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1.
目的 从菌群总体角度分析和比较早期类风湿关节炎患者和健康育龄期女性阴道菌群差异.方法 采集女性新发未治早期类风湿关节炎患者(RA组) 及健康育龄期女性(对照组) 各12例的阴道分泌物,提取样本细菌总基因组DNA,然后进行16S rRNA V3-V4区基因扩增及采用Illumina高通量测序技术对扩增的PCR产物进行测序,再采用Uparse、LEfSe等软件,分析两组样本阴道菌群物种丰度和阴道菌群结构.结果 RA组阴道菌群Alpha多样性显著增加,差异有统计学意义(P = 0.04) .健康对照组阴道菌群以乳酸杆菌为优势菌属,占84.98%.RA组患者阴道菌群中乳酸杆菌属则显著减少(11.01%) ,加德纳菌属显著增加(43.16%) ,同时双歧杆菌属(9.94%) 、链球菌属(8.05%) 、奇异菌属(7.86%) 等相对丰度亦增加.PCoA主坐标分析和样本层级聚类分析的结果 表明: RA组阴道菌群结构有较高相似性,与健康对照组阴道菌群结构可明显区分.LEfSe分析结果 显示,在属水平上,两组乳杆菌属、加德纳菌属、双歧杆菌属、奇异菌属等丰度差异有统计学意义(P值为0.017、0.046、0.018、0.007) .结论 阴道菌群失调与类风湿关节炎之间存在相关性,RA患者阴道菌群多样性增加,乳杆菌显著减少,加德纳菌等厌氧菌属相对丰度增高.  相似文献
2.
目的:探讨雄性大鼠生殖结节中长链非编码RNA(long non?coding RNA,lncRNA)和mRNA在邻苯二甲酸二丁酯(di?n?butyl phthalate,DBP)诱导雄性大鼠尿道下裂形成中的可能作用。方法:在孕鼠孕13~18 d时每天按体重800 mg/kg DBP溶于1 mL玉米油灌胃,对照组每天给予1 mL玉米油。于孕19 d时取出胎鼠,分别取下灌药组发生尿道下裂胎鼠和对照组雄性胎鼠的生殖结节,提取RNA,构建RNA测序文库测序。对测序结果的lncRNA进行筛选、差异分析和功能预测,再随机筛选8条lncRNA用qRT?PCR验证其表达量。结果:与对照组相比,尿道下裂组生殖结节中有598个差异mRNA,427个差异lncRNA,qRT?PCR结果与测序结果一致。在生物过程、细胞组成、分子功能方面,差异表达mRNA富集程度最高的分别是红细胞生长、血红蛋白合成、结合珠蛋白结合。分布最多的的信号通路为病毒性心肌炎通路。差异lncRNA功能最多分布在生长激素释放激素受体的结合;分布最多的信号通路为金葡菌感染通路。结论:邻苯二甲酸二丁酯诱导的尿道下裂雄性大鼠与正常雄性大鼠相比,其生殖结节中lncRNA和mRNA的差异表达显著,lncRNA可能通过与mRNA相互作用参与尿道下裂的形成过程。  相似文献
3.
目的:发现外周血中与冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)相关的未知长链非编码RNA(LncRNA)。方法:选取临床冠心病组及对照组各3例外周血血浆样本进行LncRNA高通量测序表达谱分析,使用cuffdiff软件获得LncRNA表达谱,计算两组样本间的倍数变化和P?value值,筛选差异表达LncRNA。Q?PCR法验证36对冠心病和正常组外周血浆及外周血单核细胞中的基因表达水平。结果:测序结果分析发现差异表达明显的45个上调表达及29个下调表达的LncRNA。Q?PCR法筛选出3个在冠心病患者外周血单核细胞中上调表达明显的LncRNA:uc003pxg.1,ENST00000565257,ENST00000568324。ROC曲线下面积分别为0.812 5,0.742 4,0.742 4。以上基因在冠心病患者中上调表达均差异显著,与测序结果一致。结论:初步从冠心病患者外周血样本中筛选出上调表达的LncRNA,这为后续深入研究奠定基础,为LncRNA用于冠心病临床早期筛查提供理论依据。  相似文献
4.
