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2.
目的 构建miRNA-mRNA调控网络,为探索精神分裂症的分子遗传学发病机制研究提供新的思路。方法 于2021年7月在GEO数据库下载精神分裂症外周血miRNA(GSE54578)和死后大脑扣带回mRNA(GSE145554)微阵列数据集,利用GEO2R获取差异表达的miRNA和mRNA,筛选具有靶向mRNA的差异表达miRNA并预测其上游潜在的转录因子;然后,将差异表达miRNA所靶向mRNA与GSE145554数据集所获取的差异表达mRNA取交集基因;最后,对交集基因实施GO和KEGG通路富集分析以揭示它们的生物学功能,构建交集基因PPI网络和miRNA-mRNA调控网络。结果 GSE54578共识别出8个上调且具有靶向mRNA的差异表达miRNA,差异表达miRNA共预测出转录因子10个;GSE145554识别出247个下调的差异表达mRNA,取交集基因后筛选出17个目标mRNA;GO分析显示,目标mRNA主要参与星形胶质细胞的分化与发育等,KEGG通路富集分析显示,目标mRNA主要参与Rap1和Ras信号传导通路等,PPI网络分析显示,mRNA(KRAS和CD28)可能是精神分裂症的关键基因。结论 基于GEO数据库并整合生物信息学不仅能识别精神分裂症的潜在易感基因,并有助于构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络。 相似文献
3.
为了探究肝细胞癌中miR-452-5p对患者预后生存的影响及其对肝癌细胞增殖、迁移的作用。采用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中肝细胞肝癌数据集对miR-452-5p进行差异表达分析和Kaplan-Meier生存分析。采用TargetscanHuman和miRDB靶基因数据库对miR-452-5p靶基因进行预测;采用基因差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法对数据集GSE14520进行分析计算。用Lipofectmine-2000将miR-452-5p模拟物、模拟物阴性对照和miR-452-5p抑制剂、抑制剂阴性对照分别转染到Huh7细胞中。分别采用RT-qPCR和Western blot实验,检测4组细胞中RORα在mRNA和蛋白水平上的表达情况。采用CCK-8、Transwell实验,检测4组细胞的增殖活力以及迁移能力。双荧光素酶报告基因实验验证Huh7细胞中miR-452-5p与RORα的调控关系。经TCGA数据分析,miR-452-5p在肝癌组织中高表达且显著影响患者预后总生存期。通过miRNA靶基因预测、基因差异表达分析、WGCNA分析,筛选出关键基因ROR... 相似文献
4.
目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组(LM,n=212)与无淋巴结转移组(NLM,n=165)。利用R语言(v3.6.2)对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果:一共筛选出1197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论:CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。 相似文献
5.
目的: 观察FGF2在低氧及低氧预适应条件下小鼠海马神经元细胞中的表达变化,探究FGF2是否参与低氧耐受神经保护作用。方法: 使用生物信息学方法进行搜索和鉴定FGF2基因家族成员。在细胞层面建立低氧和低氧预适应模型,通过Western-blot、qRT-PCR检测细胞中FGF2表达情况。结果: FGFs家族分为7个亚家族,其中FGF2含有一个由17个氨基酸组成的FGF受体结合域,能够与特定的FGF受体结合进行信号的转导。在细胞层面,相比于空白对照组(C),低氧组(H)和低氧预适应组(HPC)FGF2在mRNA水平和蛋白水平的表达均有所下降(P<0.05),而与H组相比,HPC组FGF2 mRNA水平和蛋白水平的表达有所升高(P<0.05)。结论: FGF参与低氧预适应的神经保护作用。 相似文献
6.
肥厚型心肌病(HCM)是一种常见的遗传性心脏病,是青少年及年轻运动员心源性猝死的最主要原因之一,其分子遗传学基础为基因突变。TNNC1是HCM的重要致病基因之一,目前仅发现其少量非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点与HCM发病相关,但该基因其他nsSNPs数量较多,结合临床进行实验遗传检测其基因型与表型的关系,工作量巨大,尚不可行。因此,采用生物信息学方法,从dbSNP数据库中筛选出TNNC1基因全部的nsSNPs,联合4款(Mutation Taster、PolyPhen-2、PhD-SNP和MutPred)专业软件,进行有害性分级筛选和致病关联预测,最后进行突变蛋白三维结构建模及可视化分析。结果显示,首次从TNNC1基因102个nsSNPs位点中预测出疾病相关的18个(G159D、S69R、P52R、D149G、D3V、G140E、N51K、D151V、M47R、G110C、A23D、G140R、K158N、C35Y、R147C、L48P、F74C和V44G)高风险nsSNPs。基于生物信息学方法,以TNNC1基因的nsSNPs为示范,分析其nsSNPs与疾病表型的关系,这为其他遗传疾病致病基因nsSNPs的关联分析打下理论研究基础,具有重要的参考价值。 相似文献
7.
