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1.
目的: 采用生物信息学方法分析支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)发生的关键基因和信号通路。方法: 在基因表达综合数据库(GEO)中筛选数据集,使用GEO2R工具筛选出BPD与非BPD极早早产儿之间的差异表达基因。使用DAVID数据库进行功能注释和通路分析,使用STRING在线工具完成关键差异表达基因的蛋白质相互作用(PPI)网络构建,通过Cytoscape软件筛选出核心基因,并对其进行可视化处理。结果: 差异分析得到表达上调的基因375个,表达下调的基因390个;GO富集分析显示差异表达基因参与细胞对钙离子的反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、心脏发育等生物过程;KEGG富集分析显示差异表达基因集中于胰高血糖素信号通路、乳腺癌信号通路。通过PPI网络筛选得到10个核心基因,分别为Jun原癌基因(JUN)、Fos原癌基因(FOS)、SWI/SNF染色体重塑复合体亚基4(SMARCA4)、激活转录因子3(ATF3)、早期生长反应蛋白1(EGR1)、Erb b2受体酪氨酸激酶(ERBB2)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARA)、FosB原癌基因(FOSB)、核受体亚家族4A组成员1(NR4A1)、胰岛素样生长因子1(IGF1)。结论: JUN、FOS、ATF3、EGR1基因可能在BPD发生发展过程中发挥重要作用。 相似文献
2.
目的: 探讨 miR 30a及相关炎症指标在脓毒症中的表达并分析其临床意义。方法: 运用GEO数据库检索筛选基因芯片并分析miR-30a表达情况,采用miRecords网站数据库的预测软件预测其靶基因,并对其进行KEGG通路富集分析。收集2019年1月至2021年1月江苏大学附属医院收治的脓毒症患者64例,根据病情轻重分为脓毒症非休克组和休克组,每组32例。根据28 d 病情转归情况分为存活组(n=44)与死亡组(n=20)。另选10例健康体检者作为对照组。检测各组的白细胞(WBC)、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)和IL 6水平,并计算序贯器官衰竭评分(SOFA);RT-PCR检测外周血miR-30a表达,并分析与SOFA评分的相关性;应用ROC曲线评价miR 30a对脓毒症的诊断价值。结果: GEO数据库检索发现miR-30a在脓毒症组的表达高于对照组(P<0.05)。与对照组相比,脓毒症组miR-30a、WBC、CRP、PCT、IL 6及SOFA评分均升高(P<0.05或<0.01);与脓毒症非休克组相比,休克组WBC及SOFA评分升高(P<0.05);与脓毒症存活组相比,死亡组SOFA评分升高(P<0.01);Spearman相关性分析显示,血清miR-30a相对表达量与脓毒症SOFA评分呈正相关(r=0.751,P<0.01),与IL-6、CRP、PCT的表达呈正相关(r=0.667、0.736、0.496, P均<0.01);ROC曲线评价结果显示miR-30a曲线下面积为0.831(P<0.01),敏感度89.1%,特异性80.0%;CRP曲线下面积为0.841(P<0.01),敏感度79.7%,特异性90.0%;miR-30a+CRP曲线下面积为0.902(P<0.01),敏感度89.1%,特异性90.0%。结论: miR 30a及相关炎症指标在脓毒症中呈高表达,其可能成为诊断脓毒症的潜在标志物。 相似文献
3.
5.
目的: 观察FGF2在低氧及低氧预适应条件下小鼠海马神经元细胞中的表达变化,探究FGF2是否参与低氧耐受神经保护作用。方法: 使用生物信息学方法进行搜索和鉴定FGF2基因家族成员。在细胞层面建立低氧和低氧预适应模型,通过Western-blot、qRT-PCR检测细胞中FGF2表达情况。结果: FGFs家族分为7个亚家族,其中FGF2含有一个由17个氨基酸组成的FGF受体结合域,能够与特定的FGF受体结合进行信号的转导。在细胞层面,相比于空白对照组(C),低氧组(H)和低氧预适应组(HPC)FGF2在mRNA水平和蛋白水平的表达均有所下降(P<0.05),而与H组相比,HPC组FGF2 mRNA水平和蛋白水平的表达有所升高(P<0.05)。结论: FGF参与低氧预适应的神经保护作用。 相似文献
6.