目的 研究健康成年人唾液微生物群落结构。方法 采集37名健康的上海地区常驻汉族居民的非刺激唾液,利用Illumina Hisep测序平台对微生物16 S rDNA的V3~V4高度可变区扩增产物进行测序,分析唾液微生物的群落结构。结果 共获得1329271条优质序列,平均每个样本为(35926.24±4718.069)条,这些序列可归为110个属,12个门。其中有5个优势菌门(97.54%),以及12个核心菌属(79.71%)。男性与女性两组之间的生物多样性指数及主成分分析等差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 对上海地区汉族健康成年人口腔唾液微生物群落结构的分析,为进一步研究人类口腔唾液微生物群落结构提供了基础资料,且为口腔疾病的防治及诊断提供了参考。  相似文献
5.
目的:探讨不同软件平台对肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)患者肠道菌群结构的分析结果是否存在差异,以及分析结果对疾病鉴别和疗效评价能力的影响.方法:应用Uparse及Mothur软件平台分别对27例粪便菌群16S rRNA高通量测序结果进行分析,比较两种软件平台所得的肠道菌群结构.27例样本中包含健康对照(healthy control,HC组)9例,腹泻型IBS患者治疗前(IBS组)及治疗后(IBS-treatment,IBSt组)各9例.比较两种软件平台所得的肠道菌群结构在HC组vs.IBS组和IBS组vs.IBSt组间的差异.结果:(1)Uparse及Mothur平台分析所得的27例粪便样本菌群结构在门水平差异不显著,而科水平和属水平差异显著;(2)不论是Mothur平台还是Uparse平台,HC组vs.IBS组、IBS组vs.IBSt组,菌群结构差异无统计学意义(Uparse平台:HC组vs.IBS组,F=0.98,P=0.445;IBS组vs.IBSt组,F=0.47,P=0.926;Mothur平台:HC组vs.IBS组,F=0.82,P=0.646;IBS组vs.IBSt组,F=0.37,P=0.961);IBSt组肠道菌群Shannon指数显著低于IBS组;(3)通过差异物种分析,两个平台数据都能得出HC组与IBS组的差异菌属,而仅Uparse平台的数据能够得到IBS组和IBSt组的差异菌属.结论:不同平台对于相同菌群高通量测序分析的结果存在分类学及丰度上的差异,为了提高研究的可重复性和可靠性,尤其是在比较不同研究所得的肠道菌群结构的共性时,特别需要注意数据分析方法的应用与选择.  相似文献
6.
目的:探讨控制性卵巢刺激(COS)对多囊卵巢综合征(PCOS)患者和正常排卵妇女GV期卵母细胞中差异表达基因和主要信号转导通路的影响,从而筛选出影响PCOS患者卵母细胞发育的关键基因.方法:选择接受GnRH-a长方案将调的控制性超排卵的PCOS患者3例(PCOS组)和同期因男性不孕因素接受长方案将调的正常排卵妇女3人(对照组),通过酶消化法分离颗粒细胞,收集经过卵胞浆内单精子显微注射(ICSI)之后废弃的未成熟卵母细胞.构建cDNA文库,在Illumina MiSeq测序平台进行测序,并通过RT-PCR技术对测序数据进行体外验证(每组3个重复).结果:获得了510 024 82个序列读取片段(reads),包含8G碱基序列信息.通过生物信息学软件共找到63个差异表达基因,极显著上调的基因19个,极显著下调基因有44个(Fold Change>4,FDR<0.01).PCOS组患者血管内皮生长因子(VEGF)和脂肪酸脱氢酶1(FADS1)mRNA表达水平明显高于对照组(P<0.05),Runt相关转录因子2(RUNX2)、趋化因子1(CXCL1)和热体克蛋白27 (Hsp27) mRNA表达水平明显低于对照组(P<0.05),与功能验证结果一致.差异基因基于GO功能注释可分为磷酰化、细胞自噬和转录调控等多个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要富集于磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、转化生长因子β(TGF-β)、Hippo、p53和过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)信号通路中.结论:PCOS患者GV期卵母细胞中差异表达的基因可能影响卵泡发育和卵母细胞成熟,从而导致胚胎质量低下.  相似文献
7.
