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1.
解码基因组中的“暗物质”   总被引:2,自引:2,他引:0  
长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是非编码RNA家族的重要成员,因其数量、种类、功能状况都不明确,又被称作基因组中的"暗物质"。本研究对其研究价值、作用的分子机制、与疾病的关系进行了探讨,  相似文献
2.
目的:观察人骨髓间充质干细胞(hMSCs)成骨分化过程中长链非编码 RNA(lncRNA)的表达谱变化。方法以 hMSCs 及成骨诱导分化7、14、21 d 后的细胞为研究对象,利用 Agilent lncRNA 芯片技术筛选出成骨诱导分化前后2倍变化幅度的差异 lncRNA,并通过实时荧光定量 PCR(RT - PCR)对芯片结果进行验证。选取筛选结果中表达差异较大的 lncRNA 利用 UCSC Genome Browser 并结合芯片筛选结果分析 lncRNA 邻近蛋白编码基因。结果 hMSCs 经成骨诱导分化7、14、21 d 后,均具有成骨细胞特性;芯片筛选结果表明,与成骨诱导分化前的hMSCs 相比,成骨诱导分化7、14、21 d 后持续表达上调超过2倍的 lncRNA 有433条,下调超过2倍的有232条;选取其中部分 lncRNA,RT - PCR 验证与芯片结果相符合;对 lncRNA 邻近蛋白编码基因分析提示某些 lncRNA(如lncRNA ENST00000585537.1和 lncRNA eHIT00001595)可能在 hMSCs 成骨分化过程中发挥重要作用。结论 hM-SCs 成骨诱导分化前后,lncRNA 表达谱发生显著变化,提示差异表达的 lncRNA 可能与 hMSCs 成骨分化密切相关,由此可进一步解释 hMSCs 成骨分化机制。  相似文献
3.
目的 探究内质网应激反应也称为未折叠蛋白效应(unfolded protein response, UPR)激活后小鼠胚胎成纤维细胞(mouse embryonic fibroblasts, MEFs)的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)表达谱。 方法 分离13天的小鼠胚胎获得并培养MEFs,采用内质网应激反应诱导剂衣霉素(tunicamycin)处理细胞16h后发生UPR;以未处理的MEFs作为阴性对照,采用基因芯片技术检测lncRNA表达谱,实时荧光定量PCR(real-time PCR)验证lncRNA芯片结果并进行生物信息学分析。 结果 与未使用衣霉素处理的MEFs相比, 衣霉素处理的MEFs有411个lncRNAs表达量出现显著上调,790个lncRNAs出现显著下调;实时荧光定量PCR验证部分lncRNAs表达结果与芯片一致;高级生物信息学分析分析了显著变化的lncRNAs并提示它们可能参与了细胞内许多生物学过程的调控。 结论 lncRNA 表达谱及生物信息学分析提示lncRNA在UPR激活后的细胞功能中可能发挥重要作用。  相似文献
4.
随着基因组学和转录组学基因测序的发展,长链非编码RNA(long non coding RNA,LncRNA)得到了越来越多的的关注。大量研究表明LncRNA不仅仅是DNA和蛋白质之间的媒介,而且是调节细胞功能的重要角色。LncRNA可以通过多种途径调节基因表达,包括染色体重塑、转录和转录后加工。而且LncRNA的异常调控逐渐和很多疾病联系起来,特别是肿瘤。在这里笔者总结一下LncRNA领域的快速发展,描述一下LncRNA的异常调控和人类肿瘤的关系,重点关注的是长链非编码RNA的异常调控在肿瘤的特殊作用。  相似文献
5.
非编码RNA(ncRNA)占哺乳动物RNA的98%,既往认为非编码RNA不具备生物学功能,但近些年来的研究发现,非编码RNA可从表观遗传学、转录调控及转录后调控等多个层面实现对基因表达的调控,其表达水平的变化与多种疾病密切相关,亦影响到心血管疾病的发病进程。其中,长链非编码RNA(lncRNA)成为基因组学研究中一颗冉冉升起的新星,其可从转录水平调控疾病相关基因的表达,亦可竞争性结合microRNA,以影响目的基因的表达和功能。文章从非编码RNA的来源、分类、作用机制及lncRNA在心血管疾病中的研究进展进行综述。具有细胞和组织特异性的lncRNA未来则有望成为一类全新的疾病诊断、判断预后的特异标志物和新药作用靶点,为疾病的临床诊断与治疗提供新思路。  相似文献
6.