目的:探究原发性骨质疏松(osteoporosis,OP)中差异基因及lncRNA RAD51?AS1的作用,为原发性骨质疏松的诊断及治疗提供新思路。方法:利用 GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中的 GSE35956 芯片数据进行分析,使用 DEseq2 对 mRNA进行差异分析获得差异基因(differentially expressed gene,DEG),使用ClusterProfiler对差异分析的基因进行富集分析; 随后对芯片进行长链非编码RNA(long non?coding RNA,lncRNA)重注释以发掘差异lncRNA,运用实时定量PCR(qRT?PCR)对正常人及骨质疏松患者的骨髓间充质干细胞(human bone marrow mesenchymal stem cell,hBMSC)进行表达量验证。最后用 MTT、克隆形成和ALP染色观察RAD51?AS1对hBMSC增殖及成骨分化的影响。结果:共获得关于mRNA的1 440个DEG,其功能主要富集于受体配体活性和单核细胞分化等过程。同时也获得关于lncRNA的105个DEG,发现RAD51?AS1在骨质疏松患者中表达显著下调。沉默RAD51?AS1后发现hBMSC的增殖减少和ALP活性下降。结论:PI3K?Akt信号转导途径和单核细胞分化在骨质疏松中发挥重要作用。lncRNA RAD51?AS1可以调节骨髓间充质干细胞增殖及分化,以缓解骨质疏松进程。 相似文献
7.
目的:通过生物信息学的方法挖掘基因综合表达数据库(GEO)中影响胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)发生发展的核心基因,并分析其生物学功能,为CCA的诊断、治疗和评估预后提供理论依据。方法:分析来自GEO数据库中的3个微阵列数据集(GSE32879、GSE45001和GSE76297)。使用GEO2R进行在线差异基因的分析,DAVID进行差异基因的GO 和KEGG 通路分析。使用STRING和Cytoscape进行蛋白互作网络分析(PPI)和枢纽基因(HUB)的筛选。结果:共筛选出151个上调基因,通过PPI筛选出连接度最高的10个基因,分析发现APOA1、AGXT、F13B、FETUB、FERPINC1、SLC2A2这些枢纽基因过度表达与胆管癌的不良预后相关。结论:通过生物信息学探索的枢纽基因可能在胆管癌的发生发展中起着重要作用,并为进一步研究胆管癌的分子机制提供了一定的理论依据。 相似文献
9.
目的:探讨原发性失眠中医证治规律及高频中药甘草、酸枣仁、远志、首乌藤、柏子仁"养心安神"的作用机制。方法:回顾性分析172例就诊于河南中医药大学第一附属医院、临床第一诊断为原发性失眠的患者数据,运用Python、E-Charts、SPSS软件总结其证治规律,借助网络药理学和分子对接方法分析高频中药发挥作用的潜在机制。结果:纳入172例患者病历资料,涵盖中医证型32种,提取病位证素6个,病性证素10个,涉及中药212味,常用中药(频次≥20)聚类分析可分为6类;通过TCMSP、GeneCards、OMIM、Disgenet等数据库筛选频数排名前5位的高频中药甘草、酸枣仁、远志、首乌藤、柏子仁有效活性成分94个,作用靶点448个;疾病靶点1 433个,其中包括通过GEO数据库GSE98566芯片筛选的差异基因119个;获得高频中药与疾病交集靶点85个;PPI网络主要涉及AKT1、TP53、MYC、STAT3、ESR1等关键靶蛋白;KEGG富集得到20条通路;分子对接提示甘草异黄酮与MYC蛋白结合情况最佳。结论:中医药辨治原发性失眠有规律可循,且遵循"以心为本,兼顾肝脾;以顺为治,养心安神;以平为期,补虚泻实"为宗旨,高频中药发挥"养心安神"作用具有多组分、多靶点、多途径等特点。 相似文献
10.
摘要:目的 NeoE是费氏链霉菌合成新霉素途径中一种重要的NAD(P)+依赖性脱氢酶,本研究的目的是预测其生物学性质
及其对新霉素合成能力的影响。方法 由NCBI网站蛋白质数据库获得NeoE氨基酸序列,利用生物信息学网站及软件分析预测
其特征。随后构建neoE过表达质粒,以接合转移方式得到高产重组菌株SF-neoE。最后经摇瓶发酵以及相关基因的转录分析探
究NeoE对新霉素生物合成的影响。结果 NeoE由340个氨基酸组成,理论相对分子质量约为35228.33 Da,理论pI值5.14,不存
在信号肽和跨膜区,是一个疏水性的稳定胞内蛋白。对含空载质粒菌株和重组菌株摇瓶发酵与RT-qPCR分析,结果表明第48小
时neoE的相对表达水平较对照菌株提高了2.1倍,且NeoE的过量表达使得新霉素效价提高42%。结论 该结果为提高新霉素效价
提供思路,并为后续定向改造NeoE探究其对费氏链霉菌生长代谢的影响奠定理论基础。 相似文献