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1.
弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的非霍奇金淋巴瘤(NHL),约占所有NHL的40%。DLBCL在临床和病理中具有高度异质性。尽管一线R-CHOP方案能够使约60%的患者实现治愈,但仍有30%~40%的患者面临复发难治。未来DLBCL治疗疗效提高的希望需要寄托在我们对DLBCL临床和病理异质性更深认识的基础上。唯有更精确的分型,才能使不同的DLBCL患者得到精准化和个体化的治疗,从而获得超越R-CHOP方案的疗效。近年来,医学界在DLBCL的分型方面做出大量探索,且取得较大突破。本文旨在对DLBCL的临床及分子分型进展进行综述。 相似文献
2.
目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变(IDD)相关的差异表达基因(DEG),寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编(GEO)数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。 相似文献
4.
目的:利用生物信息学筛选不同阻滞阶段非梗阻性无精子症(NOA)相关的调控因子及其调控途径,为后续的功能研究提供依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获得GSE45885的基因表达谱矩阵,筛选其中的正常样本以及不同阻滞阶段NOA样本,包括4例正常生精样本和20例NOA患者样本,20例NOA患者中有2例患者处于减数分裂前期阻滞阶段(PRE),7例处于减数分裂期阻滞阶段(MEI),11例处于减数分裂后期阻滞阶段(POST)。将正常生精样本设置为对照组(CON),使用GEO2R在线工具鉴定正常生精样本与不同阻滞阶段NOA样本之间的差异基因,对GEO芯片中不同阻滞阶段的NOA数据整合归一化并进行矫正后取交集。对差异表达的基因以及其靶基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析,获取关键通路;基于在线工具(STRING)构建蛋白质相互作用(PPI)网络图。然后利用Cytoscape中的CytoHubba插件对枢纽基因进行筛选。结果:在PRE中筛选出463个上调基因,12个下调基因;在MEI和POST中分别发现2个和3个下调基因,无上调基因。PRE中上调基因通过一些重要途径,如精子发生、精子细胞发育、精子的运动、纤毛运动和微管形成等功能来调控生精过程。在上述的3个阻滞阶段NOA中筛选出2个共同差异基因,均为微小RNA(miRNA),2个miRNA有58个共同靶基因。利用在线生物信息学工具STRING成功构建PRE中上调基因的PPI网络图,并使用Cytoscape筛选出网络中前10个枢纽基因,包括DNAI1、DNAI2、PGK2、ROPN1L、ARMC4、DRC1、DNAAF3、CABYR、ZMYND10和CCDC65。结论:识别枢纽基因和共同差异基因及其通路为后续研究NOA的发生机制提供了有价值的参考,DRC1、ARMC4、MIR15A和MIR509-3可作为后续NOA发病机制研究的潜在靶点。 相似文献
5.
目的 基于网络药理学与基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库挖掘初步揭示瘀血痹胶囊发挥抗类风湿性关节炎(RA)的潜在活性成分及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库筛选出瘀血痹胶囊活性化学成分、作用靶点及RA靶点,采用STRING 11.0数据库对其交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建,采用Bioconductor数据库进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过GEO数据库下载基因芯片数据(GSE55457),经过基因探针富集分析(GSEA)筛选出差异表达基因,联用分子对接对差异基因与排名靠前的活性化合物进行虚拟验证。结果 筛选出瘀血痹胶囊128个有效成分和85个与RA的交集靶点,其中度值排名靠前的化合物有槲皮素、木犀草素和山柰酚等。GO功能富集结果显示,RA靶点参与生物过程、分子功能、细胞组分的多种调控过程。KEGG通路富集结果显示,炎性因子和受体信号通路可能为瘀血痹胶囊对RA发挥作用的主要通路。差异表达基因与交集靶点交集有白细胞介素-6(IL-6)、DNA修复酶1(PARP1)、核转录因子-κB激酶亚基β抑制剂(IKBKB)、雄激素受体(AR)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、多不饱和脂肪酸5-脂氧合酶(ALOX5)等。分子对接结果显示,β-谷甾醇、鞣花酸、7-O-甲基异鼠李糖醇、木犀草素、槲皮素、异鼠李素、山柰酚、β-胡萝卜素等与差异性基因对接活性较好。结论 瘀血痹胶囊中的β-谷甾醇、木犀草素、槲皮素等核心化合物可能是通过作用于IL-6、PARP1、IKBKB、AR、CASP3等靶点对RA起治疗作用,为瘀血痹胶囊后续深入研究及临床应用提供了数据支持。 相似文献
6.
ZIC2属于小脑锌指基因家族,是脊椎动物脑发育过程中的重要基因。近年,ZIC2在恶性肿瘤中的作用越来越受到重视,其表达异常可促进恶性肿瘤的发生、发展,并与患者预后密切相关。然而,ZIC2在各种肿瘤中的功能和机制异常复杂,其具体机制尚不完全清楚。该文现总结ZIC2在恶性肿瘤中的作用、机制及其临床意义,为恶性肿瘤的诊断和预后提供参考。 相似文献
7.
