2010-2012年南京市呼吸道冠状病毒流行病学特征分析

目的 分析2010年11月至2012年10月南京地区4个型别冠状病毒流行病学特征.方法 采集江苏省人民医院与南京医科大学第二附属医院流感样(influenza-like illness,ILI)病例咽拭子标本,并收集患者相关信息,利用RT-PCR方法进行检测,应用SPSS 17.0对数据进行统计分析.结果 1233例标本中,冠状病毒核酸阳性者共有115份(总阳性率9.33％),主要为229E型(36.52％,42/115)、OC43型(29.57％,34/115)与HKU1型(25.22％,29/115).2010-2012年不同年份间,冠状病毒229E型、HKU1型与NL63型阳性率有统计学差异(229E亚型:X2=18.072,P＜0.001;HKU1亚型:X2 =22.091,P＜0.001;NL63亚型:X2 =6.470,P=0.039).结论 南京地区冬季为冠状病毒流行高峰期,夏季为低谷期,春秋季小高峰趋势不明显.2010-2012年南京地区人呼吸道冠状病毒主要流行亚型为229E型、OC43型与HKU1型.不同年份冠状病毒主要流行亚型存在一定差异.     

江苏省新甲型H1N1流感疫苗免疫后抗体水平变化趋势研究

目的了解新甲型H1N1流感疫苗免疫前后人群抗体水平动态变化情况。方法随机选取部分疫苗接种人群为受试者,微量半加敏血凝抑制实验检测免疫前、免疫后1个月与免疫后3个月的血清抗体水平,计算抗体阳性率与抗体几何平均滴度(GMT),并进行统计学分析。结果免疫前、免疫后1个月与3个月抗体阳性率分别为13.64%(9.58%~18.61%)、83.63%(78.15%~88.20%)、77.06%(71.09%~82.32%),GMT分别为9.36(8.30~10.56)、122.53(100.29~149.70)、96.07(77.85~118.54)。免疫前与免疫后1个月、3个月后相比,抗体阳性率与GMT差异均有统计学意义。免疫后1个月与免疫后3个月两者差异均无统计学意义。结论本研究所用甲型H1N1流感病毒裂解疫苗免疫后抗体水平明显升高,且维持时间较长。     

2014—2015年江苏省肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的：探讨2014—2015年江苏省肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)分离株的病毒基因特征。方法：用RD细胞对RT?鄄PCR初筛EV71阳性的标本进行病毒分离,成功分离到的EV71分离株进行VP1区的序列测定和分析。序列分析结果用DNA Star和MEGA 6.0软件进行分析,并与各型参考株进行比较。结果：共分离到35株EV71型毒株,分离阳性率为29.17%。35株EV71分离株VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.3%～100.0%和96.6%～100.0%,与EV71的C4a亚型代表株安徽阜阳株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.6%～97.9%和97.9%～100.0%;在系统进化树上与C4a亚型代表株相聚在一起,并且存在2个进化分支。结论：2014—2015年江苏省分离的35株EV71毒株均属于C4a亚型;江苏省EV71流行株可能与国内其他省市流行的病毒有着共同的祖先,再各自进化。     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

江苏省2008年某福利院手足口病暴发的流行病学和病原学特征研究

目的 了解2008年江苏省某福利院手足口病(HFMD)暴发疫情的流行病学和病原学特征.方法 对该福利院首起暴发疫情开展流行病学调查,并进行3个月的跟踪随访.实验方法采用荧光定量RT-PCR法检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CA16)病毒,并用RD、Vero细胞分离病毒,间接免疫荧光法鉴定分离株,并对EV71分离株的VPI基因序列进行种系发生分析.结果 该福利院首起暴发疫情发病数为21例,罹患率为20.0%;10份粪便标本分离出3株EV71病毒,其VPI基因序列分析表明为CA基因亚型,与安徽省阜阳地区08株的同源性在97.9%～100.0%之间.随访研究发现EV71病毒在疫情第1周即可通过粪便排毒,最长排毒期近10周.首起疫情发生2个月后,该福利院又暴发产生6例CA16病毒感染的病例,两起疫情均有3例发生潜伏期排毒,7名婴幼儿被发现机体同时存在两种病毒.结论 该福利院先后两起疫情分别由EV71和CA16病毒引起.EV71分离株为CA基因亚型,同安徽省阜阳地区08株有较高的同源性.两种病毒在机体中存在潜伏期排毒、混合感染(或携带)和超长排毒期现象.     

