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1.
目的 构建丙型肝炎病毒NS5A反式激活蛋白7(NS5ATP7)的原核表达载体,诱导其在大肠埃希菌中的表达,并初步探讨其结构与功能.方法 应用逆转录PCR(RT-PCR)技术,以HepG2细胞mRNA为模板,扩增获得NS5ATP7基因片段,连接到pGEM-T载体,酶切鉴定及测序正确后插入至原核表达载体pET-32a( )中,转化大肠埃希菌BL21,IPTG诱导以获得NS5ATP7融合蛋白的表达,SDS-PAGE、Western blot免疫印迹分析和证实该融合蛋白表达的特异性,并应用生物信息学方法对该融合蛋白的结构和功能进行预测.结果 利用RT-PCR扩增获得大小为891bp的NS5ATP7基因片段,插入pET-32a( )表达载体,转化BL21宿主菌,经IPTG诱导,成功获得了大小为48kD的目的蛋白,Western blot进一步证实了该蛋白具有特异性免疫反应识别.生物信息学预测结果显示此蛋白富含螺旋结构,为非跨膜蛋白,无信号肽.结论 利用大肠埃希菌BL21成功表达了NS5ATP7融合蛋白,结合生物信息学分析结果,为研究NS5ATP7蛋白的免疫原性和生物学特性奠定了基础.  相似文献
2.
蛋白质组学研究技术及进展   总被引:2,自引:0,他引:2  
随着人类基因组测序计划的完成,生命科学的重心开始转移到对基因的表达产物——蛋白质的研究上来,蛋白质组学遂成为后基因时代的研究前沿和热点领域。  相似文献
3.
GPU计算及其在生物医学研究中的应用   总被引:1,自引:1,他引:0  
高性能计算是现代生物医学研究的重要工具和手段,传统的基于通用处理器(CPU)的计算机已很难满足生物医学研究对计算性能、效率和成本等多方面的综合性要求。近年来,图形处理器(GPU)计算技术异军突起,成为高性能计算领域的研究热点。本文介绍了GPU计算的基本概念、编程方法和特点,总结和讨论了GPU计算在生物医学中的应用现状和存在问题。最后,结合实际情况提出了利用GPU计算的一些研究工作设想。  相似文献
4.
目的:基于生物信息学分析构建人ID4基因启动子表达载体,以其作为研究ID4基因启动子表达调控分析的工作基础.方法:在分析人ID4基因启动子结构和调控元件的基础上,据UCSC基因组生物信息学中人ID4基因转录起始点(TSS)上游启动子区-643 bp及5'非翻译区(5'-UTR) 164 bp序列设计并合成引物,进行PCR扩增;以PCR产物作为模板经巢式PCR扩增了TSS上游启动子区-621 bp片段,将PCR产物回收、纯化后再连接到pGEM-T Easy载体上并转化至DH5α感受态大肠杆菌中构建成pGEM-T Easy-人ID4基因启动子重组质粒.转化产物经半巢式PCR及酶切鉴定,对得到的阳性克隆进行测序.结果与结论:成功构建出含有糖皮质激素受体、cAMP结合蛋白及雌激素受体反应调控元件序列的人ID4基因启动子表达载体.该表达载体的构建为进一步研究人ID4基因的启动子活性及表达调控奠定了基础.  相似文献
5.
目的 利用微小RNA(miRNA)芯片和生物信息学技术,研究受照射人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)产生的外泌体miRNA组分的变化,为揭示血管组织放射损伤及其旁效应机制提供新的线索.方法 超高速离心法收集对照组和4 Gy剂量照射组的HUVEC外泌体,运用电镜及Western印迹技术对外泌体进行鉴定,miRNA芯片技术分析细胞内和外泌体中miRNA表达谱,qRT-PCR法验证部分差异miRNA,通过miRDB和TargetScan预测差异miRNA的靶基因,DAVID、KEGG等在线工具进行生物信息学分析.结果 HUVEC经4 Gy照射后外泌体miRNA与对照组相比,照后0.5 h共鉴定到18个发生表达变化的miRNA分子,5个表达上调,13个表达下调;照后2 h鉴定出16个表达上调、5个表达下调miRNA分子;细胞内miRNA与对照组相比,照射后0.5、2 h分别有38个和85个差异表达miRNA,且差异有统计学意义(P<0.01).生物信息学结果表明,这些表达变化的miRNA可能通过参与调控MAPK、Ras、PI3K-Akt信号通路等途径影响细胞辐射旁效应.结论 电离辐射损伤导致血管内皮细胞外泌体miRNA分子组分和表达水平发生显著改变,这些miRNA的靶基因组产物在细胞放射损伤反应的信号通路调节中发挥重要作用.  相似文献
6.