目的 探讨星形细胞瘤Friend白血病整合素1转录因子(FLI-1)表达水平及其与病人预后的关系。方法 选取2015年6月~2018年6月手术切除的术后病理检查确诊的星形细胞瘤标本112例和颅脑损伤内减压术获得非肿瘤脑组织59例(对照组),采用免疫组织化学染色法检测FLI-1表达情况。术后随访3年,记录无进展生存、总生存情况,其中无进展生存为预后良好,肿瘤进展或病人死亡为预后不良。结果 112例星形细胞瘤中,预后良好62例,预后不良50例。星形细胞瘤FLI-1表达阳性率[66.96%(75/112)]明显高于对照组[16.95%(10/59);P<0.05]。星形细胞瘤FLI-1表达与IDH1表达呈明显负相关(r=-0.682,P<0.001),与p53表达呈正明显相关(r=0.711,P<0.001)。多因素logistic回归分析显示FLI-1表达阳性是星形细胞瘤预后不良的独立危险因素(OR=3.758 ;95% CI 1.439~9.814 ;P=0.009)。生存曲线分析显示,FLI-1表达阴性病人3年累积无进展生存率(75.68%)、3年累积总生存率(81.08%)均明显高于FLI-1表达阳性的病人(分别为45.33%、49.33%;P<0.05)。结论 星形细胞瘤FLI-1呈高表达,与病人的不良预后有关。 相似文献
8.
目的基于人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者外周血单个核细胞(PBMCs)中HIV-1总DNA和RNA定量检测结果对感染细胞内病毒的转录活性进行区分。方法采集2017年10月至2018年12月于哈尔滨医科大学附属第四医院感染科就诊的HIV-1感染者血液样本,分离PBMCs细胞,采用PCR荧光探针法对PBMCs细胞内HIV-1总DNA和RNA进行定量检测,并计算两者比值(Ratio)。根据Ratio值筛选出HIV-1转录活跃组样本和相对非活跃组样本,另外选择健康人PBMCs样本作为对照组。对3组样本进行基因转录组表达谱检测以及人口特征差异性检验,并对基因表达谱检测结果进行主成分分析以验证对3组样本病毒转录活性区分的准确性。结果从60例感染HIV-1患者的PBMCs样本中筛选出HIV-1转录活跃组样本(10例)和相对非活跃组样本(11例),另外选择6例健康人PBMCs样本作为对照组。其中转录活跃组样本Ratio值为165.2~738.93,平均为(339.27±189.68);相对非活跃组Ratio值为4.67~42.39,平均为(17.65±11.78)。转录活跃组和相对非活跃组样本间的CD4+T细胞计数(P=0.049)和Ratio值(P<0.001)差异均具有统计学意义;3组样本年龄(P=0.989)和性别(P=0.650)分布差异无统计学意义。对3组样本的PBMCs基因表达谱主成分分析结果显示:对照组与HIV-1感染者(包括转录活跃组和相对非活跃组)间区分明显。转录活跃组和相对非活跃组间有部分样本重合,同时结果也显示当HIV-1感染者的CD4+T淋巴细胞计数与健康人无显著差异时,其细胞内的基因表达与健康人接近。结论基于HIV-1总DNA和RNA定量检测结果及两者间比值可以较好地区分PBMCs内病毒转录活性。HIV-1感染细胞内部病毒的不同转录激活状况可导致其基因表达谱的异质性。 相似文献
9.
目的 发现四物汤的新药理作用并辨识其有效成分群。方法 于GEO和Cmap数据库获取四物汤和1309个小分子药物的基因表达谱,计算差异表达基因及四物汤与1309个小分子药物的基因表达谱间的相似性,相似性较高的小分子药物的药理作用为四物汤的新药理作用。相似性较高的小分子药物的靶点作为四物汤发挥新药理作用的靶标,利用分子对接技术辨识四物汤的有效成分群。结果 四物汤具有抗乳腺癌的作用,其有效成分群为荭草苷、芍药苷和半乳糖醛酸等,并通过文献调研验证了辨识结果的可靠性。结论 本研究将为扩大四物汤的临床应用范围及质量控制奠定基础,为乳腺癌的治疗提供新方法。 相似文献
10.
通路数据库是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库,通路作为基因功能集合能够提高预测模型的预测能力和解释能力。本研究通过整合KEGG通路数据和CCLE基因表达谱推断通路活性并结合药物数据建立药物敏感性预测模型。在推断通路活性时,并没有把通路简单地作为基因集合,而是选择通路中的高连接度基因,取高连接度基因的平均表达水平作为通路活性值,合并每个通路的活性向量得到通路活性矩阵,然后输入到弹性网进行药物敏感性预测。实验结果表明,对于大多数药物,使用基于通路中高连接度基因的计算分析方法更有利于药物敏感性预测,同时能识别出更多与药物相关基因的通路。 相似文献