江苏省2007年～2009年肾综合征出血热监测结果分析

目的：了解江苏省肾综合征出血热（Hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS）流行特征和流行因素,为制定防制对策提供科学依据。方法：对2007年～2009年全省HFRS疫情资料进行流行病学特征分析;设立固定监测点,调查鼠密度、鼠带病毒率、带病毒鼠指数及人群抗体阳性率。结果：2007年～2009年全省报告HFRS病例739例,平均发病率为0.32/10万,且以青壮年农民发病居多。春季和秋冬季各有一发病高峰,苏北秋冬峰病例占其发病总数的70.97%,且病例数有增多的趋势,苏南春峰占其发病总数的56.36%。混合鼠密度及优势鼠种密度均呈下降趋势,混合带病毒鼠指数在0.0073～0.0207间波动,一般人群平均抗体阳性率为12.84%。结论：江苏省2007年～2009年HFRS疫情维持在较低水平,但苏北和苏南流行特征明显不同,苏北部分城市疫情有上升趋势,流行因素仍然存在。     

江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析

目的:分析江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)变异情况,分析其遗传进化特征?方法:按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定?选取2013年不同时间段?不同地区具有代表性的14株甲型H1N1(09pdm)阳性毒株,利用特异性引物扩增HA?NA基因,测序并分析其遗传进化特征?结果:14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%?NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%?遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系?分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N?K300E?E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异?从2013年左右开始甲型H1N1(09pdm)流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179?180?239?301?303?310?311?312?313(含位点310),5个正向压力选择NA氨基酸位点4?23?52?287?374(含位点4)?HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点?14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异?结论:2013年江苏省甲型H1N1(09pdm)流感HA?NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注?     

江苏省2009—2013年汉坦病毒分离株全基因序列测定及分析

目的:从分子水平分析2009—2013年江苏省分离汉坦病毒(Hantavirus,HV)的型别及变化,为疾病的预防控制提供实验依据?方法:采集2009—2013年江苏省肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)急性期患者血清及监测点鼠肺标本?采用胶体金法检测血清样本中汉坦病毒的IgM?IgG抗体,采用免疫荧光检测鼠肺样本中汉坦病毒抗原,并用VERO E6细胞分离病毒,RT-PCR检测标本培养物中病毒M片段以鉴定HV病毒,采用高通量测序技术对分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件对其进行序列比对和进化分析?结果:分离到的11株病毒与陕西分离株LR1?四川分离株S85-46以及汉坦病毒原型株76-118遗传距离最为接近,属于汉滩(Hantean,HTN)型病毒?分离株与2002年分离的江苏(A9?HTN型)株以及浙江株?安徽株处于不同的进化分支上,表明遗传关系较远?结论:江苏的汉坦病毒优势株发生了变化,而且发生了宿主转换?目前疫苗仍具有保护效力,但需加强监测?     

2010-2012年南京流感样病例部分呼吸道病毒流行特征分析

目的了解南京流感样病例9种呼吸道病毒流行特征。方法 2010-2012年采集两个流感哨点医院流感样病例(ILI)咽拭子标本1 367份,荧光定量PCR检测流感病毒(甲型、乙型、丙型)、副流感病毒(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型)、鼻病毒与人博卡病毒等9种常见呼吸道病毒。结果 1 367份ILI咽拭子标本中,检测出374份阳性,检出率为27.36%。以乙型流感病毒检出率最高(8.49%),其次是甲型流感病毒(7.53%),Ⅳ型副流感检出率最低(0.22%)。不同季节中,以夏季病毒检出率最高(31.50%),秋季最低(22.10%)。检出混合感染19例,以鼻病毒与其他病毒混合感染最多,共15例,占所有混合感染的78.95%。结论南京市2010-2012年流行呼吸道病毒以甲、乙型流感病毒、鼻病毒为主,间或有丙型流感流行,偶有个别4型副流感病毒与人博卡病毒感染病例出现。     

江苏省肠道病毒71型分离株的分子遗传演化特征

肠道病毒71型(EV71)是小RNA病毒科肠道病毒属成员,其感染主要引起患者手足口病(handfoot-mouth disease,HFMD),个别患者可引起无菌性脑膜脑炎等并发症.自1998年EV71在中国台湾暴发以来,EV71病毒在亚洲的流行呈上升趋势.流行病学资料表明,不同地区不同症状的EV71病毒性疾病的暴发可能与毒株间的差异等因素有关[1].为了解EV71病毒的遗传和变异特征,本实验室对2009年在江苏手足口病流行地区分离到的一株EV71型病毒株(Jiangsu01,GenBank:FJ600325.1)的基因组核苷酸序列进行了遗传进化分析,从分子水平为EV71病毒的流行以及所致疾病的防控提供理论基础.