27重SNP系统推断种族来源的效能

目的 验证和评估27-plex SNPs复合扩增系统(简称27重SNP系统)推断种族来源的效能.方法 验证27重SNP系统的灵敏度和种属特异性;用该系统检测非洲、华南地区汉族、回族、苗族、彝族、藏族、维吾尔族、欧洲、中亚、西亚、南亚、东南亚、南美洲等13个人群的533份样本,将其分型数据与HapMap数据库的东亚(CHB)、欧洲(CEU)、非洲(YRI)3个代表人群的分型数据进行聚类分析,分析祖先成分,计算匹配概率;分析46份盲测样本的种族来源.结果 该系统灵敏度达0.125 ng;除猩猩和猴子分别检出20和6个位点,其余动物样本仅在rs10496971位点检出扩增产物;该系统可以进行洲际人群区分,但是无法区分东南亚与东亚人群,无法细分广东汉族与彝族、回族、苗族和藏族等少数民族人群;盲测样本洲际人群推断的准确率为100%.结论 27重SNP系统灵敏度高、特异性好,可准确区分个体的非洲、欧洲或东亚祖先成分.该系统不具备亚人群区分效力,有待后续筛选更多的特异性祖先信息标记,以满足区分东南亚人群以及中国不同族群的需要.     

亚硝基化的二硫键异构酶介导甲基苯丙胺致小鼠相关脑区α-突触核蛋白表达升高

目的 研究亚硝基化的二硫键异构酶(PDI)对甲基苯丙胺(METH)致小鼠海马及纹状体区α-突触核蛋白(α-SN)表达的影响.方法 利用C57小鼠METH亚急性中毒模型,使用一氧化氮合酶(NOS)抑制剂N-硝基-L-精氨酸(L-NNA)与METH共同造模,实验分为对照组、L-NNA组、METH组、METH+L-NNA组.Western Blotting技术检测各组海马及纹状体区内一氧化氮合酶(NOS)、PDI及其S亚硝基化(PDI-SNO)和α-SN表达情况.一氧化氮试剂盒检测各组一氧化氮含量.结果 METH给药后NOS、一氧化氮含量、PDI-SNO、α-SN表达较对照组均明显升高(P<0.05);L-NNA与METH共处理后与METH组对比,NOS表达下降(P<0.05),一氧化氮含量明显减少(P<0.05),能够显著抑制PDI-SNO表达(P<0.05),伴随α-SN表达降低(P<0.05).而MET H+L-NNA组、L-NNA组与对照组比较均无明显差异(P>0.05).结论 METH作用后诱导NOS活化,一氧化氮含量升高, PDI发生显著S亚硝基化而功能失活,导致相关脑区α-SN表达升高,而NOS抑制剂L-NNA能部分缓解METH神经毒性作用.     

用于五大洲际人群区分的SNP体系研究

目的：建立针对五大洲际人群（东亚、欧洲、非洲、大洋洲和美洲）的常染色体SNP复合检测体系,验证评价其人群区分效能。方法：从The Global AIMs Nano set中筛选出28个SNP位点进行复合检测体系的构建,用该体系检测来自16个人群的712份样本,检测结果和千人基因组中的20个人群和CEPH库中的2个人群合并共计2 804份个体的分型数据,采用聚类分析方法和主成分分析方法进行体系效能评价。选取祖先成分大于90%的样本构建参考人群分型库,对140份个体样本进行群体匹配概率、个体主成分分析等人群来源推断,评估该体系在实际样本的人群来源区分能力。 结果：该体系不仅能对五大洲际人群进行区分,而且对混合人群也有一定区分能力,对已知来源样本的祖先成分和人群匹配分析结果显示与其来源信息一致。结论：该体系能够实现对欧洲、东亚、非洲、美洲、大洋洲以及混合人群的区分,并能够推断个体祖先来源成分组成,在实际检案中可以进行推广应用。     

六色荧光标记同步检测27个STR基因座的法医学应用评估

目的探讨同步检测27个STR基因座多态性及法医学应用价值。方法用Power PlexFusion 6C荧光标记系统对274份广东汉族无关个体的DNA进行PCR扩增,在3130XL遗传分析仪上进行电泳分析。用Gene MapperID-X软件分析基因型,用Power Stats v1.2软件分析群体遗传学参数。并观察该系统对微量及混合检材的检验效果。结果 23个常染色体STR基因座遗传多态性高,在广东汉族人群的累积个人识别率为1-2.3×10-28,累积非父排除率为0.999 999 999。DYS391、DYS570和DYS576的GD值分别为0.481、0.791和0.751,共检出58种单倍型,单倍型多态性为0.337。微量检材STR基因座检出率为93.33%,混合检材Y-STR基因座检出率为96.67%。结论 Power PlexFusion 6C系统遗传多态性高,可以用于亲缘鉴定、个体识别以及数据库建设。