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1.
目的 分析Alport综合征(AS)的诱导多能干细胞(iPSCs)全基因微小核糖核酸(microRNA)的表达谱,筛选出具有差异性表达的microRNA与发生碱基突变的microRNA.方法 收集1例AS患者与1例健康人的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,尿肾脏管细胞分化诱导成iPSCs.运用高通量测序方法对iPSCs的microRNA进行测序与表达量测定,比较分析两人microRNA的表达差异,寻找具有特异性的microRNA靶点.同时,将mi-croRNA序列与miRBase数据库(http://www.mirbase.org/)中已知成熟microRNA序列进行比对,比较两标本mi-croRNA碱基编辑数量,找出发生了碱基突变的microRNA.结果 在两人标本中发现30个microRNA具有显著的差异性表达,其中19个microRNAs表达上调,11个microRNA表达下调.has-miR-3117-3p的倍比值(log2 Ratio)为7.79,在表达上调的microRNA最具有特异性;has-miR-544b的倍比值为-9.09,在表达下调的microRNA最具有特异性.同时在两标本中共有208个microRNA发生了碱基突变,其中104个microRNA,AS患者发生碱基编辑概率比健康人大;77个microRNA,健康人发生碱基编辑概率比AS患者大.结论 AS患者与健康人肾脏组织中的microRNA存在差异性,AS发生碱基编辑引起基因突变的microRNA比健康人更常见.这些差异性表达的microRNAs与microRNA碱基突变的概率可能在AS发病机制中起重要作用.  相似文献
2.
目的:评估孕妇外周血胎儿游离DNA高通量测序在检测胎儿染色体非整倍体异常中的优势?方法:通过高通量测序技术检测1 000例妊娠13周以上孕妇的外周血中胎儿游离DNA,判断胎儿非整倍体异常,通过传统染色体核型分析及胎儿出生后的临床随访对检测结果进行验证?结果:1 000例标本中1例检测失败,其余999例中共检出18例异常,其中12例21三体,2例18三体,1例13三体,1例X单体,1例X三体,1例XXY?12例21三体阳性病例中,有1例为双胎妊娠,核型分析显示一胎正常,一胎为21三体;1例X三体经核型分析诊断为正常女性,其余检测结果均与染色体核型分析结果相符,对于21三体?18三体?13三体和性染色体非整倍体异常的总阳性检测率94.44%?所有检测结果为阴性者,均进行产后随访新生儿面容?体格发育等情况,未发现有21三体?18三体?13三体等常见染色体非整倍体异常征象,无假阴性病例?结论:孕妇外周血胎儿游离DNA高通量测序对于检测胎儿21三体?18三体和13三体准确度高,对性染色体非整倍体的检测,本技术检测指标有待进一步提高?  相似文献
3.
目的:探讨基于催乳素(prolactin,PRL)反应的人乳腺癌细胞microRNA (miRNA)表达谱变化,以了解其在乳腺癌发生和发展中的潜在作用?方法:人重组PRL处理高表达催乳素受体(PRLR)的人乳腺癌T-47D细胞系,MTT法检测细胞增殖能力变化,流式细胞术检测细胞周期和凋亡变化情况?利用Solexa高通量测序技术检测PRL处理组和未处理组的T-47D细胞 miRNAs表达谱,荧光定量PCR法进行初步验证,同时进行相关的生物信息学分析?结果:PRL作用于T-47D细胞后,MTT结果显示细胞增殖能力增强,细胞周期检测结果表明PRL处理后,G1期的细胞比例减少,S期的细胞比例升高,而G2/M期没有变化?细胞凋亡分析结果则显示PRL可抑制细胞凋亡,导致细胞凋亡率下降?通过Solexa高通量测序技术成功检测了PRL处理和未处理组的人乳腺癌T-47D细胞miRNA表达谱,两组中分别检测到821个和798个miRNAs成熟体,其中428个共表达,42个为两组间明显差异表达?选取的4个miRNAs分子经荧光定量PCR法证实其细胞内的表达与测序结果一致?两组miRNA表达谱中同时也检测到86个和115个novel miRNAs 成熟体,其中46个novel miRNAs在两组细胞中共表达?结论:在初期实验明确PRL对人乳腺癌T-47D细胞产生促增殖作用的基础上,利用Solexa高通量测序技术检测两类T-47D细胞miRNAs表达谱,获得了一系列与PRLR信号通路高度相关的miRNAs分子,为进一步研究miRNAs分子在人乳腺癌发生发展中的作用奠定重要的研究基础?  相似文献
4.
