外周血单个核细胞内人类免疫缺陷病毒DNA和RNA定量对病毒转录活性的区分

目的基于人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者外周血单个核细胞(PBMCs)中HIV-1总DNA和RNA定量检测结果对感染细胞内病毒的转录活性进行区分。方法采集2017年10月至2018年12月于哈尔滨医科大学附属第四医院感染科就诊的HIV-1感染者血液样本,分离PBMCs细胞,采用PCR荧光探针法对PBMCs细胞内HIV-1总DNA和RNA进行定量检测,并计算两者比值(Ratio)。根据Ratio值筛选出HIV-1转录活跃组样本和相对非活跃组样本,另外选择健康人PBMCs样本作为对照组。对3组样本进行基因转录组表达谱检测以及人口特征差异性检验,并对基因表达谱检测结果进行主成分分析以验证对3组样本病毒转录活性区分的准确性。结果从60例感染HIV-1患者的PBMCs样本中筛选出HIV-1转录活跃组样本(10例)和相对非活跃组样本(11例),另外选择6例健康人PBMCs样本作为对照组。其中转录活跃组样本Ratio值为165.2~738.93,平均为(339.27±189.68);相对非活跃组Ratio值为4.67~42.39,平均为(17.65±11.78)。转录活跃组和相对非活跃组样本间的CD4+T细胞计数(P=0.049)和Ratio值(P<0.001)差异均具有统计学意义;3组样本年龄(P=0.989)和性别(P=0.650)分布差异无统计学意义。对3组样本的PBMCs基因表达谱主成分分析结果显示:对照组与HIV-1感染者(包括转录活跃组和相对非活跃组)间区分明显。转录活跃组和相对非活跃组间有部分样本重合,同时结果也显示当HIV-1感染者的CD4+T淋巴细胞计数与健康人无显著差异时,其细胞内的基因表达与健康人接近。结论基于HIV-1总DNA和RNA定量检测结果及两者间比值可以较好地区分PBMCs内病毒转录活性。HIV-1感染细胞内部病毒的不同转录激活状况可导致其基因表达谱的异质性。     

基于基因表达谱相似性的四物汤重定位及抗乳腺癌有效成分群辨识＊

目的 发现四物汤的新药理作用并辨识其有效成分群。方法 于GEO和Cmap数据库获取四物汤和1309个小分子药物的基因表达谱，计算差异表达基因及四物汤与1309个小分子药物的基因表达谱间的相似性，相似性较高的小分子药物的药理作用为四物汤的新药理作用。相似性较高的小分子药物的靶点作为四物汤发挥新药理作用的靶标，利用分子对接技术辨识四物汤的有效成分群。结果 四物汤具有抗乳腺癌的作用，其有效成分群为荭草苷、芍药苷和半乳糖醛酸等，并通过文献调研验证了辨识结果的可靠性。结论 本研究将为扩大四物汤的临床应用范围及质量控制奠定基础，为乳腺癌的治疗提供新方法。     

微小RNA-1266对钠通道蛋白表达和分布的影响

目的探讨心房颤动(AF)相关微小RNA-1266-5p(miR-1266-5p)与AF相关钠离子通道蛋白α亚基编码基因SCNA5的靶向调控关系。方法构建含有预测结合位点3'非翻译区(3'UTR)序列的靶基因,将其与阴性对照质粒以及miRNA共转染入人胚肾HEK293细胞,实验分为空白对照组、阴性对照组、实验一组(pc DNA3. 1-SCN5A 3'UTR改建质粒+miR-1266)和实验二组(pc DNA3. 1-SCN5A WT质粒,不含3'UTR端+miR-1266),荧光定量PCR法和Western blot法检测各组钠通道蛋白SCN5A mRNA和Nav1. 5蛋白表达变化,免疫荧光实验观察SCN5A Nav1. 5蛋白表达和分布变化。结果与空白对照组和阴性对照组比较,实验一组SCN5A mRNA表达分别下调49. 4%和46. 0%,差异有统计学意义(0. 557±0. 016 vs 1. 101±0. 132和1. 031±0. 020,P 0. 05),而实验二组SCN5A mRNA表达无显著变化(P 0. 05);实验一组SCN5A Nav1. 5蛋白表达下降,而实验二组SCN5A Nav1. 5蛋白表达无显著变化;实验一组和实验二组的SCN5A Nav1. 5蛋白分布都无显著变化。结论 SCN5A可能是miR-1266的直接靶基因,miR-1266可能通过负性调控SCN5A表达参与AF电重构。     

