基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

凉血通瘀方干预高血压大鼠急性脑出血模型对脑组织中差异miRNA表达的影响＊

目的 研究凉血通瘀方对高血压大鼠急性脑出血模型脑组织miRNA表达的影响，对差异表达的miRNA靶基因进行分析，探索凉血通瘀方可能的药效机制。方法 将自发性高血压大鼠随机分成对照组（B）和实验组（C）。适应性饲养一周后，C组灌胃凉血通瘀方，B组灌胃等体积生理盐水，连续5天，每天1次。构建脑出血模型后收集脑组织，借助全转录组测序技术获得miRNA表达量，与miRBase数据库比对获取已知miRNA，使用miRDeep2预测新miRNA。差异分析软件为DESeq2，筛选阈值为|log₂FC| ≥1 并且P <0.05。对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测，对靶基因进行GO功能、KEGG通路富集和PPI网络分析。结果 实验组和对照组对比，共发现21个显著差异表达的miRNA，上调有9个，下调有12个，共预测得到1243个有统计学意义的靶基因。GO富集分析发现，生物过程中突触囊泡分泌的调节、神经递质分泌的调节和神经递质运输的调节占前三位，神经元投射终点、全膜、质膜区域和细胞投射则是主要的细胞成分。分子功能分别为小GTPase绑定、底物特异性跨膜转运蛋白活性和离子跨膜转运体活性。通路分析结果显示，靶基因在癌证通路、pI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染、神经活性配体-受体相互作用和MAPK通路等分布广泛。采用STRING网站和Cytoscape软件，根据MCC算法筛选出ADRA2C、CASR、CCL28、CCR1、DRD2、GNAT3、GRM2、DYNC1LI1、GABBR1、GNAI1等核心靶基因。结论 凉血通瘀方对脑出血急性期鼠脑组织内miRNA的表达有重要影响；显著差异表达miRNAs可能通过靶向核心基因调控凉血通瘀方干预急性脑出血的病理过程及预后。     

毛霉目病原真菌的实验室鉴定及体外抗真菌药物敏感 性分析

摘要:目的以分子测序为参考 ,评估形态学、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱对毛霉目真菌的鉴定能力,分析毛霉目真菌对两性霉素B、泊沙康唑的体外药敏特点。方法收集 2018年1月-2022年2月广东省人民医院25例毛霉病住院患者标 本,进行镜检并对培养的茵落行形态学鉴定、质谱鉴定、分子测序和体外药敏试验。结果KOH 湿片法阳性率(76%)高于革兰染色法(32%),差异有统计学意义(P<0.05);形态学鉴定可将68%的菌株鉴定到属水平,3株鉴定错误,2株无法鉴定;将所 有菌株进行质谱鉴定,单用IVD和RUO数据库鉴定率分别为56%和44%,两库联合可将鉴定率提高为64%。毛霉目真菌对两性霉素B的抑制50%菌株生长的最小抑菌浓度(MIC3o)为1μg/mL,根霉属相比其他属对两性霉素B表现出较高的MIC 值,其中2株MIC>32 μg/mL,另2株MIC为8 μg/mL;根霉属对泊沙康唑的MICso为0.5 μg/mL,横梗霉属MICgo为4 μg/ mL,小克银汉霉属MICg0为2 μg/mL,有部分菌株表现出较低MIC值,同样亦有部分菌株对泊沙康唑表现出较高的MIC 值。结论 将传统镜检、培养与质谱技术和分子技术相结合,尽量将毛霉目真菌准确鉴定到种,并积极开展毛霉体外药敏试验,可为临床治疗提供参考依据。     