目的:建立一种较优的高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法,用于H7N9禽流感病毒基因组监测?方法:分别以6碱基随机引物反转录生成单链cDNA,合成双链cDNA;流感病毒通用反转录引物U12反转录生成单链cDNA,6碱基随机引物合成双链cDNA;U12引物反转录生成单链cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备高通量测序模板?构建测序文库?测序并分析数据,比较3种方法对高通量测序效率的影响,并与传统Sanger测序方法比较其测序的准确性,选择其中较优的方法用于高通量测序?结果:以U12引物反转录cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备的高通量测序模板,在测序族生成数?覆盖率?单核苷酸多态性及读长等方面均优于另外两种方法?结论:本研究建立的H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法用于高通量测序具有准确性高,周期短,成本相对较低,可同时检测多个样本等特点,可用于大规模H7N9禽流感病毒基因组监测?  相似文献
5.
目的:探讨5例乙肝疫苗接种失败儿童及其母亲在母婴传播过程中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)“a”决定簇准种变化趋势。方法:选择5例重庆地区乙肝疫苗接种失败的儿童及其母亲,应用PCR法扩增其HBV基因组全长,构建HBV全基因组测序文库后进行solexa高通量测序,并对测序数据进行生物信息学分析。结果:母子HBV序列同源性为99%~100%;5对母子HBV基因型均为B+C混合型,其中4对优势基因型为B型,1对为C型,母子优势基因型相同;所有儿童均在“a”决定簇存在复杂度明显增高位点;5对母子“a”决定簇复杂度明显增高的氨基酸(Amino acid,aa)位点共有10个,仅存在于儿童的有2个,为aa126和aa143,儿童中有1例发生优势氨基酸突变,突变形式为G145R。结论:乙肝疫苗接种失败儿童在“a”决定簇存在准种现象,儿童体内的突变株可能来源于其母亲。  相似文献
6.
目的 分析并找出肠致病性大肠杆菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因组序列特点.方法 EPEC Deng来源于我国婴幼儿腹泻患者的粪便标本,菌株采用诊断血清鉴定血清型,通过自动细菌鉴定仪,使用微量肉汤法进行药敏试验.进一步提取细菌总DNA,构建测序文库,通过Illumina 2000仪器测序,然后利用多引物PCR等方法进行补缺口及拼接,最终获得完整的全基因组.采用相关软件获得基因序列,通过对比已知的蛋白数据库进行基因功能注释及生物信息学分析.结果 EPEC Deng菌株归属O119:H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦耐药,对其余的抗菌药物均敏感.EPEC Deng基因组包含5 233 046 bp,GC含量50.48%.基因组通过注释后总共有5 347个编码蛋白序列,80个tRNA的编码基因,以及22个完整的rRNA基因编码的操纵子.EPEC染色体基因组中含有致病岛,大小约为40Kb左右,与数据库中的一个37Kb的致病岛(AF200363.1)序列极为相似,相似度达到99%.结论 完成了肠致病性大肠杆菌基因组精细测序分析,PAI是EPEC致病的关键,为进一步研究菌株的进化关系提供了基因数据.  相似文献
7.
