芫根调节免疫功能的小肠转录组学研究

利用生物信息学技术初步探索芫根调控肠道免疫功能的分子生物学机制。方法 选择雄性SPF级BALB/c小鼠18只，随机分为3组，每组6只。SC1组小鼠每只每次灌胃芫根提取液150 μL，SC2组小鼠每只每次灌胃绞碎芫根原浆悬液150 μL，NC组小鼠每只每次灌胃生理盐水150 μL，连续7 d每日灌胃一次。分别取每组小鼠小肠组织样品提取RNA，总RNA的质检合格后，进行转录组测序。按GO功能和KEGG信号通路对差异表达基因聚类分析揭示差异表达高度富集的免疫相关通路。从免疫角度分析芫根灌胃小鼠小肠组织的基因表达变化情况。结果 转录组测序共检测到27733条 mRNA的表达，SC1组与NC组比较，显著差异表达基因1635个，其中上调差异表达基因1236个，下调差异表达基因399个；SC2组与NC组比较，显著差异表达基因2872个，其中上调差异表达基因2233个，下调差异表达基因639个（P＜0.05）。按GO功能和KEGG信号通路聚类分析显示差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路及维生素和脂肪消化吸收等途径的富集度在两个芫根组中均居于前20位（P＜0.01），肠黏膜趋化因子CCL20和巨噬细胞极化标志物CD274等免疫蛋白编码基因差异表达显著且同属于上述多个免疫通路。结论 芫根灌胃小鼠小肠的差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路、营养物质消化吸收等途径高度富集，提示芫根对肠道免疫系统及肠黏膜功能的调节，其中CD274的表达上调和CCL20的表达下调提示诱导M1型巨噬细胞极化和T细胞活化可能是芫根调控免疫和维护肠道正常结构功能的重要途径。     

代谢组学早期诊断新生儿坏死性小肠结肠炎的研究进展

新生儿坏死性小肠结肠炎(necrotizing enterocolitis,NEC)是新生儿期常见且危害严重的胃肠道疾病,发病率及病死率均较高,部分NEC存活患儿生活质量受到严重影响,目前尚未发现NEC早期诊断的特异性生物标志物。近年来,代谢组学技术快速发展,其对生物体内参与生化反应的中间产物及终产物进行动态的定性定量分析,从系统的角度解释疾病发生和发展,在NEC早期诊断研究中有广阔的应用前景。该文综述了近年来代谢组学在NEC早期诊断方面的研究进展,旨在为代谢组学技术应用于NEC早期诊断提供参考依据。     

医学影像纹理分析在软组织肿瘤中的研究进展

近年来凭借大数据及深度学习使得以纹理分析(Texture Analysis)为代表的影像组学迅猛发展。随着纹理分析方法及影像新技术的不断研发应用,近年来纹理分析被越来越多的应用于临床研究,为疾病、尤其是肿瘤的诊断、分级与疗效预测评估提供有价值的医学影像依据。本文总结了纹理分析的常用方法、流程,并对软组织肿瘤的研究现况进行调查,作一综述。     

基于代谢组学分析的18-三体妊娠羊水差异代谢物

摘要:目的通过 非靶向代谢组学方法分析18-三体( trisomy 18,T18) 妊娠母体羊水样本,探索其差异代谢物。方法采用病 例-对照研究,以8例18-三体妊娠母体羊水样本为病例组,40例正常胎儿母体羊水样本为对照组,采用气相色谱飞行时间质 谱技术( GC-T0F/MS)检测两组羊水样本。采用主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘法判别分析(OPIS-DA)模型分析代谢谱 差异,通过单维统计分析寻找差异代谢物。结果PCA 和OPLS-DA模型分析均显示病例组与对照组之间无明显分离趋势。 通过单维分析在两组间共发现5种差异代谢物,分别为甘油醛、葡萄糖酸、硫酸吲哚酚.磷酸盐和泛酸(P<0.05)。结论羊水 代谢组学证实18-三体妊娠存在多种代谢物水平的差异,为疾病的发生机制的探索提供了更多研究思路。     

