乌头类有毒中药的毒性基因研究

为了探讨乌头类有毒中药在基因层面的毒性及其毒作用机制，为临床安全使用该类药物提供实验依据。根据国际ICH的要求，在SPF实验条件下采用生川乌、生草乌和生附子水煎液灌胃KM种小鼠进行急性毒性实验。采用基因表达谱技术，对小鼠心、肝、脾、肺和肾五种脏器的毒性进行全基因组描绘，应用Cluster、GO和Pathway等生物信息学手段对获取的数据进行综合分析并进行定量PCR验证。进行信息汇总与数据挖掘，结果显示可能的毒性及其毒作用机制如下：     

一种识别蛋白质的保守氨基酸残基的新方法

保守氨基酸残基在生物进化过程中具有较强的稳定性,一般不会发生太大的变化;生物信息学认为：氨基酸序列决定蛋白质结构,蛋白质结构决定蛋白质功能。因此,作者基于氨基酸的生化特性、几何特性和动态特性描述了一个新颖的算法去发现蛋白酶家族中的保守氨基酸残基,而保守氨基酸残基将对蛋白质的结构和功能的研究具有重要的意义。     

运用共词聚类分析法研究生物信息学的学科热点

应用共词聚类分析的方法对MEDLINE中有关生物信息学文献的高频主题词进行聚类,结合相关文献研究,得到有关生物信息学研究的热点内容,主要集中在相关软件和数据库、基因表达序列分析、药物设计、蛋白质结构分析、系统发育分析和计算生物学教育的发展趋势等方面。     

干细胞与蛋白质组学

蛋白质组学具有规模大和高通量的特点，其核心技术双相电泳、质谱分析和蛋白质组信息学的迅速发展，可完成极其复杂的蛋白质功能和细胞因子变化的研究。干细胞可定向分化为各种细胞和组织器官，其定向分化过程中有众多的蛋白质、细胞因子的参与和消失，应用蛋白质组学研究干细胞分化过程中极其复杂的蛋白质变化，对探索干细胞的分化机制和应用有重大意义。     

生物信息学在控制SARS中的应用

目的 快速准确地对可疑病人进行筛选，早期诊断传染性疾病SARS。方法 运用生物信息学这一门数学、统计学、计算机学和生物医学相交融的学科作为研究工具。结果 破解SARS的病原一变异冠状病毒的DNA序列，从而获得SARS冠状病毒全基因组芯片。结论 生物信息学是新世纪跨专业的一门前沿学科。     

生物信息学(2):基因工程技术简介

基因工程的特点与基本步骤 基因工程通常称为重组DNA技术（recombinant DNA technique），又称为基因克隆fgene cloning）或分子克隆fmolecular cloning），是用人工方法将外源基因与DNA载体结合形成重组DNA．然后引入某一受体细胞中，使外源基因复制并产生相应的基因产物，从而获得生物新品种的一种崭新育种技术。     

基因功能研究策略

美国塞莱拉遗传信息公司通过人类基因组计划，于2001年在美国《科学》杂志和英国《自然》杂志上联合宣布，他们绘制出了准确、清晰、完整的人类基因组图谱。基因组计划完成后，新的难题摆在了科学家的面前，那就是基因功能的研究以及怎样提高基因功能研究的效率等问题。对于一种基因，阐明基因的结构与生物学功能、基因的结构与生物学和临床医学之间的相互关系以及新基因表达调节的机制，是目前基因的分子生物学研究领域中最具挑战性的工作。当前主要采用以下技术。     

问号钩端螺旋体胶原酶结构和功能分析

目的：研究问号钩端螺旋体(简称问号钩体)致病机理，预测问号钩体胶原酶结构和功能，为进一步实验验证提供线索。方法：利用各种公共核酸及蛋白数据库资源，运用多种生物学软件对钩体胶原酶基因及其编码产物的结构和功能深入分析。结果：对问号钩体胶原酶进行了结构域归类；对其基因、蛋白的一般特性，蛋白一级结构，二级结构和超二级结构等作了对比性分析；对其序列中的部分片段：进行三维结构模拟；并绘制了其分子进化树，分析其垂直进化关系。结论：问号钩体胶原酶和其它多：种致病性微生物胶原酶具有不同层次、程度不等的相似性。它属于锌蛋白酶超家族和M9-蛋白酶家族。它可能在钩体浸润宿主并造成宿主多脏器出血等方面起重要作用。     

冠状动脉粥样硬化性心脏病患者心外膜脂肪组织的生物信息学研究

背景 心血管疾病（CVD）是常见病和多发病,患病率和死亡率呈快速上升趋势。动脉粥样硬化（AS是缺血性CVD的病理基础,研究表明心外膜脂肪组织（EAT）通过分泌外泌体（EXO）和生物活性物质促进AS进展,但其作用机制仍需进一步研究。目的 通过生物信息学方法挖掘冠状动脉粥样硬化性心脏病（CAD）患者EAT中的关键基因,探讨免疫细胞浸润情况,联合CAD患者EXO间差异表达基因（DEGs）推测EAT来源EXO间DEGs并进行验证,从细胞及分子水平上探讨EAT在CAD疾病过程中的作用机制。方法 从基因表达综合数据库（GEO）中下载关于EAT的数据集GSE64554、GSE120774,根据临床信息将EAT的测序数据分为CAD组和健康对照组,使用R语言及相关软件包进行生物信息学分析。首先使用R语言筛选CAD组与健康对照组EAT间DEGs,并进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,评估所选基因的生物学功能及可能参与其调控的转录因子。构建GSE64554数据集中EAT的加权基因共表达网络（WGCNA）,获取同CAD表型相关的基因模块,将所获EAT间DEGs与模...