目的利用网络药理学和生物信息学方法对隐丹参酮(CTS)抗非小细胞肺癌(NSCLC)的机制进行较为全面的探讨。方法以CTS为研究对象,使用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction以及PharmMapper靶点预测平台收集CTS相关靶点;使用OMIM数据库、GeneCards数据库以及TCGA数据库收集NSCLC相关靶点;使用String数据库以及Cytoscape软件构建交集靶点的PPI网络图,并筛选出核心靶点,用AutoDock Vina进行分子对接验证;运用R语言的clusterProfiler包对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Cytoscape软件构建"CTS-交集靶点-KEGG通路"网络。结果得到交集靶点75个,主要涉及信号传导、磷酸化与去磷酸化、细胞凋亡与血管调节等多种生物过程,CTS主要通过胰腺癌、大肠癌、癌症途径、JAK-STAT信号通路、细胞凋亡以及自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路发挥其抗NSCLC作用。结论 CTS通过多靶点、多通路来发挥其抗NSCLC作用,为其进一步深入研究提供了理论上的支持。 相似文献
8.
生物信息学是一门对基因组学和蛋白质组学进行研究的新兴学科,是生物学、计算机科学、信息工程和统计学的综合交叉学科。在眼科生物基因研究中,角膜、晶状体、房水、玻璃体和视网膜因富含大量的生物信息,是理想的生物信息学研究对象。基因组学检测技术的高效性和准确性有助于对眼科肿瘤及遗传疾病相关差异表达基因的筛查。蛋白质组学有助于分析眼科疾病状态下眼内液体或细胞中基因表达高低所引起的蛋白表达谱及功能改变,从而揭示疾病的发生机制。本文主要综述生物信息学在眼科疾病的应用,并初步展望其对相关疾病治疗的影响、目前存在的问题及未来的发展趋势。 相似文献
9.
目的 探讨介导内吞作用的衔接蛋白epsin 3(EPN3)在结直肠癌中的表达及意义,为深入研究EPN3的调控模式提供实验依据。 方法 分别运用GEPIA和GEDS数据库分析EPN3在结直肠癌组织和细胞中的表达情况,并通过SMART和cBioPortal数据库分析EPN3基因甲基化和拷贝数变异与其表达水平的关系;利用Metascape数据库对EPN3相关的共表达基因集进行GO富集和通路分析;运用BioPlex蛋白互作数据库分析EPN3在HCT116细胞中的蛋白作用网络。为了对EPN3进一步验证,我们收集13对结直肠癌癌旁组织和癌组织标本,用Real-time PCR检测EPN3 mRNA表达;并通过敲减EPN3观察其对肿瘤细胞增殖、集落形成和迁移能力的影响。 结果 GEPIA、GEDS、SMART和cBioPortal等数据库分析显示,EPN3在结直肠肿瘤组织中高表达(P<0.01)。其表达水平与甲基化和拷贝数变异相关。EPN3相关基因的富集结果显示主要与细胞黏附相关。EPN3与UBB、CCDC130、TNFAIP1、PHGDH、EPN2等构成的蛋白相对作用网络与蛋白泛素化有关。Real-time PCR结果显示,EPN3在癌组织中高表达(P<0.05)。通过沉默EPN3可以抑制HCT116和HT29细胞的增殖、集落形成和迁移能力。 结论 EPN3在结直肠癌组织中高表达,且与细胞黏附和蛋白泛素化等生物学过程有关,敲低EPN3可抑制结直肠癌细胞系HCT116和HT29的增殖、集落形成和迁移等过程。 相似文献
10.
目的探讨核仁蛋白16(NOP16)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义。 方法收集并比较癌症基因组图谱数据库(TCGA)中445例LUAD和54例正常肺组织样本NOP16 mRNA表达水平的差异,收集、验证并比较基因表达综合数据库(GEO)中226例LUAD和20例正常肺组织样本NOP16 mRNA表达水平的差异;采用Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis H检验比较不同临床病理特征的LUAD患者NOP16 mRNA表达水平的差异;通过Kaplan-Meier法评估NOP16在LUAD中的预后价值;采用基因集富集分析(GSEA)探讨NOP16在LUAD中可能参与的生物学通路;通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库评估NOP16 mRNA表达水平与肿瘤浸润性免疫细胞(TIICs)的关系。 结果在LUAD中NOP16 mRNA表达水平明显高于正常肺组织(P<0.01),且不同临床分期、T分期、N分期的LUAD患者NOP16 mRNA表达水平均差异有统计学意义(均P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析表明NOP16 mRNA的高表达与LUAD患者的不良预后相关(P<0.05)。GSEA显示在NOP16高表达组,核糖体、DNA复制、错配修复、p53信号通路被显著富集(P<0.05,FDR<0.25)。在LUAD中,NOP16 mRNA表达水平与B细胞(r=-0.22)、CD4+ T细胞(r=-0.25)、CD8+ T细胞(r=-0.12)、中性粒细胞(r=-0.18)、巨噬细胞(r=-0.27)和树突状细胞(r=-0.25)的浸润丰度均呈负相关(均P<0.01)。 结论NOP16有望成为LUAD诊断和预后评估的生物标志物以及免疫治疗的新靶点。 相似文献