目的:探索潜伏感染状态下人巨细胞病毒(HCMV)所编码微小RNA(microRNA,miRNA),为研究其在HCMV病毒学和潜伏感染机制奠定基础。方法通过HCMV感染THP-1细胞构建HCMV潜伏感染细胞模型,采用高通量Solexa测序平台对其深度测序,并利用 RNAFold 等生物信息学软件进行二级结构预测和命名。结果HCMV在潜伏感染状态表达了miR-US25-2-3p、miR-US25-2-5p、miR-UL112、miR-US25-1、miR-UL22A 以及长度为25 bp的编号为PC-5p-148467的miRNA,对PC-5p-148467进行系列分析,将其命名为hcmv-miR-US33as-5p。结论在潜伏感染状态下,HCMV亦可编码多种miRNA。  相似文献
7.
蛋白质-RNA相互作用(PRI)与基因表达调控等多种生物过程密切相关.目前一般从实验和计算机预测两方面研究PRI.虽然X射线晶体衍射和核磁共振等实验方法可获得蛋白质-RNA复合物结构,但这些方法具有耗时长与花费高等缺点,并且有些蛋白质-RNA复合物结晶很难获得.特别是,随着高通量测序技术的应用,有大量的PRI需要分析,实验方法已不能满足日益增长的分析需求.为此,现已发展了4类PRI预测方法,分别为结合RNA的蛋白质残基预测、结合蛋白质的RNA小片段预测、基于序列水平的PRI预测和基于结合位点水平的PRI预测.为使有关研究人员系统了解这些预测方法,该文对上述预测方法进行了评述,并探讨其进一步发展方向.  相似文献
8.
随着高通量测序、蛋白质组学等生物技术的迅猛发展,生物医学数据、生物信息学工具及分析应用需求均呈现出多样性和复杂性的特点。传统的生物信息计算环境如专用工作站、虚拟机等已无法较好地适应这一情况。Docker作为一种新兴的容器技术,具有轻量、开放和安全的优点,为分析和处理生物大数据提供了一种新的解决方案,得到生物信息学开发和应用人员越来越多的关注与使用。该文针对大数据时代下生物信息学工具开发、部署、应用的要求和特点,分析Docker技术在生物信息学中应用的优势,介绍了该技术在生物信息学中的具体应用案例,探讨其有待改进的方面以及未来发展趋势。  相似文献
9.
目的:初步探讨人微小RNA( miRNA)与埃博拉病毒基因组5′尾标( trailer)序列相互作用,为防治埃博拉病毒提供可能的靶向miRNA。方法运用Pita和RNAhybrid软件预测与埃博拉病毒5′尾标序列相互作用的人miRNA,并对其进行注释和分析。结果与结论发现人miRNA可能与埃博拉病毒5′尾标序列存在复杂的相互作用。根据以前关于宿主miRNA与病毒基因组相互作用的报道,我们认为,人miRNA与埃博拉病毒基因组5′尾标的相互作用可能会影响埃博拉病毒在人体内的复制以及人体细胞的正常功能。该研究将为埃博拉病毒的防治提供新的思考。  相似文献
10.
新一代高通量测序技术的发展,推动了多个相关研究领域的发展。国际上许多研究机构正在研究利用高通量测序数据进行微生物检测的算法,目前已有一些基于高通量测序数据的微生物检测算法流程设计成功并公开发布。该文通过调研利用高通量测序数据进行微生物检测的相关文献,研究已发布的基于高通量测序数据的微生物检测算法的功能和实现流程,分析几个有代表性算法的优点和不足。最后,对这些检测算法的设计思路进行总结和分类,提出基于高通量测序数据的微生物检测算法的改进设想。  相似文献
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