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提高挖掘生物医学文献中的实体关联算法的性能,对开拓研究新思路有重要启示作用。提出一种改进特征的新线性内核SVM关联挖掘方法,以糖尿病相关文献摘要为研究内容,总结归纳出5种实体关联挖掘特征:实体特征、实体对特征、依赖图特征、解析树特征和名词短语约束特征,其中实体对和名词短语约束是所提出的新特征,并使用Huber损失函数作为SVM分类器的线性内核进行计算,挖掘预测疾病、基因和药物实体之间的关联。计算得到10种糖尿病相关病症和23种基因有173种关联,13种糖尿病相关病症和26种药物存在79种关联,18种基因与17种药物组成了159种关联,构建出疾病-基因、疾病-药物、基因-药物和8种糖尿病相关疾病基因药物的关联网络,共计619种实体关联,同时预测出27种新实体关联对,最后使用ROC曲线验证3种关联(0.804、0.847和0.742)。结果表明,所提出算法与Co Pub(0.710)、Pub Gene(0.609)、FBK-irst(0.547,0.800)和WBI(0.510,0.759)所用算法相比,最高精确度提升超过约5%(0.847与0.800),最低提升超过约20%(0.742与0.510),性能更优,为下一步在生物医学大数据中的应用打下良好基础。  相似文献   
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目的::验证离散曲率边折叠算法对骨骼CT图像三维模型的可行性与简化率。方法:利用离散曲率边折叠的网格简化技术,先将模型中需折叠的顶点进行分类,计算出平均离散曲率,随后采用蝶形分子规则产生新点,再进行边折叠操作,最后利用VTK与VS2008软件进行编程。结果:利用代码实现三维骨骼模型的重建。原始算法与简化后模型的三角面片数(个数)分别为253741和86597,简化率达74.05%;而原始算法与简化后模型的建模时间( ms)分别为86597和25763,建模时间缩短70.25%。结论:简化后的模型能较好保持原始性状特征,且其数据量大大减少,算法的可行性和简化率达到预期效果。  相似文献   
5.
目的 构建乳腺癌基因药物网络模型,提取并预测乳腺癌相关基因药物间的关联.方法 基于“ABC理论”和关联规则,提出一种生物实体间关联算法,以乳腺癌为例,提取乳腺癌相关基因与基因、药物与药物、基因与药物3种不同层次的关联,采用R语言实现网络模型的可视化,最后利用ROC曲线验证算法可靠性.结果 得到乳腺癌相关基因185种,98种不同关联;乳腺癌相关药物97种,170种不同关联;乳腺癌相关基因与药物网络中含有127种基因和77种药物,共384种不同关联.结论 乳腺癌的基因药物之间存在大量不同强度的关联,并且发现一些具有高度关联但尚未验证的生物实体对,为乳腺癌个性化诊治提供了新的研究思路.  相似文献   
6.
目的:挖掘针灸相关疾病、基因和药物间的新关联。方法:提出一种基于SVM的机器学习算法,结合词典识别疾病、基因和药物实体并挖掘三者之间的关联,构建针灸相关疾病、基因和药物关联网络。结果:识别出针灸相关的296种疾病、51种基因和278种药物,并在27种疾病、13种基因和135种药物之间挖掘出704种关联,构建3个关联网络,发现了262种新关联。结论:针灸相关疾病-基因-药物之间存在大量程度不一的关联,为针灸精准医疗提供了新的研究思路。  相似文献   
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目的 :研究状态空间模型的建立及其在传染病发病预测中的应用,并探讨提高模型准确性和实用性的途径。方法 :以2005年1月~2010年12月我国肺结核发病资料建立模型,以2011年的发病资料作为模型预测效果的考核样本。首先采用移动平均比率法和HP滤波对资料进行初步分析,然后根据分析的结果进行定阶、初始化并估计参数,建立状态空间模型,最后对预测结果进行检验和分析。结果:状态空间模型可以将发病率变化过程中的各种特征成分分解出来,其年内逐月发病率的预测精度在90%以上。结论:状态空间模型对我国肺结核发病情况的拟合度较高,预测效果良好。  相似文献   
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