基于生物信息学的肥厚型心肌病易感基因TNNC1单核苷酸多态性致病表型分析

肥厚型心肌病(HCM)是一种常见的遗传性心脏病,是青少年及年轻运动员心源性猝死的最主要原因之一,其分子遗传学基础为基因突变。TNNC1是HCM的重要致病基因之一,目前仅发现其少量非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点与HCM发病相关,但该基因其他nsSNPs数量较多,结合临床进行实验遗传检测其基因型与表型的关系,工作量巨大,尚不可行。因此,采用生物信息学方法,从dbSNP数据库中筛选出TNNC1基因全部的nsSNPs,联合4款(Mutation Taster、PolyPhen-2、PhD-SNP和MutPred)专业软件,进行有害性分级筛选和致病关联预测,最后进行突变蛋白三维结构建模及可视化分析。结果显示,首次从TNNC1基因102个nsSNPs位点中预测出疾病相关的18个(G159D、S69R、P52R、D149G、D3V、G140E、N51K、D151V、M47R、G110C、A23D、G140R、K158N、C35Y、R147C、L48P、F74C和V44G)高风险nsSNPs。基于生物信息学方法,以TNNC1基因的nsSNPs为示范,分析其nsSNPs与疾病表型的关系,这为其他遗传疾病致病基因nsSNPs的关联分析打下理论研究基础,具有重要的参考价值。     

GSK3B基因3'-UTR多态性与阿尔茨海默病发病风险的相关性分析

目的研究中国汉族人群中糖原合成酶激酶3β基因(GSK3B)3'端非翻译区(3'-UTR)基因多态性与阿尔茨海默病(AD)发病风险的相关性。方法采用直接测序的方法,对535例AD病例及464例正常对照的GSK3B基因3'-UTR单核苷酸多态性(SNPs)位点进行基因分型。结果 GSK3B基因3'-UTR各SNPs位点的等位基因频率和基因型分布在AD组和正常对照组之间的差异无统计学意义(P0.05)。其中rs60393216、rs56728675和rs3732361存在强连锁不平衡,其构成的三种单体型的频率在AD组和正常对照组之间的差异无统计学意义(P0.05)。结论 GSK3B基因3'-UTR多态性与中国汉族人群AD发病风险无关。     

GATA6基因启动区多态性与急性心肌梗死患者易感性和临床特征的相关性分析

目的探讨GATA6基因启动区-493(rs144923558)G/A、-172(rs146748749)G/A 2个位点单核苷酸多态性(SNP)与急性心肌梗死(AMI)之间的关系及其相关的危险因素。方法采用病例-对照研究方法,收集328例AMI患者和344例正常对照;应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术结合DNA测序后的序列比对进行数据统计;运用Hardy-Weinberg平衡检验后,应用χ~2检验进行相关分析;利用Logistic回归对多种危险因素以及2个SNP位点与AMI发病进行关联性分析;利用Haplovview4.2软件和SHEsis网站进行连锁不平衡及单倍体分析。结果 2个SNP位点共检测出3种基因型为GG、GA和AA,其基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),同时在AMI组与对照组间差异无显著性(P0.05)。多因素Logistic回归分析:增龄、高血压病、吸烟、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)和甘油三酯(TG)升高是AMI发病的独立危险因素(P0.05),HDLC为保护因素(P0.05)。在显性、隐性和加性3种不同遗传模式下进行Logistic回归分析发现,2个SNP位点与AMI发病无关联性。进行连锁不平衡和单倍型分析提示,该2个SNP位点处于同一个连锁不平衡区域(D′=1.000,r~2=1.000),单倍型GG和AA均未增加AMI易感性(P0.05)。结论 GATA6基因启动区-493(rs144923558)G/A与-172(rs146748749)G/A两个SNP位点为完全连锁不平衡,其中GG为主要单倍型。该2个SNP位点及其单倍体型与AMI发病无相关性,但提供了GATA6基因启动区多态性的群体遗传学资料。     

肿瘤患者化疗药物相关单核苷酸多态性分布分析

目的探索我院肿瘤患者化疗药物相关单核苷酸多态性(SNPs)的分布特征,为临床药师开展以化疗药物相关SNPs为基础的肿瘤患者个体化用药指导提供参考。方法采用荧光原位杂交技术通过荧光标记的特异性探针检测化疗药物相关SNPs,回顾性分析北京大学肿瘤医院2016年4月~2018年12月肿瘤患者的化疗相关SNPs的分布特征。采用SPSS24.0软件统计相关基因位点的等位基因和基因型的频率分布差异,分析基因分布是否符合Hardy-Weinberg平衡。参照国外不同人群的基因型频率数据,探讨中国肿瘤患者化疗药物相关SNPs的分布特征。结果主要检测2554例肿瘤患者6大类化疗药物17个化疗药物相关基因位点,其中CYP2D6(100C>T)、ABCB1(2677T>G)不符合Hardy-Weinberg平衡,其余15个基因位点均符合Hardy-Weinberg平衡。DPD、CYP2D6、UGT1A1的SNPs与国外人群存在较大差异,与国内报道基本相符。结论中国肿瘤患者化疗药物相关SNPs分布有自身特点,临床药师应根据化疗药物相关SNPs提供个体化用药指导建议。基于药物基因组学的个体化用药,在参考PharmGKB等国际数据库的同时,国人的基因SNPs解读应结合国人的特点,不能完全参考国外人群数据库。     

