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  1998年   2篇
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1.
目的:探究骨关节炎(OA)的免疫机制,挖掘其潜在干预中药。方法:通过GEO数据库获取OA滑膜组织相关基因探针,以正常人群滑膜组织为对照组,采用R软件识别差异表达基因并进行功能相关分析,采用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作(PPI)分析,并筛选核心靶基因,通过CIBERSORT反卷法计算免疫细胞浸润情况及相关性,采用COREMINE数据库对显著富集的免疫相关生物学过程及核心靶基因进行中药预测。结果:共筛选出716个差异基因,其中上调基因382个,下调基因334个;差异基因PPI涉及IL-6、CXCL8、JUN、VEGFA、IL-1β、MMP9、ITGB2、FOS、APOB、CXCL12 10个核心靶基因;GO结果显示,上调基因与免疫炎症反应关系最为密切;免疫细胞浸润矩阵分析显示,浆细胞、M0型巨噬细胞和未活化的肥大细胞在OA滑膜组织中含量较高,而未活化的CD4记忆T细胞、活化的NK细胞、活化的肥大细胞在OA滑膜组织中含量降低;免疫细胞间相关性分析显示,OA未活化CD4记忆T细胞与活化的肥大细胞呈正相关,而未活化的肥大细胞与活化的肥大细胞呈负相关。COREMINE预测发现,青风...  相似文献   
2.
目的:基于生物医学大数据筛选幽门螺杆菌(Hp)相关性慢性萎缩性胃炎的关键基因,探索其发病机制及安胃汤对其的影响。方法:从数据库Gene Expression Omnibus(GEO)下载Hp相关性慢性萎缩性胃炎相关芯片数据,利用GEO2R软件筛选出Hp相关性慢性萎缩性胃炎差异基因,进行生物信息学分析,根据蛋白参与通路数量确定核心蛋白,建立Hp阳性慢性萎缩性胃炎大鼠模型,用PCR和蛋白质印迹法(Western Blotting)进行检测并观察安胃汤对其表达的影响。结果:经过检索分析GSE13873和GSE27411系列芯片数据被纳入,取2个芯片交集的20个差异基因进行生物信息学分析,发现载脂蛋白A1、CD36、囊性纤维化穿膜传导调节蛋白(CFTR)可能是信号通路的核心蛋白。Western Blotting及PCR结果显示Hp相关性慢性萎缩性胃炎大鼠胃组织中,CD36蛋白表达下调(P<0.05),载脂蛋白A1和CFTR蛋白表达上调(P<0.05);与模型组比较,实验观察高剂量组、实验观察中剂量组和实验观察低剂量组胃组织中CD36蛋白表达上调,载脂蛋白A1和CFTR表达下调(P<0.05),其与Hp相关性慢性萎缩性胃炎发病关系密切。结论:通过对GEO中Hp相关性慢性萎缩性胃炎芯片生物信息学分析结合Western Blotting及PCR进一步的验证发现载脂蛋白A1、CD36、CFTR作为信号通路的核心蛋白实验结果与生物信息学分析结果一致。  相似文献   
3.
陈蕾 《临床肺科杂志》2022,27(2):242-246
目的分析基因芯片法(芯片法)检测结核分枝杆菌(Mtb)katG、inhA和rpoB基因突变位点耐药水平、突变频率特征,为临床治疗提供参考依据。方法选取成都市公共卫生临床医疗中心2020年1月—2021年1月收治的四川地区结核病患者118例Mtb分离株,芯片法通过katG、inhA和rpoB基因突变位点检测异烟肼(H)和利福平(R)耐药基因,微孔板比例法(比例法)通过培养+药物敏感性试验检测表型耐药水平,分析基因突变位点与耐药水平关系及突变频率分布特点。结果 H、R耐药株的耐药水平高,耐药相关基因的高耐药率为83.53%(71/85)、77.78%(77/99),基因突变位点与耐药水平关系密切,katG、inhA单基因突变位点的H高耐药率为92.96%(66/71)、30.77%(4/13),两者有统计学差异(χ2=26.28 P<0.05)。rpoB单基因突变位点中rpoB531、rpoB526、rpoB533/516/513/511位点的R高耐药率为93.88%(49/49)、81.82%(18/22)、37.50%(9/24),三者有统计学差异(χ2=29.17 P<0.05)。H耐药相关基因以katG315单基因突变为主,突变形式为(AGC→ACC) Ser→Thr(S315T),突变频率84.43%(71/85);R耐药相关基因以rpoB531单基因突变为主,突变形式为RRDR-531(TCG→TTG) Ser→Leu,突变频率49.50%(49/99)。结论四川地区H、R耐药株的耐药水平高。katG、rpoB531/526与H、R高耐药水平有关,inhA、rpoB511/513/516/533与H、R低耐药水平有关。katG315、rpoB531是H、R耐药相关基因突变的主要形式,临床使用抗结核药物须密切结合药敏检测制定方案。  相似文献   
4.
