变，一致性检验的Kappa值为0.333（P=0.031）。结论:携带有临床意义HRR突变的消化道肿瘤患者TMB更高，血液和组织检测HRR突变有较好的一致性。     

非结核分枝杆菌肺病患者流行病学临床特点及耐药情况分析

目的分析95例非结核分枝杆菌肺病患者流行病学、临床特点及耐药情况。 方法从安徽省胸科医院2019年11月至2021年10月收治的非结核分枝杆菌肺病患者的临床病历资料中随机抽取95例进行回顾性分析，收集痰检样本完成菌种培养、鉴定及药敏试验。 结果检出非结核分枝杆菌阳性致病菌95株，其中胞内分枝杆菌(73.68%)；马萨分枝杆菌(1.05%)、马尔摩分枝杆菌(1.05%)。流行病学调查结果年龄30~65岁致病菌检出46例(48.42%)；>65~85岁致病菌检出49例(51.58%)。女性致病菌检出42例(44.21%)；男性致病菌检出53例(55.79%)。肺部影像学表现斑点或结节影(92.63%)、肺部双侧病变(80.00%)及临床症状中咳嗽(87.37%)。耐药性结果显示，非结核分枝杆菌整体对阿米卡星耐药性低，对盐酸乙胺丁醇耐药性高(P<0.05)。 结论非结核分枝杆菌肺病患者并未表现出显著的流行病学及临床特点，对于利福平、乙胺丁醇等一线抗结核药物存在不同程度的耐药。     

Knobloch综合征1例

5岁女童因出生后发现双眼视力差于2021年5月就诊于天津医科大学眼科医院, 体检提示:双眼高度近视、双眼内斜视、水平震颤、双眼底高度近视改变, 追问病史后发现, 患儿出生后头颅枕部囊性肿物膨出, 查头颅CT提示:枕部颅板缺损伴脑膜膨出, 未作治疗, 目前枕部肿物已自行消退。考虑患儿的眼部表现及颅骨改变, 可能符合Knobloch综合征, 后经全外显子基因检测V4发现, 患儿为致病基因COL18A1的复合杂合变异, Knobloch综合征明确, 该综合征是一种罕见的常染色体隐性遗传性疾病, 典型特征是高度近视、视网膜脱离和枕部脑膨出, 目前尚无明确的治疗方案, 基因治疗可能是未来应对Knobloch综合征的有效治疗手段。     

金黄色葡萄球菌异质性耐药机制及实验室检测技术

 异质性耐药是一种特殊的细菌耐药类型，常表现为同一克隆来源的不同细菌亚群对某种抗菌药物表现出不一致的耐药特征，大多数亚群对某种抗菌药物敏感，而少部分亚群对其耐药或高度耐药。异质性耐药分离株常会导致特定抗菌药物抗感染治疗失败。针对异质性耐药菌较为深入的研究主要集中于革兰阴性菌，革兰阳性球菌的相关报道较少。近年有研究报道万古霉素、利奈唑胺、苯唑西林等多种类型抗菌药物异质性耐药金黄色葡萄球菌分离株出现，但其实际临床意义尚待进一步评估。此文对金黄色葡萄球菌异质性耐药机制和检测技术最新进展进行综述，为细菌异质性耐药机制研究和新型检测技术研发提供新的思路。