抗体是获得性免疫系统的主要组分,在防御性及致病性免疫反应中起着关键作用。对抗体发生、发展和成熟过程的解析,对研究传染性疾病致病机制、疫苗设计、自免疫疾病发生及进展等有着重要意义。随着高通量测序技术的发展和成熟,抗体研究进入了组学时代。通过对艾滋病患者外周血抗体谱的高通量测序及后续大数据分析挖掘已经在HIV-1广谱抗体研究中取得了丰硕的成果。随着测序技术的进一步发展、测序长度的增加及精度的提高、实验体系的优化、分析流程标准的建立及单细胞抗体测序技术的应用,抗体组学研究前景广阔。本文就抗体组学的技术、发展、应用及问题作简要综述。  相似文献
8.
目的利用目标基因靶向捕获高通量测序方法鉴定肥厚型心肌病(HCM)患儿的致病突变,分析基因型与临床表型的关系。方法对1例14岁男性HCM患儿进行血液与临床资料收集。提取其全血基因组DNA、文库制备,靶向富集8个编码肌小节蛋白的HCM的致病基因,并行高通量测序。通过生物信息学分析筛选致病突变。用1代测序来验证2代测序发现的致病突变位点。结果患儿有晕厥史,左心室严重肥厚,心电图呈传导阻滞。目标基因捕获高通量测序筛查致病突变的结果经与公共数据库和内部健康人测序数据库对比,发现致病突变位点MYH7R869C。此位点检测结果与Sanger测序结果完全一致。结论利用目标基因捕获测序技术可筛选出HCM致病突变MYH7 R869C。携带此突变的患儿临床表型严重。MYH7 R869C突变可能是我国HCM患儿的突变热点。  相似文献
9.
目的在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组水平上寻找受Notch-1胞内结构域和CBF-1共同转录调控的靶基因;分析它们的类型、功能和在基因组中的分布等特征值;并以此为基础预测Notch信号通路的潜在生物学功能和调控模式。方法染色质免疫共沉淀联合基于Illumina/Solexa平台的高通量测序。结果1)Notch-1胞内结构域和CBF-1两组样本有效read数分别为14287722和14289280个,与人类参考基因组唯一匹配的read数分别为11782027和11711920个;2)两组样本的peak数分别为385和492个,peak区域分别为318344 bp和383768 bp,都占全基因组的约0.01%;3)两组样本的peak区域几乎集中于基因间区和内含子区,只有不到5%位于外显子区;4)两组样本的peak对应基因数分别为150和287个,其中共有基因93个;5)通过基因聚类分析和数据库比对可以查到这些基因的名称、分类、基本功能和在基因组中的位置等具体信息。结论在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组范围内找到了更多在转录水平上受CBF-1和Notch-1胞内结构域共同调控的未知靶基因;初步明确了它们的类型、分布和功能等特征值;这些数据可以为进一步分析Notch信号通路潜在的生物学功能和调控模式奠定基础。  相似文献
10.
目的 :寻找特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)患者外周血单个核细胞小核糖核苷酸(micro RNA)的差异性表达以及发生碱基突变的难易度。方法:运用高通量测序技术分别对IMN患者和健康对照者(NC)的micro RNA进行测序,构建IMN与NC组之间micro RNA差异性表达谱。并对两组的micro RNA进行碱基编辑分析,寻找发生了碱基突变的micro RNA,比较IMN与NC组micro RNA碱基突变的难易程度。结果:通过构建表达谱,找到了has-mi R-208b、has-mi R-195-3p、has-mi R-23b-5p、has-mi R-95、has-mi R-503、has-mi R-449a、has-mi R-486-3p与has-mi R-27 8个micro RNAs最具有差异性表达。2组共同表达的41个micro RNA中,IMN比NC更容易发生碱基编辑而引起碱基突变。结论:IMN患者与健康对照者的micro RNA存在着差异性表达,差异性表达的micro RNA特异性很高,可以作为深入研究IMN发病机制的靶点。IMN患者相比健康对照者更容易发生micro RNA碱基编辑引起碱基突变,这些发生碱基突变的micro RNA可能用于解释IMN的病因基础。  相似文献
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