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1.
目的采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)法、单碱基末端延伸(SNaPshot)法对载脂蛋白E(APOE)进行分型检测,并与Sanger测序法比较,以期获得更为高效、稳定、经济的中、高通量APOE分型手段。方法选取既往收集的覆盖全部6种常见APOE分型的阿尔茨海默病(AD)及轻度认知障碍(MCI)患者全血核酸样本48份,根据KASP法和SNaPshot法技术原理设计实验识别APOE 2个关键单核苷酸多态性(SNP)位点rs429358和rs7412,并对样本进行APOE分型检测。调整样本顺序重复检测以验证方法的稳定性和可重复性。扩大样本量,收集AD、MCI患者全血样本107份,采用上述两种方法进行APOE分型检测,Sanger测序法验证。结果采用KASP法和SNaPshot法对48份已知APOE分型样本的2次检测结果与原分型完全一致。进一步扩大样本量对107例样本进行分型检测,与Sanger测序法得到的结果完全一致。结论采用KASP法和SNaPshot法进行APOE分型检测具有快速、准确、结果直观等特点,应用中、高通量APOE分型检测相对于Sanger测序法效率更高、成本更低,具有一定推广应用价值。 相似文献
2.
3.
目的 建立沙门菌、金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌三重PCR检测方法。方法 3株菌在本实验室自行研制的共增菌培养基(SSV培养基)混合培养16 h,分别对沙门菌invA基因、金黄色葡萄球菌nuc基因、副溶血性弧菌collagenase基因设计特异性引物,建立三重PCR体系,通过对引物浓度、退火温度及循环次数进行优化,从而建立最优体系,并从特异性、重复性、灵敏性3个方面对体系进行评价。结果 三重PCR体系中,invA、nuc、collagenase引物浓度分别为10、12.5和12.5 nmol/L;最佳退火温度为55.6℃;目标菌的引物特异性好,且体系的检测灵敏度高,3株菌在三重PCR体系中的灵敏度都在102 CFU/mL以上。结论 建立的三重PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好。 相似文献
4.
目的 建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法 通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对,设计特异性的引物探针,建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq (Probe qPCR) 10 μL,人参上下游引物各0.5 μL,西洋参上下游引物各0.3 μL,人参与西洋参特异性探针各0.4 μL,DNA模板2 μL,灭菌去离子水补至20 μL。反应条件为95℃预变性30 s;然后以95℃变性5 s,60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品,包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA,以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测,用以确定该方法的灵敏度。结果 人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线,人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线,其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论 本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。 相似文献
5.
6.
单细胞转录组学、基因组学、表观基因组学、多组学等单细胞测序(single cell sequencing,sc-Seq)技术是一种在单细胞水平上研究细胞基因表达和功能变化的强大研究工具。随着sc-Seq技术在食管癌研究中的广泛应用,其将改变人们对食管癌细胞生物学特征的理解,为更精准地从分子层面阐述食管癌的发生、发展和转移的机制,提高其诊断及个体化治疗的水平做出重大贡献。本文就sc-Seq技术在食管癌的发生、发展机制、诊疗和预后相关标志物、免疫治疗及放化疗中的研究进展作一综述。 相似文献
7.
目的:通过实时荧光PCR-高分辨熔解曲线(HRM)联合分析技术,建立小活络丸(大蜜丸)中小麦粉掺伪快速、准确鉴别方法。方法:通过优化前处理方法,提取小活络丸样品的基因组;通过文献检索和生物信息学分析,得到小麦粉特异性引物;使用实时荧光PCR-HRM技术,对10批次小麦(粉)、16种其他禾本科植物及7种常见高淀粉食物样品进行特异性扩增,采用克隆测序对结果进行再确认;考察实时荧光PCR-HRM方法的检出限、精密度和重复性,同时对市售的小活络丸样品进行检测。结果:试验筛选获得了适用于本研究的特异性引物,建立了实时荧光PCR-HRM小活络丸掺伪小麦的检测方法;小活络丸样品掺伪小麦粉的检出限为0.01 g·g-1,试验精密度Ct值为26.63(RSD=2.15%),Tm值为89.53℃(RSD=0.05%);重复性Ct值为26.65(RSD=3.20%),Tm值为89.53℃(RSD=0.12%)。试验对市售的4个厂家9批次共计81份样品进行分析,确定了3批次来源于A厂家的小活络丸样品存在小麦粉掺伪的问题,将PCR扩增产物克隆测序,其结果为小麦(Triticum Aestivum L.)。结论:本研究建立了实时荧光PCR-HRM检测方法,可以快速判定小活络丸中小麦粉掺伪样品。 相似文献
8.
