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1.
人体内定植着数量庞大、结构复杂的微生物群,微生物群之间、微生物群及宿主细胞间存在着复杂的相互作用。互作转录组测序技术(dual RNA sequencing, Dual RNA-seq)可同时分析两个(或多个)互作物种间基因表达的动态变化,并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到物种间的相互作用机制。本文就近年来Dual RNA-seq技术在肠道、呼吸道、皮肤及口腔微生物研究中的应用现状及发展前景作一综述。自Dual RNA-seq的概念被引入以来,该技术已被应用于一系列感染模型。在分子水平上直接研究物种间动态相互作用,有助于更好地理解感染过程中病原体和宿主的生理变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标志物。但是,Dual RNA-seq目前仍然处于起步阶段,在实验技术方面存在一定的局限性,比如由于物种间的相互作用是动态变化的,最佳实验条件以及采样点的选择以及如何实现实时观测是亟需解决的难题;此外,由于Dual RNA-seq的生物信息学数据量大,如何快速灵活地处理互作信息仍然需要进一步的探索。  相似文献   
2.
利用生物信息学技术初步探索芫根调控肠道免疫功能的分子生物学机制。方法 选择雄性SPF级BALB/c小鼠18只,随机分为3组,每组6只。SC1组小鼠每只每次灌胃芫根提取液150 μL,SC2组小鼠每只每次灌胃绞碎芫根原浆悬液150 μL,NC组小鼠每只每次灌胃生理盐水150 μL,连续7 d每日灌胃一次。分别取每组小鼠小肠组织样品提取RNA,总RNA的质检合格后,进行转录组测序。按GO功能和KEGG信号通路对差异表达基因聚类分析揭示差异表达高度富集的免疫相关通路。从免疫角度分析芫根灌胃小鼠小肠组织的基因表达变化情况。结果 转录组测序共检测到27733条 mRNA的表达,SC1组与NC组比较,显著差异表达基因1635个,其中上调差异表达基因1236个,下调差异表达基因399个;SC2组与NC组比较,显著差异表达基因2872个,其中上调差异表达基因2233个,下调差异表达基因639个(P<0.05)。按GO功能和KEGG信号通路聚类分析显示差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路及维生素和脂肪消化吸收等途径的富集度在两个芫根组中均居于前20位(P<0.01),肠黏膜趋化因子CCL20和巨噬细胞极化标志物CD274等免疫蛋白编码基因差异表达显著且同属于上述多个免疫通路。结论 芫根灌胃小鼠小肠的差异表达基因在白介素分泌、干扰素反应、T细胞受体信号通路、营养物质消化吸收等途径高度富集,提示芫根对肠道免疫系统及肠黏膜功能的调节,其中CD274的表达上调和CCL20的表达下调提示诱导M1型巨噬细胞极化和T细胞活化可能是芫根调控免疫和维护肠道正常结构功能的重要途径。  相似文献   
3.
目的探讨熊去氧胆酸对妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)患者临床疗效、妊娠结局、核转录因子-κB(NF-κB)、白细胞介素(IL-17)及Toll样受体4(TLR4)的影响。方法选择2018年4月—2020年2月于该院收治的ICP患者92例作为研究对象,按照随机抽签方法分为对照组和观察组各46例。其中对照组行腺苷蛋氨酸治疗,观察组在此基础上联合应用熊去氧胆酸治疗。比较分析两组患者临床疗效、瘙痒评分、肝功能指标、妊娠结局、NF-κB、IL-17及TLR4的变化情况。结果治疗后,观察组临床总有效率(91.30%)显著高于对照组(71.74%),差异有统计学意义(P<0.05);两组Ribalta评分、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、血清总胆红素(TBIL)、结合胆红素(DBIL)水平均明显低于治疗前(P<0.05),且观察组Ribalta评分、AST、TBIL、DBIL水平显著低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);观察组患者胎儿窘迫(2.17%vs.15.22%)、早产(4.35%vs.17.39%)及剖宫产(6.52%vs.21.74%)发生率与对照组相比差异有统计学意义(P<0.05);观察组NF-κB、IL-17及TLR4蛋白表达水平显著低于对照组(P<0.05)。结论熊去氧胆酸治疗ICP患者疗效较好,可有效改善其肝功能、瘙痒症状及妊娠结局,其作用机制与抑制TLR4/NF-κB信号通路的激活及IL-17的水平有关。  相似文献   
4.