基于CiteSpace可视化分析代谢组学在中医药领域的研究现状及趋势＊

目的 应用可视化方法分析代谢组学在中医药领域的现状及趋势。方法 检索中国知网数据库（CNKI）和Web of Science 核心合集数据库2021年3月15日之前收录的中医药领域代谢组学研究的相关文献，应用CiteSpace软件对纳入的文献进行关键词、作者、研究机构等内容进行可视化分析。结果 共纳入中文文献247篇，英文文献350篇。文献数量在波动中迅速上升。中、英文文献作者合作网络显示，张爱华是中医药领域代谢组学研究发文量最多的作者，并形成了核心研究团队。发文机构显示，中国医学科学院是该领域的重要研究机构，机构间合作紧密。中、英文文献关键词分析显示，研究内容主要集中在核磁共振、代谢标记物、冠心病、质谱技术、代谢通路等相关领域。结论 中医药领域代谢组学研究的热点主要为中医药治疗代谢性疾病的机制研究。研究趋势为卵泡代谢组学研究及中药有效成分的研究。     

原发性干燥综合征生物标志物的研究进展

目前原发性干燥综合征(pSS)诊断仍然依赖于侵入性小涎腺活检手术,常导致其早期诊断异常艰难,因此筛选特定生物标志物可能对pSS诊断和个体化治疗极为有益。本文回顾传统标志物及与B细胞活化和表观遗传相关的新标志物,并综述组学标志物研究进展。尽管生物标志物前景较好,但其可靠性仍需扩大样本量进行验证。     

分层分析影像组学模型在肺腺癌诊断中的价值

目的:建立并验证可高效鉴别肺腺癌及其浸润程度的预测模型,并根据结节/肿块性质分层分析模型的预测效能。方法:回顾性分析本院2011年10月-2018年12月经病理证实的肺结节/肿块患者2105例。根据肿瘤性质,分为磨玻璃组(A组,1711例)和实性组(B组,394例),组内以2017年10月为界,分为训练集和测试集。收集患者的传统影像特征、人口统计学资料;采用3D slicer对兴趣区(ROI)进行手动勾画,Pyraodiomics提取影像组学特征,最大相关-最小冗余(mRMR)和最小绝对收缩选择算子(LASSO)算法对特征进行筛选、降维,构建预测模型,并采用受试者操作特征(ROC)曲线及曲线下面积(AUC),校准曲线和拟合优度检验,临床决策曲线分别评价模型的预测准确性、校准度、临床实用性。结果:在A组、B组分别建立独立组学模型、传统模型和融合组学模型。A组:融合组学模型在训练集、测试集、外部验证集的AUC分别为0.92(0.90~0.93)、0.94(0.93~0.96)、0.87(0.82~0.91);B组:融合组学模型在训练集、测试集以及外部验证集的AUC分别为0.85(0.80~0.90)、0.80(0.72~0.89)、0.70(0.54~0.85)。De-long检验A组测试集组学模型与传统模型间效能差异有统计学意义(P<0.05);B组组学模型与传统模型间的效能结果差异无统计学意义。无论是A组还是B组,Hosmer-Lemeshow拟合优度检验融合组学模型、传统模型P值均大于0.05,校准曲线中融合组学模型预测值与标准基线重合度较高。决策曲线中融合组学模型的净利润率最高。该结果在外部验证集中得到部分验证。结论:影像组学进一步提升了传统诊断模式对肺腺癌的诊断效能。相比于实性肺结节/肿块,融合组学模型在磨玻璃肺结节/肿块中的预测准确性、校准度、临床实用性更为优异。     

勘误

2018年6期《肝纤维化几种病理染色方法及意义归纳》一文插页彩图中“正常组”应为“模型组”,“模型组”应为“正常组”,特此更正。