一例外周血染色体核型为单纯型18三体但智力正常女性的遗传学研究

目的分析1例外周血染色体核型为单纯型18三体但智力正常女性的遗传学机制。方法用G显带染色体核型分析、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)和单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism microarray,SNP-array)技术对患者的外周血和颊粘膜细胞进行检测。结果患者的外周血染色体核型、SNP-array以及FISH检测结果均提示为47,XX,+18;颊粘膜间期细胞FISH检测结果提示为45,X合并低比例的18三体和18单体。结论胚层染色体嵌合的个体临床表现复杂,遗传学异常所造成的影响取决于相关胚层分化所形成的器官及功能。     

转化生长因子β1基因多态性与广东地区汉族妊娠期糖尿病的相关性研究

目的:探讨转化生长因子β1(TGF-β1)4个基因位点:-800G/A、-509C/T、+869T/C、+915G/C的单核苷酸多态性(SNP)及其构成的单体型与中国广东地区汉族女性妊娠期糖尿病(GDM)发生风险的相关性。方法:回顾性分析2014年9月至2017年3月在广州医科大学附属第三医院产科产前检查并分娩的广东地区汉族女性240例(正常对照组120例,GDM组120例)。利用SNaPshot基因测序技术对各组TGF-β1的4个基因位点(-800G/A、-509C/T、+869T/C、+915G/C)进行基因分型检测,并对各个位点的基因型频率、等位基因频率及其构成的单体型与GDM的相关性进行比较分析。结果:①GDM组与正常对照组TGF-β1的+915 G/C、-800G/A 2个基因位点暂未发现SNP多态性,而-509C/T、+869T/C 2个基因位点存在多态性。②GDM组+869T/C位点的CC基因型、C等位基因频率明显高于正常对照组(55.83%vs 32.50%、75.42%vs 54.58%),而TT基因型和T等位基因明显低于正常对照组(5.00%vs 23.33%、24.58%vs 45.42%),差异均有统计学意义(P0.05);进一步统计分析提示,CC基因型(OR 2.626,95CI 1.553～4.439)、C等位基因(OR 2.553,95%CI 1.731～3.764)可能是GDM的危险因素,TT基因型(OR 0.173,95%CI 0.069～0.435)、T等位基因(OR 0.392,95%CI 0.266～0.578)可能是GDM的保护因素。③GDM组与正常对照组-509C/T位点的CC、TT、CT基因型频率及C、T等位基因频率比较,差异均无统计学意义(P0.05)。④单体型分析发现,与正常对照组比较,+869T/C、-509C/T 2个位点构建的C-T单体型在GDM组明显增加(65.83%vs 49.58%),而T-C和T-T单体型明显下降(19.58%vs 31.25%、5.00%vs 14.17%),差异均有统计学意义(P0.05);进一步统计分析提示,C-T单体型可能是中国广东地区汉族女性GDM发生的危险因素(OR 1.959,95%CI 1.356～2.830),T-C单体型(OR 0.536,95%CI 0.352～0.815)、T-T单体型(OR 0.319,95%CI 0.161～0.632)可能是其保护因素。结论:GDM发病是多个基因共同作用的结果,TGF-β1+869T/C SNP位点和+869T/C、-509C/T两个SNP位点构成的C-T单体型、T-C单体型、T-T单体型可能和中国广东地区汉族女性GDM的遗传易感性有关。     

MDM2 T309G基因多态性与前列腺癌的相关性

目的:探讨鼠双微体基因2(MDM2) T309G基因多态性与前列腺癌相关性。方法:用酚氯法提取全基因组DNA，应用聚合酶链反应、限制性内切酶的方法检测100例前列腺癌患者和100例健康男性的MDM2 T309G基因多态性。结果:病例组中G、T等位基因型频率分别为52.5%、47.5%，对照组中G、T等位基因型频率分别为40.5%、59.5%，MDM2 T309G基因型在两组的分布有显著性差异，TT基因型在对照组分布频率明显增高（P＜0.05）。结论:MDM2 T309G基因型在病例组和对照组的分布存在明显差异，G等位基因与前列腺癌发病增加相关。