  目的  探究河弧菌VfqI-VfqR密度感应系统对VflT6SS2附属基因簇hcp-vgrG中vgrG操纵子的调控。   方法  使用荧光定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测野生株和VfqI-VfqR系统缺失株中vgrG的mRNA水平。 利用启动子-lux报告质粒系统检测冷光值,确定vgrG启动子在河弧菌野生株、缺失株、回补株中的活性差异。 在大肠埃希菌中,导入VfqR过表达质粒,检测vgrG启动子-lux报告质粒冷光值,确定VfqR可否激活vgrG启动子。  结果  ?vfqI、?vfqR和?vfqI-vfqR缺失株中vgrG mRNA水平和启动子活性均显著低于野生株;在?vfqR中回补VfqR表达质粒pSRvfqR和在?vfqI中分别添加3-oxo-C10-HSL、C10-HSL和3-oxo-C12-HSL AHLs分子均能恢复vgrG启动子活性,并且3种AHLs分子效果大体一致。 在大肠埃希菌中过表达VfqR并添加上述3种外源AHLs,对vgrG启动子活性没有影响。  结论  VfqI-VfqR密度感应系统在启动子水平正性调控vgrG操纵子,并且该调控作用是间接的。  相似文献   
5.
目的探讨补肾活血方通过信号转导与转录激活子3(STAT3)通路抑制骨细胞的凋亡对骨质疏松的治疗作用。方法选取SPF级健康雌性C57BL/6小鼠75只,随机分为正常对照组11只及造模组64只。造模组采用去势法建立骨质疏松症模型,正常对照组仅暴露双侧卵巢而不切除。将造模成功的小鼠随机分为模型组、补肾活血方低、中、高剂量组及阳性对照组,各12只。模型组和正常对照组分别灌胃给予蒸馏水5 mL·kg-1,1次/d;补肾活血方低、中、高剂量组分别灌胃给予1.79、3.57、7.14 g·mL-1补肾活血方药液5 mL·kg-1,1次/d;阳性对照组灌胃给予0.14 mg·mL-1尼尔雌醇混悬液5 mL·kg-1,1次/d。各组小鼠均治疗12周。检测比较各组骨形态参数,骨细胞凋亡指数(AI),以及骨组织B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、Janus激酶2(JAK2)、STAT3表达水平。结果与模型组比较,各组小鼠骨体积分数(BV/TV)、骨小梁厚度(Tb.Th)、骨小梁数量(Tb.N)及骨密度(BMD)值较高,骨组织Bcl-2蛋白表达水平较高,且补肾活血方低剂量组<补肾活血方中剂量组<补肾活血方高剂量组和阳性对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。与模型组比较,各组小鼠骨组织AI较低,骨组织Bax蛋白表达水平较低,骨组织JAK2、STAT3表达水平较低,且补肾活血方低剂量组>补肾活血方中剂量组>补肾活血方高剂量组和阳性对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论补肾活血方能剂量依赖性的增加骨质疏松小鼠骨密度,增加骨小梁厚度和数量,抑制骨细胞凋亡,其作用可能与抑制STAT3信号通路,调节凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax表达有关。  相似文献   
6.
目的 探讨Toll样受体4(Toll like receptor 4,TLR4)/核转录因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)通路在二氧化硅(SiO2)所致大鼠矽肺模型肺泡巨噬细胞的脂质代谢中的作用。 方法 按随机数字表法将36只SD大鼠分为正常组、模型组、抑制剂组。模型组、抑制剂组采用一次性气管内缓慢滴注1 mL SiO2悬浮液进行造模。造模成功后抑制剂组大鼠每天定时耳缘静脉注射TAK-242(TLR4/NF-κB信号特异性抑制剂),剂量为0.5 mg/kg,正常组和模型组注射等剂量生理盐水。4周后处死大鼠收集支气管灌洗液(bronchial lavage fluid,BALF),ELISA测定各组大鼠BALF中白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的含量;提取BALF中的肺泡巨噬细胞进行培养,油红O染色观察各组大鼠肺泡巨噬细胞的脂滴形成;Western blot检测各组肺泡巨噬细胞中TLR4、MyD88、NF-κB的表达水平。 结果 与正常组相比,模型组、抑制剂组大鼠BALF中IL-6和TNF-α的含量,巨噬细胞中油红O阳性比例,巨噬细胞中TLR4、MyD88、NF-κB的表达升高,差异具有统计学意义(均P<0.05);与模型组相比,抑制剂组大鼠上述指标降低,差异具有统计学意义(均P<0.05)。 结论 在SiO2所致大鼠矽肺模型中,TLR4/NF-κB信号参与肺泡巨噬细胞的脂质代谢的调控,抑制该信号的表达,能明显抑制矽肺的病理损伤。  相似文献   
7.