哺乳动物基因组存在有大量不编码蛋白质的RNA序列,称为非编码RNA(ncRNA),起初被认为基因组学的暗物质,但近年来研究提示,非编码RNA可从多个生物学层面实现对基因表达的调控,并与多种疾病密切相关。小分子RNA(microRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)是隶属于ncRNAs的主要组成部分并成为研究热点,可从炎性反应、细胞增殖等多方面调控动脉粥样硬化性疾病的病理生理进程;二者均可稳定表达于外周血并具有组织表达特异性,是可靠的生物学标志物,可作为疾病诊断、治疗及判断预后的靶点。此外,ncRNAs或可从基因水平揭示中医证型的物质基础,为中医证型的鉴别和诊断提供客观的证据支持。本文从ncRNAs的来源、分类、作用机制、在动脉粥样硬化性心脏病中的研究进展及其作为生物学标志物的临床应用进行综述,以阐释ncRNAs在心血管疾病中潜在的生物学机制和应用前景。  相似文献
7.
目的:探索长链非编码RNA-HOTAIR在乳腺癌及前哨淋巴结、腋窝淋巴结中的表达情况,分析与乳腺癌其他指标的相关关系,以指导治疗并预测预后。方法:收集2013年6月-2013年12月乳腺癌住院手术患者10例,均行前哨淋巴结活检术,取乳腺肿块组织、癌旁组织及前哨淋巴结(SLN)、腋窝淋巴结(ALN)。术后均经病理证实为浸润性导管癌。四组标本组织采用实时荧光定量RT-PCR检测HOTAIR的表达情况,结合临床病理结果,采用t检验、等级相关等统计方法分析各指标之间的关系。结果:(1)HOTAIR基因在各组中的表达,SLN组(9.33±1.23),ALN组(6.90±2.00),两者比较差异有统计学意义(t=3.401,P=0.004);癌组织组(8.81±1.27),癌旁组织组(7.00±1.11),两者比较差异有统计学意义(t=3.389,P=0.003);SLN组与癌旁组织组比较差异有统计学意义(t=4.441,P<0.001)。(2)HOTAIR表达情况与临床病理指标关系密切,与淋巴结转移率、ki-67蛋白表达呈正相关,相关系数分别为0.67和0.82,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:HOTAIR基因在乳腺癌前哨淋巴结以及癌组织中有异常高表达,其促进细胞增殖、侵袭转移的功能显著,提供乳腺癌基因靶向治疗的新位点。  相似文献
8.
目的:探讨长链非编码RNA MEG3在胃癌组织及细胞系中的表达水平,以及过表达MEG3对胃癌细胞增殖能力的影响,并探索其可能的作用机制?方法:用定量反转录PCR(qRT-PCR)技术检测胃癌组织及细胞系中MEG3的表达水平;通过转染pcDNA-MEG3上调MEG3的表达水平,并通过qRT-PCR检测转染效率?用MTT和克隆形成试验检测上调MEG3的水平对BGC-823细胞和MGC-803细胞的增殖能力的影响,Western blot检测这两种细胞中上调MEG3的水平对p53蛋白的表达水平的影响?结果:相比正常胃组织及细胞,在胃癌组织和细胞中MEG3的表达出现显著下调,SGC7901?MGC-803和BGC-823细胞中MEG3的表达水平分别是正常胃上皮细胞GES-1中的73.6%?42.0%和27.1%(P < 0.05)?BGC-823细胞和MGC-803细胞中转染pcDNA-MEG3能显著上调MEG3的表达,MEG3的表达水平分别为对照组的252倍和311倍(P < 0.05);MTT和克隆形成试验显示,上调MEG3的表达能降低BGC-823细胞和MGC-803细胞的增殖能力?Western blot实验显示,转染了pcDNA-MEG3的MGC-803和BGC-823细胞中p53的表达相较对照组中显著增加?结论:胃癌组织及细胞中MEG3的表达下调,且这可能通过抑制p53蛋白的激活从而促进胃癌细胞增殖,影响胃癌的发生和发展?  相似文献
9.
目的:研究大鼠坐骨神经缺损后背根神经节中长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的表达变化。方法:建立SD大鼠坐骨神经损伤0天、1天、4天和7天模型,取背根神经节组织进行lncRNA检测,进行差异基因的筛选,并应用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)对芯片结果进行验证;利用lncRNA与mRNA特异性表达的标准化信号强度,构建基因共表达网络。结果:共筛选出24个显著下调的lncRNAs,qRT-PCR检测的lncRNA AF130881和AB020616的表达变化与芯片一致。得到与lncRNA AF130881和AB020616正向或负向共表达的蛋白编码基因25个。结论:大鼠坐骨神经缺损后背根神经节组织中lncRNA的表达谱发生改变。  相似文献
10.
MEG3是一种印记基因,位于人类染色体14q32.3的DLK1-MEG3位点,属于长链非编码RNA,在肿瘤组织中表达异常,可通过不同的机制参与肿瘤的发生发展。本文就MEG3在肿瘤中的作用及其机制做一综述。  相似文献
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