目的 建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术检测HBV DNA的方法,并实现对乙型肝炎低病毒血症患者HBV DNA的精准检测。方法 构建pUC57-HBV质粒作为阳性对照质粒,设计合成HBV DNA ddPCR引物及探针,以梯度稀释的阳性对照质粒为模板进行ddPCR检测,完成标准曲线构建和检出限分析,并进行检测的重复性和特异性分析。收集首都医科大学附属北京佑安医院19例乙型肝炎低病毒血症患者的血浆样本(HBV DNA<10 IU/mL),提取HBV DNA后进行ddPCR检测。结果 建立的基于ddPCR技术检测HBV DNA的方法检测下限低至1 copy/μL(阳性质粒稀释法);对3种不同拷贝的阳性对照质粒(1×102、1×101、1×100 copies/μL)重复检测的变异系数分别为18.8%、9.9%、9.7%,且具有100%特异性;应用该方法在低于临床检测下限的乙型肝炎低病毒血症患者中,以1 copy/μL为临界值,HBV DNA的阳性检出率为68.42%。结论 ... 相似文献
9.
钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)是一种表现为主动脉瓣增厚、钙化的疾病,随病情发展可出现瓣膜硬化,进而引起一系列血流动力学的异常改变,最终可导致慢性心力衰竭和死亡。主动脉瓣膜间质细胞是构成主动脉瓣膜的主要细胞亚群,在CAVD的发生发展中起重要的作用。当前,单细胞测序等技术让研究者对间质细胞的起源、表型和功能异质性有了新的理解。文章对间质细胞的异质性在钙化性主动脉瓣疾病中所起的作用进行综述,为靶向间质细胞延缓CAVD进程提供新的思路。 相似文献
10.
目的 基于重叠延伸PCR(SOE PCR)技术构建转录因子EB(TFEB)丝氨酸114位点突变体原核表达质粒,并进行体外诱导表达和纯化。 方法 根据SOE PCR技术原理设计突变引物,以pGEX-6p-1-TFEB质粒为模板,分别采用外侧引物F和R及突变引物Fn和Rn进行第1步PCR扩增,获得含突变位点的产物1和产物2。经第2步PCR退火延伸对产物1和产物2进行重叠拼接,以拼接后DNA片段为模板,采用外侧引物F和R进行第3步PCR扩增获得含突变位点的目的DNA;将其克隆至pGEX-6p-1载体,采用BamH Ⅰ和Sal Ⅰ进行酶切鉴定,DNA测序验证突变结果。于大肠杆菌(E.coli)中分别采用不同浓度异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)在不同条件下诱导TFEB及其突变体重组蛋白表达。Glutathione-Sepharose 4B琼脂糖凝珠分离纯化蛋白,SDS-PAGE凝胶电泳检测纯化产物蛋白浓度和相对分子质量。 结果 第1步PCR扩增获得均含有突变位点的2条DNA片段,经第2步PCR退火延伸和第3步PCR扩增后获得大量含有突变位点的完整DNA片段。双酶切鉴定,连接的DNA片段与目的片段大小一致。DNA测序显示TFEB的114位丝氨酸(TCT)成功突变为丙氨酸(GCT)。在0.5?mmol·L-1 IPTG、16?℃诱导过夜条件下获得TFEB及其突变体的可溶性蛋白表达。SDS-PAGE凝胶电泳,纯化后蛋白浓度较高,分子大小正确。 结论 利用SOE PCR技术成功实现了TFEB丝氨酸114位点的定点突变,并且TFEB及其突变体基因在E.coli中成功表达。 相似文献