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1.
目的:前列腺癌是泌尿系统中发病率最高的肿瘤,番茄和其他含番茄红素的食物对预防前列腺癌和减缓其发展进程有效,但是番茄红素作用于前列腺癌的机制尚不明确。本研究利用生物信息学方法深入挖掘番茄红素作用于前列腺癌的潜在靶点,有利于进一步阐明其在前列腺保护中的分子机制以及潜在的其它应用。方法:从GEO数据库检索并下载番茄红素补充和安慰剂对照的列腺癌患者前后的癌组织表达组基因芯片数据集,并利用加权基因共表达网络分析,构建基因共表达模块,并对性状高关联模块进行GO及KEGG聚类分析和节点基因筛选。结果:利用数据集GSE27140中114例样本,共构建了16个共表达模块,其中2个模块与性状关联度较高,参与上皮细胞-间充质细胞转变、姐妹染色单体分离、细胞衰老等信号通路。进一步对模块基因连通性分析发现2个节点基因。结论:本研究筛选出番茄红素治疗前列腺癌的潜在作用靶点,为阐明番茄红素的作用机制提供了有意义的线索。  相似文献
2.
目的:从基因分子水平出发,探究泌乳素瘤(prolactinoma,PRL)患者差异表达基因,从而探究疾病发展的核心驱动基因。旨在为泌乳素瘤患者的临床诊断、治疗及预后提供潜在的靶标。同时针对核心驱动基因,预测治疗泌乳素瘤患者的分子靶向药物。方法:从GEO(gene expression omnibus)数据库获取泌乳素瘤患者基因表达谱数据,进行泌乳素瘤组织和正常组织差异表达基因(differential expressed genes,DEG)筛选。同时进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、蛋白质相互作用网络分析(protein-protein interation,PPI),确定泌乳素瘤发生发展的核心驱动基因。同时进行GO(gene ontology)分析、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析及GSEA(gene set enrichment analysis)分析,探究泌乳素瘤患者发生改变的生物功能和信号通路,探究肿瘤发生发展的分子机制。此外,进行体外划痕实验、克隆形成测定、CCK-8实验及流式细胞术实验,验证分子靶向药物的潜在治疗效果。结果:共鉴定出1 201个差异表达基因,其中EGR1、MAPK1、MYC、BCL2和CALM1居于重要地位;GO和KEGG分析结果表明,泌乳素瘤的形成主要与纺锤极发生改变、卵母细胞减数分裂受到影响相关;泌乳素瘤很可能与帕金森病存在一定的同源性。同时进行CCK-8测定、克隆形成测定和体外划痕测定,验证了EGR1激动剂Genipin具有潜在抗泌乳素瘤的作用。流式细胞术分析结果显示,随着Genipin药物剂量增加,肿瘤细胞的凋亡百分比增加。结论:EGR1、MAPK1、MYC、BCL2和CALM1是泌乳素瘤的核心驱动基因,对泌乳素瘤的发生发展具有重要影响。EGR1的激动剂Genipin能够在体外抑制泌乳素瘤细胞的增殖和迁移,Genipin对泌乳素瘤具有潜在治疗作用。同时,本研究筛选出了泌乳素瘤发生的高风险信号通路,为其临床诊治提供了新的靶标,具有重要意义。  相似文献
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