昆明地区慢性乙型肝炎患者替诺福韦酯耐药突变位点情况调查

目的分析昆明地区慢性乙型肝炎患者,不同HBV基因型和替诺福韦酯耐药相关位点的突变情况,并分析替诺福韦酯耐药位点突变与HBV-DNA量和HBe Ag之间的关系。方法选取昆明市第三人民医院2017年5月至2019年3月期间,住院及门诊就医的2707例慢性乙肝患者,采用Sanger测序法进行常见的核苷(酸)类治疗乙肝病毒的相关耐药基因突变位点检测,分析不同HBV基因型和替诺福韦酯耐药相关位点的突变情况,并分析替诺福韦酯耐药位点突变与HBV-DNA量和HBe Ag之间的关系。结果 2707例患者中,共有52例(1.92%,52/2707)患者检测到替诺福韦酯耐药相关位点的突变,变异率为1.92%。52例患者中HBV基因型以C型为主65.38%(34/52),B型次之占34.62%(18/52)。检出与替诺福韦酯(TDF)耐药相关位点突变(A194T、N236T、A181T/V),耐药不敏感性I (1.92%,52/2707)。其中A181T/V位点单独突变率最高(19.23%),N236T位点单独突变率次之(15.38%);检出与替诺福韦酯耐药相关位点单独变异情况,在HBV-DNA中、低水平两... 更多     

肺泡灌洗液高通量测序检测在肺部疾病诊疗中的作用研究进展

在呼吸系统疾病中,需要临床生物标志物用于诊断和评估对治疗的反应及判断预后。BALF包含微生物的核酸、游离DNA,RNA、外泌体等,能更全面的反映肺部的整体情况。NGS可以同时测定几百万甚至上亿条DNA或者RNA序列,利用NGS检测气管肺泡灌洗液,在诊断病原微生物方面,具有快速、不用培养的优点,并在肿瘤相关DNA与RNA的检测方面也有着其他基因学手段无法比拟的优势。肺部不断暴露于来自口咽和其他来源的各种微生物群落,回顾和综合通过BALF检测在健康和不同疾病状态的肺部微生物群落的现状。利用NGS检测BALF在肺部感染特殊病原菌的诊断方面的应用也日渐成熟。BALF中的非编码RNA以及cfDNA的检测可以用来协助诊断肺部疾病及判断疾病的发生发展,并且发现使用BALF EV DNA的液体活检是具有组织特异性的并且极其敏感。应用高通量测序检测肺泡灌洗液的特殊指标,所需时间短,可反复取材,是临床用来诊断、评估、预测肺部疾病,包括各类型感染性疾病及肺部肿瘤的一种新方法。     

基于高通量测序技术研究药食两用薏苡仁中污染真菌多样性

目的:调查药食两用薏苡仁中污染真菌多样性,为其安全使用提供参考依据。方法:收集薏苡仁样品18批,提取真菌DNA并扩增ITS2序列,基于Illumina MiSeq PE250平台进行高通量测序。结果:共检测到4门18纲44目99科149属的真菌,子囊菌门Ascomycota是最优势菌门,镰刀菌属Fusarium(3.05%~60.32%)是属水平最优势属,其次是曲霉属Aspergillus(2.20%~45.44%)、白僵菌属Beauveria(0.07%~63.21%)、链格孢属Alternaria(0.80%~11.92%)、Arachnomyces(0.03%~39.36%)和青霉属Penicillium(0.24%~8.03%)。此外,共检测到5种潜在产毒真菌,分别是烟曲霉A.fumigatus、土曲霉A.terreus、梨孢镰刀菌F.poae、囊状青霉P.capsulatum和展青霉P.paxilli。结论:高通量测序技术可以快速有效地检测薏苡仁中污染真菌种类,为薏苡仁污染真菌毒素提供风险预警。     

下一代测序在肿瘤个体化治疗中的应用

目的探讨下一代测序(NGS)技术应用于肿瘤个体化治疗的可行性。方法选取2016年1月至2017年7月间中山大学肿瘤防治中心收治的20例肿瘤患者的临床样本,采用Illumina Next Seq500平台,利用靶向捕获建库技术,检测20例肿瘤样本中295个与肿瘤发生机制及靶向治疗密切相关的基因,采用传统PCR技术如荧光原位杂交(FISH)、飞行质谱(Sequenom MassARRAY)、一代测序(Sanger)或扩增阻滞突变系统(ARMS-PCR)等技术进行验证。结果 NGS检测技术参数稳定,与传统PCR技术检测结果符合率为100. 0%。结论与传统方法相比,NGS技术在临床应用中可同时检测多个可能的药物靶点,推动精准分子诊断及个体化治疗发展。