目的 探讨利福平耐药实时荧光定量核酸扩增技术 ( rifampicin resistant real-time fluorescent quantitative nucleic acid amplification, GeneXpert MTB/ RIF) 联合基因芯片技术在涂阴结核分支杆菌 (Mycobacterium tuberculosis, MTB) 诊断中的价值及血清可溶性髓系细胞触发受体-1 ( serum soluble triggering receptor-1, sTREM-1)、 降钙素原 (procalcitonin, PCT) 水平的意义。 方法 选取 2019 年 1 月至 2021 年 1 月在聊城市 人民医院就诊的疑似涂阴肺结核患者130 例, 采集肺泡灌洗液, 给予 GeneXpert MTB/ RIF、 基因芯片及药敏 试验检查, 同时检查肺结核患者血清 sTREM-1、 PCT 水平。 以肺泡灌洗液结核菌培养及药敏试验为金标准 评价 GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片检测对涂阴肺结核的诊断价值。 采用 ROC 评价血清 sTREM-1、 PCT 对涂阴肺结核的诊断价值。 结果 以肺泡灌洗液结核菌培养诊断出非涂阴肺结核患者 58 例, 涂阴肺结核患 者 72 例。 GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片诊断肺结核的灵敏性为 68. 06 % , 高于基因芯片单独诊断 (P< 0. 05), GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片诊断肺结核的特异性、 准确性、 阳性预测值和阴性预测值分别为 91. 38 % 、 78. 46 % 、 90. 74 % 和 69. 74 % , 与 GeneXpert MTB/ RIF 诊断、 基因芯片单独诊断比较差异无统 计学意义 (P> 0. 05); GeneXpert MTB/ RIF 联合基因芯片诊断 MDR-TB 的灵敏性、 特异性、 准确性、 阳性 预测值和阴性预测值分别为 94. 12 % 、 85. 45 % 、 87. 50 % 、 66. 67 % 和 97. 92 % , 与 GeneXpert MTB/ RIF 诊断基因芯片单独诊断比较差异无统计学意义 (P> 0. 05); 重症肺结核患者血清 sTREM-1、 PCT 分别为 (18. 04 ± 2. 07) ng / ml 和 (2. 09 ± 0. 19) ng / ml, 明显高于轻症肺结核患者 ( P< 0. 05); 血清 sTREM-1、 PCT 预测重症肺结核的 ROC 曲线下面积分别为 0. 811 和 0. 844, 截断值分别为 16. 32 ng / ml 和 2. 00 ng / ml, 灵敏性分别为 89. 30 % 和 82. 00 % , 特异性分别为 61. 40 % 和 79. 60 % 。 结论 GeneXpert 联合基因芯片技 术可提高涂阴 MTB 诊断灵敏性, 且两种手段对 MDR-TB 均有较好的诊断价值。 重症肺结核患者 sTREM-1、 PCT 水平明显高于轻症肺结核, 血清 sTREM-1、 PCT 对重症肺结核诊断灵敏性、 特异性较高, 可作为早期 诊断的手段加以应用。  相似文献   
5.
6.
目的 检测微小核糖核酸(microribonucleicacids,miRNA)在老年性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)患者中的表达,并探讨miRNA的表达量与AMD病程之间的关系。方法 选取2014年1月至2016年11月于同济大学附属第十人民医院眼科门诊就诊的AMD患者6例为试验组,并选取同期6名正常人为对照组,通过基因芯片技术检测两组血液中miRNA的表达量。扩大样本的病例对照研究中共纳入126例AMD患者和140名正常人,检测其血液样本中miRNA的表达,比较两组人群间miRNA的表达量差异。结果 通过基因芯片技术,在试验组与对照组间共检测出216个miRNA存在表达差异(均为P<0.05),与对照组相比,试验组中111个miRNA表达量上升,105个miRNA表达量下降,差异均有统计学意义(均为P<0.05)。扩大样本的病例对照研究结果表明,在AMD患者中,miR-27a-3p、miR-29b-3p、miR-195-5p的表达量显著上升,同时,湿性AMD患者血液中miR-27a-3p的表达量高于干性AMD患者,差异均有统计学意义(均为P<0.05)。结论 AMD患者外周血中miRNA表达量水平有明显变化,miR-27a-3p、miR-29b-3p、miR-195-5p可能成为AMD血清学诊断和预后的标志物。  相似文献   
7.
8.
9.
目的:筛查验证前列腺癌特异性表达基因。方法:运用基因芯片筛查出前列腺癌组织和癌旁组织中差异表达的基因,再通过PCR验证。结果:从芯片结果中发现,总共有1 444个基因(差异倍数≥1.5;P≤0.05)为差异表达基因。其中,前列腺癌与对比配对的良性组织有769个上调(53%)和675个下调(47%)。差异基因中有40%的差异倍数为1.5~2倍,包括396个上调和182个下调基因。另外308个上调基因和334个下调基因的差异倍数为2~5倍;46个上调基因和78个下调基因的差异倍数为5~10倍;19个上调基因和81个下调基因的差异倍数为10倍以上。取其中上调和下调最明显的各15个基因做进一步荧光定量PCR(qRT-PCR)鉴定,结果显示了大多数基因都有芯片结果相似的基因片段,芯片结果和qRT-PCR结果用皮尔森相关性分析结果为0.83,并获得10个差异显著的基因。结论:芯片分析出来的前列腺癌和良性组织间差异基因是可靠的,qRT-PCR验证获得的这10个差异基因可能成为新的肿瘤标记物和特征性肿瘤鉴定分子。  相似文献   
10.
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