目的 适度运动有益于身心健康.本研究从肠道菌群结构的角度来探讨运动对人体健康的影响.方法 招募运动组和少动组志愿者人群,利用16S rDNA高通量测序技术分析志愿者肠道菌群结构.结果 高通量测序共获得61 888个OTUs,其中已注释的OTUs有61 149个.PCoA分析显示,运动组和少动组之间肠道菌群结构存在显著差异.运动组中毛螺菌科(Lachnospiraceae)和拟杆菌科(Bacteroidaceae)的丰度显著高于少动组(P=2.5627×10-7,P =0.000 178 4),普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)的丰度显著低于少动组(P=0.000 003 46,P=0.000017 41).有3株可培养的菌株在运动组中丰度显著增加,分别为瘤胃球菌属的Ruminococcus_sp.5_1_39BFAA,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及丁酸产盐菌属的Anaerostipes_hadrus.在运动组中显著增加的肠道菌,如拟杆菌科,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及Anaerostipes_hadrus,能够代谢产生丰富的SCFAs,对肠粘膜免疫系统动态平衡的维持具有重要意义.结论 运动可能通过肠道菌群结构的改变及其与肠黏膜系统的相互作用对人体产生积极影响.  相似文献
8.
目的 提供SPF鸡不同生长阶段肠道菌群的组成及多样性数据.方法 采集10日龄、12周龄、23周龄和52周龄SPF鸡粪便,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序方法,对样品16S rRNA的两个高变区(V3-V4)进-测序分析,并进行了α-多样性指数、β-多样性指数和粪便群落特征分析.结果 四个生长阶段粪便样品菌群具有相似的较高的丰富度和良好的均匀度,物种多样性无显著差异(P>0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacte ria)和拟杆菌门(Bacte roidetes丰度占95%以上;乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、肠球菌属(Enterococcus)为优势菌属,不同时期丰度差异达显著水平(P<0.05).结论 四个生长阶段菌群组成多样,且优势菌群主要为有益菌.该实验结果能够为SPF鸡品质评定、健康监测和安全性评价提供依据.  相似文献
9.
目的 在前期高通量测序分析的基础上,进一步利用荧光定量PCR验证miR-200b-3p和miR-200b-5p在马立克氏病(MD)抗性(B21单倍型)与易感(B19单倍型)鸡法氏囊组织的差异表达情况.方法 通过经优化后确定的最佳实时荧光定量PCR反应体系和扩增条件,进行荧光定量PCR分析.结果 miR-200b-3p和miR-200b-5p荧光定量PCR结果与高通量测序结果上下调情况基本一致,但差异表达显著性分析结果却不完全相同.结论 尽管差异表达显著性分析结果不完全一致,但两种方法的结果均提示来源于同一前体的miR-200b-3p和miR-200b-5p可能与MD抗性/易感性相关.  相似文献
10.
目的:探索妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)与正常妊娠胎盘组织微小RNA(microRNA,miRNA)的差异表达,为深入研究GDM发病机制提供基础。方法:选取于2013年1月-2014年1月在武警广东省总队医院、南方医科大学珠江医院就诊并分娩的GDM孕妇20例作为观察组(GDM组),均为粤籍汉族并且相互之间无亲缘关系,随机选取同期无妊娠合并症的正常广东汉族孕妇20例作为对照组。胎儿分娩岳收集胎盘组织,用TRIzol法进行总RNA提取,经过质量和纯度分析鉴定合格岳分别选取5个样本混合成GDM和对照组,采用逆转录法构建小RNA文库,使用第二代高通量测序采用边合成边测序的方法对miRNA进行测序并分析结果。结果:从胎盘组织提取到的总RNA纯度较高,D(260 nm)/D(280 nnl)>1.90,并成功构建小RNA的cDNA文库。采用高通量测序得到长度为10~35 nt的小RNA片段,其中文库数量最多的小RNA长度21~24 nt,miRNA量占所有小RNA总量的30%以上,最终获得洁净的片段超过10 000 000。将得到的片段与Genebank及Rfram数据库比对,去除其他小RNA筛选出miRNA达7 000多种。通过样本两两比较分析,与对照组相比,发现GDM组有138种已知的miRNA表达明显上调,包括has-miR-548au-5p、has-miR-95a-5p、has-miR-373-5p、has-miR-216-5p等(10g2-ratio>l,P<0.01);16种已知miRNAs明显表达下调,如has-miR-5699-5p、has-miR-4286等(10g2-ratio<-1,P<0.01)。Mireap软件预测出27种新miRNA,其中有9种在GDM表达升高,6种表达降低。结论:GDM的胎盘组织miRNAs与对照组存在表达差异,胎盘组织miRNA可能在GDM发病过程中起一定的调节作用。  相似文献
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