8.
9.
目的观察脐带间充质干细胞分泌的外泌体对骨性关节炎模型大鼠疼痛行为、软骨修复及背根神经节(DRG)中转录激活因子3(ATF-3)及生长相关蛋白43(GAP-43)表达的影响, 并探讨外泌体治疗关节炎疼痛的可能机制。方法采用随机数字表法将54只雄性SD大鼠分为假手术组、模型组和外泌体组, 每组18只, 除假手术组外, 其余2组均于左后肢膝关节腔注射4 mg/50 μl单碘乙酸钠(MIA)建立疼痛模型, 假手术组大鼠关节腔注射50 μl生理盐水作为对照。造模14天后, 假手术组和模型组大鼠左后肢膝关节腔注射50 μl生理盐水, 外泌体组大鼠注射50 μl外泌体。于造模前1天、造模后第7、14天及给药后第7、14、28天对各组大鼠机械痛阈和热痛阈进行测定;于测试后取出相应时间点DRG, 采用免疫蛋白印迹法检测ATF-3及GAP-43表达情况;并取出相应时间点各组大鼠膝关节, 采用苏木素伊红(HE)染色检测软骨修复情况。结果与模型组比较, 外泌体组在给药后第7天时, 机械痛阈值及热痛阈值均明显增加, 直到给药后第28天时差异均具有统计学意义(P<0.05);DRG水平ATF-3蛋白表达显著...  相似文献   
10.
目的 探讨子痫前期(PE)患者胎盘组织中长链非编码RNA胃癌高表达转录本1(lncRNA GHET1)的表达及其对滋养层细胞增殖、细胞周期进展和侵袭能力的影响,并阐明其作用机制。 方法 30名孕产妇分为正常孕产妇组(正常组)15例和PE孕产妇组(PE组)15例,HE染色观察2组研究对象胎盘组织病理形态表现。体外培养滋养层HTR-8细胞,转染过表达lncRNA GHET1及对照序列质粒,并将滋养层细胞分为对照组(常规培养)、GHET1组(转染过表达lncRNA GHET1质粒)和阴性对照组(转染阴性对照序列质粒)。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测2组研究对象胎盘组织和各组HTR-8细胞中lncRNA GHET1 mRNA表达水平,CCK-8法检测各组HTR-8细胞增殖率,流式细胞术检测各组不同细胞周期HTR-8细胞百分率,Transwell小室实验检测各组HTR-8细胞侵袭能力,Western blotting法检测各组HTR-8细胞中细胞性骨髓细胞瘤病病毒癌基因(c-Myc)、细胞周期素D1(cyclinD1)、上皮细胞-间充质转化(EMT)相关蛋白E-钙黏蛋白(E-cadherin)和波形蛋白(Vimentin)蛋白表达 水平及Wnt/β-catenin信号通路中磷酸化糖原合成酶激酶3β(p-GSK3β)/糖原合成酶激酶3β(GSK3β)比值和β-连环蛋白(β-catenin)蛋白表达水平。 结果 与正常组比较,PE组患者胎盘组织绒毛发育不良,数量减少,绒毛内及间质血管分布紊乱,血管壁出现纤维素样坏死,钙化区域及绒毛上合体结节增加。与正常组比较,PE组患者胎盘组织中lncRNA GHET1 mRNA表达水平明显降低(P<0.05)。与对照组比较,GHET1组HTR-8细胞中lncRNA GHET1 mRNA表达水平明显升高(P<0.05),阴性对照组HTR-8细胞中lncRNA GHET1 mRNA表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。与对照组比较,GHET1组HTR-8细胞增殖率、S期细胞百分率和侵袭细胞数明显升高(P<0.05),阴性对照组上述指标差异无统计学意义(P>0.05)。与对照组比较,GHET1组HTR-8细胞中c-Myc、cyclinD1、Vimentin和β-catenin蛋白表达水平及p-GSK3β/GSK3β比值均明显升高(P<0.05),E-cadherin蛋白表达水平明显降低(P<0.05),阴性对照组上述指标差异无统计学意义(P>0.05)。 结论 过表达lncRNA GHET1可能通过Wnt/β-catenin信号通路促进滋养层细胞增殖、细胞周期进展和细胞侵袭,发挥改善PE进展的作用。  相似文献   
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