孕期及哺乳期n-6/n-3脂肪酸变化对仔鼠脑发育相关基因表达的影响

目的探讨孕及哺乳期摄入n-6/n-3多不饱和脂肪酸(PUFAs)变化对子代脑功能相关基因表达的影响。方法选用清洁级3～4周龄C57BL/6J雌性小鼠,随机分成5组,每组分别给予n-3 PUFAs缺乏和4种不同含量n-3 PUFAs(n-6/n-3 PUFAs比值分别为15∶1、5∶1、1∶1及1∶5)饲料喂养。小鼠12～14周龄时用常规饲料喂养的雄性小鼠与之合笼交配繁殖,仔鼠断乳后继续行母鼠相同饲料喂养,随访观察至生后7d、21d和12周龄时分批处死后取脑。然后在仔鼠生后21d断乳时,随机挑选7～9只n-3 PUFAs缺乏组的仔鼠用n-6/n-3 PUFAs(5∶1)组饲料喂养,至12周龄;同时随机挑选7～9只n-6/n-3 PUFAs(5∶1)组的仔鼠,改用n-3缺乏组饲料喂养,至12周龄;剩余仔鼠用与母鼠相同的饲料喂养,至12周龄;麻醉牺牲后,取脑置于-80℃条件下备用。采用实时荧光定量PCR技术测定脑皮质gfap、mbp、nse和nr2b基因mRNA的表达。结果在各年龄段小鼠中,饲料中添加n-3 PUFAs使各基因的表达量明显增加;不同比例的n-6/n-3PUFAs对基因表达的影响不同。孕期及哺乳期饲料缺乏n-3 PUFAs,即使断乳后的饲料中添加正常量的n-3 PUFAs,也不能使某些对脑功能起重要作用的基因的表达量升高至正常n-3 PUFAs喂养的小鼠。结果提示,孕期及哺乳期可能需要较高的n-3 PUFAs摄入(可能最优的n-6/n-3 PUFAs比例介于1∶5～1∶1之间),才能满足幼年期脑发育之需。结论孕及哺乳期n-3多不饱和脂肪酸(PUFAs)的适量摄入,有助于维持成年期脑功能相关基因的正常表达。     

六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症患者基因表达谱分析

目的探讨中药六味地黄丸干预绝经后骨质疏松患者的分子机制并分析预测其靶标和药物作用通路。方法检索并下载GEO中与采用六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症的微阵列基因表达数据集。通过获取的基因表达数据集,分析六味地黄丸干预前后绝经后骨质疏松症患者血液中差异表达基因变化,并将这部分差异表达基因与在绝经后骨质疏松症患者和正常绝经女性血液中差异表达的基因取交集,获得两对比组中共同差异表达的基因。通过基因本体论数据库(GO)对获得的共同差异表达基因分别从生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)三方面进行功能富集分析;利用京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)进行通路富集分析。利用生物通用交互数据集库(BioGRID)分析获得与共同差异表达基因产物互作的蛋白质,并构建蛋白质-蛋白质互作关系(PPI)网络,采用Cytoscape软件实现蛋白质-蛋白质互作关系网络的可视化。应用中医药数据库(BATMAN-TCM)对六味地黄丸主要中药成分的靶标基因进行预测。结果六味地黄丸干预后,得到1 350个差异表达基因,其中上调表达基因322个,下调表达基因1 027个。58个共同差异表达基因与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松的分子机制相关,六味地黄丸干预后43个基因下调,15个基因上调。六味地黄丸主要中药成分的10个共同差异表达基因靶标为ESR1, FGFR2, MED1, PGR, PRKCB, PTGS1, PTGS2, TRIM24, VDR, WNT4。与六味地黄丸干预组差异表达基因对比分析,ATF2, FBXW7以及RDX基因在干预后呈现显著差异表达。结论 ATF2, FBXW7和RDX基因为参与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松分子调控机制的关键基因。六味地黄丸主要中药成分的10个共同靶标基因中,ESR1, FGFR2, MED1, WNT4为六味地黄丸干预治疗绝经后骨质疏松等相关内分泌疾病的潜在调控基因。     

基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas，THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus，GEO)数据库的数据挖掘，探索垂体肿瘤转化基因1（pituitary tumor-transforming gene 1，PTTG1）在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料，GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中，PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01)；PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05)；PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001)；PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达，PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义，可以作为乳腺癌预后判断的标志物。     

MYOF在卵巢上皮恶性肿瘤中的表达及其临床意义

目的:检测MYOF(Myoferlin)在卵巢上皮性肿瘤中的表达,并探讨MYOF的表达与卵巢癌患者临床病理参数及其预后的关系。方法:通过基因表达谱的动态分析，选取TCGA和GTEx数据集，分析比较MYOF在正常卵巢组织和卵巢癌组织中的表达情况。免疫组化SP法检测55例卵巢上皮恶性肿瘤、13例卵巢上皮交界性肿瘤、19例卵巢上皮良性肿瘤及14例正常卵巢组织中MYOF的表达情况，利用单因素Cox回归模型分析与卵巢上皮恶性肿瘤临床病理参数及预后的关系。结果:MYOF在卵巢上皮恶性肿瘤阳性率为（98.2%），高于卵巢上皮交界性肿瘤（92.3%）、卵巢上皮良性肿瘤（31.6%）及正常卵巢组织（13.2%）（P均＜0.05）；MYOF在卵巢上皮恶性肿瘤中高表达率为（76.4%），也显著高于卵巢上皮交界性肿瘤（23.1%）、卵巢上皮良性肿瘤（5.3%）及正常卵巢组织（0%）（P均＜0.05）。在卵巢上皮恶性肿瘤中，MYOF 的表达随着FIGO分期增加而增加（P均＜0.05）。结论:MYOF的表达可用于卵巢癌的预后标记物。